이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2022.7.1. AAA 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식을 100% 취득(이하 “이 건 주식”이라 한다)하고, 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 소재지별 장부가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제15조 제2항 제3호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 과점주주 간주취득세 등(이하 ‘제①취득세등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
＜표1＞ 제①취득세등 신고납부 내역 (단위: 원)
○○○
나. 청구법인은 2022.10.7. 이 건 법인을 흡수합병하고 다음 ＜표2＞와 같이 과세대상 물건의 소재지별 장부가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 및「지방세특례제한법」 제57조의2 제1항에 따라 산출한 취득세 등(이하 ‘제②취득세등’이라 한다)을 추가 신고·납부하였다.
＜표2＞ 제②취득세등 신고납부 내역 (단위: 원)
○○○
다. 이후 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 제①취득세등과 제②취득세등은 동일한 부동산에 대하여 취득세를 이중납부한 것이므로 제②취득세등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 이에 대해 처분청은 거부처분을 하였다.
＜표3＞ 경정청구 내역 (단위: 원)
○○○
라. 청구법인은 2024.11.27. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정 된 것)에서 취득 관련 등록세 과세대상을 취득세 과세대상으로 통합하여 그 세율을 구 취득세와 구 등록세의 세율을 합산 조정하고, 취득과 관련이 없는 구 등록세의 나머지 과세대상에 대하여는 별도의 세목인 등록면허세를 신설하였으며, 취득세 통합 규정은 2011.1.1. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 때부터 적용하는 것이므로 현행 취득세에는 구 취득세 성격과 구 등록세 성격이 구분되어 존재할 수 없다.
(2) 대법원은 판례(대법원 2017두74672, 2017두35684)에서 등기를 마치지 아니한 경우에도 「지방세법」 제11조 제1항 제1호 나목에 따른 취득세율이 적용되어야 한다고 판시하여 구 등록세와 구 취득세 성격의 현 취득세가 별도로 존재하지 않음을 명확히 하였고, 「지방세법」 제6조 제1호에서 정한 취득이라면 현 취득세의 과세 여부만 문제가 될 뿐, 현 취득세 과세대상에 해당하지 않더라도 등록면허세 납세의무가 새롭게 성립하는 것은 아니라고 판시한 바 있다.
(3) 청구법인의 과점주주 및 합병 취득은 모두 2011.1.1. 이후 발생하였으므로 쟁점인 이중과세 여부를 판단함에 있어 통합 이후 「지방세법」을 적용받아야 마땅하며, 처분청에서 현행 「지방세법」상 존재하지 않는 구 취득세 성격와 구 등록세 성격의 허구 개념을 상정하여 통합 전 규정을 함부로 유추·확장해석하여 경정청구를 거부처분한 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 이중과세란 일반적으로 동일한 과세물건에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말하는 것(서울행정법원 2012.8.17 선고 2011구합42543 판결 참조)인바,
청구법인의 경우, 이 건 법인의 이 건 주식을 취득(2022.7.1.)하여 최초로 과점주주 납세의무가 성립하였고, 이후 2022.10.1. 법인합병으로 인하여 과세물건의 소유권을 완전하게 취득하였으므로 두 취득행위는 각각 독립적인 행위로 보아야 할 것인 점, 흡수합병으로 인한 취득과 과점주주 간주취득은 그 과세요건과 과세사실 등이 다르며, 과점주주 간주취득 행위와 흡수합병의 취득 행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득 행위로서의 성질을 가진다고 할 것(대전고등법원 2006.6.22. 선고 2005누1648 판결, 같은 뜻)인 점 등을 종합하여 볼 때,
과점주주 취득세의 세율은 구 취득세의 세율(1000분의 20)과 동일하고 흡수합병으로 인한 취득세의 세율은 구 등록세의 세율(1000분의 15)과 동일하므로 처분청에서 이 건 경정청구를 거부처분한 것은 달리 잘못이 없다.
(2) 또한, 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정에서 합병으로 인한 부동산 취득세 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판단하면서 참조한 대법원 판례(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결)는 합병이 아닌 영업 양수도로 인한 부동산 취득세와 과점주주 간주취득세의 이중과세 여부에 관한 것으로서 사실관계가 달라 이 건에 직접 원용하기는 어렵다고 판단된다.
3. 조사내용
가. 쟁점
과점주주 간주취득세 등의 납부 이후, 해당 법인의 흡수합병에 대하여 신고납부한 취득세 등은 이중과세에 해당하므로, 환급해야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.
(가) 주식 매매계약서 및 주주명부(일부 발췌)에 따르면 청구법인은 2022.7.1. 다음 ＜표4＞와 같이 이 건 법인의 주식을 취득하였다.
＜표4＞ 주식 매매계약서 및 주주명부 기재 사항
○○○
(나) 등기사항전부증명서 및 합병계약서에 따르면, 청구법인과 이 건 법인은 2022.7.21. 합병계약을 체결하고, 이 건 법인은 2022.10.7. 청구법인에 흡수합병되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
처분청은 이 건 법인의 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주 납세의무가 성립하였고, 이후 법인합병으로 인하여 쟁점부동산의 소유권을 완전하게 취득하였으므로 두 취득 행위는 각각 독립적인 행위로 보아야 하고, 법인합병으로 쟁점부동산을 취득하는 경우의 취득세는 사실상 등록세 성격의 취득세에 해당하므로 이중과세가 아니라는 의견이다.
그러나, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 그 자산을 임의처분 하거나 관리·운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득하는 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 같은 뜻임)이므로, 이후 그 과점주주가 흡수합병의 방법으로 이 건 법인의 자산 전부를 실제로 취득하였다면 「지방세법」상 청구법인이 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 법인의 자산을 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하다(조심 2023지5004, 2024.9.30., 같은 뜻임).
청구법인은 2022년 8월 이 건 주식의 취득에 대하여 과점주주 간주취득세를 신고·납부한 이후, 이 건 법인을 흡수합병하고 2022년 11월 이에 대하여 취득세를 또다시 신고납부하였으므로 그 중 과점주주로서 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 할 것이다.
따라서, 청구법인에게 과점주주 간주취득세와 합병으로 인한 취득의 취득세 납세의무가 각각 존재한다는 전제하에 처분청들이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법률
(1) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 일부개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.
제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.
3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.
(2) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 일부개정되기 전의 것) 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.
1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액
2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액
(3) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정된 것) 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
③ 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우