이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.2.25. 경기도 여주시 OOO 외 2필지 토지 3,013㎡(OOO로 합필, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2021.3.9. 그 지상에 건축물 4,926.27㎡(기숙사, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하였다.

나. 청구법인은 이 건 부동산을「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제22조 제6항 제1호 및 제3호 가목에서 규정하고 있는 사회복지법인이 의료업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면(토지 100분의 50, 건축물 100분의 30)받아, ＜표1＞과 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 신고분 취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다.

＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등 신고.납부 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

다. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산을 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도(의료업)로 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 2024.6.7. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 부과분 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

＜표2＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등 부과 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

라. 청구법인은 2024.9.5. 이 건 부동산을 사회복지법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 면제(최소납부세액 제외, 100분의 85 감면, 이하 같다)하여야 한다는 취지로 이 건 신고분 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.9.23. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.5.(이 건 부과분 취득세 등), 2024.9.30.(이 건 신고분 취득세 등) 이의신청을 거쳐 2025.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 사회복지사업을 목적사업으로 하는 사회복지법인으로 이 건 부동산이 소재하는 경기도 여주시 OOO 일대에서 사회복지시설(OOO)을 운영하고 있다.

(2) 청구법인은 사회복지시설사업을 수행하기 위해 2021.3.9.부터 이 건 부동산을 청구법인 소속직원들의 기숙사로 사용하고 있는데, 처분청은 이 건 부동산을 사용하고 있는 직원들의 대부분이 의료업 종사자(의사, 간호사 등)가 아니라고 하여 취득세 감면을 취소하고, 이 건 부과분 취득세 등을 부과하였다.

(3) 청구법인은 이 건 부동산을 사회복지사업에 직접 사용하고 있으므로「지방세특례제한법」제22조 제1항에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 신고분 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 직원들의 기숙사인 이 건 부동산은 사회복지사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다고 하여 취득세 등의 경정청구를 거부하였다.

(4)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 규정하고 있는 “직접 사용”이란 해당 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, 그 범위는 해당 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하고(대법원 2009.5.28. 선고 2009두4708 판결), 비영리사업자가 구성원에게 사택이나 숙소를 제공하는 것이 구성원에 대한 편의를 도모하기 위한 것이거나 그곳에 체류하는 것이 직무수행과 크게 관련되지 않는다면 그 사택이나 숙소는 비영리사업자의 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 없지만, 구성원이 비영리사업자의 사업활동에 필요불가결한 존재이고 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무수행의 성격도 겸비한다면 해당 사택이나 숙소는 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다(대법원 2015.9.15. 선고 2014두557 판결).

(5) 이 건 부동산은 청구법인이 운영하고 있는 OOO노인요양시설 및 OOO요양병원의 구내에 위치하고 있고, 그 거주인원 94명 중 85% 이상이 노인요양시설 및 노인요양병원의 운영에 필요한 요양보호사, 간호사 등이며, 특히 이 건 부동산을 사용하는 직원 중 OOO요양시설의 요양보호사는 50명 이상으로 전체 사용 인원의 50%가 넘을 뿐만 아니라 그 업무 특성상 3교대로 근무하여야 하고, 근무시간에 관계 없이 요양시설 근처에서 대기해야 하는 경우도 많아 대부분의 요양보호사들은 이 건 부동산에 거주하고 있어 해당 기숙사는 단순히 직원의 편의를 위한 숙소가 아니라 사회복지사업에 직접 사용되는 부동산이다.

(6) 청구법인의 정관 상 목적사업은 노인요양시설 설치 운영, 요양병원 설치 운영, 청소년 수련원 설치 운영 등으로 목적사업에 기숙사 운영을 기재하지는 않았으나, 사회복지법인이 기숙사 운영을 목적사업으로 정관에 기재한 사례는 찾아볼 수 없고, 청구법인의 기숙사 운영은 사회복지사업을 영위하기 위한 방편이지 그 자체가 목적사업이 되는 것은 아니므로 청구법인의 정관에 기숙사 운영이 기재되어 있지 않다는 이유로 이 건 부동산을 목적사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 전혀 맞지 않는 주장이다.

(7) 처분청이 인용한 조세심판원 결정(조심 2010지795, 2010.11.25.)은 선교사의 임시 숙소로 사용하고 있는 부동산을 사회복지사업에 직접 사용하고 있는 부동산으로 볼 수 없다는 것이고, 이 건 부동산의 경우 그 사용자의 85% 이상이 요양시설운영에 반드시 필요한 요양보호사들로서, 이 건 부동산에 체류하거나 거주하는 것도 직무수행의 하나로 보아야 한다.

(8) 처분청은 청구법인이 2015년 2월 경기도 여주시 OOO 토지에 신축한 기숙사용 건축물(2,571.85㎡)에 대하여 청구법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였고, 그 이전에도 같은 사유로 취득세 등을 면제하였음에도 처분청이 이 건 부동산에 대해서만 감면된 부동산을 추징하고, 그 경정청구를 거부하는 것은 그동안의 과세 관행에 역행하는 것이다.

(9) 따라서, 이 건 부동산은 사회복지법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로「지방세특례제한법」제22조 제1항에 따른 취득세 면제 대상이라 할 것이므로 이 건 신고분 취득세 등에 대한 경정청구 거부처분과 이 건 부과분 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이라고 규정하고 있고, 같은 법 제22조 제1항에서 사회복지법인 등이 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2022.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항에서 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지 취득세의 100분의 50을 2021.1.1.부터 2021.12.31.까지 취득세의 100분의 30을 경감한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대해 감면한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 이 건 부동산이「지방세특례제한법」제22조 제1항에서 규정하고 있는 해당 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에해당하는지 여부는 청구법인이 이 건 부동산을 그 목적사업인 노인요양시설의 용도에 직접 사용하는지 여부로 판단하여야 하는데, 청구법인은 이 건 부동산을 노인요양시설에 근무하는 직원들의 숙소로 사용하고 있으므로 그 직원들이 노인요양시설을 운영하는데 필수적인 직원이라 하더라도 이를 사회복지사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없으므로 처분청이 이 건 부과분 취득세 등을 부과하고, 이 건 신고분 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다(조심 2010지795, 2010.11.25.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 이 건 부동산을 사회복지사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2007.6.29. 경기도 여주시 OOO을 본점소재지로 하고, 노인요양시설 설치 운영, 요양병원 설치 운영, 재가노인복지시설(주.야간보호서비스, 단기보호서비스) 설치 운영 등을 목적사업으로 하여,「사회복지사업법」제2조 제3호에 따라 설립된 사회복지법인이다.

(나) 청구법인은 2020.2.25. 이 건 토지(경기도 여주시 OOO 외 2필지 3,013㎡)를 취득한 후, 2021.3.9. 그 지상에 기숙사인 이 건 건축물을 신축한 후, 이를 사회복지법인이 의료업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

(다) 이 건 부동산이 소재하는 경기도 여주시 OOO 토지 68,757.1㎡에는 아래 ＜표3＞과 같이 8개동 36,562.72㎡(옥탑 면적 제외)의 건축물이 있는데, 그 중 8동이 이 건 건축물이고, 이 건 부동산의 이용자 현황은 ＜표4＞와 같다

＜표3＞ 경기도 여주시 OOO 소재 건축물 현황

(단위 : ㎡)

○○○

＜표4＞ 이 건 부동산(기숙사) 이용자 현황

(단위 : 명)

○○○

(라) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하기 위해 취득하였으나, 이 건 부동산(기숙사)에 거주하고 있는 인원 중 의료인력(의사, 간호사 등)은 소수이므로 이 건 부동산을 의료업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 보아 2024.6.3. 이 건 부과분 취득세 등 OOO원을 추징하였다.

(마) 청구법인은 2024.9.5. 이 건 부동산을 사회복지법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 신고분 취득세 등의 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.9.23. 이를 거부하였다.

(바) 처분청은 ＜표3＞의 경기도 여주시 OOO 소재 부동산(부속토지 포함, 이하 같다) 중 이 건 부동산을 제외한 나머지 부동산에 대하여 사회복지법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아「지방세특례제한법」제22조 제1항과 제2항에 따라 취득세와 재산세를 면제하였는데, 여기에는 2009.8.14.과 2015.1.6. 사용승인된 기숙사용 부동산(5동, 6동)도 포함되어 있다.

(2)「지방세특례제한법」제22조 제1항 및 같은 법 시행령 제10조 제1항 제1호에서「사회복지사업법」제2조 제3호에 따른 사회복지법인이 해당 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제하되, 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세특례제한법」제22조 제1항에서 규정하고 있는 사회복지법인이 ‘해당 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이란 사회복지법인의 사업목적과 부동산의 취득목적을 함께 고려하여 그 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 점(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 같은 뜻임),

청구법인이「지방세특례제한법」제22조 제1항에서 규정하고 있는 사회복지법인에 해당한다는 사실은 다툼이 없다고 보이고, 청구법인은 노인요양시설과 요양병원을 설치.운영하는데 반드시 필요한 요양보호사, 간호사, 조리사 등의 기숙사로 사용하기 위하여 이 건 건축물을 신축한 후 현재까지 요양보호사 등의 기숙사로 사용하고 있는 점,

이 건 부동산을 기숙사로 사용하는 인원(90여명) 중 85% 이상이 요양시설 또는 요양병원에 근무하는 요양보호사, 간호사 등이고, 이들 대부분은 1일 3교대 근무를 하고 있고, 긴급 상황이 발생하는 경우 야간에도 업무를 수행하거나 대기하여야 하므로 요양시설 등과 같은 곳에 소재하는 이 건 부동산(기숙사)에 머물 수밖에 없다고 보이는 점,

처분청은 이 건 부동산과 용도가 동일한 기숙사(＜표＞의 5.6동)에 대하여 청구법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였고, 매년 재산세 등도 면제하고 있는바, 이 건 부동산만을 달리 볼 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 부동산은 청구법인이 사회복지사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 해당된다고 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 부과분 취득세 등을 추징하고, 이 건 신고분 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제22조[사회복지법인등에 대한 감면] ①「사회복지사업법」제2조 제1호에 따른 사회복지사업(이하 이 조에서 “사회복지사업”이라 한다)을 목적으로 하는 법인 또는 단체로서 지원대상 및 공익성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인 또는 단체(이하 이 조에서 “사회복지법인등”이라 한다)가 해당 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 사회복지법인등이 과세기준일 현재 해당 사회복지사업에 직접 사용(종교단체의 경우 해당부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 사회복지사업의 용도로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2022년 12월 31일까지 면제한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세와 재산세를 각각 경감한다

1. 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2020년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

3. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

가. 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감한다.

제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31344호로 개정된 것)

제10조[사회복지법인등의 면제대상 사업의 범위 등] ① 법 제22조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인 또는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 단체를 말한다.

1.「사회복지사업법」제2조 제3호에 따른 사회복지법인

(3) 사회복지사업법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사회복지법인”이란 사회복지사업을 할 목적으로 설립된 법인을 말한다.