이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.11.30. 서울주택도시공사(이하 “SH”라 한다)로부터 서울특별시 강서구 OOO 일대의 AAA(이하 “AAA”라 한다) 내의 토지인 서울특별시 강서구 OOO 토지 1,335㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2017.1.12. 이 건 토지 취득에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(4%) 및 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따른 산업용 건축물 등에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대한 감면(100%)을 적용하여 취득세를 감면받고, 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 토지 지상에 2021.1.7. 사용승인 받은 건축물(이하 “이 건 건물”이라 한다) 중 59.99%에 해당하는 면적이 연구개발전담부서용으로, 나머지 40.01%에 해당하는 면적이 본점용으로 사용된 것으로 보아, 2022.2.25. 처분청에 이 건 토지 중 본점으로 사용하는 건축물의 부속토지(40.01%)에 대해서는 「지방세법」제13조 제1항이 정한 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을, 연구개발전담부서로 사용하는 건축물의 부속토지(59.99%)에 대해서는 「지방세법」제13조 제1항이 정한 중과세율(8%) 및 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따른 감면(100%)을 적용하여 산출한 농어촌특별세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2022.11.21. SH로부터 이 건 토지의 면적 등을 정산(1,335㎡에서 1,334.8㎡로 면적은 줄었으나, 토지 조성원가 상승으로 매매대금이 증액되었음)한 후, 본점으로 사용하는 건축물의 부속토지(40.01%)에 대해서는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을, 연구개발전담부서로 사용하는 건축물의 부속토지(59.99%)에 대해서는 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 처분청은 이 건 토지 중 연구개발전담부서용 건축물의 부속토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.6.15. 청구법인에게 「지방세법」제13조 제1항이 정한 중과세율(8%) 및 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호를 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 유예기간 내에 건축공사에 착공하여 계속 공사를 진행하였고, 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였으므로, 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

(가) 청구법인은 착공을 위한 준비과정에서 유관기관의 잘못된 안내로 AAA 내 지역냉방 의무 적용을 준수하지 못해 사후적으로 냉방 시스템을 변경해야만 했고, 이로 인하여 많은 시간이 소요될 수밖에 없었다.

청구법인은 이 건 건물 설계 착수 시 서울에너지공사로부터 지역냉방에 대해서는 지역냉방 미공급지역에 해당한다는 안내를 받았다. 이에 따라, 청구법인은 기존에 설계하였던 지역열원을 적용한 냉방시스템(흡수식냉동기, 냉각탑, FCU냉방 설계)을 토대로 건축허가를 조건부로 득한 후에, 경제성 측면에서 강점이 있는 EHP(전기열원) 냉방을 적용하는 방식으로 설계를 변경하여 공사에 착수하였다.

하지만 처분청 건축과의 건축허가 조건에는 AAA 입주기업에 대해 지역냉난방열원 의무사용 조건을 두고 있었고, 동 조건에 근거하여 처분청은 지역냉방열원이 적용되지 않은 청구법인의 EHP 냉방 설계에 대해 열공급 신청을 반려하였다.

청구법인은 열공급 신청이 반려되어 냉방 시스템에 대한 설계변경이 불가피해짐에 따라, 3개월에 걸친 대책 회의를 통해 관련 문제를 신속하게 해결하면서도 중단없이 토목공사, 건축공사, 전기공사를 순차적으로 진행하는 등 정상적인 노력을 다하였다. 그러나 주관 건축설계사무소가 냉방 시스템 변경에 대한 빠른 대안을 내놓지 못하였고, 이에 더해 주관 시공사가 설계변경을 이유로 과다한 추가 부담금을 요청하면서 냉방 시스템 관련 장비의 납품을 지연시키는 등 공사가 3개월가량 지연되었다.

즉 청구법인은 냉방 시스템과 관련하여 지역열원으로 최초 건축허가를 득하였으나, 서울에너지공사 담당자의 안내를 받고 설계를 변경하였기 때문에 청구법인이 스스로 판단하고 결정한 사항은 아니며, 결국 열공급 신청서를 관련 기관에 제출하여 허가를 득하여야 정상적인 공사가 가능할 것이므로 이에 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 공사가 지연되었다고 보는 것이 타당하다.

(나) 뿐만 아니라, 공사 과정 전체에 걸쳐 청구법인의 노력에도 불구하고 현장 투입인력의 공사능력 부재로 인한 재공사, 2차 하도급 업체 대금지연 관련 법적대응 등 공사지연이 지속적으로 발생하였다.

냉난방 시스템 설계 변경에 따라 주관 시공사가 추가 비용을 들어 계약 변경을 요구하면서 공사가 3개월 지연된 상황에 더해, 주관 시공사의 건축능력 부족으로 인해 설계와 다르게 공사가 진행되었고, 건축능력이 부족한 현장소장을 3번에 걸쳐 교체하면서 인수인계도 진행되지 않았으며, 주관 시공사는 잦은 설계변경으로 인한 공사기간 연장 및 공사대금의 증가를 주장하며 공사 현장 내 상주 직원도 철수시켜 공사를 일방적으로 중단하는 등 정상적인 진행이 어려웠고 3번에 걸친 공사도급 변경계약으로 인해 공사기간이 12개월이나 늘어났다.

또, 주관 시공사인 BBB은 사세 확장을 위해 무리하여 다양한 형태의 다른 사업을 진행했고, 청구법인의 이 건 건물 공사에는 다른 건설업체에게 2차 하도급을 두는 방식으로 공사를 진행하고 있었는데, 이러한 무리한 사업 확장으로 인해 재정문제를 겪게 되면서, 청구법인의 이 건 건물 공사를 진행하는 2차 하도급 업체에게 정상적인 대금 지급을 지연시켜 왔고, 해당 건설업체들의 태업이 발생하였다.

주관 시공사의 능력 부족, 악의적인 공사 지연, 파산 위기로 인한 공사대금 지연 등으로 인해 공사가 총 13개월이 지연되었음에도, 청구법인은 시공사와의 책임 공방 및 하도급 업체와의 법적 분쟁 속에서도 이 건 건물을 신축하고 사용승인을 받아 직접 사용하기까지 일련의 과정을 수행하였고, 청구법인이 이를 특별히 지연시키거나 해태하지 않았으므로, 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것이라 할 것이다.

(2) 청구법인은 신고·납부의무를 이행할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다.

대법원은 ‘토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다’고 해석한 바 있다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결).

조세심판원 또한 처분청이 유예기간 내 건축공사에 착공하는 경우 감면받은 취득세 등이 추징되지 않는다고 안내한 경우, 납세자가 유예기간 내 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하였다면 정당한 사유가 있다고 판단하였다(조심 2016지942, 2016.12.22.).

뿐만 아니라, 처분청은 감면된 취득세를 추징할 수 있었음에도, 청구법인의 일련의 신고 과정에서 취득세를 추징하지도 아니하였는바, 이러한 사정들을 고려하여 보면, 청구법인은 취득세를 신고·납부할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

(3) 쟁점토지는 본점용 건축물의 부속토지가 아니므로 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과세율(8%)을 적용할 수 없다.

조세심판원의 선결정례(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수)에 따르면 기업부설연구소가 중과대상인 본점에 해당하는지 여부에 관하여, “쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 쟁점연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인은 전자제품 등 제조 및 판매업을 영위하는 업체로서 매출의 전부가 제품 매출(2017사업연도 ○○○원)에서 발생하고 있을 뿐 기업부설연구소의 연구개발 활동을 통한 매출이 발생하고 있지 아니한 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 기업부설연구소인 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다”라고 결정한바 있다(조심 2018지175, 2018.6.1.).

청구법인의 경우 온라인 쇼핑몰 시스템 구축 및 유지보수를 주목적으로 하는 기업으로, 2021.3.30. 이 건 건물 중 연구소 부분에 대하여 한국산업기술진흥협회로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 의해 설립된 연구개발전담부서로 인정받았으며, 매출의 전부가 커머스 시스템 구축 및 운영, 컨설팅, 클라우드 서비스 제공 용역에서 발생하므로 연구개발 활동을 통한 매출은 발생하고 있지 않다. 위 선결정례에 비추어 볼 때 청구법인의 연구개발전담부서는 본점에 해당한다고 볼 수 없다.

특히 청구법인의 연구소가 한국산업기술진흥협회로부터 연구전담부서로 인정받은 이상 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는다고 봄이 타당한 점, 연구활동이 주된 업종이 되는 회사가 아닌 이상 연구기능 자체를 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수 없는 점, 연구기능이 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 고려하여 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 공사업체의 부도 등 청구법인이 주장하는 사유들은 모두 청구법인의 내부적인 사정에 불과하므로 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 이 건 건물의 냉방시스템을 설계하며 서울에너지공사에 문의하여 지역난방 의무고시지역이 아니라는 안내를 받고 EHP 냉방시스템으로 설계를 한 것인데, 이후 건축 심의 완료 및 착공을 위한 준비과정에서 지역냉방시스템으로 설계를 변경하게 됨에 따라 착공이 지연되었다고 주장하나, 청구법인이 서울에너지공사로부터 잘못된 안내를 받았다는 구체적인 증빙자료가 제출되지 않았으며, 청구법인도 처분청 건축과에서 2018.3.29. 지역 냉·난방 시스템을 사용하는 조건으로 조건부 건축허가를 한 사실을 인정하고 있음에도, 청구법인이 건축허가 조건에 대한 정확한 확인 없이 EHP냉방시스템 설계를 진행하여, 2019.1.10. 서울에너지공사로부터 열공급 신청을 반려받은 것으로 기재되어 있으므로, 이러한 사유로 인한 설계변경은 청구법인의 내부적인 사유로서 정당한 사유로 인정하기 어렵다.

(나) 청구법인은 설계변경을 하게 됨에 따라 주관 시공사가 추가 비용을 들어 악의적으로 공사를 지연하며 계약변경을 요구하였고, 3번에 걸친 공사도급 변경계약으로 인해 공사기간이 12개월 늘어났다고 주장하나, 시공사와의 법적분쟁은 법령상 제한이나 외부적 장애사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사정으로 이러한 사유만으로는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다(조심 2018지295, 2019.2.25. 참조).

(다) 또한, 주관 시공사가 재정문제를 겪게 되면서 청구법인의 연구소 건물 공사를 진행하는 2차 하도급 업체들에게 정상적인 대금 지급을 지연하여 해당 건설업체들의 태업이 발생하였으며, 2차 하도급업체들은 청구법인에 내용증명, 채권 가압류 등 소송까지 진행하면서 대금 지급을 요청하였고 이로 인해 준공이 2년 2개월 소요되었다고 하나, 공사업체의 부도 및 시공사 변경에 따른 공사 중단 등은 청구법인의 내부사정에 불과하여 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다(조심 2018지1152, 2018.12.26. 참조)

(라) 따라서 청구법인이 주장하는 사정이나 그 증거만으로 이 사건 토지를 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하기에는 부족하다고 판단된다.

(2) 청구법인은 추징사유 발생일에 관한 다수의 대법원 판례 및 선결정례가 있음에도 불구하고 스스로 이를 잘못 판단한 것에 불과하므로, 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

(3) 청구법인의 기업부설연구소에서 이루어지는 활동은 청구법인의 사업에 필수적인 활동이므로 쟁점토지는 본점용 건축물의 부속토지에 해당한다.

청구법인이 주목적으로 하고 있는 사업은 대규모 설비투자가 필요한 중화학공업 등과 달리 상대적으로 진입장벽이 높지 않아 시장에서의 경쟁이 치열하고, 변동성이 큰 고객의 요구에 적시에 대응하기 위한 기술 연구 및 고객 분석 활동 등을 지속적이고 필수적으로 수행하여야 하므로, 관련 연구활동이 선행되어야만 그 산출물을 토대로 주된 사업인 기술매출이 이루어지게 되므로 연구개발활동은 청구법인 사업의 필수불가결한 주요 활동이라 할 것이다.

따라서, 청구법인의 경우 연구 단계에서 매출이 발생하지 않아 본점으로 볼 수 없다는 청구법인의 주장은 타당하다고 볼 수 없고, 청구법인의 연구개발 활동을 통해 매출이 발생하는 결과를 가져오게 되므로, 기업부설연구소에서 주요한 의사결정이 수반된다고 봄이 타당하다. 따라서 쟁점토지는 기업부설연구소용 부속토지이자 본점의 부속토지에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

③ 청구법인의 연구개발전담부서용 건축물의 부속토지는 본점 사업용에 해당하지 아니하여 중과세율(8%)을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2003.11.8. 서울특별시 강남구 OOO를 본점 소재지로 하여 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로 2021.3.2. 서울특별시 강서구 OOO으로 본점을 이전하였다.

(나) 청구법인의 쟁점토지 취득 및 이 건 건물 신축공사 진행내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 이 건 건물 신축공사 진행 내역 등

○○○

(다) 청구법인이 이 건 건물에 설치한 냉방시스템 설계 변경 관련하여 세부 진행상황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 냉방 시스템 설계 변경 관련 일자별 정리

○○○

(라) 청구법인의 TFT 자료 조사내역에 의하면, 청구법인은 2017년 2월부터 2017년 5월까지 이 건 건물을 설계하기 전에 구조를 확정하기 위하여 수도권 내 다양한 건축물(OOO)의 내·외부 구조를 조사한 것으로 나타난다.

(마) 이 건 건물은 지하2층, 지상 7층 연면적 6,814.2㎡의 교육연구시설(연구소)용 건축물이다.

(바) 청구법인의 2019.1.16.자 내부 회의록 내용은 다음과 같은바, 청구법인은 2018.3.29. 건축과로부터 조건부 허가를 취득하고도, 건축허가 조건을 간과하여 집단에너지 냉방이 아닌 EHP냉방을 적용하는 것으로 이 건 건물의 설계를 변경한 것으로 나타난다.

＜청구법인 회의록 내용 중 발췌＞

○○○

(사) 청구법인이 제출한 연구개발전담부서 인정서에 의하면 청구법인의 기술연구팀은 2021.3.30. 한국산업기술진흥협회로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따른 연구개발전담부서로 인정받은 것으로 나타난다(청구법인의 연구개발전담부서 최초 인정일은 2015.7.30.이며 2021.3.30. 소재지 변경으로 다시 인정받았다).

(아) 청구법인은 이 건 건물 사용현황을 아래 ＜표3＞과 같이 정리하여 제출하였다.

＜표3＞ 이 건 건물 사용현황 및 면적

(단위 : ㎡, %)

○○○

(자) 청구법인의 연구개발전담부서에는 2025.5.12. 기준 총 23명이 근무 중인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 냉방 시스템 관련 설계변경 절차 및 주관 시공사의 태업 등으로 인하여 많은 시간이 소요될 수 밖에 없었으나, 정상적인 노력을 다하여 이 건 건물을 신축하였으므로 쟁점토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나, 「지방세특례제한법」제5항 제1호가 규정하고 있는 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 뜻하는 것(대법원 2020.4.29. 선고 2020두31750 판결, 같은 뜻임)인바, 행정관청 등에 의한 외부적인 사유가 아니라 청구법인 스스로의 잘못이나 귀책사유로 인하여 일정이 지연된 결과 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 경우에는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(조심 2023지24, 2023.10.26., 같은 뜻임).

그런데, 청구법인의 경우 위 ＜표2＞에 의하면 처분청 건축과에서 2018.3.29. 청구법인에게 집단 에너지 냉·난방 사용조건으로 이 건 건물에 대한 건축허가를 하였음에도 불구하고, 청구법인은 이를 간과하여 2018년 3월부터 2018년 11월까지 집단 에너지 냉방 시스템이 아닌 전기열원 냉방(EHP) 시스템을 설치하는 것으로 이 건 건물의 설계를 변경하였는데, 그 과정에서 상당한 시간을 소모하였을 뿐만 아니라 청구법인이 2019.1.10. 신청한 열공급 신청서가 건축허가 조건에 맞지 않는다는 이유로 반려되었으며, 이에 따라 다시 건축허가 조건에 따라 냉방 시스템의 설계를 변경하는 과정에서 추가적으로 상당한 시간이 소모되었으며, 주관 시공사와의 마찰이 발생한 것이므로, 결국 청구법인이 이 건 건물을 신축하는 과정에서 발생한 건축일정의 지연은 청구법인이 처분청의 건축허가 조건을 간과한 귀책사유로 인한 것이라 할 것인바, 이러한 사정들이 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 취득세는 신고.납부방식의 세목인바, 청구법인이 당초 산업용 건축물로 사용하기 위하여 취득한 쟁점토지에 대하여 취득세를 감면받고 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다면 당해 시점에서 추징사유가 발생하였다고 할 것이고, 이에 대하여 청구법인이 스스로 신고·납부의무를 해태함에 따라 처분청이 감면한 취득세를 추징하면서 가산세를 포함하여 부과한 처분은 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 인용한 대법원 판례(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결)는 구 「지방세법 시행령」 (1997.12.13. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 제1호 후단에서 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 본다는 규정이 명시적으로 존재하는 사안에 관한 것으로서 이와 같은 규정을 두고 있지 않은 이 건과는 사실관계가 다른 점 등에 비추어 청구법인에게 달리 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 하겠으므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 연구개발전담부서에서 수행하는 연구개발활동은 청구법인의 사업 및 매출에 영향을 미치는 필수 불가결한 활동에 해당하므로, 청구법인의 연구개발전담부서 역시 중추적인 의사결정의 역할을 하는 본점에 해당한다는 의견이다.

「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조는 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 취득하는 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임).

청구법인의 연구개발전담부서의 경우 2021.3.30. 한국산업기술진흥협회로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따른 연구개발전담부서로 인정받은 것으로 확인되는바, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호와 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 청구법인의 연구개발전담부서는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 이와 달리 처분청은 청구법인의 연구개발전담부서가 본점의 역할을 하고 있다는 점에 대한 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 연구개발전담부서가 본점에 해당한다고 보기는 어렵다.

다만, 청구법인의 연구개발전담부서 인력이 2025.5.12. 현재 23명에 불과함에도 불구하고, 청구법인이 연구개발전담부서로 사용되고 있다고 주장하는 면적이 1,774.39㎡(1인당 약 77㎡)에 이르는 점에 비추어, 청구법인이 이 건 건물에서 실제 연구개발전담부서용으로 사용하고 있는 연면적 비율이 59.9%에 이른다는 청구주장은 신빙성이 없어 보이므로, 이 건 토지 중 실제 연구개발전담부서용 건축물의 부속토지에 해당하는 면적을 재조사하여 동 토지에 한하여 「지방세법」제11조에 따른 일반세율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다.

1. 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제1항에 따른 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 설립한 기업부설 연구기관 : 3명 이상. 다만, 소기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

1의2. 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제2항에 따른 중기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 설립한 기업부설 연구기관 : 5명 이상. 다만, 소기업에서 중기업이 된 기업은 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관 : 5명 이상

3. 제1호 및 제1호의2에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관 : 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관 : 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관 : 10명 이상