이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2022.6.22.과 2022.7.28. 경기도 용인시 처인구 OOO㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」(2021.12.28., 법률 제18655호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
나. 청구법인은 이 건 부동산 중 토지 OOO㎡ 및 건축물 OOO㎡(건강검진센터, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를「지방세특례제한법」(2021.12.28., 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 주장하면서, 2023.11.30. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내 의료업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아, 2024.1.23. 이를 거부하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.8. 이의신청을 거쳐, 2024.8.12. 심판청구를 제기하였다.
2.청구법인 주장 및 처분청 의견
가.청구법인 주장
청구법인은 2022.1.～2. 쟁점부동산을 취득하기 전부터 쟁점부동산을 건강검진센터로 사용하기 위하여 가설계안을 검토하였고, 2022.6.22.과 2022.7.28. 쟁점부동산을 건강검진센터로 사용하고자 취득한 후, 쟁점부동산 취득일로부터 1년 이내에 의료업에 사용하고자 임차인 퇴거, 개발행위허가, 설계, 철거 및 내부공사 등 진지한 노력을 다하였으나 물리적 시간의 한계로 인하여, 유예기간 1년으로부터 1개월이 지난 2023.8.18. 처분청으로부터 사용승인을 받은 후 의료업에 직접 사용하였다.
일반적으로 의료업에 사용되는 토지와 건축물은 다른 법령에 비하여 엄격한 규제와 절차가 있고 기존 토지와 건축물을 취득하여 의료목적에 맞게 사용할 수 있는 상태로 만들기까지 시간이 많이 필요한바, 청구법인은 의료업에 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 후 일련의 절차를 통하여 목적에 맞는 사용을 하고자 최선을 다하였음에도, 처분청이 이를 인정하지 아니하고 유예기간으로부터 1개월이 경과된 것만을 고려하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 2022.6.22.과 2022.7.28. 쟁점부동산을 취득한 후, 2022.11.22. 개발행위허가를 득하였고, 2023년 4월 쟁점부동산의 내부공사를 시작하였으며, 감면유예기간(1년)을 지난 2023.8.18.에서야 사용승인허가를 받았으므로 청구법인이 쟁점부동산을 감면 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.
청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 쟁점부동산에 임차인이 있음을 사전에 인지할 수 있었고, 임차인 퇴거에 일정 시간이 필요했을 것이라 예측 가능한 상태였으며, 청구주장과 같이 의료업에 사용되는 부동산은 다른 법령에 비하여 엄격한 규제와 절차가 있어 시간이 많이 필요하다 하더라도 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 이러한 제한사항을 사전에 확인할 수 있었을 것이므로 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점부동산을 유예기간(1년) 내에 의료업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
나. 관련 법률
지방세특례제한법(2021.12.28., 법률 제18656호로 일부개정된 것)
제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ①「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 의료법인설립허가증에 의하면, 청구법인은 2007.10.8. 경기도 용인시 처인구 OOO을 사업장 소재지로 하여 의료법인 설립허가를 받은 것으로 나타난다.
(나) 청구법인은 2022.6.22.과 2022.7.28. 이 건 부동산을 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.
(다) 청구법인은 2023.8.18. 쟁점부동산을 의료시설(종합병원 : 건강검진센터)로 사용승인을 받아 의료업에 직접 사용하였고, 2023.11.30. 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 주장하면서 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내 의료업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아, 2024.1.23. 이를 거부하였다.
(라) 청구법인은 아래와 같이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(1년) 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있고, 의료업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장한다.
＜쟁점부동산 공사 진행 내역＞
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 유예기간 내에 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하지 않았다는 의견이나,「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것이므로 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 직접 사용하거나 공사에 착공하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2009.1.15. 선고 2006두14926 판결 외 다수, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 2022.1.～2. 쟁점부동산을 취득하기 전부터 쟁점부동산을 건강검진센터로 사용하기 위하여 가설계안을 검토하였고, 2022.6.22.과 2022.7.28. 쟁점부동산을 취득한 후, 쟁점부동산을 유예기간 내에 건강검진센터로 사용하고자, 공사계약을 체결하고, 통신설비이전공사, 의료법인의 기본재산증가보고, 개발행위허가신청(1차), 불법건축물의 철거공사, 토지측량 및 토목설계공사, 내부철거공사 및 리모델링공사, 구조안전점검 및 증축부설계계약, 개발행위허가신청(2차), 소방시설공사, 감리용역계약 등 진지한 노력을 다하였으나 물리적 시간의 한계로 인하여, 유예기간으로부터 1개월이 지난 2023.8.18. 처분청으로부터 사용승인을 받은 후 의료업에 직접 사용하고 있는 점, 청구법인은 의료법인으로서, 일반적으로 의료업에 사용하기 위하여 취득하는 토지와 건축물에 대하여 허가관청에 보고하여야 하고 이에 대하여 허가관청의 승인이 있어야 의료업으로 사용할 수 있어 여기에 일정시간이 소요되는 점 등에 비추어, 청구법인은 유예기간 내에 쟁점부동산을 의료업에 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보이므로 정당한 사유를 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.
따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.