이유
1. 처분개요

가. 청구인 A과 청구인 B(청구인 A과 함께 이하 “청구인들”이라 한다)은 1989.12.29. 증여로 취득한 서울특별시 강남구 OOO 답 1,249㎡ 토지(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 공동 소유(지분 각 2분의 1)하던 중 2018.10.22. E공사와 ‘대토보상 신청토지 협의취득용 용지매매계약서’를 작성하면서 OOO원(각 OOO원) 상당의 대토보상권(수서역세권 공공주택지구에 조성되는 업무시설용지를 지급받을 권리로서, 이하 “쟁점권리”라고 한다)을 받는 것으로 하여, 쟁점토지를 양도(협의수용)하였다.

나. 같은 날, 청구인들은 D 유한회사에게 쟁점권리를 양도하고 OOO원(각 OOO원)을 받기로 하는 ‘수서역세권 공공주택지구 대토보상 개발사업 약정서’를 작성한 후 해당 금원을 수령하였다.

다. 이에 청구인들은 2018.12.3. 각 쟁점토지 지분(1/2)의 양도에 대하여 양도가액을 OOO원으로 하여 청구인 A은 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을, 청구인 B은 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고.납부하고, 각 쟁점권리 지분(1/2)의 양도에 대하여 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 청구인들은 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고.납부하였다.

＜표1＞ 청구인들의 양도소득세 신고 내역

(단위 : 원)

OOO

라. 청구인들은 2024.5.28. 쟁점토지 양도와 쟁점권리 양도를 하나의 거래로 보아 쟁점권리의 양도차익은 없는 것으로 하여 2018년 귀속 양도소득세(청구인 A은 OOO원, 청구인 B은 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청 강동세무서장은 2024.7.10. 청구인 A에게, 처분청 반포세무서장은 2024.8.5. 청구인 B에게 이를 각각 거부하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2024.9.30. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점토지의 양도대가는 금전으로 받은 것이 아니라 쟁점권리로 받았고, 쟁점권리를 취득한 날 바로 양도하였으므로 쟁점권리의 시가 OOO원(각 OOO원)이 쟁점토지의 양도가액이 되는 것이다.

청구인들은 2018.9.14. E공사로부터 쟁점토지가 ‘수서역세권 공공주택지구’로 편입되어 쟁점토지에 대한 현금보상금이 OOO원(각 OOO원)이라는 안내 공문을 받았으나 현금보상금액이 너무 낮았기 때문에 협의에 응하지 않고 대토보상을 신청하였다. 쟁점토지의 현금보상금은 E공사가 청구인들에게 제안한 것에 불과하고 청구인들은 이를 거절하였으므로 쟁점토지의 양도가액을 OOO원(각 OOO원)으로 볼 수 없다.

D 유한회사는 2018.10.4. 청구인들에게 대토보상대상자로 선정되면 현금보상금액의 120%인 OOO원(각 OOO원)을 지급하겠다는 확인서를 작성해 주었고, 2018.10.18. 청구인들이 E공사와 쟁점토지의 양도대가로 쟁점권리를 부여하는 내용의 용지매매계약을 체결하면 즉시 OOO원(각 OOO원)을 지급한다는 내용의 ‘수서역세권 공공주택지구 개발사업 약정서’를 작성하였다. 한편, 2018.10.22. 청구인들은 E공사와 쟁점토지의 양도대가로 대토보상권(쟁점권리)을 지급받기로 하는 내용의 ‘대토보상신청토지 협의취득용 용지매매계약서’를 작성하였으며, 같은 날 D 유한회사는 청구인들의 계좌에 각각 OOO원(합계 OOO원)을 입금하였다.

이와 같은 경위로 청구인들은 E공사로부터 쟁점토지의 대가로 현금보상금을 받은 것이 아니라 쟁점권리를 받은 것이기 때문에 현금보상금액 OOO원(각 OOO원)을 쟁점토지의 양도가액으로 볼 수 없다.

(2) 「소득세법」제24조 제2항에서 거주자의 종합소득에 대한 총수입금액을 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하여 계산할 때, 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액, 즉 시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조 및 같은 법 시행규칙 제22조의2에 의해 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하는바, 결국 해당자산의 거래와 유사한 상황에서 해당법인이 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래한 가액이 있는 경우 그 가격에 따르는 것이므로 쟁점권리의 시가는 청구인들과 D 유한회사 사이의 거래금액인 OOO원(각 OOO원)이다.

(3) 쟁점권리의 취득일과 양도일은 같은 날이므로 쟁점권리의 취득가액은 양도가액 OOO원(각 OOO원)과 동일하여 쟁점권리의 양도차익이 발생하지 않는다.

양도차손익이란 자산을 취득해서 양도하는 과정에서 발생한 자산의 시가 변동액을 말하는데, 청구인들은 쟁점토지의 양도대가로 대토보상을 신청하고 쟁점권리를 취득한 시점(2018.10.22.)에 곧바로 쟁점권리를 양도하여 매매대금을 수령하였는바, 쟁점권리의 취득일과 양도일이 같은 날이므로 쟁점권리의 양도차손익이 발생할 여지가 전혀 없다.

청구인들은 쟁점토지를 1989년부터 2018년까지 29년간 보유하였는바, 쟁점토지의 취득과 양도 및 쟁점권리의 취득과 양도 등 일련의 과정에서 발생한 양도차손익은 쟁점토지의 양도차손익에 해당하는 것이다.

(4) 이와 같이 청구인들이 쟁점토지의 양도가액을 OOO원(각 OOO원)으로 양도소득세 신고한 것과 쟁점권리의 양도에 대하여 양도차익이 있는 것으로 신고한 것은 잘못되었으므로 아래 ＜표2＞과 같이 경정하여야 한다.

＜표2＞ 청구인들의 경정청구 내용

(단위 : 백만원)

OOO

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」의 체계상 쟁점토지의 양도와 쟁점권리의 양도는 별개의 양도거래로서 각 양도소득세를 신고한 것은 적정하다.

(가) 「소득세법」제94조에 따르면 양도소득의 과세대상을 토지의 양도와 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도를 구분하여 규정하는바, 청구인들은 2018.10.22. 쟁점토지를 E공사에게 양도하였고, 현금보상금 OOO원(각 OOO원) 대신 쟁점권리를 취득한 것이므로, 쟁점토지 양도에 대해서는 「소득세법」제94조 제1항 제1호의 규정에 따른 부동산의 양도소득으로서 과세대상에 해당하고, 같은 날 청구인들은 E공사로부터 취득한 쟁점권리를 D 유한회사에게 OOO원(각 OOO원)에 양도한 것은 「소득세법」제94조 제1항 제2호 가목에 따른 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도소득으로서 과세대상에 해당하므로 결과적으로 두 양도거래는 각각 다른 과세대상 근거규정을 적용받는다.

(나) 「소득세법」제88조에서 ‘양도란 자산에 대한 등기와 관계없이 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 의미한다’고 규정하는바, 쟁점토지는 E공사에게 이전되고, 청구인들이 취득한 쟁점권리는 D 유한회사에게 이전됨으로써 각 해당자산이 양도의 외관을 갖고 다른 시점에 이전되었으므로 별개의 양도거래로서 양도소득세를 각각 신고한 것은 적정하다.

(2) 두 거래를 실질적으로 하나의 거래로 보기 위해서는 두 거래의 시간적 근접성이나 매수인의 동일성 뿐만 아니라 자산의 실질적 동일성도 중요하므로 청구인들은 쟁점토지를 1989.12.29. 취득한 반면, 쟁점권리는 2018.10.22. 취득하였으므로 두 자산을 실질적으로 동일하다고 볼 수 없다.

또한 쟁점토지 및 쟁점권리의 양도거래는 거래상대방, 계약일, 대금지급일, 거래의 목적이 모두 다르다. 쟁점토지의 양도거래는 수서역세권 공공주택지구 사업시행자로서 E공사가 거래상대방이고, 쟁점권리의 양도거래는 서울특별시 강남구 OOO 일원의 오피스텔 및 근린생활시설 건축분양사업시행자로서 D 유한회사가 거래상대방이다.

(3) 쟁점토지의 양도와 쟁점권리의 양도를 하나의 거래라고 볼 수 없으므로 쟁점권리의 양도가액을 쟁점토지의 양도가액으로 볼 수 없다.

E공사가 쟁점토지를 협의취득할 때 보상금액은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제67조에 따라 공익사업으로 인하여 토지등의 가격변동을 고려하지 않고 협의성립 당시의 가격을 기준으로 한 것이고, 같은 법 제63조 제1항 단서에서 토지소유자가 받을 보상금 중 현금 또는 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분을 토지로 보상할 수 있다고 규정하고 있으므로 청구인들은 현금보상금 OOO원(각 OOO원)에서 현금 또는 채권으로 지급받은 부분없이 쟁점권리로 지급받은 것이므로 쟁점토지의 양도가액은 OOO원(각 OOO원)으로 볼 수밖에 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도와 쟁점권리의 양도를 하나의 거래로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것)

제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

② 삭제 ＜2016. 12. 20.＞

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 「법인세법」 제52조에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제118조(준용규정) ① 양도소득세에 대해서는 제24조ㆍ제27조ㆍ제33조ㆍ제39조ㆍ제43조ㆍ제44조ㆍ제46조ㆍ제74조ㆍ제75조 및 제82조를 준용한다.

(2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것)

제51조(총수입금액의 계산) ⑤ 법 제24조 제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

5. 제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가

(3) 소득세법 시행규칙(2018.4.24. 기획재정부령 제679호로 개정된 것)

제22조의2(시가의 계산) 영 제51조 제5항 제5호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(4) 법인세법 시행령(2018.7.31. 대통령령 제29067호로 개정된 것)

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

(중략)

(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2017.12.26. 법률 제15309호로 개정된 것)

제16조(협의) 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조(계약의 체결) 사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

제63조(현금보상 등) ① 손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 한다. 다만, 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 토지로 보상이 가능한 경우에는 토지소유자가 받을 보상금 중 본문에 따른 현금 또는 제7항 및 제8항에 따른 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분에 대하여 다음 각 호에서 정하는 기준과 절차에 따라 그 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상할 수 있다.

1. 토지로 보상받을 수 있는 자: 「건축법」 제57조 제1항에 따른 대지의 분할 제한 면적 이상의 토지를 사업시행자에게 양도한 자가 된다. 이 경우 대상자가 경합(競合)할 때에는 제7항 제2호에 따른 부재부동산(不在不動産) 소유자가 아닌 자로서 제7항에 따라 채권으로 보상을 받는 자에게 우선하여 토지로 보상하며, 그 밖의 우선순위 및 대상자 결정방법 등은 사업시행자가 정하여 공고한다.

2. 보상하는 토지가격의 산정 기준금액: 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 일반 분양가격으로 한다.

3. 보상기준 등의 공고: 제15조에 따라 보상계획을 공고할 때에 토지로 보상하는 기준을 포함하여 공고하거나 토지로 보상하는 기준을 따로 일간신문에 공고할 것이라는 내용을 포함하여 공고한다.

② 제1항 단서에 따라 토지소유자에게 토지로 보상하는 면적은 사업시행자가 그 공익사업의 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 정한다. 이 경우 그 보상면적은 주택용지는 990제곱미터, 상업용지는 1천100제곱미터를 초과할 수 없다.

③ 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리는 그 보상계약의 체결일부터 소유권이전등기를 마칠 때까지 전매(매매, 증여, 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속 및 「부동산투자회사법」에 따른 개발전문 부동산투자회사에 현물출자를 하는 경우는 제외한다)할 수 없으며, 이를 위반할 때에는 사업시행자는 토지로 보상하기로 한 보상금을 현금으로 보상할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제1호 가목에 따른 이자율의 2분의 1로 한다.

④ 제1항 단서에 따라 토지소유자가 토지로 보상받기로 한 경우 그 보상계약 체결일부터 1년이 지나면 이를 현금으로 전환하여 보상하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제2호 가목에 따른 이자율로 한다.

제67조(보상액의 가격시점 등) ① 보상액의 산정은 협의에 의한 경우에는 협의 성립 당시의 가격을, 재결에 의한 경우에는 수용 또는 사용의 재결 당시의 가격을 기준으로 한다.

② 보상액을 산정할 경우에 해당 공익사업으로 인하여 토지등의 가격이 변동되었을 때에는 이를 고려하지 아니한다.

(6) 조세특례제한법(2017.10.31. 법률 제15022호로 개정된 것)

제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 “대토보상”이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인들은 1989.12.29. 서울특별시 강남구 OOO 답 1,249㎡(쟁점토지)를 증여로 취득하여 공동 소유(지분 각 2분의 1씩)하였다.

(나) 쟁점토지는 ‘수서역세권 공공주택지구’에 편입되었고, 청구인들은 2018.10.11. E공사로부터 대토보상 대상자로 선정되어 대토보상 계약 체결에 관한 일시, 장소, 구비서류 등을 안내하는 공문을 수령하였으며, 2018.10.16. C 주식회사와 쟁점토지의 소유 지분에 대한 부동산처분신탁계약을 각 체결하였다.

(다) 청구인들은 2018.10.22. 매도인을 C 주식회사, 매수인을 E공사로 하여 ‘대토보상신청토지 협의취득용 용지매매계약서’를 작성하였는바, 쟁점토지를 포함하여 총 6필지의 매매대금은 OOO원이고, 쟁점토지의 매매대금은 OOO원(각 OOO원)이며, 매매대금은 현금으로 지급되는 부분 없이 당해지구에 조성되는 업무시설용지(대토)로 지급하기로 하였다.

해당 계약서에는 제2조에서 매매대금 중 현금 또는 채권으로 지급하는 부분은 없고, 업무시설용지(대토)로 지급하기로 하고, 토지로 지급하는 분은 당해지구 택지공급 승인 후 E공사가 매도인에게 통지하여 매도인과 E공사가 용지공급계약을 체결하여 지급한다고 기재되어 있다.

(라) 청구인들은 2018.10.18. D 유한회사와 ‘수서역세권 공공주택지구 대토보상 개발사업 약정서’를 각 작성하였는바, 해당 약정서의 요지는 청구인들이 E공사로부터 대토보상권(쟁점권리)을 취득하면 이를 D 유한회사에게 당초 대토보상금(각 OOO원, 합계 OOO원)의 120%에 해당하는 OOO원(각 OOO원)에 양도한다는 내용으로, 동 약정서 제5조에는 “용지매매계약(대토보상계약)을 체결하지 못할 경우 본 약정을 무효로 한다”고 기재되어 있다.

(마) 청구인들이 E공사와 용지매매계약서를 체결한 날(2018.10.22.) D 유한회사는 청구인들의 계좌로 각각 OOO원(합계 OOO원)을 입금하였다.

(바) 청구인들은 2018.11.12. D 유한회사와 ‘위탁자지위 양수도계약서’를 작성하였는바, 이에 따르면 청구인들이 부동산처분신탁계약상 위탁자로서의 일체의 권리 및 지위를 D 유한회사에게 양도하기로 하고, 양수도대금은 OOO원(각 OOO원)으로 나타난다.

(사) 청구인들은 2018.12.3. 쟁점토지 양도와 쟁점권리 양도에 대하여 위 ＜표1＞과 같이 2018년 귀속 양도소득세(청구인 A은 합계 OOO원, 청구인 B은 합계 OOO원)를 각각 신고.납부하였다.

(아) 청구인들은 2024.5.28. 처분청들에 쟁점토지 양도거래와 쟁점권리의 양도거래를 하나의 거래로 보아 쟁점권리의 양도차익은 발생하지 않았다는 이유로 쟁점토지의 양도가액을 OOO원(각 OOO원)으로, 쟁점권리의 양도가액 및 취득가액을 OOO원(각 OOO원)으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 환급을 구하는 경정청구(위 ＜표2＞참조)를 하였으나,

처분청들은 두 양도거래를 별개의 거래로서 E공사가 2018.11.16. 발급한 ‘토지 등 수용사실 확인서’상 쟁점토지의 보상금액(대토보상 상당액)이 OOO원(각 OOO원)으로 확인되고, ‘위탁자 지위 양수도 계약서’상 쟁점권리의 양수도대금이 OOO원(각 OOO원)으로 확인되어 2018년 귀속 양도소득세 신고 내용이 관련 증빙에 의하여 양도가액과 취득가액 계산이 적정하다고 보아 이를 거부하였다.

(자) E공사가 2018.11.16. 발급한 ‘토지 등 수용사실 확인서’상 쟁점토지의 보상금지급내역에는 대토보상 상당액으로 OOO원이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점토지의 양도와 쟁점권리의 양도를 하나의 거래로 보아야 한다고 주장하나,

「소득세법」제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 원칙적으로 자산의 양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)에 따른다고 규정하는바, 청구인들이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제16조 및 제17조에 따라 E공사에게 양도한 쟁점토지의 보상금으로 E공사가 산정한 금액은 OOO원(각 OOO원)인데, 현금 대신 대토(업무시설용지)로 쟁점토지 양도의 대가를 지급하는 것으로 나타나는 점, 청구인들이 대토보상권(쟁점권리)를 D 유한회사에게 양도하고 받은 쟁점권리의 양도가액은 OOO원(각 OOO원)으로 나타나는 점, 이 건 거래들은 청구인들이 E공사에게 쟁점토지를 양도한 후 이를 통해 취득한 쟁점권리를 D 유한회사에게 다시 양도한 것으로서, 쟁점토지의 양도거래와 쟁점권리의 양도 거래는 양도자산, 거래상대방, 거래형태, 거래대금 및 지급방식 등이 다른 별도의 거래로 볼 수 있는 점, 청구인들이 D 유한회사에게 쟁점토지 보상금의 120% 상당액에 쟁점권리를 양도함으로써 양도차익이 발생하지 않았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.