이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.12.18. 경기도 과천시 OOO토지 7,014㎡ (이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 이 건 토지를 과밀억제권역 내에서 본점용 건축물을 신축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2022.6.15. 이 건 토지 상에 건축물 63,113.04㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 이 건 건축물 중 41,500.79㎡(65.75%)는 본점용으로, 249.07㎡(0.4%)는 임대용으로, 17,013.19㎡(26.95%)는 후생복지시설용로, 나머지 4,349.99㎡(6.9%)는 기업부설연구소용으로 각각구분하였다.

다. 청구법인은 이 건 건축물 중 본점용 건축물에 대하여는「지방세법」제13조 제1항의 중과세율(1천분의 68)을, 임대용 건축물에 대하여는 같은 조 제2항의 중과세율(1천분의 44)을, 후생복지시설용 건축물에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제3호의 표준세율(1천분의 28)을, 기업부설연구소에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제3호의 세율과「지방세특례제한법」제46조 제3항의 감면 규정을 각각 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(취득가격 증가 및 기업부설연구소의 면적 감소에 따른 수정신고분 OOO원 포함)을 신고.납부하였다.

라. 청구법인은 2022.7.7. 이 건 토지 중 본점용 건축물(임대용 포함)의 부속토지가 아닌 2,474.54㎡(35.28%)에 대해서는 표준세율(1천분의 40)을 적용해야 한다는 취지로 취득세 등의 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 2022.10.14. 취득세 등 OOO원을 환급하였다.

마. 처분청은 이 건 건축물(63,113.04㎡) 중 기업부설연구소용 건축물 4,349.99㎡(이하 “쟁점연구소”라 한다)는 청구법인이 과밀억제권역 내에 신축한 본점용 건축물에 해당함에도 표준세율로 산출한 취득세 등을 신고.납부하였다고 보아, 2024.11.12. 청구법인에게 쟁점연구소(부속토지 포함)의 취득가격을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조 제1항의 중과세율(1천분의 80 또는 1천분의 68)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

＜표＞ 쟁점연구소에 대한 취득세 등 부과 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「지방세법」제13조 1항에서 과밀억제권역 내에서 신축한 본점용 부동산(부속토지 포함)에 대하여 취득세 중과세율(1천분의 68 또는 1천분의 80)을 적용한다고 규정하고 있고, 여기에서 ‘본점용 부동산’이란 법인의 중추적인 의사결정 및 실행행위가 이루어지는 장소를 의미한다고 할 것이다.

(2) 법인의 본점에 해당하는지 여부는 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영·인사·재무·총무·기획 등 관리행위가 실질적으로 수행되는지 여부에 따라 결정되는 것으로서 이러한 기능이나 행위가 존재하지 않는 부동산은 중과 대상인 본점용 부동산으로 볼 수 없다고 할 것이다.

(3) 조세심판원은 기업부설연구소에 대해 법인의 주요한 의사결정이나 인사, 재무, 총무 등의 업무를 수행하지 않는 부서이므로 취득세 중과 대상이 되는 본점에 해당하지 않는다고 일관되게 결정하였고, 그 후 조세심판관 합동회의를 통하여 ‘유전공학적 기법을 이용한 신기술·신소재·신제품 연구개발 및 제조·판매, 그 연구개발에 따른 지식재산권 획득·이전, 신약 및 식품의 연구개발 및 제조 판매 등을 목적사업으로 하는 법인의 기업부설연구소는 본점에 해당하지 않는다’고 결정하였다(조심 2023지1631, 2024.7.25. 조세심판관 합동회의).

(4) 쟁점연구소는「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소로서, 온라인 게임제작 공급 관련 연구를 전담하고 있고, 쟁점연구소의 근무자들은 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업 활동과 관련된 다른 업무를 겸할 수 없는 연구전담요원, 연구보조원 등이다.

(5) 청구법인은 쟁점연구소를「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」등 관련 법령에 따라 적절하게 운영하고 있고, 기업부설연구소를 운영함에 있어 관련 법령의 미 준수 등을 이유로 제재를 받은 사실이 없으며, 쟁점연구소의 인력들이 연구 활동에만 전념한다는 사실은 해마다 작성되어 공표하는 연구개발활동조사표에서도 확인된다.

(6) 처분청은 청구법인의 연구개발 활동 자체가 ‘게임소프웨어 개발 및 공급업’과 연관된 업무이므로 이는 본질적으로 본점 업무에 해당한다는 의견이나, 기업부설연구소는 법인의 목적사업과 관련된 연구를 수행하고 있으므로 여기에서 수익이 창출된다고 하여 그 기업부설연구소를 해당 법인의 본점이라고 단정할 수는 없다.

(7) 따라서, 처분청이 쟁점연구소를 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 과밀억제권역 안에서 인구유입과 산업집중 등의 유발효과가 뚜렷한 본점용 부동산의 신.증축에 대해서만 취득세 중과세 대상으로 규정한 것인바(대법원 2012.7.12. 선고 2012두6551 판결), 본점용 부동산에 해당하는지 여부는 그 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 할 것이다.

(2) 청구법인의 경우 과밀억제권역 내에 청구법인의 본점용 부동산인 이 건 건축물을 신축하였으므로 그 자체로 취득세 중과세율을 적용 대상이라 할 것인데, 쟁점연구소의 연구직원은 온라인 게임 이미지의 완성도를 높이는 등의 개발 업무를 수행하는 것이 주업무로서 해당 업무는 청구법인의 주된 목적사업인 ‘게임소프트웨어 개발 및 공급업’과 연관된 핵심업무이므로 청구법인이 영위하는 사업의 특성을 고려하지 않고, 기업부설연구소로 인증받았다는 이유만으로 청구법인의 중추적이고 핵심적인 업무를 수행하는 쟁점연구소를 본점용 부동산을 보지 않는 것은 법인 중과세율 적용 취지에 부합하지 않는다.

(3) 쟁점연구소가 연구활동만을 수행하고 있다고 하여 이를 본점용 부동산에서 제외할 수는 없을 뿐만 아니라 청구법인은 매년 영업이익의 40%에 정도에 달하는 비용을 쟁점연구소의 연구개발비로 사용하고 있고, 전체 임직원의 692명 중 40%인 274명이 쟁점연구소에서 근무하고 있으며, 쟁점연구소는 이 건 건축물의 5층·10층·14층·15층에 위치하여 이 건 건축물의 나머지 부분(본점, 후생복지시설 등)과 유기적으로 결합되어 본점의 역할을 수행한다고 보는 것이 타당하다.

(4) 결국, 쟁점연구소에서 이루어지는 각종 연구 활동은 청구법인의 중요한 의사결정 및 영업활동과 직결되는 중요한 업무수행에 해당하고, 이와 같은 연구 활동은 청구법인의 부수적인 활동이 아니라 법인의 의사결정을 통한 활동이라 할 것이므로 처분청이 쟁점연구소를 청구법인의 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점연구소를 청구법인의 본점용 건축물로 보아「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2010.9.10. 경기도 안양시 OOO를 본점소재지로 하고, 게임소프트웨어 개발 및 공급업, 모바일 컨텐츠 및 온라인게임 서비스운영, 정보통신 관련 소프트웨어 개발업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2019.12.18. 이 건 토지(경기도 과천시 OOO 7,014㎡)를 취득한 후, 이를 본점용 건축물의 신축을 위한 토지로 하여, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조 제1항의 중과세율(1천분의 80) 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.

(다) 청구법인은 2022.6.15. 이 건 건축물 63,113.04㎡ 신축한 후, 이를 본점용.임대용.후생복지용.기업부설연구소용으로 구분하여 취득세 등 OOO원을 신고.납부한 후 이 건 토지 중 취득세 중과세 대상이 아닌 토지(후생복지용.기업부설연구소용 건축물의 부속토지)에 대한 취득세 등의 경정청구를 하여, 처분청으로부터 취득세 등 OOO원을 환급받았다.

(라) 청구법인은 2022.7.1. 이 건 부동산의 소재지(경기도 과천시 OOO)로 본점을 이전하고, 한국산업기술진흥협회에 기업부설연구소로 등록신청을 하였으며, 한국산업기술진흥협회가 2022.8.3. 청구법인에게 발급한 ‘기업부설연구소 등록증’을 보면, 쟁점연구소는 그 면적이 5,577.65㎡(추후 4,349.99㎡로 변경)로서, 이 건 건축물의 5층·10층·14층·15층에 별도로 설치된 공간에 소재하고, 연구인력(연구보조 인력 포함)은 총 274명인 것으로 나타나며, 청구법인은 쟁점연구소의 운영과 관련하여 행정관청 등으로부터 행정상 제재나 개선 조치 등을 받은 사실은 없는 것으로 보인다.

(마) 청구법인이 제출한 청구법인의 조직도 등을 보면, 쟁점연구소(기업부설연구소)는 청구법인의 이사회로부터 직접 지휘와 감독을 받는 별개의 조직으로 2021년도부터 2023년도까지 3년 평균 연구개발비는 OOO원으로 이는 영업수익의 40%를 차지하는 것으로 나타난다.

(바) 2025.7.2. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대리인은 쟁점연구소는 이 건 건축물의 5층.10층.14층.15층에 있는데, 청구법인은 보안 등을 위해 출입문에 출입통제장치를 설치하고, 연구직원 외 다른 직원의 출입을 엄격히 통제하고 있다고 진술하면서 출입자의 신분을 확인할 수 있는 인식 장치(ID 카드)가 설치된 쟁점연구소의 출입문 사진을 제출하였다.

(2)「지방세법」제13조 제1항에서 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 법인의 ‘본점’이란 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로서, 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 법인의 본점에 해당한다고 보기 어려운 점(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 같은 뜻임),

온라인 게임을 개발하는 청구법인의 특성상 쟁점연구소가 게임 개발을 위한 연구 활동을 계속한다고 하여 이를 청구법인의 중추적인 의사결정과 동일하다고 보기 어려울 뿐만 아니라 처분청은 이를 입증할 만한 구체적인 근거나 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점,

쟁점연구소는 다른 부서와 사실상 독립된 장소에 설치되어 있고, 연구 인력 외에 다른 직원들의 출입을 엄격히 통제하고 있는 것으로 보아 쟁점연구소에 근무하는 직원은 본점의 다른 부서(기획, 예산, 총무 등)와 실질적으로 분리되어 온라인 게임 개발과 관련한 연구 활동만 수행하고 있다고 보이는 점,

「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의3 제1항 제7호 및 제14조의4 제1호에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하면서 이를 위반하는 경우 기업부설연구소의 인정을 취소할 수 있다고 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 이를 위반하여 행정관청 등으로부터 행정상 조치를 받은 사실은 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어

쟁점연구소가 청구법인의 중요한 의사결정을 하는 장소로서「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 본점에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점연구소를 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2023지1631, 2024.7.25., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ①「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조[본점 또는 주사무소의 사업용 부동산] 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의3[기업부설연구소등의 인정취소] ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

제14조의4[기업부설연구소등의 준수사항] 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(괄호 생략)