이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.5.15. 산업기계 제작 및 판매업, 엔지니어링 서비스업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2019.11.26. 기술보증기금으로부터 벤처기업 확인을 받았고, 2023.3.2. 경기도 화성시 OOO 외 4필지 건물 611.06㎡ 및 토지 2,096.002㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하였으며, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2024.6.18. 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제2항 제1호에 따른 창업벤처중소기업이 취득하는 부동산으로서 취득세 감면대상에 해당하는 것으로 보아 취득세 등 일부를 환급하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.8.20. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 등

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017.5.15. 설립 당시 법인등기부등본의 목적사항에 제조업에 속하는 산업기계제작 및 판매업을 등재하였고, 법인 정관에도 산업기계제작 및 판매업을 목적사항에 등재하였으며, 사업자등록 시 업태는 제조업으로, 종목은 산업기계제작 및 판매로 기재하였다.

그리고 청구법인은 설립년도인 2017.12.28. 산업기계제작 제조업을 영위하기 위하여 원재료를 매입하였고, 이는 2017.12.31. 표준대차대조표에 재고자산 계정인 원재료로 표기되어 있다. 또한 2018.2.28. 매출세금계산서 등에 의하면 청구법인의 산업기계제작 제조업 매출이 국세청에 신고되었음을 확인할 수 있다.

처분청은 청구법인의 설립연도에 제조업 매출이 없음을 처분의 근거로 들고 있으나, 제조업의 특성상 원재료 매입 후 제조과정을 거쳐서 매출처에 납품을 하고, 세금계산서를 발급하여 국세청에 신고를 하는 일련의 과정이 필요하며, 청구법인은 설립연도에 원재료를 매입한 후 2개월만에 제조업 매출이 발생하였다.

그리고 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 제조업 매출의 가장 높음에도 불구하고, 설립연도에 제조업 매출이 없다는 이유만으로 감면요건을 충족하지 못하였다고 보는 것은 부당하다.

＜표1＞ 청구법인의 연도별 매출내역

(단위 : 백만원)

○○○

(2) 청구법인은 산업기계제작을 위해서 2018.4.27. 경기도 안산시 OOO 소재 공장의 임차계약을 체결하였고, 지점사업자인 청구법인 안산공장 사업자등록을 신청하고, 동시에 사업자단위과세등록신청을 하였다. 사업자단위과세등록으로 인해 추가적으로 2018.5.3. 한국산업단지공단에 공장등록신청도 하였다.

그리고 청구법인은 산업기계제작을 위하여 2020.6.12. 화성시 OOO에서 공장을 임차해 공장등록을 하고, 2020.7.7. 국세청에 사업자등록증에 종된 사업장으로 등록하였다.

청구법인은 2023.3.2. 산업기계제작을 위해서 쟁점부동산을 취득하였고, 2023.12.11. 공장등록을 하였으며, 2023.7.21. 국세청에 사업자단위과세를 신청하였다.

이처럼 청구법인은 산업기계제작을 위해 원재료를 매입후 제조 과정을 거쳐서 제품을 매출하였고, 창업 후 부동산을 매입할 수 있는 자금을 마련할 동안 산업기계제작을 할 수 있는 공장을 지속적으로 임차하여 제조업을 영위하였으며, 부동산을 매입할 수 있는 여력이 된 후 쟁점부동산을 취득하게 되었다. 즉, 청구법인의 창업당시 업종인 제조업은 제조업의 목적사업 등록이라는 형식과, 실제 기계 제작 및 매출이라는 실질적인 요건을 다 갖춘 상태였는바, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 설립 후 1년 반의 주요 매출.매입 내역을 보면 매출은 탱크, 공정 등과 관련된 설계 용역이고 매입은 이와 관련한 컴퓨터 및 프로그램 구매 내역으로 확인된다. 먼저 청구법인이 탱크 제작에 사용됐다고 주장하는 EP튜브는 청구법인의 2018년 공사원가명세서의 원재료비에 포함되어 있으며 이는 2018년도 손익계산서상 도급공사매출원가에 포함되어 있음이 확인된다. 즉, EP튜브는 제조업(산업기계 제작 및 판매)이 아닌 건설업(기계설비공사)에 들어간 원재료에 해당한다.

그리고 청구법인의 주장대로 직접 제조업을 영위하려면 자가 또는 임차한 공장 및 제조설비 그리고 그에 대한 원재료가 필요한데, 청구법인이 창업 후 최초로 제조업을 영위했다고 주장하는 2018년 당시 임차한 사무실은 경기도 군포시 OOO인데, 해당 사무실의 임차계약서에 따르면 해당 건물은 산업기계제작을 할 수 없는 근린생활시설 용도로 확인된다.

이후 2018.4.10. 청구법인은 경기도 안산시 OOO에 ㈜AAA와의 임대차계약을 통해 공장을 임차한 계약사실은 확인되나 청구법인의 매입장을 보면 ㈜AAA에 보증금 및 월세를 지급한 내역은 확인되지 않고, 탱크 제작공사에 관한 용역비 지급 내역만 확인된다. 그리고 탱크 제작에 관한 원재료 매입비는 확인되지 않으며, 청구법인의 2018년 제조원가명세서 상에도 노무비 지출이 없는 것으로 확인된다.

또한 청구법인의 2023년 기준 고정자산 관리대장을 살펴보면 청구법인의 설립당시인 2017～2018년도에는 모니터, 노트북, 서버구축, Dell Precision T5810(산업디자인용 워크스테이션)의 취득내역만이 확인되고 실제 제조업을 영위하는 데에 필요한 호이스트는 2023.3.2. 쟁점부동산 취득 이후 매입한 것으로 확인된다.

이와 같이 청구법인의 경우 설립 당시 연도 부가가치세 신고 시 서비스엔지니어링 업종의 매출만 신고했었던 점, 설립 이후 약 1년 간 제조업을 영위할 수 있는 공장, 기계장치가 없었던 것이 확인되는 점, 2018년 4월 안산공장 임차 후에도 제조와 관련한 원재료 매입비 및 노무비가 확인되지 않는 점 등을 종합해서 보면, 청구법인은 설립 시 제조업을 영위하였다고 볼 수 없어 청구법인은 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 취득세의 감면대상에 해당하지 않는다.

다. 경기도지사 의견

창업벤처중소기업의 감면 범위에 속하는 업종인지 여부는 법인등기나 사업자등록증 등의 형식적인 기재 뿐만 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적 내용도 함께 감안하여 판단하는 것이 합리적이라 할 것(대법원 2016.4.15. 선고 2016두30576 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 ① 제조업(산업기계 제작 및 판매), 서비스업(엔지니어링), 건설업(기계설비공사)업, 엔지니어링 서비스업 등을 목적으로 설립등기, 사업자등록 및 부가가치세를 신고한 사실이 확인되고, ② 2019.11.26. 기술평가보증기업으로 벤처기업 확인을 받았으며, ③ 2023.3.2. 쟁점부동산을 취득한 후 2023.5.24. 기계장치(호이스트 5t, 7t)를 갖추어 고정자산 관리대장에 공장으로 등재하였음이 확인될 뿐만 아니라, ④ 2017년부터 2018년 사이 ‘탱크 설계 및 제작’, ‘프로세스 설계용역’, ‘동결건조기 배관 개조공사’ 등에서 매출이 발생한 것으로 미루어 설립 초기부터 제조업과 서비스업 등을 운영한 것으로 보이며, ⑤ 2018년도 총매출액 OOO원 중 제품매출 OOO원, 공사수입금 OOO원, 용역매출 OOO원이고, 매출원가 OOO원 중 제품매출원가는 OOO원으로 전체의 64.3%를 차지하는 등 제조업을 운영한 사실이 청구법인의 손익계산서에서 확인된다.

따라서 청구법인이 2017.5.15. 법인을 설립한 후 3년 이내인 2019.11.26. 벤처기업 확인을 받았으며, 그로부터 4년 이내인 2023.3.2. 쟁점부동산을 취득하여 제조설비를 갖추고 공장으로 사용하고 있으므로 쟁점부동산의 취득은 창업벤처중소기업이 벤처기업 확인일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 할 것임에도, 처분청에서 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 취득한 쟁점부동산이 창업벤처중소기업이 취득하는 부동산으로서 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2017.5.15. 산업기계 제작 및 판매업, 엔지니어링 서비스업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2019.11.26. 기술보증기금으로부터 벤처기업 확인을 받았다.

(다) 청구법인은 2023.3.2. 쟁점부동산을 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였다

(라) 처분청이 제출한 청구법인의 2017～2018년도 주요 매출 현황은 아래 ＜표2＞와 같다(일부 발췌).

＜표2＞ 청구법인의 2017～2018년도 주요 매출 현황

(단위 : 원)

○○○

(마) 청구법인의 2018년도 손익계산서는 아래와 같고, 위 손익계산서에 따르면 청구법인은 2017년도에 제품 매출이 발생하지 아니하였으나, 2018년에 OOO원의 제품 매출이 발생한 것으로 확인된다.

＜표3＞ 청구법인의 2018년도 손익계산서 일부

○○○

(바) 청구법인은 2018.5.3. 경기도 안산시 OOO 소재 공장의 공장등록증명신청을 하였고, 위 신청서에는 공장의 보유구분은 임대로, 공장의 업종은 금속탱크 및 저장용기 제조업으로 기재되어 있다.

(사) 청구법인이 제출한 세금계산서 등에 따르면, 청구법인은 2017.12.28. 공급가액 OOO원에 TUBE라는 품목을 매입하였고, 청구법인의 2017년 대차대조표에 재고자산 중 원재료 항목으로 OOO원이 포함되어 있으며, 2018.2.28. 탱크 제작 외 품목으로 공급가액 OOO원의 매출이 발생하였음이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제2항에서 2023년 12월 31일까지 창업하는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 설립 당시 제조업을 영위하였다고 볼 수 없으므로 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항에 따른 취득세의 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 제조업 등을 목적사업으로 하여 2017년 설립되었고, 이듬해인 2018년부터 제조업 매출이 발생하였으며, 공장을 임차하여 제조업을 영위하다가 직접 공장을 설립하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 것으로 보이는 바, 창업벤처중소기업의 감면대상 업종인 제조업을 영위하면서, 공장을 직접 운영하기 위한 일련의 준비과정을 이행하였던 것으로 보이는 점,

일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서, 용역과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유만으로 제조업을 영위하지 아니한 것으로 보아 취득세 감면 대상에서 제외하는 것은 창업벤처중소기업 등에 대하여 조세 혜택을 부여하는「지방세특례제한법」제58조의3의 입법취지에 반하는 것으로 보이는 점(조심 2023지3624, 2024.10.10., 같은 뜻임),

「지방세특례제한법」상 창업벤처중소기업의 다른 감면 요건의 충족 여부에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 점 등에 비추어,

청구법인은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제2항에서 규정하고 있는 창업벤처중소기업에 해당하고, 쟁점부동산은 창업벤처중소기업이 확인일부터 4년 이내에 창업일 당시의 업종에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ② 2023년 12월 31일까지 창업하는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용(임대는 제외한다)하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 확인일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다.

가. 비디오물 감상실 운영업

나. 뉴스 제공업

다. 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 블록체인기술 산업분류에 따른 블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)

가. 연구개발업

나. 광고업

다. 기타 과학기술서비스업

라. 전문 디자인업

마. 시장조사 및 여론조사업

6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업

가. 사업시설 관리 및 조경 서비스업

나. 고용알선 및 인력공급업

다. 경비 및 경호 서비스업

라. 보안시스템 서비스업

마. 전시, 컨벤션 및 행사대행업

7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업

9. 대통령령으로 정하는 물류산업

10. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우로 한정한다)

11. 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 또는 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업

12. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업

(2) 지방세특례제한법 시행령

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ④ 법 제58조의3 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)

2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의 100분의 5(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이 100분의 5 이상을 유지하는 경우로 한정한다) 이상인 중소기업

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 “투자금액의 합계”라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

(1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)

(2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(이하 “벤처투자조합”이라 한다)

(3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)

(4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)

(5) 삭제 ＜2020. 2. 11.＞

(6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자

(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자

(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3 제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.

1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 “벤처기업확인위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.