이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.14. 강원특별자치도 원주시 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2020.7.23. 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 처분청으로부터 취득세를 면제받았다.

나. 그 후, 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 2024.1.10. 쟁점토지에 대하여 기 감면하였던 취득세 OOO원(가산세 포함)을 부과.고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

아래와 같은 사정들을 종합하면, 청구법인이 쟁점토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이와 다른 전제에서 이루어진 처분청의 이 건 취득세 등의 부과 처분은 위법하다.

(1) 대법원(1996.1.26. 선고 95누13104 판결, 2013.9.12. 선고 2012두20311 판결 등)은 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고,

이때 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 비영리사업자가 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다고 판시하였다.

(2) 청구법인은 2020.7.14. 쟁점토지에 관하여 매매계약을 체결한 후, 계약 당일에 매매대금을 완납하고 바로 건축설계를 진행하였는바, 실사용 목적이 없었다면 잔금을 조기에 납부하기보다는 허용되는 범위 내에서 최대한 매매대금 지급을 늦추면서 부동산의 시세 변동을 관찰하는 등의 행동을 하였을 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점토지의 매매대금 완납일(2020.7.14.)부터 10개월이 경과한 2021.6.3. 건축허가신청을 접수하기는 하였지만, 건축물의 연면적이 OOO㎡(지하 1층, 지상 2층)로서 설계에 상당한 시간이 필요하였다.

청구법인은 2021.7.23. 건축허가를 받은 후, 곧바로 허가조건 충족을 위한 설계변경을 진행하여 2021.11.9. 변경허가를 받았으며, 2021.12.1. 공사도급계약을 체결하여 공사에 착수하였고, 특별한 사정이 없는 한약정한 공사기한(2023.2.28.)까지는 신축공사의 완공이 가능하였으나,

그 후, 3차에 걸쳐 공사기간이 연장되면서 3년 이내에 공사가 마무리되지 못하였지만, 이는 모두 외부적인 사정에 기인한 것으로서 청구법인의 공사대금 미납이나 방치 등 청구법인의 귀책사유에 기한 것이 아니다.

(4) 쟁점토지상의 건축물이 갖추어야 하는 법정 주차대수는 17대였지만, 처분청이 허가 조건으로 삼은 주차대수는 33대로서 2배에 달했으며, 청구법인은 이와 같은 허가조건으로 인해 2021.9.24. 착공신고가 수리되었지만, 바로 착공하지 못하고 설계변경을 통해 2021.11.9. 변경허가를 받아야 하였는바,

최초의 건축 허가일(2021.7.23.)부터 변경허가일(2021.11.9.)까지 약 3.5개월간의 기간은 주차대수 확보를 위한 것으로서 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 기한 공사지연이라 할 것이고,

또한, 청구법인이 지하 2층까지 터파기공사를 할 수밖에 없었던 이유 역시 주차면을 33대 이상 확보하도록 한 허가 조건 때문이고, 그로 인한 공사기한이 당초 2023.2.28.에서 2023.12.30.까지 연장되었으므로 이는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 기한 공사지연으로 보아야 하며,

동절기 한파로 인해 공사기간이 2024.2.6.까지 약 1개월 이상 연장된 것 역시 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 기한 것이다.

결과적으로, 2020.7.14. 쟁점토지를 취득한 후, 2024.2.6. 그 지상에 종교시설용 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점종교시설”이라 한다)를 신축하는 기간이 3년 6개월의 기간이 소요되었지만, 정작 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 기해 지연된 기간이 최소 1년 2개월 이상(조건부허가에 따른 설계변경 3.5개월, 공기연장 11개월)이었고, 외부적인 사정이 없었다면 약 2년 4개월(3년 6개월 - 1년 2개월) 내에 신축공사를 마무리하여 쟁점토지를 원래의 목적사업에 사용할 수 있었다고 보아야 한다.

(5) 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제8호는 “완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날”을 취득시기로 보도록 규정하고 있는바,

청구법인이 쟁점토지에 대한 대금을 완납한 날(2020.7.14.) 당시에는 쟁점토지는 완성 또는 확정되지 않은 자산이었고, 쟁점토지가 종교시설용지로 확정된 것은 2020.12.31. 도시관리계획 지형도면 승인.고시에 따른 것이므로 쟁점토지의 취득시기는 2020.12.31.로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제7조에서 부동산의 취득은「민법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 여기서 사실상 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다고 할 것인바(대법원 2001.2.9. 선고, 2000두2204 판결 등, 같은 뜻임),

「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계취득의 경우에는 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고,

청구법인이 이 건 취득세를 신고하면서 제출한 토지대금 완납확인서는 법인(한국토지주택공사 강원지역본부)이 법인장부를 근거로 발급한 서류로서 쟁점토지의 취득의 경우 「지방세법」제10조 제5항 제3호의 법인장부로 취득가격이 증명되는 취득에 해당하는 증빙 자료로 볼 수 있으므로 쟁점토지는 같은 법 시행령 제20조 제2항 제1호에 따라 사실상의 잔금지급일(2020.7.14.)에 이를 취득한 것으로 보는 것이 타당하겠으며,

청구법인은 2020.7.14. 쟁점토지를 취득한 후, 2023.11.24. 현재 공사를 진행중인 상황이었고, 2024.2.6. 건축물 사용승인을 받은 것으로 나타나므로 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다.

(2) 청구법인은 2020.7.14. 쟁점토지에 대한 매매대금을 완납한 후, 매도자인 한국토지주택공사의 사용승낙을 받아 쟁점토지의 사용이 가능한 것으로 보이며, 택지개발사업 시행으로 택지를 조성하여 공급하는 토지의 경우 지적ㆍ등기 등 각종 공부정리는 해당 토지개발사업의 준공 이후에나 가능하므로 청구법인은 2020.7.14. 쟁점토지의 매매대금을 모두 지급하여 새로운 지번과 면적 등이 지적공부에 등록되면 쟁점토지를 청구법인 소유로 등록하는 절차만 남아 있었던 것이며,

처분청의 건축허가 관련 인·허가 절차는 적법한 것이고, 공사기간 연장 등은 청구법인의 내부적 사항으로서 청구법인의 경우 과세물건을 해당 용도로 직접 사용하지 못할 정당한 사유라 할 수 있는 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 해당 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 부득이 해당 용도에 사용할 수 없는 경우에는 해당되지 아니한다(대법원 2003.12.12. 선고, 2003두9978 판결, 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 쟁점토지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교단체가 취득한 쟁점토지를 3년 이내에 종교용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 고유번호증에 의하면, 청구법인은 2003.6.17. 단체명을 “OOO”, 소재지를 “경기도 성남시 분당구 OOO”로 하여 성남세무서장으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리 법인 등에 관한 고유번호증을 발급받은 것으로 나타난다.

(나) 쟁점토지 매매계약서 등에 의하면, 청구법인은 OOO 사업지구 내에 소재한 쟁점토지에 대하여 2020.7.14. 한국토지주택공사(강원지역본부장)와 아래 ＜표1＞과 같은 조건으로 매매계약을 체결한 후, 같은 날 잔금을 지급하여 이를 취득한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 쟁점토지 매매계약서(발췌)

○○○

(다) 처분청은 2020.12.31. 쟁점토지를 포함한 OOO지구 지구단위계획구역에 대하여 “원주 도시관리계획 지형도면 승인 고시”를 하였다(원주시 고시 제OOO호).

(라) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2020.7.14. 매매를 원인으로 2021.2.26. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다.

(마) 처분청은 청구법인의 건축허가 신청에 대하여 2021.7.23. 아래 ＜표2＞와 같이 건축허가(신축) 통보를 하였다(신속허가과-OOO).

＜표2＞ 쟁점토지상 건축허가(신축) 내역(발췌)

○○○

(바) 처분청은 2021.9.24. 청구법인이 제출한 쟁점종교시설의 신축공사의 착공신고를 수리한 후, 청구법인에게 이를 통지하였다(신속허가과-OOO).

(사) 처분청은 2021.11.9. 위 (마)의 건축허가를 아래 ＜표3＞과 같이 변경(신축/허가사항변경1차) 통보하였다(신속허가과-OOO).

＜표3＞ 쟁점토지상 건축허가(신축) 변경 내역(발췌)

○○○

(아) 청구법인은 2021.7.23. 건축허가된 쟁점종교시설(지하 2층, 지상 4층, 연면적 OOO㎡)을 신축하여 2024.2.6. 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

(자) 청구법인은 2020.7.14. 쟁점토지를 취득하고, 그 지상에 종교시설인 쟁점종교시설을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 왔다고 주장하며, 아래 ＜표4＞와 같은 추진일정 등의 자료를 제출하였다.

＜표4＞ 쟁점종교시설 신축 진행 경과(청구법인 정리)

○○○

(차) 청구법인이 제출한 쟁점종교시설의 신축공사 현장사진 등에 의하면, 지하층의 터파기 과정에서 암반층이 발견되어 암반천공 및 브레이커 작업 등을 진행한 사실과 소음민원 등으로 인한 소음저감장치 작업 등을 진행한 사실이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서 그 단서에서 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 제2호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’를 규정하고 있으며,

같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 토지를 취득하여 그 지상에 새로운 건축물을 신축하거나 증축하는 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 직접 사용을 위한 준비행위에 불과하므로 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없다 할 것이지만, 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 “정당한 사유”가 있는 것으로는 보아야 할 것이고(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 등 다수, 같은 뜻임),

「지방세특례제한법」등에 의한 “정당한 사유”에는 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이며, “정당한 사유”의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참착하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임),

청구법인은 종교시설에 직접 사용하기 위하여 2020.7.14. 쟁점토지를 취득한 후, 2021.7.23. 건축허가 및 2021.12.4. 건축공사 착공 등 유예기간(3년) 내에 종교시설용 건축물을 신축하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하여 온 것으로 보이고, 유예기간(3년)을 6~7개월을 넘겨 쟁점종교시설을 신축할 수밖에 없었던 주된 이유는 처분청이 쟁점종교시설 건축허가(신축) 당시 허가 조건으로 제시한 요건(현 주차대수의 1.5배 추가 확보)을 반영하여 주차대수 증가(기존 22대, 변경 35대) 및 지하층을 추가(기존 지하 1층, 변경 지하 2층)하고, 그로 인한 설계변경, 지하층 암반 발견으로 인한 공사기간 증가 등에 그 원인이 있는 것으로 보이므로 이는 유예기간(3년) 내에 종교목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다(조심 2023지4427, 2024.10.14., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법

제2조 (정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우