이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.6.19. a 및 b으로부터 경기도 이천시 OOO㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를, 2019.9.30. c으로부터 OOO㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를, 2019.10.1. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)로부터 OOO㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①·②토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각 취득한 후, 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제14조 제3항에서 정하는 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 같은 법 제177조의2에 따른 취득세 감면대상(취득세 85%)에 해당한다고 보아, 2019.6.19., 2019.9.30. 및 2019.10.14. 취득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후, 처분청은 2023년 경기도 지방세 합동조사 결과, 청구법인이 쟁점토지의 지상에 신축한 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 2021.8.13. 사용승인 받은 사실을 확인하고, 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아, 2023.11.8. 청구법인에게 기 면제한 취득세 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

농업협동조합법에 따라 설립된 청구법인이 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득한 쟁점토지를 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에는 정상적인 노력을 다하였으나 외부적인 사유 또는 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 정당한 사유가 존재한다.

대법원은 “정당한 사유 없이 직접 사용하지 않는 경우”를 판단함에 있어서 외부적인 사유는 물론 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는데 걸리는 준비과정 및 착공을 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등에 대해 종합적으로 판단하여야 한다(대법원 2009.1.15. 선고 2006두14926 판결, 참조)고 일관되게 판시하고 있으며, 조세심판원 또한 다수의 선결정례를 통하여 유예기간 내 건축물의 사용승인을 득하지 못하였다 하더라도 유예기간 내에 착공을 하고 이후 해당 용도로 직접 사용하고 있다면 정당한 사유에 해당하는 것으로 보아 취득세 감면대상에 해당한다고 결정(조심 2023지1689, 2023.9.7. 외 다수, 같은 뜻임)한바 있다.

청구법인은 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합으로서 쟁점건축물을 신축하여 OOO 용도로서 고유목적에 사용하고자 쟁점토지를 취득하였고, 인허가 등의 조속한 처리와 건축기간 단축을 위해 쟁점토지의 종전소유자인 a와 A이 득한 건축허가를 승계하고, 건축주 변경 및 설계변경을 통해 빠르게 ‘OOO 근린생활시설’ 건축공사(이하 “이 건 건축공사”라 한다)에 착수하였다.

또한, 청구법인은 2002년 9월부터 ‘청렴계약제’를 도입하여 협력업체와의 거래시 각종 뇌물이나 향응 등 수수하거나 결탁하여 일방에게 유리 또는 불리한 판단을 내리지 않도록 서약하는 제도를 운영하고, 계약시 계약담당자와 계약업체가 청렴계약이행각서를 각각 작성하여 첨부하며, 계약업체가 청렴계약을 위반한 경우 계약해지, 거래중단 등의 조치를 취하고 있으며, 이 건 건축공사 도급계약시에도 공사진행의 안정성 등을 위해 도급업체가 계약된 공사의 일부를 제3자에게 하도급하고자 할 때에는 계약담당자의 서면승인을 받아야 한다는 내용의 조항이 포함되어 있었는데, 당초 계획에 따라 순차적으로 건축공사가 진행되던 중 2020.7.13. 기준으로 공정률이 약 80%인 상황에서 2020.9.28. 시공사의 하도급 업체들이 시공사의 인건비 및 공사대금 미지급을 사유로 시공사를 고소하기에 이르렀고, 청구법인으로서는 마무리 공사 시점에 시공사의 불법 하도급 계약 등에 대한 내용을 알게 되었다.

이에 청구법인은 2021.1.27. 시공사와 2021.2.28.까지 쟁점건축물의 건축공사를 준공하는 것을 확인하는 책임준공확약서 및 각서를 작성하였고, 2021.4.28. 또다시 2021.6.5.까지 건축공사를 준공하고 건축주인 청구법인에게 인도하는 것을 확인하는 책임준공확약서를 작성하였으며, 이와 별도로 청구법인은 2021.2.18. 시공사가 미지급한 단열재 시공 노임 및 2021.5.7. 철근대금 외 18건의 미지급 하도급 공사대금을 대신 지급하고 청구법인이 시공사의 통장을 직접 관리하여 이체하는 등 청구법인의 책임범위가 아니라 하더라도 건축주로서 공사재개를 위해 최선을 노력을 다하였고, 이러한 어려움 속에서도 청구법인은 2021.8.3. 쟁점건축물을 신축공사를 완료하고 현재까지 청구법인의 고유업무에 직접 사용하고 있는바, 비록 청구법인이 쟁점건축물을 고유업무에 직접 사용하는데 있어 유예기간을 경과한 사실이 있으나 위와 같은 경과에 비추어 청구법인에게 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.

또한, 처분청이 제시한 조세심판원의 선결정례(조심 2016지635, 2016.10.31.)는 공사에 착공하지 아니하고 나대지로 방치하거나, 공사 지체기간이 상당한 경우로서 청구법인과 같이 사업부지 취득 후 곧바로 건축공사에 착공하고 공사중단 상황에서도 적극적으로 최선을 다하여 공사를 재개한 후 신축공사를 완료한 사안과는 사실관계 등에 있어 차이가 있으므로 그대로 원용하기는 어렵다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유목적에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 사유는 내부적 사유에 해당하거나 시공사와의 분쟁으로 인한 공사중단은 외부적 사유로 인정할 수 없으므로 유예기간을 경과한 정당한 사유가 존재한다고 보기 어렵다.

「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결, 참조)으로서, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 참조) 할 것이다.

청구법인의 경우, 2019년 6월~2019년 10월까지 쟁점토지를 취득하고 4~8개월이 지난 2020.2.20.에서 착공 신고를 하였고, 취득일로부터 약 2년이 경과한 2021.8.13. 사용승인허가를 받은 것으로 확인되므로 쟁점토지를 취득하고 유예기간인 1년 내에 해당 용도로 직접 사용한 사실은 명백하다.

또한, ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것인바, 쟁점건축물의 감리자인 B가 작성한 감리보고서상 2020.7.13. 기준 공정율이 80%인 것으로 확인된다 하더라도 이 당시는 이미 쟁점①토지의 유예기간이 경과한 것으로 보이고, 2020년 8월부터 2021년 초까지 건축공사가 중단된 것으로 확인되며, 건축공사가 중단된 사유는 행정관청의 귀책사유 내지는 법령상의 장애 등에 의한 것이 아니라 청구법인과 시공사 간의 내부적인 사유에 그 원인이 있는 것(조심 2016지635, 2016.10.31., 참조)으로 보이는바, 정당한 사유가 존재하는 경우로 보기는 어렵다.

아울러, 청구법인은 2020년 1월부터 총 3차례에 걸쳐 건축허가를 변경하였으며, 마지막 건축허가 변경시 쟁점건축물의 2층의 일부를 골프연습장으로 용도변경한 것으로 확인되는바, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 고유목적에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 인정하기는 어렵다고 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법룰 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO을 경영하는 조합원에게 필요한 기술, 자금, 자재 등 제공하고 조합원이 생산한 농산물의 판로 확대 도모 등의 목적(교육지원사업, 경제사업, 신용사업 등 수행)으로 1959.2.6. 설립되었으며, 청구법인의 설립당시 상호는 ‘OOO’이었다가, 2004.11.2. ‘OOO’으로, 2022.2.11. ‘OOO’으로, 2025.2.20. 현재의 상호로 변경된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인이 제출한 쟁점토지의 매매계약서 및 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2019.6.19. 쟁점①토지를, 2019.9.30. 쟁점②토지를, 2019.10.1. 쟁점③토지를 각 취득 각 취득한 것으로 확인된다.

(다) 쟁점건축물의 신축과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 쟁점①토지의 종전소유자인 a가 처분청으로부터 2019.9.4. 받은 건축허가(2019-종합허가과-신축허가-OOO)에 대한 건축관계자 변경을 통해 건축주의 지위를 승계받았으며, 2020.1.29. 건축면적 변경 등에 대한 건축(변경)허가를 받은 것으로 확인된다.

＜표1＞ 쟁점건축물 건축허가 관련 변동내역

일 자

내 용

변 경 내 역

비고

2019.9.4.

건축허가

(신규)

신규 허가

(대지면적:539㎡, 건축면적 398㎡)

건축주:a

2020.1.8.

행위자 변경

건축주 관계자 변경

건축주:a→청구법인

2020.1.29.

건축허가

(1차 변경)

대지면적 2,239.00㎡ 증가, 건축면적 529.47㎡ 증가

2020.5.21.

건축허가

(2차 변경)

쟁점건축물 2층 일부 용도변경

(골프연습장→일반음식점)

2020.12.3.

건축허가

(3차 변경)

쟁점건축물 2층 일부 용도변경

(일반음식점→골프연습장)

이와 별개로 쟁점②·③토지의 종전소유자인 A이 처분청으로부터 2019.9.23. 받은 건축허가(2019-종합허가과-신축허가-OOO)가 있었으나, 2020.1.7. 이를 취소한 것으로 확인된다.

2) 청구법인은 2019.9.30. 주식회사 B(이하 “B”라 한다)와 쟁점건축물의 신축을 위한 설계계약을 체결한 것으로 확인된다.

3) 청구법인은 2019.12.31. 시공사와 건축공사 도급계약을 체결하였으며, 도급계약서상 착공일은 2020.3.20., 준공기한은 2020.8.30.로 기재되어 있고, 계약서상 공사계약일반조건 제35조 제1항에 따르면, 「건설산업기본법」 규정에 의한 전문공사 이외의 공사의 일부를 제3자에게 하도급 할 때에는 계약담당자의 서면승인을 받도록 기재되어 있다.

4) 청구법인은 2020.2.20. 처분청으로부터 착공신고필증을 교부받았고, 이 건 시공사는 2020.2.24. 건축공사에 착공한 후 건축공사를 진행하였고, 감리자인 B가 청구법인에게 제출한 감리공정부분검사원에 의하면 2020.7.13. 현재 이 건 신축공사의 현재공정율이 약 80%임이 확인되나, 2020년 8월부터 2021년 초까지 건설공사가 중단된 것으로 나타난다.

5) 청구법인은 2020.6.16. 및 2020.6.24. 이 건 시공사에게 아래와 같은 내용의 공문을 송달하였고, 불법하도급으로 인한 피해 재하도급 업체들이 이 건 신축공사 현장의 가설구조물 등에 항의내용을 표시한 현장사진을 제출하였다.

＜ 청구법인이 이 건 시공사에 송달한 공문(일부발췌) ＞

○○○

6) C(주)가 2020.9.28. 시공사의 하도급 업체인 d(D)을 횡령 및 금품 편취죄로 고소하는 과정에서 고소장상 기재된 범죄사실은 아래와 같고, 그 내용을 증빙하는 자료(이천시 OOO 업체별 미지급금액 현황)가 첨부되어 있다.

＜ 고소장상 범죄사실(일부발췌) ＞

○○○

7) 청구법인은 시공사와 법적 분쟁의 소지가 있음에도 공사중단을 막고자 건축공사의 준공을 우선적으로 고려하였다고 주장하고 있고, 이에 따라 2021.4.28. 이 건 시공사로부터 2021.6.5.까지 이 건 신축공사의 마무리 공사를 마치고 준공할 것을 확약하는 내용의 책임준공확약서를 제출받았으며, 청구법인이 시공사에게 지급한 1~2차 기성금을 유용하여 하도급 업체들에게 미지급한 인건비와 공사대금을 조사하였고, 3~5차 기성금은 청구법인이 직접 시공사의 통장을 관리하며 하도급 업체에 공사대금 등을 지급한 내역을 제출하였다.

8) 청구법인은 쟁점건축물의 건축공사를 마치고 2021.8.13. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

9) 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 신축공사 관련 사업진행경과는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점건축물의 신축공사 관련 사업진행경과

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제14조 제3항에서 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다)이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

위 조항에서 규정된 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임).

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다는 의견이나,

청구법인은 쟁점토지의 지상에 건축물을 신축하여 청구법인의 주사무소로 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득한 후 이 건 시공사와 건축공사 도급계약을 체결하고 유예기간 내 건축공사에 착공하여 순차적으로 건축공사를 진행하였으나, 이 건 시공사가 당초 도급계약의 규정사항을 위반하고 청구법인의 승인 없이 도급공사를 하도급업체에게 재하청을 준 사실을 건축공사 공정율이 약 80%에 이른 시점에 하도급업체들과 이 건 시공사간 분쟁 등으로 인해 인지하게 된 것으로 보이는 점, 청구법인은 도급계약사항의 위반을 이유로 이 건 시공사와의 도급계약을 해지할 수도 있었으나 이미 공정율이 80%에 이른 상황에서 조속한 건축공사 완료를 통해 고유업무에 직접 사용하기 위해 이 건 시공사를 상대로 책임준공을 반복적으로 요청하는 한편, 하도급업체들에게 미지급된 공사대금을 조사하고 이 건 시공사의 통장을 관리하면서 하도급 관련 공사비를 지급하는 등 청구법인이 주도적으로 건축공사과정을 관리·감독하여 건축공사를 완료하고 고유업무에 직접 사용을 개시한 것으로 보이는 점, 비록 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용을 개시하지는 못하였으나, 이 건 시공사의 불법행위로 인한 시간적·경제적 손해에도 불구하고 적극적인 노력으로 건축물의 신축공사를 완료하고 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인으로서는 정상적인 노력을 다하였음에도 시간이 부족하여 유예기간이 경과한 정당한 사유가 인정되는바, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우