이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 회사의 자산을 부동산 개발, 임대분양 및 관리에 운용하고 그 수익을 주주에게 분배하는 것을 목적으로 OOO 설립된 프로젝트금융투자회사로서 OOO OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 서울특별시 영등포구 OOO 소재 OOO용지 OOO㎡(2020.9.16. 지목이 대로 변경)에 대한 지상권OOO 설정계약을 하였다.

이후 a(주)(이하 “a”이라 한다)를 시공사로 하여 2007년 7월부터 위 토지에 대한 개발사업을 진행하던 중 2010년 10월 OOO이 제기한 지상권 설정등기 말소 등 청구소송으로 사업이 중단되었으나 OOO 대법원의 확정판결에 따라 승소 후 시공사를 ㈜b(이하 당시 상호에 따라 “c”이라 한다)로 변경하고 OOO 공사를 재개하여 OOO시설(건축연면적 OOO 건물로서 이하 “d”이라고 하며, d을 신축.관리.운용.처분하는 사업을 “쟁점사업”이라 한다)을 준공하였다.

나. 청구법인은 자산관리사무 위탁계약에 따라 2016.10.18.부터 쟁점사업에 자산관리회사로 참여한 d유한회사(OOO 프로젝트금융투자회사를 위한 자산관리 업무를 목적으로 설립되어 OOO 청산종결됨. 이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 2020.10.28. ‘준공 인센티브’ 명목의 공급가액 OOO원(이하 “쟁점인센티브”라 한다)의 세금계산서를 수취한 후 그 공급가액을 손금에 산입하고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 해당 과세기간 법인세 및 부가가치세를 신고하였다.

＜그림 1＞ 쟁점사업 관련 주요 일정

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.12.15.부터 2023.2.9.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점인센티브는 사업과 관련 없는 지출로서 통상적으로 인정되는 손금으로 볼 수 없는 것으로 보아 쟁점인센티브를 손금불산입하고, 관련 매입세액을 불공제하여야 한다는 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 청구법인에 2023.9.18. 2020년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하고, 2024.2.14. 2020사업연도 법인세 과세표준 OOO원 증액(이월결손금 감액) 경정통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.18. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO이 제기한 소송으로 인해 약 7년간의 공사 중단 및 자금조달의 어려움 등 감당하기 어려운 기회비용을 치르고 d을 준공하였으며, 이 과정에서 쟁점법인은 청구법인의 자산을 성실히 위탁관리하여 d의 성공적인 준공이라는 결과를 이루어냈고, 기존 차입금을 낮은 이자율로 리파이낸싱하는 등 자금조달업무를 수행하였으며 쟁점인센티브는 이에 대하여 지급된 것인바, 쟁점인센티브는 부동산 개발이라는 청구법인의 업무와 관련된 비용이다.

(2)「법인세법」제19조 등에 의하면, 별도의 손금불산입 사항으로 열거되어 있거나 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 자산총액을 감소시킨 것은 손금으로 인정되어야 하며, 법인이 지출한 비용이 사업관련성과 통상성의 요건을 동시에 갖추거나, 수익관련성의 요건을 갖출 경우 해당 법인의 손금으로 보는 것이 타당한바, 쟁점인센티브는 이 모두를 갖추고 있다.

(가) 사업관련성은 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행이 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 하는데, OOO과의 소송 등으로 쟁점사업이 무산될 위기에 처한 청구법인은 부동산 개발에 많은 경험을 가진 임직원이 소속된 쟁점법인과 자산관리업무 위탁계약을 체결하였으며, 쟁점사업의 조속한 정상화 및 d의 성공적 준공, 안정적 자금조달을 위하여 쟁점법인에 쟁점인센티브 지급을 구두로 약속함에 따라 쟁점법인은 a과의 원만한 정산 합의, c과의 책임 임대차 계약체결, e.f과의 임대차계약 체결, OOO 매각 및 낮은 이자율의 RF대출 계약체결 등의 업무를 성공적으로 마치게 된 것인바, 결국 쟁점인센티브는 청구법인의 사업과 관련하여 지출된 비용이다.

(나) 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황에서 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하는바, 쟁점인센티브는 크게 준공 인센티브와 리파이낸싱 인센티브로 나뉠 수 있고, 준공 인센티브 OOO원은 성공적 d 준공을 위한 동기부여를 위해 기존 자산관리회사 보수OOO를 감액OOO하여 공사기간 OOO원의 보수를 절감하여 그 범위 내에 지급한 것이며, 리파이낸싱 인센티브 OOO원은 고금리(4.2%～7.5%)의 기존 PF대출을 낮은 이율(2.5%～4%)의 자금을 조달.상환함에 따라 지급한 것으로 통상적인 리파이낸싱 인센티브 OOO원 보다 OOO이 작은 것으로 통상적인 범위를 벗어나지 않았다.

이와 같이 청구법인과 쟁점법인은 자신의 이익을 극대화하는 과정에서 4년의 성과를 바탕으로 서로의 협상력에 의하여 쟁점인센티브를 결정하였고, 쟁점법인은 이를 수령하여 OOO원을 임직원에 사전 약속한 준공 인센티브 및 퇴직금으로 지급하고 나머지는 주주에게 배당하였는바, 이 과정에서 조세를 포탈하거나 사회질서를 위반한 사실 또한 없다.

따라서 쟁점인센티브는 동일한 사업을 영위하는 자가 일반적으로 지출하는 비용이고, 그 크기 또한 과도하지 않으며, 사회질서를 위반한 사실도 없으므로 일반적으로 용인되는 통상적인 비용에 해당한다.

(다) 조세심판원 선결정례 등(국심 2005서985, 2006.8.14., 국심 2007서351, 2007.7.5., 부산지방법원 2013.6.20. 선고 2013구합537 판결)의 취지에 따르면 특정비용의 수익관련성은 단순히 비용이 지출된 현 시점에 국한할 것이 아니라, 사업자가 영위하는 사업과 관련하여 미래의 손실 방지 및 이익 극대화를 위한 지출 또한 수익관련성이 있는 것으로 보아야 하는바,

청구법인이 쟁점인센티브 지급을 약정하여 쟁점법인을 독려함에 따라 쟁점사업의 빠른 시일 내 정상화, 성공적 부동산 개발로 OOO원(= d 시가 OOO원 - 장부가액 OOO원)의 자산가치 증가 및 정상적 임대사업 영위, 코로나19 등으로 인한 불황에도 유명 백화점.호텔.기업과의 임대차계약 등에 따라 안정적인 임대수익을 얻게 되었으며, 리파이낸싱 인센티브의 경우 기존 고율(4.2%～7.5%)의 PF대출을 저율(2.5%～4%) 자금으로 대환함에 따라 매년 OOO원의 이자비용 절감효과를 얻었으므로, 준공 인센티브 및 리파이낸싱 인센티브 모두 수익 관련성이 있다.

(3) 쟁점인센티브는 당초 PF대출 대주단의 통제로 인하여 최초 위탁계약서에 포함시키지 못하였을 뿐 지급이 계획되어 있었으며, 특정 조건의 달성이 어려운 용역제공 계약 시 성공 인센티브 조건을 추가하여 기본수수료에 추가하여 지급하는 것은 청구법인에 한정되지도 않은바, 쟁점인센티브는 PF대출 기간 내 d 준공이라는 조건의 충족에 따라 2020.9.25. 자산관리사무 위탁계약에 지급 규정을 추가하는 이사회 결의 후 그에 따라 쟁점인센티브 금액을 특정한 이사회 소집통지 및 2020.10.27. 이사회의 결의를 거쳐 지급되었고, 비록 쟁점인센티브를 지급하는 위탁계약이 쟁점인센티브 지급 직전에 체결되었다거나 사전 약정 여부가 불명확하더라도 당사자 간의 의사 합치에 의하여 지급된 이상 쟁점인센티브는 청구법인의 손금에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점인센티브는「법인세법」상 손금의 요건인 사업관련성, 통상성, 수익관련성을 모두 갖추지 못하였고, 청구법인 또한 이를 지급한 근거 등을 자세히 밝히지 못하고 있으므로, 쟁점인센티브 청구법인의 손금에 해당하지 않으며, 업무무관 지출로서 매입세액 불공제 대상이다.

(가) 청구법인은 사업과 관련하여 준공 및 리파이낸싱 인센티브를 지급하는 내용을 담아 자산관리사무 위탁계약을 변경하였다고 하나 위탁계약서 어디에도 구체적인 산정근거나 그 실재성을 확인할 수 있는 내용이 없으며(청구법인의 대표자도 쟁점인센티브의 구체적인 내용을 알지 못한다고 진술), 오히려 OOO나 g 주식회사에 리파이낸싱 관련 용역수수료를 지급한 것은 이사회 의사록 등에 의하여 확인된다.

청구법인도 인정하듯이 PF대출 대주단의 통제에 따라 쟁점법인에 기본 자산관리보수 이외에 추가적인 인센티브를 지급할 수 없었으나, d 준공 이후 청구법인은 급작스럽게 2020.10.26. 위탁계약을 변경하고 2020.10.28. 쟁점인센티브를 지급하였고, 쟁점법인은 이를 지급받은 후 임직원 인센티브 및 퇴직금으로 OOO원을 지급하고 다음해 5.27. 지배주주에게 청산배당금조로 OOO원을 송금하였다.

결국 쟁점인센티브는 청구법인의 사업과 관련된 것이 아니라 쟁점법인의 퇴직금, 성과금 지급 및 주주 배당재원의 마련을 위한 것이므로 청구법인의 사업에 필요하여 지출된 비용으로 볼 수 없다.

(나) 통상적인 비용은 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황에서 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하는데,

일반적인 제3자간 계약이라면 임직원 보수금액에 일정 마진을 더하여 책정한 자산관리 수수료만을 지급하는 것이 통상적임에도, 시공사가 아닌 자산관리 위탁업체인 쟁점법인에 준공 인센티브라는 명목으로 OOO원이 넘는 수수료를 지급하는 사례를 찾아볼 수 없는 점, OOO원이 넘는 누적 결손상태에 있던 청구법인이 지급한 것도 매우 이례적인 점, 이미 OOO 매각 성공보수를 당초 OOO원에서 OOO원으로 증액지급하였던 점을 고려하여 쟁점인센티브까지 지급한 것을 통상적이라고 볼 수 없다.

(다) 수익관련성을 입증하기 위해서는 청구법인의 현재 및 미래의 수익과 관련하여 쟁점법인이 어떤 역할을 하였는지에 대하여 계약서나 구체적인 업무내용 등을 통해 입증을 하여야 할 것인바, 청구법인은 소송으로 인한 장기간의 공사중단을 겪고 어렵게 준공에 성공한 결과만을 가지고 쟁점인센티브를 지급하였다고 주장하고 있으나, 장기간 공사중단에 따른 결손이 누적된 상황에서 쟁점인센티브 지급이 청구법인의 향후 수익실현에 결정적으로 기여한 바가 없으며, 그 지출의무 또한 없는 경우에 해당하므로 수익관련성도 인정하기 어렵다.

(2) 필요경비는 납세자에게 유리한 것이고, 이를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 것을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합되며(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 다수, 같은 뜻임), 특히 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 입증책임이 오히려 납세의무자에게 있다(대법원 2014.8.20. 선고 2012두23341 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인이 제출한 예상집행계획서는 쟁점인센티브와 직접적인 관련성이 없으며, 쟁점인센티브의 지급시기와도 일치하지 않고, 자산관리회사가 시행사에 수시로 보고해야하는 문서일 뿐 쟁점인센티브의 지급의 근거가 될 수 없다.

오히려, 준공이나 리파이낸싱 용역은 이미 다른 거래처와 계약을 체결하여 그 대가를 지급하였고, 청구법인이 증빙으로 제시한 내용들은 자산관리를 위탁 받은 자산관리회사 본연의 업무에 대한 것으로 쟁점인센티브를 지급할 만큼의 용역이 실재하지 아니하고, 구체적인 용역 수행 내역이나 결과물, 산정근거 등 증빙이 확인되지 않으므로「법인세법」상 손금의 요건을 갖추지 못하였다.

1. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점인센티브가 손금산입 및 매입세액공제 대상인지 여부

가. 관련 법령

(1) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것

가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것

다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것

라. ～ 사. (생 략)

아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

(2) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제86조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ⑤ 법 제51조의2제1항 제9호 아목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

2. 자산관리ㆍ운용 및 처분에 관한 업무를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 “자산관리회사”라 한다)에게 위탁할 것. 다만, 제6호 단서의 경우 「건축물의 분양에 관한 법률」 제4조 제1항 제1호에 따른 신탁계약에 관한 업무는 제3호에 따른 자금관리사무수탁회사에 위탁할 수 있다.

가. 당해 회사에 출자한 법인

나. 당해 회사에 출자한 자가 단독 또는 공동으로 설립한 법인

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업을 영위하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “자금관리사무수탁회사”라 한다)에 자금관리업무를 위탁할 것

(3) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

(4) 부가가치세법 시행령 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점사업과 관련하여 조사청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점사업은 아래와 같은 사업구조의 프로젝트투자금융회사인 청구법인을 중심으로 하여 이루어졌고, 청구법인의 이사회에는 쟁점사업의 이해관계자인 출자자(청구법인), 건설회사(a→c), 대주단[대리금융기관 h(주)(이하 “h”이라 한다)]을 대표하는 이사들이 참여하여 의사결정하였는데, 법인세법령 등에 따라 PFV인 청구법인은 상근직원을 두지 않는 등 명목회사이므로 자산관리 및 일반업무는 자산관리회사인 쟁점법인이 담당하였다.

(나) 쟁점법인은 청구법인과 OOO과의 소송이 종결되어 쟁점사업이 재개된 2016.10.18.부터 쟁점사업에 자산관리회사로 참여하였는바, 관련한 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 2016.10.18. 쟁점법인에 쟁점사업을 위탁하는 것을 주요 내용으로 하여 자산관리사무 위탁계약을 체결하였으며, 2020.10.26. 쟁점인센티브 관련 내용을 포함하여 최종 개정된 계약서의 내용은 아래와 같다.

- 아 래 -

2) 쟁점법인은 OOO 해산등기 OOO 잔여재산가액 확정 및 청산소득에 대한 법인세OOO신고 후 지배주주에게 “외국인 직접투자 관련 초과 및 청산배당금”조로 USD OOO(한화 OOO원)를 송금하였으며, 쟁점법인과 후속 자산관리회사(d 유한회사)의 지배주주는 OOO 소재 OOO로 동일하다.

3) 청구법인의 대주주(지분율 : 82.9%)는 OOO 소재 OOO이며 그 지배기업인 OOO 등을 거쳐 최상위 지배주주는 OOO 소재 OOO이며, 쟁점법인의 대주주(지분율 : 100%)는 OOO 소재 OOO이고, 그 지배주주(100%, 최상위 지배주주)는 OOO인바, 청구법인과 쟁점법인 간 혹은 그 지배주주간 특수관계는 확인되지 않는다.

4) 청구법인의 대주주는 주주권 행사를 위하여 위임장(POA : Power Of Attorney)을 국낸 법무법인 등에 발급하여, 주요 계약(PF대출 담보해지 및 RF대출 등)의 체결, 주총안건(자금조달.임원진의 임면.정관변경 등)에 대한 표결권 등을 위임하였고,

청구법인 정관(제32조)은 일반 법인과 달리 「법인세법」에 의거하여 자산관리회사에 업무를 위탁하여, 자산관리회사가 자산관리계약에 따라 추가적인 동의 없이 독자적인 재량으로 결정하고 제3자와 계약을 체결할 수도 있도록 규정(제3항)하면서도 OOO원 이상의 계약, 수입 또는 지출 등(제3항 각목) 이사회의 권한으로 열거한 사항은 예외로 하여, 쟁점인센티브 지급은 쟁점법인(자산관리회사)이 자신의 권한으로 할 수 없고, 이사회의 승인이 필요하였다.

(다) 쟁점법인은 청구법인으로부터 쟁점사업과 관련하여 쟁점인센티브 포함 합계 OOO원을 수수료(세부내역 ＜표1＞ 참조)로 지급받았으며, 처분청은 이 중 쟁점인센티브만 부인하여 이 건 처분을 하였다.

다른 수수료는 용역대가와 용역내역이 계약서와 각종 내부기안 서류 등에서 확인된다는 이유로 정당한 손금으로 인정하였는바, 구체적으로 OOO 매각성공보수의 경우, 이사회(제2019-3차)의 승인에 따라 쟁점법인은 매각주간사로 하는 용역계약 체결(2020.9.30.) 후 2020.10.29. 쟁점법인의 기여를 인정함에 따라 기본보수와 성공보수를 증액(합계 OOO원에서 OOO원으로)하기로 결정한 후 2020년 11월 변경 계약을 체결.지급한 것으로 확인된다.

＜표1＞ 청구법인이 쟁점법인에 지급한 수수료 내역

(단위 : 백만원)

(2) 쟁점인센티브와 관련한 조사청의 조사내용 및 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) 조사청은 ① 쟁점인센티브는 쟁점법인에 지급한 다른 수수료와 달리 기존 자산관리계약서를 단순 변경하여 지급하였고, 비용을 인정할 만한 증빙이 확인되지 않을 뿐 아니라, ② 청구법인이 주장하는 지급사유(성공적인 준공 및 리파이낸싱)도 이미 이에 대하여 별도로 지급한 수수료가 있는 것 등을 이유로 인정하지 않고, 쟁점인센티브를 사업과 관련하여 통상적인 지출금액으로 인정할 수 없다고 본 것으로 나타난다(아래 ‘조사결과 보고서’ 참조).

＜청구법인에 대한 조사결과 보고서 내용＞

(나) 조사청의 조사기간 중(2023.1.26.) 작성된 i의 진술서 주요 내용을 아래와 같은바, i은 쟁점인센티브에 대해 이사회 안건으로 올라와서 의결을 하였고, 쟁점사업의 성공에 따라 지급하였으나 그 산정근거에 관해서는 잘 알지 못한다는 취지로 진술하였다.

(다) 처분청은 쟁점인센티브가 지급된 2020년 청구법인의 지급수수료 원장 중 관련 내역(아래 ＜표2＞ 참조)을 제시하였는바, 쟁점인센티브를 지급하였다는 이유(준공 및 리파이낸싱)와 동 수수료의 지급 사유가 중복된다는 의견이며,

청구법인은 리파이낸싱 대주단 모집 및 이자율 협상 등을 청구법인과 g(주)가 공동으로 수행하였으며, 이는 PF대출OOO 시 j(주)에 지급한 수수료가 OOO원이었던 사실, PF대출 주관사인 h에 대출금의 1% 상당액인 OOO원을 금융주관 수수료로 지급한 사실에서 알 수 있다고 주장한다.

＜표2＞ 청구법인의 ‘지급수수료 원장’ 중 관련 내역(2020년)

(단위 : 백만원)

한편 위 수수료 지급과 관련하여 이사회 의사록, 계약서, 내부기안문서 등에 지급근거 및 산정기준이 나타는바, 조사청이 제출한 청구법인의 2002-6차 이사회(2020.8.19.) 결과 보고서 및 이사회 의사록 등을 보면, 이사회에 ‘리파이낸싱 관련 금융자문계약 및 컨설팅계약 체결의 건’이 상정.가결되었는데, 그 주요내용은 리파이낸싱 금융주관사로 h, 컨설팅 회사로 k(주)를 선정하고 보수를 대출금액의 각 0.8286%와 0.1714%로 하는 것이었다.

(라) 처분청은 매출액 OOO원 이상의 PFV가 성공보수, 인센티브 지급 관련 세금계산서 수취내역 조회 자료를 제출하였는데, 성공보수OOO, 인센티브OOO 각 1건씩이 확인되나 모두 자산관리회사가 지급받은 경우는 아닌 것으로 나타난다.

(마) 한편, 조사청은 청구법인이 2021사업연도까지 누적 결손금이 OOO원에 달하는 재무상황이 좋지 않았다며, 아래 ＜표3＞과 같은 법인세 신고자료 등을 제출하였다.

＜표3＞ 청구법인 법인세 신고 요약 자료

(단위 : 백만원)

(3) 쟁점인센티브와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 쟁점법인으로부터 관련 용역을 제공받는 등 쟁점인센티브가 업무관련성이 있다고 주장하면서 쟁점법인에서 작성한 기안문, 공문, 담당자 이메일 등(아래 ＜표4＞ 기재)을 제출하였다.

＜표4＞ 쟁점인센티브 관련 쟁점법인의 업무 증빙

＜그림2＞ RF대출 이자율 조정 관련 자료

＜그림3＞ RF대출 관련 업무화일 및 수.발신 이메일

조사청은 위 업무는 자산관리회사인 쟁점법인의 본연의 것일 뿐이므로 별도로 쟁점인센티브를 지급할 근거가 될 수 없다는 의견이며, 청구법인은, 쟁점법인이 잔산관리업무 이외 별도의 용역을 제공한 것이며, 쟁점인센티브의 지급은 명목회사인 청구법인을 대리하는 쟁점법인의 바람직한 행동을 유도하는 기본적인 유인기제로 통상적이며, 정당하다고 주장한다.

(나) 쟁점인센티브가 손금으로서의 통상성과 수익관련성을 갖고 있다고 주장과 관련한 증빙은 다음과 같다.

1) 준공 인센티브라고 주장하는 OOO원과 관련하여 쟁점사업 관련 자산관리회사에 지급한 보수내역(2005.5월∼2016.8월)을 제출하였고, 이에 따르면 a이 공사를 진행한 기간(2007년 7월∼2010년 10월) 자산관리보수는 대략 OOO으로 나타나는바, 쟁점법인 등의 자산관리보수는 OOO이므로 공사기간 등 감안시 4년간 OOO원을 절감하였고, 준공 인센티브 OOO원은 이 범위 내의 통상적인 비용이라는 주장이다.

2) 리파이낸싱 인센티브 OOO원 관련하여 제출한 자문서비스 계약 관련 수수료 지급합의서에 의하면 청구법인은 2016.12.21. PF대출과 관련하여 j 주식회사(대표 : l)에 대출금OOO에 0.5%를 곱한 금액 이내인 OOO원을 자금조달 성공수수료로 지급하기로 합의한 것으로 나타나고, 리파이낸싱 인센티브 OOO원은 위 기준에 따른 시세OOO 보다 OOO원을 절감한 금액이라는 주장이다.

3) 한편, h(목적 : 담보)의 의뢰에 따라 2020.7.24.을 기준으로 감정평가법인이 평가한 d(OOO 제외)의 시장가치는 OOO원이었고, 이에 OOO의 매각액(OOO원)을 합할 경우 d의 준공즈음 시가는 OOO원으로 계산되는바, d 전체 장부가액 OOO원 대비 OOO원의 자산가치가 증가하였다는 주장이다.

(다) 쟁점인센티브가 충분한 사전협의를 거쳐 지급되었다면서 주장하면서 제출한 증빙은 다음과 같다.

1) 청구법인이 제출한 PF/RF대출 자금 사용처 결정을 위한 예상 집행계획 자료상 일반적인 자산관리보수(개발관리비용 등) 이외 ‘AMC 수수료’나 ‘준공 후 인센티브’ 등으로 기재되어 있는 비용은 아래 ＜표5＞와 같은바,

청구법인은 쟁점인센티브는 2020년 10월 급작스럽게 지급된 것이 아니라 공사재개 후 쟁점법인에 동기부여 목적으로 청구법인, 대주단, 쟁점법인 사이의 의견합치에 따라 지급된 것이며, 2017.2.28. 인센티브가 삭제된 것은 부동산 경기 침체 등으로 인한 대주단의 자금통제에 따른 일시적 상황으로 추후 재논의하기로 하였다고 주장한다.

＜표5＞ 예상 집행계획상 인센티브 내역

＜그림4＞ 청구법인 제출 예상 집행계획서 일부

이에 대하여 조사청은 PF대출과 관련하여 2017.2.28. 최종적으로 인센티브를 지급하지 않기로 하였으며, RF대출 관련 자료는 조사당시 제출되지 않은 것으로서 청구법인의 이사회 등에서 실제 승인받은 것인지 확인되지 아니한다는 의견인바, 관련하여 처분청이 제출한 자료에 의하면 2020.3.13. 청구법인의 제2020-2차 이사회에 ‘사업비 변경의 건’이 상정되었고, 이사회 의사록에는 필수사업비 증가사유 등에 대하여 논의되었음에도 OOO원이라는 준공 인센티브(필수사업비에 포함) 관련 내용은 전혀 언급되지 않았던 것으로 나타난다.

2) 쟁점인센티브 지급과 관련하여 제출한 이사회소집통지서, 이사회의사록 등에 따르면, 청구법인은 2020.9.18. 소집통지 후 2020.9.25. 제2020-8차 이사회를 개최하여 리파이낸싱 관련 대출약정서 및 기타 계약체결건(의안1) 등을 승인.가결하였고, 동 이사회 의사록 관련 내용은 아래와 같은바, 청구법인은 부의안1에 자산관리사무위탁계약 등 기타 사업관련계약도 포함되어 있다는 주장이나, 쟁점인센티브 지급규정을 추가한다는 내용은 확인되지 아니한다.

청구법인은 2020.10.23. ‘d 준공 관련 인센티브지급 건’ 등을 안건으로 하여 이사회 소집통지를 하였는데, 이사회 부의안에는 ‘쟁점법인이 청구법인에 d 준공 관련 인센티브(금 OOO원, VAT별도)를 요청’하였다는 내용이 기재되어 있으며, 청구법인은 2020.10.27. 제2020-10차 이사회를 개최하여 위 쟁점인센티브 지급 안건을 승인.가결하였는데, 동 이사회의 의사록 관련 내용은 아래와 같다.

(라) 이외 쟁점법인의 조직도(2016.12.31. ～ 2020.12.31.)를 보면, 당초 22명 규모의 간단한 업무구조의 조직에서 2018.2019년 말 즈음 37명 내외 규모의 보다 복잡.세분화된 업무구조의 조직으로 확장되었던 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점인센티브는 청구법인의 손금으로서의 요건을 갖추었을 뿐 아니라 청구법인의 업무와 관련된 지출로서 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나,

(가)「법인세법」 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2024.9.12. 선고 2021두35308 판결, 같은 뜻임).

한편,「부가가치세법」제38조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 같은 법 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해되므로, 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은「부가가치세법」제38조 제1항, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결, 참조).

(나) 우선 쟁점인센티브는 2020.10.26. 자산관리사무 위탁계약에 대한 제3차 변경계약서에 지급근거 조항이 마련되어서 지급된 것으로서, 그 이전 청구법인의 자료(PF대출관련 예상집행계획 등)에도 나타나지 않다가 d의 준공 등 쟁점사업의 성공 및 그에 따른 RF대출 등과 관련하여 청구법인의 내부자료에 등장하였으며, 그 금액 또한 OOO원이 아닌 OOO원으로 기재되어 있었던 점, 위 제3차 변경계약서 등에 따르면 17조 제1항에 따른 자산관리보수 이외 같은 조 제2항에 따른 비용(쟁점인센티브도 이에 속한다)을 지급받기 위하여 쟁점법인은 청구법인에 관련 계약서 및 영수증 등 제 증빙을 제출하야 하고 쟁점인센티브를 제외한 매각 성공보수 등과 관련하여서는 제 증빙이 제출되었으나 다른 비용과는 달리 쟁점인센티브는 이를 갖추지 못한 점, 청구법인의 당시 대표이사도 쟁점인센티브를 쟁점사업의 성공에 따라 지급한 것으로 인식할 뿐 그 산정근거 등 구체적 내용을 알지 못하였던 점 등을 보면 쟁점인센티브는 청구법인이 d의 준공 및 RF대출과 관련하여 지출한 다른 비용(쟁점법인에 지급한 매각성공보수 포함)과 달리 급작스럽게 이례적 방식으로 지급된 것으로 보인다.

(다) 한편, 청구법인의 이사회(2020.10.27. 제2010-10차)는 ‘d 준공관련 인센티브 지급’이라는 명목으로 쟁점인센티브 지급안건을 승인하였고, 그 구체적인 이유로 d 준공, RF대출, d 일부(OOO) 매각에 대한 기여 등을 들고 있었으나, OOO 매각과 관련하여서는 쟁점법인에 이미 매각성공보수를 지급하였으므로 이는 쟁점인센티브를 지급할 근거로 타당하지 않은 것으로 보이고, 청구법인도 쟁점인센티브를 지급한 이유를 그 외 2가지로 들고 있어 이를 보면,

청구법인이 주장하는 리파이낸싱 인센티브(대환에 따른 이자비용 절감액 상당이라는 OOO원)와 관련하여서는 당초 청구법인의 내부문서에서도 인센티브 지급 이유로 제시되지 않았던 것(예상집행계획서 등에서도 준공 인센티브만 언급되었으며, 세금계산서 또한 위 명목으로 발급됨)일 뿐 아니라 쟁점사업 재개 당시의 PF대출과 d 준공 이후의 RF대출은 d의 준공에 따라 위험도 등 대출조건에서 차이가 상당하고, PF대출 시와 RF대출 시의 시장금리 등을 고려할 때 이자비용 절감액과 관련한 쟁점법인의 기여를 단정하기 어려운 것으로 보이며, 그 외 다른 법인에 지급한 관련 수수료 등을 고려할 때 RF대출과 관련하여 자산관리업무 위탁계약에 따른 위탁업무 수행 이외 청구법인의 별도의 기여를 인정하기 어려운 것으로 보이고,

준공인센티브(자산관리비 절감액 상당액이라는 OOO원)와 관련하여서 청구법인이 제출한 증빙(위 ＜표4＞ 기재)을 보면, 쟁점법인의 업무수행이 d의 준공 등 쟁점사업의 성공적 진행에 기여한 것을 인정할 수 있을지라도, 이러한 기여가 자산관리사무 위탁계약서 제6조에서 정한 위탁업무(위탁자산의 관리.운용.처분 업무)의 성실한 수행 및 그에 따른 제17조의 자산관리보수 이외 별도의 준공인센티브를 지급할 이유가 되는지는 그 지급경위 등에 비추어 불분명한 점, 그리고 쟁점법인에 지급한 자산관리보수가 OOO원으로 상당하였고, 비록 그 이전 일부 자산관리회사에 지급하였던 자산관리보수에 미치지 못한다 하더라도 그 자산관리회사와의 특수관계나 여타 자산관리회사에 지급한 금액 등을 볼 때 감액하여 지급한 것으로 단정할 수 없는 점, 이외 조사청이 제출한 자료상 자산관리회사에 준공인센티브를 지급한 사례가 확인되지 않는 점 등으로 볼 때 쟁점인센티브 중 OOO원이 d의 준공과 관련하여 지급되었다고 단정하기도 어렵다 할 것이다.

(라) 따라서, 쟁점인센티브는 일반적으로 인정되는 통상적이거나 청구법인의 수익과 직접 관련된 비용 혹은 쟁점사업의 수행에 필요한 지출로 인정하기 어렵다할 것이므로 처분청에서 쟁점인센티브를 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하여 법인세 과세표준을 경정하고, 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

1. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.