이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO관련 소프트웨어 개발 및 서비스업 등을 목적으로 A 주식회사라는 상호로 설립되어 이후 결제대금예치업, 전자고지 수납업, 결제 관련 소프트웨어 개발 및 서비스업, 금융부가통신업 등을 목적에 추가하였고, 2022.6.29. 현재의 상호(주식회사 B)로 변경한 중기업이다.

나. 청구법인은 2017사업연도부터 2021사업연도까지 기간 동안 법인세 신고 시 청구법인이 영위하는 사업이 지식기반산업(정보서비스업, 전기통신업 등)에 해당한다고 보아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 10%를 적용(이하 “쟁점감면”이라 한다)하여 각 법인세를 신고·납부하였다.

다. 서울지방국세청 감사관실(이하 “감사관실”이라 한다)은 2022.9.12.부터 2022.9.30.까지 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구법인의 법인세 신고에 대하여 청구법인이 제공하는 서비스는 금융업과 밀접히 관련된 서비스이고, 이는 한국표준산업분류상 ‘금융 및 보험업’의 하위분류인 ‘그 외 기타 금융지원 서비스업(분류코드 66199)’에 해당하며, ‘금융 및 보험업’은 쟁점감면 대상업종에 포함되지 아니하므로 쟁점감면을 부인하도록 처분청에 처분지시하였고, 이에 처분청은 2023.3.2. 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 신고한 감면세액을 모두 부인하여 청구법인에게 법인세를 경정·고지하였다.

＜표1＞ 청구법인에 대한 법인세 경정·고지 현황

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 지불결제사업을 제외한 나머지 사업은 한국표준산업분류상 전기통신업에 해당하므로 이를 조특법상 특별세액감면 적용대상으로 보는 것이 타당하다.

(가) 조특법 제2조 제3항은 특정한 업종을 영위할 것을 요건으로 정하는 경우 그 업종은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따라 판단하도록 하고 있고, 한국표준산업분류 통계청 고시 제2017-13호에 의하면 지불결제사업자(Payment Gateway, 이하 “PG”라 한다) 서비스를 금융 및 보험업의 세분류인 ‘그 외 기타 금융지원서비스업(66199)’에 해당하는 것으로 해석하고 있으나, 청구법인의 사업 중 PG서비스를 제외한 다른 서비스(이하 “쟁점사업”이라 한다)는 어떤 업종에 해당하는지에 관하여 별도로 규정되어 있지 않으므로 청구법인이 영위하는 쟁점사업은 한국표준산업분류상 어떤 업종에 해당하는 것인지 별도로 판단하여야 한다.

＜표2＞ 청구법인이 제공하는 서비스별 매출액 및 쟁점사업 설명

(나) 청구법인은 설립 당시부터 금융기관 및 금융기관 이용자 간 가상계좌서비스를 중계해왔는데 이 때 청구법인의 역할은 금융기관의 가상계좌서비스 제공을 위한 통신망을 구축하고 이를 활용하여 데이터를 송수신하는 것으로 각 시중은행은 전산시스템에서 요구하는 표준화된 데이터 양식이나 검증모듈이 제각각이었기 때문에 각 이용기관의 데이터를 이에 맞추어 변환해야만 정상적으로 은행의 전산시스템에 반영될 수 있었는바,

청구법인은 이러한 작업을 위하여 별도 전용회선을 구축하여 은행과 이용기관을 연결하고, 전자문서 변환 및 통신처리업무를 수행한 대가로 수수료를 수취하였는데, 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 자체적으로 가상계좌서비스를 제공하는 것이 아니라 금융기관이 이용자에게 가상계좌서비스를 제공할 수 있도록 전산망을 연결하고 데이터 송수신을 보조하는 역할을 수행하였다.

＜표3＞ 가상계좌 서비스 거래 흐름 및 청구법인의 역할 구조

(다) 청구법인은 가상계좌서비스뿐 아니라 펌뱅킹 및 간편현금결제 서비스를 제공하였고 이 역시 청구법인이 구축한 전산망을 통하여 데이터를 송수신하도록 하여 관련 데이터가 적시에 안전하게 제공될 수 있도록 하였으므로 이러한 서비스를 정보서비스업으로 판단하고 사업자등록, 법인세 신고 등 세법상 의무를 이행하여 왔으나 처분청은 이를 금융업으로 보아 쟁점사업을 감면대상이 아니라고 판단하여 쟁점감면을 부인하여 법인세를 과세하였다.

＜표4＞ 펌뱅킹 서비스 안내 및 펌뱅킹 VAN업무제휴 계약서 발췌

(라) 한국표준산업분류는 이처럼 ‘유선, 무선 및 기타 전자식 방식에 의하여 모든 종류의 음성, 데이터, 문자, 음향 영상 및 기타정보를 송수신하거나 전달하는 산업활동’을 ‘전기통신업(612)’으로 정의하고 있고, 쟁점사업의 내용을 살펴보면 금융업보다는 ‘전기통신업’의 실질을 갖추고 있다는 점을 알 수 있으며, 전기통신업은 조특법 제7조 제1항 제1호 파목에 규정되어 있는 특별세액감면 업종(전기통신업)에 해당하므로 청구법인의 쟁점사업을 감면대상으로 보아야 한다.

(마) 통상적으로 VAN(Value Added Network. 부가가치통신망)사업자들은 신용카드사와 가맹점, 또는 신용카드사와 PG사의 데이터 통신을 중계하는 역할을 수행하고 있고, 신용카드의 결제가 이뤄지기 위해서는 해당 결제와 관련된 데이터가 카드사에 전달된 후 카드사가 해당 거래를 승인하는 과정이 필요한데 VAN사업자들은 이 과정을 위해서 카드사의 IDC센터(Information Data Center)와 VAN사업자들의 IDC센터를 전용회선으로 연결하여 가맹점을 연결시키는 전산망을 구축하고 이 전산망을 통해 결제 데이터를 카드사에 제공하며, 카드사의 승인에 관한 정보를 다시 사업자들에게 전달해주는 역할을 수행하면서 데이터 중계 서비스에 대한 대가를 수취하고 있는데 이러한 결제정보 중계서비스에 관하여 대법원은 한국표준산업분류상 ‘전기통신업’에 해당한다고 판시(대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결)한바 있다.

청구법인의 쟁점사업은 위 판결의 VAN사업자들이 제공하는 서비스와 다르지 않고, VAN사업자들이 카드사와 연관되어 서비스를 제공하는 반면 청구법인은 주로 은행과 연관되어 서비스를 제공한다는 점에서는 차이가 있지만 ①근본적인 거래의 동기, ②IDC센터에 대한 설비투자방식(은행 혹은 카드사에 대한 전용회선 연결방식), ③데이터 송수신의 구조, ④수수료 수취명목 등을 고려해 볼 때 청구법인은 VAN사업자들과 동일한 사업을 영위하고 있다고 볼 수밖에 없고, 청구법인과 같이 시중은행이 가지고 있는 계좌정보와 관련된 각종 서비스를 보조하고 데이터를 송수신하는 업무는 업계에서 VAN서비스라고 표현하는데 이는 청구법인의 계약서 제목에서도 확인되는바, 청구법인의 쟁점사업은 대내외적으로 VAN사업자의 서비스로 인식되고 있음을 보여준다.

＜표5＞ 청구법인의 쟁점사업과 VAN사업의 구조 비교

(바) 처분청은 쟁점사업이 금융거래와 연관된 서비스라는 점에서 쟁점사업을 단순하게 금융서비스업으로 판단한 것으로 보이나, 한국표준산업분류상 ‘그 외 기타 금융지원 서비스업’으로 분류되기 위해서는 ‘결제 및 이체, 지불’ 서비스를 함께 제공하여야 하고, PG서비스의 경우 결제 및 이체, 지불 서비스를 제공하기 때문에 그 외 기타 금융지원서비스업으로 열거된 것으로 이해할 수 있으나, 쟁점사업의 경우 이용자의 정보를 은행에 전송하고 은행의 승인정보를 다시 이용자에게 전달하는 것이 주된 업무이고, 이러한 역할은 거래정보를 송·수신하는데 그칠 뿐이며, 해당거래에서 최종소비자의 결제 또는 이체나 지불처리를 담당하는 것이 아니므로 PG서비스가 특정한 가맹점에서 고객이 결제할 수 있는 다양한 수단을 제공하고 결제업무를 대행하는 것이라면 쟁점사업은 PG서비스에서 이러한 결제수단이 제공될 수 있도록 은행과 연계시스템을 구축하고, 이에 근거하여 데이터를 송수신하는 것이 주된 역할이므로 쟁점사업은 결제를 대행해주는 것이 목적인 PG서비스와는 근본적으로 다르다 할 것이다.

＜표6＞ PG서비스 거래에서 쟁점사업의 기능

(2) 처분청은 특별감면세액 계산방식에 대한 고려 없이 청구법인이 적용한 감면세액의 전액을 추징하였으므로 이는 타당하지 아니하다.

(가) 특별세액감면의 감면액은 중소기업이 조특법에서 정하는 특별세액감면 대상업종에서 발생하는 소득금액이 있는 경우 감면대상소득에 대하여만 감면율을 적용하여 계산하여야 하고 2018년 이후 이러한 특별세액감면은 OOO원의 한도가 적용되었으므로 청구법인의 경우 일부사업을 감면대상이 아닌 것으로 보아 제외하더라도 실제로 추징세액이 발생하지 않을 수 있음에도 처분청은 이를 고려하지 아니하고 전액 추징하였다.

(나) 처분청은 청구법인의 모든 과세소득을 금융업에서 발생한 소득으로 판단하여 감면세액 전액을 추징하였는데 이는 청구법인의 사업 중 어떤 것이 감면대상에 해당하고 어떤 것이 감면대상에 해당하지 않는지 여부를 판단하지 않았으므로 이 건 처분은 타당하지 아니하다.

(3) 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

(가) 처분청은 쟁점사업의 일부 서비스에 결제대금을 정산해주는 기능이 있다는 이유로 쟁점사업이 ‘기타 금융지원 서비스업’에 해당한다고 판단하였으나, 청구법인 서비스의 본질적인 가치는 소비자와 금융기관 사이에 전용회선을 구축하여 결제 관련 데이터를 송수신하는 것에 있고, 정산기능은 그 중 일부 서비스에 부가되어 함께 제공될 뿐이다. 예컨대, 청구법인은 2001년 8월 OOO은행에 가상계좌서비스를 제공하기 시작하였고 당시 결제대금 정산기능이 없는 서비스였으나, 최근 서비스를 확장하여 정산기능을 부가한 가상계좌서비스를 제공하고 있는데 이 역시 데이터 송수신이라는 기반 없이는 수행될 수 없으므로 이를 ‘통신업’으로 보아야 하며, 또한 처분청은 간편현금결제 서비스를 청구법인이 소비자 계좌에서 인출해서 청구법인 통장으로 수취해두었다가 가맹점에 정산해주는 것으로 이해하고 있으나 이는 사실과 다르고, 청구법인은 은행에 개설된 소비자 계좌에서 대금을 인출할 수 있는 권한이 없기 때문에 가맹점의 입금요청사항을 은행에 전달할 뿐이고 실제 대금을 인출하는 역할은 은행이 수행하고 있다.

(나) PG사는 고객이 인터넷 쇼핑몰 등으로부터 재화나 서비스를 제공받는 과정에서 결제수단과 결제대행용역을 제공하고 고객의 결제대금은 PG사에 예치해두었다가 정산주기에 맞춰 인터넷 쇼핑몰 등에 PG사가 정산해주는 것으로 청구법인이 결제수단을 인터넷 쇼핑몰이나 소비자에게 직접 제공하지 않고 은행과의 계약을 통해 가상계좌라는 결제수단을 생성하고 이를 PG사나 인터넷쇼핑몰이 이용할 수 있도록 중계하는 역할을 수행하는 것으로 이러한 역할은 신용카드 VAN 사업자들이 온라인 거래에서 담당하는 기능과 동일하고, 다만 청구법인과 은행과의 계약 특성상 가상계좌의 모계좌가 청구법인의 소유인 경우 실무적으로 정산주체가 되는 사례가 있을 뿐이므로 이러한 정산기능은 가상계좌 데이터를 중계하는 과정에서 부수적으로 제공되는 것이므로 이는 청구법인의 사업을 구분함에 있어 직접적으로 고려될 사항은 아니라고 보아야 한다.

(다) 만약 결제대금의 정산기능을 기준으로 금융업인지 여부를 판단하여야 한다면 청구법인의 서비스는 ①정산기능이 없는 중계 서비스와 ②정산기능이 포함된 재판매 서비스로 세분화하여 살펴보아야 하는데 가상계좌의 중계 서비스는 입금 거래 건당 가맹점 수수료의 일정 비율을 은행으로부터 수취하는 청구법인의 전형적인 데이터 통신 서비스로 이때 가상계좌는 청구법인의 소유가 아니므로 청구법인이 대금을 수취하여 정산해주는 경우는 없고, 가상계좌서비스 중 일부는 청구법인이 모계좌를 개설하고 가상계좌를 이용기관에게 재판매하는 방식으로 운영하는 경우가 있는데 이 경우 은행과 가맹점간 계약관계는 없고 청구법인의 입장에서는 예수금인 모계좌의 입금액을 가맹점에 정산해주게 되는데 이와 같은 중계/재판매 방식은 청구법인이 구축한 은행 전용회선을 이용하는 펌뱅킹이나 간편현금결제 서비스에서도 동일하게 나타난다. 펌뱅킹서비스는 전용회선을 이용해 입출금과 관련된 정보의 송수신만 중계하고, 간편현금결제 서비스는 펌뱅킹에서 구축된 전산망을 이용하여 청구법인이 결제대금 정산기능을 함께 제공하는 서비스로 이러한 결제대금 정산을 기준으로 청구법인의 서비스를 분리하면 각 사업연도별 매출액과 영업이익은 아래 ＜표7＞과 같이 구분된다.

＜표7＞ 청구법인 중계/재판매 서비스별 매출액 및 영업이익 구분

(라) 처분청은 한국표준산업분류상 생산된 재화 또는 제공된 서비스 중에서 부가가치가 가장 큰 활동이 주된 산업활동이고, 이런 주된 산업활동을 기준으로 산업을 분류하여야 하며, 청구법인의 중계서비스 수입금액이 더 작기 때문에 주된 사업을 금융업이라고 보아야 한다는 의견이나, 청구법인의 영업이익을 보면 중계서비스 부분이 더 크게 나타나고, 이러한 경우 청구법인의 주된 사업은 중계서비스(통신업)로 결정되어야 하며, 청구법인은 은행권 데이터 중계서비스를 모태로 사업을 시작하여 확장해왔고 여전히 중계서비스가 주된 수익원인 점, 실제 금융기관과의 계약에서도 중계와 재판매서비스를 달리 정하고 있는 점 등을 볼 때 이 건 처분은 타당하지 아니하다.

또한 중소기업 특별세액감면 제도는 주된 사업이 무엇인지를 기준으로 적용하는 것이 아니라, 회사가 영위하는 여러 사업 중 감면대상사업의 소득금액 비율만큼 세액감면을 적용(조특법 집행기준 7-0-4 감면세액의 계산방법 참고)하도록 하고 있으므로 청구법인의 중계서비스가 설령 주된 사업이 아니라 할지라도 중계서비스에서 발생한 소득에 대해서는 세액감면을 적용하는 것이 타당하다.

(마) 처분청은 청구법인을 「전기통신사업법」상 부가통신사업자로 분류할 수 있고, 한국표준산업분류(제10차)상 그 외 기타 전기통신업에서 부가통신이 제외되었으므로 청구법인이 부가통신사업자에 해당한다고 하여 쟁점사업을 ‘통신업’으로 볼 수 없으며, 청구법인이 주장하는 대법원 판결은 부가통신이 그 외 전기통신업에 포함되었던 제9차 한국표준산업분류에 관한 판결이므로 이 건과 다르다는 의견이나,

조특법 제2조 제3항은 업종의 분류는 「통계법」 제22조에 따라 한국표준산업분류에 따른다고 명확하게 규정하고 있으므로 과학기술정보통신부의 부가통신사업자 분류체계가 이 건 처분의 직접적인 근거가 될 수 없고, 한국표준산업분류에 따르면 청구법인의 사업은 정보통신업의 해당 요건을 모두 충족하고 있으며, 전기통신업에 대한 한국표준산업분류의 내용을 보면 제10차 개정 이후에도 무선통신업에 대한 한국표준산업분류상 설명은 유의미한 변동 없이 운영되고 있는바 대법원의 VAN사업자에 대한 판단은 청구법인에 그대로 적용할 수 있고, 법원은 「전자금융거래법」상의 정의와 무관하게 한국표준산업분류를 기준으로 업종을 판단하였으며, 이 건 처분에는 정산과 관련 없는 VAN사업자와 같은 매출에 대한 과세도 포함이 되어 있고, 청구법인의 수익은 금융기관이 아닌 정보통신서비스를 제공하는 전자상거래업체 등으로부터 데이터 중계서비스 제공 대가로 수취한 수수료가 대부분을 차지하고 있으며, 금융기관으로부터 수취한 수익은 2021년 전체 수익 OOO원 중 OOO원에 불과(약 15% 미만)하므로 청구법인의 주요사업이 금융지원서비스에 해당하지 않음에도 처분청이 부가통신사업자 분류체계를 근거로 하여 대법원 판결(2021.2.18. 선고 2017두38959 대법원 전원합의체 판결)을 이 건에 적용할 수 없다는 의견은 타당하지 아니하다.

(바) 또한 청구법인은 「중소기업기본법」 제2조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제1호 가목 별표1에 따라 한국표준산업분류에 따른 정보통신업자로서 그 보호·육성의 필요성이 있어 중소벤처기업부장관으로부터 중소기업확인서를 받았고, 이러한 내용은 과학기술정보통신부의 추상적인 분류체계보다 우선적으로 적용되어야 하며, 처분청이 조세수입 확대 등을 목적으로 한국표준산업분류 판단기준과 다르게 청구법인의 주업종을 왜곡하여 조특법상 중소기업특별세액감면을 배제하고 세금을 추징하는 것은 조특법상 세제혜택을 부여하여 중소기업 보호·육성지원이라는 입법취지에 반하고, 중소벤처기업부 등 정부기관간 일관성이 결여된 처분이라 할 것이며, 2014년 당시 청구법인 소재지 관할 서초세무서장으로부터 정기세무조사(2009년 법인통합세무조사)를 받은 결과 쟁점감면에 대한 지적을 받은 바 없고, 청구법인은 쟁점감면에 대한 법적 하자가 없음을 신뢰하고 세액감면을 받아왔으므로 이는 서초세무서의 판단을 신뢰하여 이루어진 행위이므로 이 건 처분은 신뢰보호원칙에도 반한다고 할 것이다.

(사) 처분청은 청구법인의 매출 97%가 금융업이므로 감면대상 세액이 산출되지 않는다는 의견이나, 청구법인의 중계서비스인 통신업의 매출비중은 무시할 수 없는 수준이고, 수익성을 고려한다면 중계서비스는 통신업으로 청구법인의 주된 사업이 되므로 청구법인은 감면대상소득이 존재하고 있음에도 처분청은 과세근거를 충분히 설명하지 아니하고 모두 금융업이라는 간편한 근거만 제시하고 있으므로 감면대상소득을 재산정하여 이 건 처분을 경정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 우리나라 대표 핀테크[Fintech=금융(finance)과 기술(technology)이 결합한 서비스] 기업 중 하나로서 가맹점 및 기업 등을 상대로 간편현금결제, 가상계좌, 펌뱅킹서비스, PG서비스 등을 제공하고 있고, 각 서비스별 청구법인의 역할을 설명하면 아래와 같다.

(가) 간편현금결제서비스

간편현금결제는 소비자의 은행 계좌를 연결해서 바로 결제할 수 있도록 하는 서비스로 소비자가 가맹점에서 물건을 구매하면 청구법인이 소비자 계좌에서 인출해서 청구법인 통장으로 수취한 후 가맹점에 인출되었다고 알려주면 가맹점은 소비자에게 물품을 배송하고 청구법인은 수취한 물품대금을 약정된 시기(D+1 등)에 가맹점에 보내는 서비스로 청구법인은 2015년 4월 은행 펌뱅킹 기반의 실시간 출금이체 서비스를 활용한 ‘간편현금결제서비스’를 업계 최초로 도입하여 신용카드 및 휴대폰 결제 등 타 결제수단 대비 저렴한 결제수수료와 빠른 정산주기를 장점으로 하여 현재 시장 1위를 차지하게 되었고,

청구법인은 사용기관과 간편현금결제서비스 용역위탁 계약을 체결하고 간편현금결제 서비스 시스템 운영, 정산 지급대행, 금융사 및 대외기관, 사용자 민원 대응(24시간 운영), 이상 거래 모니터링을 통한 위험 관리, 사고거래 발생에 대한 손해배상, 가맹점 및 금융사 프로모션 운영 및 지원 등의 서비스를 제공한 대가로 가맹점으로부터 결제 건당 약 OOO원∼OOO원(은행수수료와 가맹점수수료)을 지급받고 이 중 약 60%를 은행에 수수료로 지급하고 있다.

(나) 가상계좌서비스

청구법인은 국내에서 유일하게 대형은행의 가상계좌시스템을 직접 운영하고 있는 핀테크 업체로 가상계좌 시장 점유율 1위를 차지하고 있고, 이는 정부기관, 기업 및 온라인쇼핑몰 등에서 신용카드를 사용하지 않고 무통장 입금 처리하는 고객을 위해 사용하고 있는데 가상계좌 정보를 이용하면 입금과 동시에 별도의 개인정보 입력 없이 100% 입금자를 확인할 수 있으며, 일반 사용자는 은행창구, 인터넷, 텔레뱅킹 등 다양한 입금 방식을 이용할 수 있고, 실시간 문자 송수신, 수취 조회 대행, 거래중계(입금통보) 등 다양한 서비스 방식을 선택할 수 있으며, 청구법인이 가상계좌서비스로 G-뱅킹 서비스(과태료, 지방세를 가상계좌와 연계), 국고수납연계 가상계좌서비스, 수납대행 서비스(기업의 자체시스템이 없는 경우 청구법인의 프로그램을 활용하여 수납대행), KYC 가상계좌 서비스(가상화폐 거래를 위해 고객의 실계좌를 등록하는 경우 가상계좌를 할당하여 등록된 실명계좌로 입/출금이 가능하도록 구현한 실명확인 가상계좌서비스)등을 제공하고 있고, 이에 대한 청구법인의 판매전략은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 청구법인의 가상계좌서비스 판매전략

(다) 펌뱅킹서비스

펌뱅킹서비스는 일반 기업뿐만 아니라 카드사, 보험사, 캐피탈사, 온라인 쇼핑몰 등 대량 지급거래가 발생하는 기업에서 필요로 하는 전자금융서비스로 일반 기업의 급여 대량 이체, 물품 및 서비스 대금 지급, 각종 경비 지급, 환불 대금 지급 등에 활용 가능하고, 1년 365일 원하는 시간에 실시간으로 고객 등의 계좌로 입금 처리되는 장점이 있으며, 이 사업에 대한 청구법인의 판매전략은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 청구법인의 펌뱅킹서비스 판매전략

(라) PG서비스

PG서비스는 인터넷 상에서 소비자가 상품과 서비스를 구매하고 이에 대한 대금을 신용카드 및 기타 결제수단을 이용하여 안전하고 편리하게 결제할 수 있도록 지원하는 전자지불서비스를 의미하고, 청구법인의 PG서비스는 인터넷 상에서 상품과 서비스를 구매하고 이에 대한 대금을 신용카드 및 기타 결제수단을 이용하여 안전하고 편리하게 결제할 수 있도록 지원하는 전자지불서비스로 신용카드, 실시간계좌이체, 가상계좌, 휴대폰 결제, 상품권 결제 등을 지원하고 있으며, 이는 청구법인 또한 ‘금융 및 보험업’으로 인정하고 있다.

(마) 기타 서비스

위 4가지 주요 서비스는 청구법인 매출의 대부분인 97%를 차지하고 있고, 그 외 휴대폰 소액결제, 010내통장결제(휴대폰 번호 입력 후 비밀번호 인증만으로 통장결제가 가능하도록 하는 서비스), 010가상계좌(휴대폰 번호를 가상계좌로 사용할 수 있는 서비스) 등의 서비스를 제공하고 있다.

(2) 청구법인의 사업은 한국표준산업분류 상 ‘금융 및 보험업’의 하위 분류인 ‘그 외 기타 금융지원 서비스업’에 해당한다.

(가) 조특법 제2조 제3항에서는 “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다”고 규정하고 있고, 청구법인이 주장하는 ‘전기통신업’과 처분청 의견인 ‘그 외 기타금융지원 서비스업’의 한국표준산업분류 정의는 아래 ＜표10＞과 같으며, 「전기통신사업법」제2조의 전기통신과 관련된 용어의 정의는 아래 ＜표11＞과 같고,

청구법인의 경우 부가통신사업자로 분류할 수 있는데 부가통신사업자는 인터넷 통신망이나 전화망을 활용해 사업을 하는 자를 말하는 것으로 여기에는 인터넷포털, 온라인쇼핑몰, 게임회사, SNS사업자, C뱅크 등 인터넷은행, OOO마켓, 카드사, 가상자산 거래소가 모두 포함될 정도로 그 범위가 매우 넓다.

＜표10＞ 한국표준산업분류상 정의

＜표11＞ 「전기통신사업법」상 정의

(나) 청구법인은 간편현금결제, 가상계좌 서비스 등을 위한 플랫폼을 구축하여 해당 시스템을 통하여 결제가 가능하도록 하게 하고 이후 가맹점에게 결제금액을 정산해 주고 수수료를 수취하는 것이 주된 산업활동으로, 이는 금융업과 밀접히 관련된 서비스로서 금융거래의 결제 및 처리(이체, 지불 등)에 해당하고, 청구법인이 주장하는 통신망을 이용하여 데이터를 송수신하는 업무는 당해 금융거래 결제 및 처리를 위한 수단일 뿐 부차적 산업활동에 불과한바 이를 주된 사업활동이라 보기 어려우므로 쟁점사업을 ‘전기통신업’에 해당한다고 할 수 없다.

또한 산업활동이 결합되어 있는 경우는 그 활동단위의 주된 활동, 즉 산출물에 대한 부가가치가 가장 큰 활동을 기준으로 판단하여야 하는데 청구법인의 경우 금융거래 결제가 가능한 서비스를 제공하는 것이 주된 활동이고, 청구법인의 연구개발조직인 기술연구소도 다양한 결제서비스를 개발, 운영하는 것이 주된 업무이며, 청구법인 스스로도 청구법인에 대한 소개에서 금융서비스를 제공하고 있음을 표방하고 있는바,

청구법인은 ‘금융 및 보험업’에 포함되는 ‘그 외 기타 금융지원서비스업’에 해당하고, 현재 산업활동에 있어 인터넷 등 통신망 활용은 필수적이라 할 수 있으며, 그 분야가 매우 다양하게 발달되어 있으므로 통신망을 활용한 사업이더라도 그 주된 사업목적, 내용 등을 보고 업종을 판단해야지 통신망을 이용하여 데이터를 송수신한다 하여 모두 ‘전기통신업’으로 분류하기는 어렵다할 것이다.

＜표12＞ 청구법인이 제공하는 서비스에 대한 소개자료

(다) 청구법인은 대법원이 신용카드 VAN사업자들의 서비스에 대하여 ‘통신업’에 해당한다고 판시한 것을 사유로 청구법인 또한 ‘통신업’으로 보아야 한다고 주장하나,

신용카드 VAN사업자는 가맹점에 설치한 통신기기인 단말기와 금융기관 사이에 구축한 유무선통신망을 통해 가맹점의 신용카드 결제정보를 금융기관에 전송하고 금융기관으로부터 승인정보 등을 받아 가맹점에 전달하는 것을 주된 사업으로 영위하고 있어 카드거래승인 중계 서비스의 경우 가맹점에서 카드 거래가 발생하여 거래정보가 VAN사업자에게 전송되면, VAN사는 거래정보를 전송하고, 신용카드사가 VAN사로 거래결과(승인 또는 거절)를 전송하면 VAN사는 그 결과를 다시 가맹점으로 전송하게 되는데, VAN사는 위와 같은 카드거래승인 중계서비스를 제공한 결과로 신용카드사로부터 수취하는 수수료가 주 매출에 해당한다.

그러나 청구법인은 신용카드 VAN사업자처럼 단말기를 설치하고 단말기를 통하여 거래정보만을 중계(송수신)하는 것이 아닌 간편현금결제 등의 결제 플랫폼을 제공하여 결제가 이루어지게 하면서 그 결제자금을 정산하여 주고 그에 따른 수수료를 가맹점으로부터 수취하는 것이 주된 사업으로서 이는 신용카드 VAN사업자의 업무와는 명백하게 다르므로 VAN사업자와 동일한 업종으로 분류할 수 없다.

(3) 청구법인이 제공하는 서비스는 모두 ‘금융 및 보험업’에 해당하므로 감면대상 세액이 산출되지 아니한다.

청구법인은 청구법인의 사업 중 일부라도 감면대상이 존재한다면 반드시 감면세액이 발생하므로 감면대상사업에 해당하는 소득금액에 대하여 감면을 적용해야한다고 주장하나,

중소기업특별세액 감면 적용시 여러 업종을 겸업하는 사업자의 경우 소득금액을 구분경리하여 감면대상사업의 소득금액에 대하여만 감면세액을 계산하도록 하고 있고, 청구법인의 매출의 대부분(97%)을 차지하는 간편현금결제, 가상계좌, PG서비스, 펌뱅킹 서비스 뿐만 아니라 기타 사업인 휴대폰소액결제, 010내통장서비스 등은 모두 ‘금융 및 보험업’의 하위분류인 ‘그 외 기타 금융지원서비스업’에 해당하며, ‘금융 및 보험업’은 쟁점감면 적용대상에 해당하지 아니하므로 청구주장을 인정하기 어렵다.

(4) 청구법인의 주장은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

(가) 청구법인이 주장하는 대법원 2017두38959 전원합의체 판결은 2005년부터 2010년을 과세기간으로 한 판결로 당시 한국표준산업분류는 현재 적용되는 제10차 개정 이전인 제9차가 적용되던 시기로, 현재 적용되는 한국표준산업분류에 의하면 제9차 개정에는 부가통신이 그 외 기타 전기통신업에 해당하였지만, 제10차 개정시에는 부가통신이 ‘그 외 기타 전기통신업’에서 제외되었으며, 이는 2018.12.24. 개정되어 신설된 전기통신사업법 제34조의2에 따라 부가통신사업자의 정의와 부가통신사업 분류체계[인터넷기반서비스(대분류) - 플랫폼인프라(중분류) - 전자결재(소분류)]상 금융대행(VAN, PG), 전자지불(전자결제, 클라우드펀딩), 전자문서(문서교환, 문서보안, 정보인증 등)로 볼 때 부가통신사업자는 다양한 업종을 포함하고 있고, 청구법인이 부가통신사업자에 해당한다고 해서 쟁점사업을 ‘통신업’에 해당한다고 볼 수 없으며, 실제 청구법인이 제공하는 서비스의 본질에 따라 업종을 분류하여야 하므로 쟁점사업이 통신업에 해당한다는 주장은 타당하지 아니하다.

(나) 「전자금융거래법」 제2조는 전자지급결제대행에 대한 정의를 규정하고 있고, 제28조 제2항은 전자자금이체업무, 전자지급결제대행에 관한 업무 등을 하고자 하는 자는 금융위원회에 등록하도록 하고 있으나 제3항 제2호에서 자금이동에 직접 관여하지 아니하고 전자지급거래의 전자적 처리를 위한 정보만을 전달하는 업무 등 대통령령이 정하는 전자지급결제대행에 관한 업무를 수행하는 자는 금융위원회에 등록하지 않고 업무를 수행할 수 있다고 하면서 같은 법 시행령 제15조 제7항은 전자지급결제대행에 관한 업무에 대하여 전자금융거래와 관련된 자금을 수수하거나 수수를 대행하지 아니하고 전자지급거래에 관한 정보만을 단순히 전달하는 업무를 말한다고 규정하고 있다. 이는 전자지급결제대행 업무를 자금을 수수하거나 자금정산을 대행하지 않고 결제정보를 단순히 송수신하는 업무도 포함하는 것으로 반드시 대가의 정산 절차가 있어야 전자지급결제대행업으로 보는 것이 아님을 알 수 있고, 청구법인은 대금정산기능없이 결제정보의 송수신만 중계하므로 이는 통신업이라고 주장하나, 이는 「전자금융거래법」상 전자지급결제대행에 관한 업무에 해당하므로 이는 한국표준산업분류상 금융 및 보험업의 하위분류인 ‘그 외 기타 금융지원서비스업’에 해당하며, 청구법인의 홈페이지 이용약관을 보면 제1조(목적)에 ‘청구법인에서 제공하는 전자금융서비스를 이용함에 있어 회원과 회사간의 권리, 의무 및 책임사항 등 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 한다’고 기재되어 있어 쟁점사업이 금융지원서비스업에 해당한다는 것을 알 수 있다.

(다) 조특법 시행령 제2조 제3항은 중소기업 여부를 판단하고자 할 때 2이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 영업이익이 아닌 ‘사업별 사업수입금액’이 큰 사업을 주된 사업으로 보도록 하고 있는바, 청구법인이 중계와 재판매 2개 업종을 영위한다고 하더라도 중계 수입금액보다 재판매 등 수입금액이 더 크므로 청구법인의 주된 사업은 금융업에 해당한다고 보아야 할 것이다.

(라) 쟁점사업의 업종은 ‘금융 및 보험업’에 해당하고, 금융 및 보험업은 「중소기업기본법 시행령」 별표3에 따라 소기업 기준 매출액 OOO원을 초과하므로 청구법인은 중기업에 해당하며, 수도권에 소재한 중기업이 쟁점감면을 적용받기 위해서는 조특법 시행령 제6조 제6항에서 정한 지식기반산업을 영위하는 경우에 적용가능하나, 청구법인은 금융 및 보험업, 도소매업 등을 영위하고 있고, 이는 지식기반산업에 해당하지 않으므로 청구법인은 쟁점감면을 적용받을 수 없다.

(마) 청구법인은 중소벤처기업부장관이 발급하는 중소기업확인서상 주업종을 정보통신업으로 하여 발급받았으므로 쟁점사업이 통신업에 해당한다고 주장하나, 중소기업확인서 발급을 위한 제출서류를 보면 업종판단을 위한 구체적인 자료 제출을 요구하지 않고 있고, 중소벤처기업부는 업종 타당성에 대해서는 검증하지 않고 있으며, 중소기업현황정보시스템에는 주업종 판단방법에 대하여 법인세 또는 소득세 신고항목 중 하나인 조정후 수입금액명세서상 기준경비율 코드에 적합한 업종으로 판단한다고 기재되어 있어 중소벤처기업부에서 주업종을 별도로 판단하는 것이 아님을 알 수 있으므로 중소기업확인서상 주업종이 정보통신업이라고 기재되어 있다하여 청구법인이 영위하는 업종을 정보통신업으로 볼 수는 없다.

(바) 과학기술정보통신부는 부가통신사업자에 대하여 부가통신사업자가 부가통신을 이용하여 제공하는 서비스의 본질에 따라 부가통신사업자를 분류하고 있고, 제10차 한국표준산업분류에서는 제9차 한국표준산업분류에 있던 전기통신업에서 부가통신이 삭제되어 각종 금융거래 결제 및 처리(이체, 지불) 등 금융업과 밀접히 관련된 서비스를 제공하는 산업활동을 금융 및 보험업 중 그 외 기타 금융지원서비스업으로 분류하였으므로 이에 처분청은 쟁점사업을 ‘금융 및 보험업’에 해당한다고 보았는바, 이러한 금융 및 보험업은 감면을 적용하면서까지 정책적으로 보호·육성할 필요성이 적기 때문에 감면대상 업종에서 제외하고 있는 것이므로 청구법인이 신고한 쟁점감면을 부인하여 법인세를 경정한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 제공하는 간편결제, 가상계좌 서비스 등은 한국표준산업분류상 전기통신업에 해당하므로 조특법상 특별세액감면 적용대상이라는 청구주장의 당부

② 이 건 과세처분이 신의성실 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정된 것)

제2조(정의) ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

가. 작물재배업

나. 축산업

다. 어업

라. 광업

마. 제조업

바. 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업

사. 건설업

아. 도매 및 소매업

자. 운수업 중 여객운송업

차. 출판업

카. 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)

타. 방송업

파. 전기통신업

하. 컴퓨터프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

거. 정보서비스업(블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업은 제외한다)

너. 연구개발업

더. 광고업

러. 그 밖의 과학기술서비스업

머. 포장 및 충전업

버. 전문디자인업

서. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

어. 대통령령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업(受託生産業)

저. 엔지니어링사업

처. 물류산업

커. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한정한다)

터. 대통령령으로 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업

퍼. 「해운법」에 따른 선박관리업

허. 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업[의원ㆍ치과의원 및 한의원은 해당 과세연도의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 「국민건강보험법」 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상으로서 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에 한정한다. 이하 이 조에서 "의료업"이라 한다]

고. 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업은 제외한다)

노. 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업

도. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업

로. 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다)

모. 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업

보. 「에너지이용 합리화법」 제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업

소. 「노인장기요양보험법」 제31조에 따른 장기요양기관 중 재가급여를 제공하는 장기요양기관을 운영하는 사업

오. 건물 및 산업설비 청소업

조. 경비 및 경호 서비스업

초. 시장조사 및 여론조사업

코. 사회복지 서비스업

토. 무형재산권 임대업(「지식재산 기본법」 제3조 제1호에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다)

포. 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제2조 제4호 나목에 따른 연구개발지원업

호. 개인 간병 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관ㆍ사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)

구. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 주택임대관리업

누. 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 신ㆍ재생에너지 발전사업

두. 보안시스템 서비스업

루. 임업

무. 통관 대리 및 관련 서비스업

부. 자동차 임대업(「여객자동차 운수사업법」 제31조 제1항에 따른 자동차대여사업자로서 같은 법 제28조에 따라 등록한 자동차 중 100분의 50 이상을 「환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 전기자동차 또는 같은 조 제6호에 따른 수소전기자동차로 보유한 경우로 한정한다)

2. 감면 비율. 다만, 제1호 무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다.

가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10

나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10

바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15

3. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우: 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)

나. 그 밖의 경우: 1억원

※ 조특법은 2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되면서 제7조 제3호(감면한도)가 신설

(2) 조세특례제한법 시행령

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑥ 법 제7조 제1항 제2호 마목에서 "대통령령으로 정하는 지식기반산업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

1. 엔지니어링사업

2. 전기통신업

3. 연구개발업

4. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

5. 영화ㆍ비디오물 및 방송프로그램 제작업

6. 전문디자인업

7. 오디오물 출판 및 원판 녹음업

8. 광고업 중 광고물 문안, 도안 및 설계 등 작성업

9. 소프트웨어 개발 및 공급업

10. 방송업

11. 정보서비스업

12. 서적, 잡지 및 기타 인쇄물출판업

13. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

14. 보안시스템 서비스업

(3) 중소기업기본법(2024.2.20. 법률 제20344호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입·통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

(4) 중소기업기본법 시행령

제3조(중소기업의 범위) ① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

제10조(확인 방법 등) ① 중소벤처기업부장관은 중소기업 해당 여부를 확인하기 위하여 필요하다고 인정하면 그 확인에 관한 사항을 따로 정하여 고시할 수 있다.

(5) 전기통신사업법

제34조의2(부가통신사업 실태조사) ① 과학기술정보통신부장관은 부가통신사업의 현황 파악을 위하여 실태조사를 실시할 수 있다.

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따른 실태조사를 위하여 부가통신사업자에게 필요한 자료의 제출을 요청할 수 있다. 이 경우 요청을 받은 자는 정당한 사유가 없으면 그 요청에 따라야 한다.

③ 제1항에 따른 실태조사를 위한 조사 대상, 조사 내용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 전자금융거래법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "전자금융거래"라 함은 금융회사 또는 전자금융업자가 전자적 장치를 통하여 금융상품 및 서비스를 제공(이하 "전자금융업무"라 한다)하고, 이용자가 금융회사 또는 전자금융업자의 종사자와 직접 대면하거나 의사소통을 하지 아니하고 자동화된 방식으로 이를 이용하는 거래를 말한다.

2. "전자지급거래"라 함은 자금을 주는 자(이하 "지급인"이라 한다)가 금융회사 또는 전자금융업자로 하여금 전자지급수단을 이용하여 자금을 받는 자(이하 "수취인"이라 한다)에게 자금을 이동하게 하는 전자금융거래를 말한다.

4. "전자금융업자"라 함은 제28조의 규정에 따라 허가를 받거나 등록을 한 자(금융회사는 제외한다)를 말한다.

5. "전자금융보조업자"라 함은 금융회사 또는 전자금융업자를 위하여 전자금융거래를 보조하거나 그 일부를 대행하는 업무를 행하는 자 또는 결제중계시스템의 운영자로서 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」제3조에 따른 금융위원회(이하 "금융위원회"라 한다)가 정하는 자를 말한다.

6. "결제중계시스템"이라 함은 금융회사와 전자금융업자 사이에 전자금융거래정보를 전달하여 자금정산 및 결제에 관한 업무를 수행하는 금융정보처리운영체계를 말한다.

7. "이용자"라 함은 전자금융거래를 위하여 금융회사 또는 전자금융업자와 체결한 계약(이하 "전자금융거래계약"이라 한다)에 따라 전자금융거래를 이용하는 자를 말한다.

8. "전자적 장치"라 함은 전자금융거래정보를 전자적 방법으로 전송하거나 처리하는데 이용되는 장치로서 현금자동지급기, 자동입출금기, 지급용단말기, 컴퓨터, 전화기 그 밖에 전자적 방법으로 정보를 전송하거나 처리하는 장치를 말한다.

11. "전자지급수단"이라 함은 전자자금이체, 직불전자지급수단, 선불전자지급수단, 전자화폐, 신용카드, 전자채권 그 밖에 전자적 방법에 따른 지급수단을 말한다.

12. "전자자금이체"라 함은 지급인과 수취인 사이에 자금을 지급할 목적으로 금융회사 또는 전자금융업자에 개설된 계좌(금융회사에 연결된 계좌에 한한다. 이하 같다)에서 다른 계좌로 전자적 장치에 의하여 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 방법으로 자금을 이체하는 것을 말한다.

가. 금융회사 또는 전자금융업자에 대한 지급인의 지급지시

19. "전자지급결제대행"이라 함은 전자적 방법으로 재화의 구입 또는 용역의 이용에 있어서 지급결제정보를 송신하거나 수신하는 것 또는 그 대가의 정산을 대행하거나 매개하는 것을 말한다.

제28조(전자금융업의 허가와 등록) ② 다음 각 호의 업무를 행하고자 하는 자는 금융위원회에 등록하여야 한다. 다만, 「은행법」에 따른 은행 그 밖에 대통령령이 정하는 금융회사는 그러하지 아니하다.

1. 전자자금이체업무

2. 직불전자지급수단의 발행 및 관리

3. 선불전자지급수단의 발행 및 관리

4. 전자지급결제대행에 관한 업무

5. 그 밖에 대통령령이 정하는 전자금융업무

③ 제2항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 금융위원회에 등록하지 아니하고 같은 항 각 호의 업무를 행할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나의 경우에 해당하는 선불전자지급수단을 발행하는 자

가. 특정한 건물 안의 가맹점 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 가맹점에서만 사용되는 경우

나. 총발행잔액이 대통령령이 정하는 금액 이하인 경우

다. 이용자가 미리 직접 대가를 지불하지 아니한 선불전자지급수단으로서 이용자에게 저장된 금전적 가치에 대한 책임을 이행하기 위하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 상환보증보험 등에 가입한 경우

2. 자금이동에 직접 관여하지 아니하고 전자지급거래의 전자적 처리를 위한 정보만을 전달하는 업무 등 대통령령이 정하는 전자지급결제대행에 관한 업무를 수행하는 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 현황은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 OOO관련 소프트웨어 개발 및 서비스업 등을 목적으로 A 주식회사라는 상호로 설립되었고, 2007.2.9. 전자지불시스템개발, 공급, 자문, 대행업, 결제대금예치업, 전자고지 수납업을, 2018.3.22. 선불전자지급수단 발행 및 관리업을, 2019.3.29. 금융부가통신업, 전자지급결제대행업, 직불전자지급수단발행 및 관리업, 금융공동망의 구축, 운영업, 신용카드, 직불, 선불 카드망을 이용하여 결제정보를 중계하는 부가통신 및 관련 부대업 등을 2021.3.29. 전자금융업, 전자화폐제작 및 판매업, 신용카드거래 승인업 중계 및 대행서비스 사업 등을 목적에 추가하였으며, 2022.6.29. 현재의 상호(주식회사 B)로 변경한 중기업에 해당하는 법인으로 사업자등록시 서비스/정보서비스업으로 등록하였다.

(나) 중소벤처기업부장관이 2017.5.29. 청구법인에 발행한 중소기업(중기업)확인서에 의하면 주업종은 정보통신업(J)로 기재되어 있고, 유효기간은 2017.4.1.∼2018.3.31.까지이며, 2021.4.8. 발행한 중소기업(중기업)확인서에 의하면 주업종은 기재되어 있지 아니하고, 유효기간은 2021.4.1.∼2022.3.31.까지로 나타난다.

(2) 청구법인의 거래처 등과의 업무제휴계약서는 아래와 같다.

(가) 청구법인(을)은 2001년 11월 OOO(갑)와 가상계좌서비스 업무제휴계약을 체결하였고, 업무제휴계약서의 주요 내용은 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ 가상계좌서비스 업무제휴 계약서(일부 발췌)

(나) 청구법인(A)은 2016년 1월 ㈜C(C)와 펌뱅킹 VAN업무제휴계약을 체결하였고, 업무제휴계약서의 주요내용은 아래 ＜표14＞와 같다.

＜표14＞ 펌뱅킹 VAN업무제휴 계약서(일부발췌)

(3) 금융감독원 전자공시시스템(dart.fss.or.kr)상 청구법인 설명내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 가상계좌 중계 서비스를 기반으로 출범하여 20여년간 안정적인 금융서비스를 제공해 왔고, 빠르게 변화하는 핀테크 시장에 대응하여 가상계좌서비스, 간편현금결제서비스, 펌뱅킹서비스, PG서비스, 휴대폰결제서비스, 지자체 특화서비스 등 통합 전자금융서비스를 제공하고 있으며, 보안, 편의성, 효율성을 검증받아 대형 제휴사를 대상으로 결제서비스/플랫폼을 아래 ＜표15＞와 같이 제공하고 있다.

＜표15＞ 청구법인의 사업부분별 설명내용

(나) 청구법인은 서비스를 제공하고 업체로 상품, 원재료 등의 매입이 없어 은행에 지급하는 수수료 원가가 매입의 대부분을 차지하고 있고, 매출은 기타사업을 제외하고는 모두 수수료 매출이며, 청구법인의 사업별 판매경로는 아래 ＜표16＞과 같다.

＜표16＞ 청구법인의 사업별 판매경로

(4) 통계청고시 한국표준산업분류 개정 등 내용은 아래와 같다.

(가) 통계청장은 2007년 통계청 고시 제2007-53호로 9차 개정한 바 있는 한국표준산업분류를 「통계법」 제22조에 근거하여 전면 개정하고 통계청 고시 제2017-13호(2017.1.13.)로 개정.고시하여 2017.7.1. 위 ＜표10＞과 같이 시행하였다.

(나) 한국표준산업분류 제10차 개정 고시자료에 의하면 J.정보통신업에 대하여 정보 및 문화상품을 생산하거나 공급하는 산업활동; 정보 및 문화상품을 전송하거나 공급하는 수단을 제공하는 산업활동, 통신서비스 활동. 정보기술, 자료처리 및 기타 정보서비스를 제공하는 산업활동을 말한다. 여기에는 출판, 소프트웨어 제작, 영상 및 오디오 기록활동, 라디오 및 텔레비전 방송, 프로그램 공급, 전기통신, 정보기술 및 기타 정보서비스 활동이 포함되고,

라. 통신업은 유선, 무선 및 기타 전자적 방법에 의하여 음성, 자료, 문자, 영상 등의 각종 정보를 송.수신하거나 전달하는 통신서비스를 제공하는 산업활동을 말하며, 바. 정보서비스업은 정보처리, 호스팅 서비스 및 온라인 정보제공 서비스를 제공하는 산업활동이 포함되며, 타산업과 관계에 대하여 온라인 방법을 통하여 특정한 산업활동을 수행하는 경우는 해당 산업의 특성에 따라 분류한다고 하면서 온라인 증권 중개(66121), 온라인 부동산 중개(68221), 온라인 인력 알선(75110) 등을 들고 있다.

(5) 대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 내용과 VAN서비스 사업에 대한 우리 원의 결정은 아래와 같다.

(가) 대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결에 의하면 대법원은 D(주)의 2005사업연도부터 2010사업연도까지 각 법인세 중 감가상각비 손금불산입 관련 법인세(가산세 포함) 부분에 관하여 아래와 같이 판단하였다.

＜표17＞ 대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 일부

(나) 당초 처분청은 D(주)의 VAN서비스 사업에 대하여 2000년(제8차) 및 2008년 개정(제9차)된 한국표준산업분류상 통신업으로 적용하여 처분하였고, D(주)이 VAN서비스 사업이 정보서비스업에 해당한다고 주장하며 심판청구를 제기한 건에 대하여,

우리 원(조심 2014서1239, 2015.5.1.)은 청구법인이 통신업으로 사업자등록을 한 점, 통계청장이 한국표준산업분류는 생산단위가 수행하고 있는 산업활동을 산출물의 특성, 투입물의 특성, 생산활동의 일반적인 결합형태를 기준으로 유사성에 따라 유형화한 것으로 이를 개별 생산단위에 적용시 생산단위는 그 주된 산업활동에 따라 분류되고, 이 건 관련 질의의 경우 사업체가 수행하는 주된 경제활동을 파악하는데 필요한 정보가 불충분하여 사업체의 주된 활동을 파악할 수 없다는 취지로 답변하여 청구법인의 사업을 정보서비스업으로 분류한 것으로 보기 어려운 점, 밴(VAN : Value Added Network. 부가가치통신망)의 용어정의에 비추어 네트워크통신망을 이용하여 신용카드 조회서비스를 제공하는 청구법인의 사업이 부가통신사업(통신업)으로 보인다고 보아 기각결정을 하였다.

(6) 청구법인은 2025.2.27. 심판관회의에 출석하여 청구법인의 회계처리자료 및 서비스별 매출유형 구분설명자료 및 이러한 서비스별로 수입과 비용을 구분경리해 왔고, 가상계좌서비스와 펌뱅킹 서비스 간편결제서비스에 대하여 전용망을 구축하고 해당 회선을 사용하여 DATA전송을 하고 대금입금과 관련이 없다는 자료를 제시하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 조특법 제2조 제3항에서는 “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다”고 규정하고 있고, 조특법 제7조는 감면 업종을 경영하는 기업에 대하여 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 감면비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면하도록 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점사업은 자기가 구축한 전산망을 통하여 데이터를 송수신을 보조하여 관련 데이터가 적시에 제공될 수 있도록 서비스를 하는 전기통신업에 해당하여 이는 쟁점감면 대상에 해당한다고 주장한다.

(다) 청구법인의 상호를 보면 A㈜, ㈜B 등 금융관련 용어를 사용하고 있고, 법인등기사항전부증명서상 사업목적을 보면 금융과 관련된 사업목적이 다수인 것으로 나타나며, 전자공시시스템에 금융서비스를 제공한다고 청구법인을 소개하고 있는 점,

청구법인이 간편현금결제, 가상계좌 서비스 등을 위한 플랫폼을 구축하여 해당 시스템을 통하여 결제를 가능케 하고, 이후 가맹점에게 결제금액을 정산해 주고 수수료를 수취하는 것이 청구법인의 주된 산업활동이며, 통신을 이용한 데이터 송수신 업무는 부차적으로 보이므로 쟁점사업은 금융업과 밀접히 관련된 서비스로 금융거래의 결제 및 처리에 해당하여 그 외 기타 금융지원서비스업으로 보는 것이 타당해 보이는 점(조심 2021서2151, 2021.6.22. 같은 뜻임),

또한 VAN사업자는 단말기 설치 후 거래정보만 송·수신하나, 청구법인은 결제플랫폼을 제공하여 결제가 이루어지게 하면서 자금을 정산해주기도 하고 있으므로 쟁점사업과 차이가 있어 보이는 점,

「전자금융거래법」제2조 제19호는 전자지급결제대행업무에 대하여 결제정보를 단순히 송수신하는 업무도 포함하는 것으로 규정하고 있고, 제10차 한국표준산업분류 개정 고시자료에 의하면 J.정보통신업은 타산업과 관계 판단 시 온라인 방법을 통하여 특정한 산업활동을 수행하는 경우는 해당 산업의 특성에 따라 분류한다고 하면서 온라인 증권 중개, 온라인 부동산 중개, 온라인 인력 알선 등을 들고 있어 쟁점사업 역시 사업의 특성에 따라 그 외 기타 금융지원서비스업으로 분류하는 것이 타당해 보이며,

한국표준산업분류상 그 외 기타 금융지원서비스업에 대하여 각종 금융거래 결제 및 처리서비스 … 등 금융업과 밀접히 관련된 서비스를 제공하는 산업활동으로 설명하고 있고, 그 예시로 전자지급결제 대행서비스(PG) 뿐만 아니라 금융거래 결제 및 처리(이체, 지불 등)도 함께 열거하고 있어, 금융거래의 처리 역시 그 외 기타 금융지원서비스업 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 제공하는 서비스에 대하여 쟁점감면 대상이 아니라고 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(8) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 2014년 당시 관할 서초세무서장으로부터 정기세무조사(2009년 법인통합세무조사)를 받은 결과 쟁점감면에 대한 지적을 받은 바 없고, 청구법인은 쟁점감면에 대한 법적 하자가 없음을 신뢰하고 세액감면을 받아왔으므로 이는 서초세무서장의 판단을 신뢰하여 이루어진 행위이므로 이 건 처분은 신뢰보호원칙에도 반한다고 주장하나, 과거 세무조사 당시 지적된 사실이 없다는 사유만으로 곧바로 신의칙 위반이 성립된다고 볼 수 없고, 청구주장은 뒷받침할 수 있는 구체적이고 충분한 증빙의 제시도 부족하므로 이 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.