이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.3.4. 부산광역시 사상구 OOO 외 2필지 토지 4,004.60㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이 건 토지를「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항 본문 및 제1호에서 규정하고 있는 임대사업자가 임대 목적의 공동주택을 신축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여, 취득세의 100분의 85(최소납부세제)를 감면받았다.

나. 청구법인은 이 건 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 공동주택을 착공하지 않았다고 하여, 2025.1.24. 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

다. 청구법인은 2025.1.24. 이 건 토지의 유예기간 내에 공동주택을 착공하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다는 취지로 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.6. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 2021.9.29. 이 건 토지 일대의 정주환경을 개선하고, 지역경제를 활성화 하기 위하여 AAA 도시재생사업 활성화 계획을 고시한 후, 처분청과 청구법인을 그 공동사업자로 결정.고시하였으며, 청구법인은 AAA 도시재생 뉴딜사업의 하나로서 이 건 토지에 공공임대주택(전용면적 60㎡ 이하, 이하 “이 건 공동주택”이라 한다)을 신축하여 공급하는 ‘OOO 복합개발사업’을 추진하게 되었다.

(2) 청구법인은 이 건 공동주택을 신축하기 위해 2022.3.4. 이 건 토지를 취득한 후「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따라 취득세의 100분의 85를 감면받았다.

(3) 청구법인은 이 건 개발사업의 사업시행자로 참여하게 됨에 따라 AAA도시재생 뉴딜사업의 편입 토지 일부를 안정적이고 체계적인 주거서비스 제공 및 선진형 주거 안정망 구축을 위하여, 이 건 토지에는 이 건 공동주택을 신축하고 그 인근에 청구법인의 자체 사옥을 신축하는 건축계획을 수립하였다.

(4) 기획재정부는 2022.7.29. 공공기관의 생산성 및 효율성 증대를 위한 ‘새정부 공공기관 혁신가이드라인’(이하 “이 건 가이드라인”이라 한다)을 발표하였고, 그 내용에는 공공기관의 불요불급한 자산 매각 등에 대한 사항이 포함되어 있어, 이 건 토지 인근에 청구법인의 사옥을 신축하는 계획이 차질을 빚게 되었으며, 이에 따라 이 건 공동주택의 신축사업도 계획 보다 늦춰지게 되었다.

(5) 청구법인은 기획재정부의 가이드라인을 참고하여, 처분청을 비롯한 관계기관과 협의를 거쳐 이 건 토지의 취득일(2022.3.4.) 부터 2년 이내인 2024.5.10. 주택건설사업계획을 승인받았고, 부산광역시장은 2025.2.26. 청구법인에게 이 건 공공주택의 착공신고필증을 교부하였다.

(6)「지방세특례제한법」제31조 제1항 단서에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책 사유가 있는지 여부 등을 참작하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결).

(7) 따라서, 기획재정부가 2022.7.29. 발표한 이 건 가이드라인은 공공기관인 청구법인의 입장에서는 이 건 공동주택을 제때 신축할 수 없는 외부적 사유로서, 이 건 토지의 유예기간 내에 이 건 공동주택을 착공하지 못한 데에는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청은 이러한 사정을 전혀 고려하지 않고 이 건 취득세 등의 취소를 구하는 경정청구를 거부하였는바, 이는 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 기획재정부가 2022.7.29. 발표한 이 건 가이드라인은 공공기관의 불요 불급한 자산을 매각하고 공공기관 청사 활용을 강화하는 공공기관 혁신에 관한 것으로, 이 건 가이드라인에서 정하고 있는 내용이 이 건 공동주택의 신축에 영향을 미칠 정도의 내용이라고 보기는 어렵다.

(2) 특히, 청구법인은 이 건 가이드라인으로 인하여, 이 건 개발사업 전체에 대해 차질을 빚었다는 주장만 할 뿐 이 건 가이드라인이 이 건 공동주택의 신축 사업에 어떤 영향을 미쳤는지를 알 수 있는 구제적인 자료를 제출하지는 않았다.

(3) 설령, 이 건 가이드라인이 이 건 개발사업의 추진에 어떠한 방식으로든 영향을 미쳤다 하더라도 이 건 가이드라인은 법적 구속력이 없는 행정지침에 불과하여, 이를 법령에 의한 금지.제한 등 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 등으로 보기 어렵다.

(4) 또한, 이 건 개발사업의 추진 계획 변경은 청구법인의 내부적 사유로 보는 것이 타당하고, 정부의 방침에 따라 계획의 변경 등을 할 수밖에 없었다 하더라도 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 건 토지에 공동주택을 신축하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것이라고 보기도 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 토지의 유예기간(2년) 내에 이 건 공동주택을 착공하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제31조[임대주택 등에 대한 감면] ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청은 2021.9.29. ‘AAA도시재생 뉴딜사업 활성화 계획’을 고시(부산광역시 사상구 고시 OOO)하였는데, 여기에는 청구법인이 이 건 토지에 행복주택(소규모 임대주택) 100개 호를 신축하는 사업계획이 포함되어 있다.

(나) 청구법인은 2022.3.4. 이 건 토지(부산광역시 사상구 OOO 외 2필지 4,004.60㎡)를 OOO원에 취득한 후, 이 건 토지를「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자가 임대용 공동주택을 신축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여, 취득세의 100분의 85를 감면받았다.

(다) 기획재정부장관은 2022.7.29. 청구법인과 같은 공공기관의 불요불급한 자산을 매각하도록 하는 이 건 가이드라인을 발표하였고, 청구법인은 이 건 가이드라인에 따라 이 건 공동주택과 함께 신축하기로 한 사옥 신축 계획을 재검토할 수밖에 없었으므로 이는 이 건 공동주택을유예기간 내에 신축할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

(라) 청구법인은 2023.12.4. 국토교통부장관(공공택지관리과장)에게 이 건 공동주택의 사업계획 승인을 신청하였고, 국토교통부장관은 2024.5.10. 이를 승인하였다(국토교통부 고시 OOO).

(마) 청구법인은 2025.1.24. 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고.납부한 후, 2025.2.26. 이 건 공동주택의 신축공사를 착공하고, 부산광역시장을부터 착공신고필증을 교부받았다.

(2)「지방세특례제한법」제31조 제1항 제1호에서「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(청구법인 등)가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2024.12.31.까지 취득세를 감면(100분의 85)하되, 토지의 경우 그 취득일부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 이 건 가이드라인에 공공기관의 불필요한 자산을 매각하도록 하는 내용이 있다고 하여, 이로 인해 청구법인이 도시 저소득층의 주거 안정을 위하여 공급하는 이 건 공동주택의 신축 공사가 제한된다고 보기는 어려운 점,

이 건 가이드라인에 따라 청구법인의 사옥 신축이 제한되거나 재검토 대상에 포함될 수 있다고 하더라도 그 제한 등이 이 건 공동주택의 신축 공사에 직접적인 영향을 미치는 것은 아니라고 보이는 점,

청구법인은 이 건 토지의 유예기간(2024.3.4.)을 불과 3개월 정도 남겨 놓은 2023.12.4. 국토교통부장관에게 이 건 공동주택의 사업계획 승인을 신청하였는데, 사업계획 승인을 신청할 때까지 이 건 공동주택의 신축을 위해 어떤 노력을 하였는지에 대해서는 거의 소명하지 못하고 있는 점 등에 비추어,

청구법인이 이 건 토지의 유예기간 내에 이 건 공동주택을 착공하지 못한 데에 행정관청 또는 법령의 금지나 제한이 있었다거나 청구법인이 이 건 공동주택을 착공하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것은 아니라 할 것인바, 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.