이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.9.30. 서울주택도시공사(이하 “SH”라 한다)로부터 서울특별시 강서구 OOO 일대의 AAA(이하 “AAA”라 한다) 내의 토지인 서울특별시 강서구 OOO 토지 4,906㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2016.10.31. 쟁점토지 취득에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따라 산업용 건축물 등에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대한 감면(100%)을 적용하여 취득세를 감면받고, 취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.3.30. 쟁점토지 지상에 2020.3.19. 신축한 건축물(이하 “이 건 건물”이라 한다) 면적 중 연구소 부분을 제외한 나머지 사무시설 면적 부분의 부속토지(36.27%)에 대하여 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따른 취득세 감면을 배제하고 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 쟁점토지에 대한 지적공부 정리가 완료되자, 2022.2.18. 쟁점토지 과세표준 증가분 OOO원에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 추가로 신고·납부하였다.

라. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2023.6.16. 청구법인에게 쟁점토지 면적 중 취득세감면을 받은 면적(63.73%)에 대하여 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에 따라 산출한 취득세 등에서 기 납부한 세액을 공제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 유예기간 내에 건축공사에 착공하여 계속 공사를 진행하였고, 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였으므로, 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

(가) 청구법인은 2016.9.30. 쟁점토지를 취득한 이후 2020.3.19. 준공 및 사용승인에 이르기까지 약 3년 5개월이 소요되었는데, 청구법인의 쟁점토지 취득부터 이 건 건물을 신축하여 준공에 이르기까지 쉬지 않고 진지한 노력을 다하였으나, 시간이 부족하여 유예기간을 초과하게 되었다.

(나) 청구법인은 월별 공사 세부일정에서도 알 수 있듯이 2016.9.30. 토지를 취득하기 이전인 2016.9.9.부터 미리 설계업체로부터 제안서를 수령하는 것을 시작으로 착공을 위한 설계 과정부터 착공 준비과정까지 매월 빠짐없이 노력하였고, 착공 이후로도 준공을 위해 조금의 공기지연도 없이 건축공사를 진행하여 2020.3.19. 이 건 건물을 사용승인 받았다.

(다) 특히 하나의 블록을 청구법인이 단독으로 사용할 정도로 이 건 건물의 규모가 타 AAA의 일반적인 건축물 대비 크고, 설계 및 건설의 난이도가 높아 쟁점토지를 취득한 후부터 이 건 건물에 대한 사용승인을 받기까지 장기간이 소요될 수밖에 없었다. 또한, 이 건 건물의 경우 ‘연구소’ 용도의 건축물이기 때문에 단순 사무용 건물보다 고도의 기술이 적용되어야 하며 연구개발 과정에서의 안전성이 담보될 수 있게 설계, 감리 및 시공에서 충분한 기간이 필요하다. 따라서, 이를 검토하는 과정에서도 많은 시간이 소요되었다.

청구법인이 신축한 이 건 건물의 경우 대지면적이 4,906㎡(약 1,484평), 연면적 16,598.46㎡(약 5,021평), 지하 4층, 지상 8층 높이의 상당한 규모의 건물이다. 청구법인의 분양면적은 2024년 5월 기준 AAA에 단독으로 분양받아 건물을 신축한 총 95개의 기업 중에서 10번째, 중소·중견기업만 간추리면 5번째에 해당하는 규모이다.

(라) 특히 이 건 건물은 지하층으로부터 불과 6m 옆으로 지하철 5호선 지하선로(OOO)가 지나고 있다. 또한, 지하 토사가 수분이 많은 점토질 토사로 토사의 굴취 및 반출에 상당한 시간이 소요되었으며 지하선로에 인접한 지역에서 지하 터파기 공사를 진행하기 위해 안전성을 확보해야 하고, 이를 위해서는 서울교통공사의 심의 과정을 별도로 수행해야 했기 때문에 일반적인 타 AAA 건물 대비 더 오랜 시간이 소요될 수밖에 없었다.

(마) 이 건 건물을 건축한 시공사(BBB) 현장소장의 전문가적 판단에 따르면, 지하 터파기 공사기간은 토사, 가시설공법, 주변환경 및 민원 등 복합적인 요건에 따라 큰 차이가 나는데 통상적으로 지하철 인접부지에 해당하지 않은 일반적인 경우라면 청구법인과 같은 규모의 지하 4층 건축공사에 9개월 정도가 소요되지만, 청구법인과 같은 경우 지하철 인접부지이고 수분을 많이 함유한 점토질의 토사로 인해 공사의 난이도가 높아 더 많은 기간이 소요된다는 의견을 제시하였다. 청구법인은 실제 지하층 공사에만 약 14개월이 소요되었는바, 통상적인 경우에 비해 약 5개월 정도 더 소요된 것이다.

(바) 또한, 청구법인은 당초 도급사로 선정하려 했던 CCC이 기업회생절차에 들어가게 됨에 따라 착공이 지연되었다. 청구법인은 2017년 8월 건축허가를 받은 다음, 2017년 9월 도급사 선정과정에서 CCC과 DDD 두 곳으로부터 제안을 받았는데, 두 건설사 중 매출, 자산규모, 2017년 국토교통부 시공능력평가 등에서 우위에 있는 CCC을 우선협상대상자로 선정하여 착공을 준비하였다. 그런데, 청구법인이 CCC과 계약을 준비하던 2017.10.12. CCC이 기업회생절차 개시 판결을 받았다. 결국 청구법인은 착공 지연을 우려하여 계약 체결을 하지 못하였는데, 청구법인과 같은 지역에 소재해 있어 잘 알고 있는 BBB로부터 2017년 11월 초에 역으로 시공 제안이 들어와서, 2017.11.22.경에 이르러서야 BBB과 공사도급계약을 체결하게 된 것이다. 이 과정에서도 통상적인 경우보다 약간의 지연이 발생하였다.

(사) 결국, 청구법인은 2016.9.30. 쟁점토지를 취득한 이후 쉬지 않고 진지한 노력을 다하여 2017.8.11. 건축허가를 받고, 2017.12.20. 착공신고를 한 후 27개월 간 공사를 진행하였으나, 도급사 선정 과정에서의 지연, 및 쟁점토지 인근에 지하철 5호선이 지나가고 있기 때문에 필요한 절차를 밟는 과정 등에서의 지연, 점토질의 토사로 인한 지하터파기 공사 기간의 지연 등 불가피한 사정으로 인하여 당초 유예기간 36개월을 약 5개월 20일 초과한 2020.3.19. 이 건 건물의 사용승인을 받았는바, 사정이 이러하다면 청구법인에게는 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

(아) 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점토지 분양계약을 체결한 후 잔금을 지급하고 실제 취득할 때까지 1년이라는 시간이 있었음에도 그 기간 동안 정상적인 노력을 다하지 않아 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다는 의견이나, AAA의 경우, 토지분양 계약서 제8조(소유권이전 및 등기)에 따르면, 지적 및 등기공부 정리가 완료되었을 때 소유권이 이전되며, 준공 후 지적공부 확정에 따른 정산금 납부 전까지는 토지의 소유권 이전 등기를 하지 못하기 때문에, 쟁점토지의 실소유권자인 SH에 토지사용승낙을 신청함으로써 연구소 건축에 관한 절차를 이행할 수 있으며, 토지분양 계약서 제7조(목적 토지의 사용승낙)에 따르면 건축착공용으로 토지사용승낙을 신청할 수 있는 조건으로 분양대금 완납 후 신청하는 것을 두고 있는 바, 분양대금 완납 이전까지는 청구법인이 쟁점토지를 사용함에 있어 제한이 있었고, 건축공사의 경우 토지를 취득한 이후 개발을 시작하는 것이 일반적이라 할 것이므로, 쟁점토지를 실제 취득하기 전에 이 건 건물 신축을 위한 절차에 나아가지 않았다는 사정만으로는 정당한 사유가 배척된다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 신고·납부의무를 이행할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다.

대법원은 ‘토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다’고 해석한 바 있다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결).

조세심판원 또한 처분청이 유예기간 내 건축공사에 착공하는 경우 감면받은 취득세 등이 추징되지 않는다고 안내한 경우, 납세자가 유예기간 내 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하였다면 정당한 사유가 있다고 판단하였다(조심 2016지942, 2016.12.22.).

뿐만 아니라, 처분청은 감면된 취득세를 추징할 수 있었음에도, 청구법인의 일련의 신고 과정에서 취득세를 추징하지도 아니하였는바, 이러한 사정들을 고려하여 보면, 청구법인은 취득세를 신고·납부할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 해당 용도에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으므로 감면된 취득세를 추징할 수 없는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 다음과 같은 사정들을 고려하면, 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 이 건 건물 시공을 위한 업체 입찰과정에서 우선협상대상자로 선정된 CCC이 계약 직전에 법정관리에 돌입하게 됨에 따라 불가피하게 시공사를 재선정할 수밖에 없었고 이에 따라 착공이 약 3개월 지연되었다고 하나, CCC의 사업보고서를 살펴보면, 감사인의 감사 의견이 ‘의견거절’로 되어 있고 주석에서 비유동자산매각 등을 통해 재원을 확보하여 유동성 위기를 극복할 계획임을 표명하고 있다고 기재되어 있으므로, 청구법인이 충분한 주의를 기울였다면 CCC의 재무 불확실성을 미리 파악할 수 있었을 것이다.

(나) 착공신고 과정에서 서울교통공사의 착공 협의에 따른 절차로 인하여 지연이 있었다고 주장하나, 위 행정절차는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 예측할 수 있었던 사정에 불과하므로 정당한 사유라고 볼 수 없다.

(다) 또한, 청구법인은 2015.10.6. 쟁점토지 분양계약을 체결하였으며, 이로부터 약 1년 후인 2016.9.30. 잔금을 완납하여 이 기간 동안 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 사전 준비를 할 수 있었음에도 불구하고, 이를 하지 아니하였다.

(라) 결국 청구법인은 이러한 과정에서 행정관청의 사용ㆍ금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없는 등의 객관적인 사유가 존재한다고 볼 수 없으므로, 청구법인에게 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(2) 청구법인은 추징사유 발생일에 관한 다수의 대법원 판례 및 선결정례가 있음에도 불구하고 스스로 이를 잘못 판단한 것에 불과하므로, 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1990.6.20. 경상남도 창원시 OOO를 본점 소재지로 하여 공기압축기 및 연료전지 관련 부품 제조·판매업 등을 목적사업으로 설립되었다.

(나) 청구법인은 2015.10.6. SH와 쟁점토지 분양계약을 체결하고, 2016.9.30. 매매가액에 취득부대비용을 합한 OOO원을 지급하고 쟁점토지를 취득하였다.

(다) 청구법인은 2016.10.31. 처분청에 쟁점토지 매매가액 등 합계 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따라 산업용 건축물 등에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대한 감면(100%)을 적용하여 취득세를 감면받고, 취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

(라) 청구법인의 쟁점토지 취득 및 이 건 건물 신축공사 진행일정은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 이 건 건물 공사 월별 세부일정

○○○

(마) 이 건 건물 현황은 아래 ＜표2＞와 같으며, 이 건 건물로부터 6.370m 떨어진 곳에 지하철 OOO가 지나고 있는 것으로 확인된다.

＜표2＞ 이 건 건물 현황

○○○

(바) 청구법인이 제출한 사진에 의하면 쟁점토지는 점토질 토사로 확인된다.

(사) 청구법인은 2020.3.19. 이 건 건물에 대한 사용승인을 받고, 2020년 4월경 인테리어 공사를 실시하였으며, 2020년 5월경 실제 입주하여 이 건 건물을 사용하였다.

(아) 청구법인은 2020.4.24. 이 건 건물 면적 중 연구소 부분을 제외한 나머지 부분의 본점용 부동산 부속토지에 대해 기납부세액을 제외한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(자) 청구법인은 쟁점토지에 대한 지적공부 정리가 완료된 후 2022.2.18. 이에 대한 과세표준 증가분 OOO원에 대하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(차) 청구법인은 BBB 현장소장의 지하층 공사 기간에 관한 의견서를 제시하였다.

＜BBB 현장소장의 지하층 공사 기간에 관한 의견서＞

○○○

(카) 청구법인이 시공사를 선정할 당시인 2017년 국토교통부에서 평가한 시공능력평가에 따르면 2016년은 CCC의 경우 49위, DDD은 81위로 확인되며, 2017년은 CCC의 경우 67위, DDD은 88위로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 주장하는 사유들 즉 지하철 노선과의 인접성, 이 건 건물의 규모, CCC의 부도 및 점토질 토사 등은 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 예상할 수 있었던 사정에 해당하거나, 청구법인의 귀책사유에 해당하므로 정당한 사유로 볼 수 없다는 의견이다.

「지방세특례제한법」제78조 제4항은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서는 취득세를 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지.제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.

이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인은 2016.9.30. 쟁점토지를 취득한 이후, 2016년 12월 설계용역계약 및 CM 계약 체결, 2017년 5월 건축위원회 심의, 2017.8.11. 건축허가 승인, 2017년 10월경 시공사 선정, 2017.12.20. 착공신고 후 2020.3.19. 이 건 건물 준공 및 사용승인에 이르기까지 특별한 지연 없이 공사를 꾸준히 진행하였고, 2020년 5월 경 이 건 건물에 입주하기에 이르렀는바, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 산업용 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 할 것이다.

다만, 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 약 3년 6개월 가량이 경과한 2020.3.19. 이 건 건물의 사용승인을 받는 등 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호가 정한 유예기간 3년을 초과하기는 하였으나, ① 이 건 건물은 지하 4층, 지상 8층, 연면적 16,598.46㎡ 연구소 건물로서 그 규모가 클 뿐만 아니라, 일반 사무용 건물보다는 설계 및 건설의 난이도가 있었을 것으로 보이는 점, ② 이 건 건물의 위치가 지하철 5호선 노선으로부터 6.37m 가량 떨어져 있어, 청구법인이 이 건 건물을 신축하기 위해서는 반드시 서울교통공사의 심의를 거쳐야 할 뿐만 아니라, 지하철 노선 인접에서 지하 4층까지 공사하면서 다른 공사에 비해 공사기간이 길어질 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, ③ 쟁점토지는 점토질 토사로서 일반적인 토사보다는 굴착 및 반출에 어려움이 있었을 것으로 보이고, 이로 인하여 흙막이 공사 중 일반적인 공법이 아니라 CIP공법(시추기로 지반에 구멍을 뚫어서 토사를 배출시킨 후 H 파일과 철근망을 삽입해서 콘크리트를 타설하는 방법)을 사용한 것으로 보이는 점, ④ 그럼에도 불구하고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 이 건 건물의 사용승인을 받기까지 일련의 과정이 연속적으로 이루어졌으며, 그 과정에서 청구법인이 공사를 특별히 지연시키거나 해태한 사유를 찾기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 산업용 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다 한 경우로서 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 처분청이 청구법인의 경우 쟁점토지를 취득한 이후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아 취득세를 추징한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로, 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 부칙 ＜제12955호, 2014.12.31.＞

제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.