이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.2.25. 부터 현재까지 농식품 제조 및 가공업을 영위하는 법인 사업자이고, 대표이사 g은 2016.7.10.부터 2025.2.1.까지 청구법인 외 면세 개인사업자 “h”을 운영하면서 곡물 도소매업을 영위하였다.

나. 처분청은 2024.6.5.부터 2024.7.29.까지 2019?2023사업연도 청구법인에 대한 통합세무조사를 실시하여 청구법인 대표이사 g 명의의 계좌(이하 “쟁점계좌”라 한다)로 입금된 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구법인이 누락한 수입금액으로 보아 2024.11.8. 청구법인에게 2019?2023사업연도 법인세 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 경정ㆍ고지하였다.

＜표1＞ 사업연도별 법인세 고지 금액

(단위 : 원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 「국세기본법」제81조의6에 따른 세무조사 대상에 해당하지 않으며, 통지관서는 세무조사권을 남용하였으므로 위법한 세무조사이다.

(가) 처분청은 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 청구법인을 세무조사 대상자로 선정하였다고 주장하고 있으나, 이 건 세무조사를 시작할 당시 처분청이 청구법인에게 소명 요청한 내용은 “농업회사법인 유한회사 i, 농업회사법인 유한회사 j과 거래한 계산서(발행 및 수취) 실물거래 여부 소명요구(거짓계산서 여부)”로 이는 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호가 아닌 제2호에 해당하는 것이다.

(나) 또한 상기 소명 요청한 계산서가 정당한 것으로 밝혀지자, 청구법인 대표이사 g의 개인사업자 금융거래내역에 대해 청구법인의 매출누락으로 보아 소명을 요구한 바, 이는 청구법인의 매출누락 혐의에 대한 객관적인 자료에 근거하여 세무조사를 개시한 것이 아닌, 세무조사권을 남용하여 조사범위를 확대한 것이다.

대법원은 “舊「국세기본법」제81조의5가 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 舊「국세기본법」제81조의5와 제81조의3 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 과세처분은 위법하다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 참조).”라고 판시하고 있고, 법원에서도 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 하며, 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 대하여는 과세처분이 적법하다고 주장하는 과세관청에게 증명책임이 있는 것이 원칙(서울고등법원 2016.7. 13. 선고 2015누57408 판결 참조)”이라고 판시한 바 있다.

(2) 쟁점②와 관련하여 처분청은 청구법인의 매출과는 무관한 청구법인 대표이사 g의 개인사업자 “h”의 거래 금액, 개인 금전거래, 작물재배업 수입금액 등을 청구법인의 매출누락금액으로 보았고 그 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인 수입금액 누락 집계표

(단위 : 원)

(가) 그러나 위의 내용은 사실이 아니며, 대표이사 개인계좌 쟁점 금액 중 OOO원을 내역별로 소명하면 ＜표3＞ㆍ＜표4＞ㆍ＜표5＞와 같다.

＜표3＞ 대표이사 개인사업자의 거래내역

(단위 : 원)

＜표4＞ 대표이사 개인 거래내역

＜표5＞ 대표이사 개인 영농활동 관련 거래내역

(나) 세무조사 과정에서 세무대리인을 선임하여 소명하고자 하였으나 세무대리인과 소통이 제대로 이루어지지 않아 소명하지 못한 금액으로 청구법인의 수입금액 누락이 아니기에 전액 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 조사대상은 거짓계산서의 발행 및 수취에 대한 부분조사가 아닌 법인통합조사로 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부할 의무가 있는 모든 세목에 대한 것이고, 조사 사유는 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 “신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”이다.

세무조사를 개시하면서 소명 요구한 거짓계산서 발행 및 수취혐의는 조사 과정에서 먼저 소명 요구한 자료의 일부일 뿐이며, 청구법인 대표이사 개인 명의 계좌의 입금액 등은 세무조사 선정 당시 청구법인의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 혐의가 있었기에 세무조사 대상으로 선정된 것으로 적법하다.

(2) 쟁점계좌는 사업용계좌로 신고되지 않은 대표이사 g 개인 계좌로, 입금액 OOO원 중 조사기간 동안 소명하지 못한 OOO원에 대해 청구법인의 수입금액 누락으로 부과한 것으로 그 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 연도별 쟁점계좌 입금액 및 출처 구분

(단위 : 백만원)

(가) 청구법인이 조사기간 종료 후 소명자료로 제출한 것 중 ‘사인 간 확인서’ 및 ‘작목반 명단’ 등은 객관적 소명 자료로 볼 수 없고, 소명자료로 제출한 문자 내용 중에는 관련 입금액과 무관한 자가 확인되며, 청구법인이 제출한 매입처별 발급내역의 작성일자 및 금액 등이 매출누락혐의 금액과 상이하고, 개인사업자로 현금영수증을 발행하였다고 주장하는 금액에 대해서도 전산 확인하였으나, 확인되지 않는다.

(나) 누락한 쟁점금액은 조사기간(54일) 동안 청구법인이 선임하고 위임한 세무대리인으로부터 확인을 거친 소명에도 불구하고, 소명되지 않은 내용으로 조사종결 후에 제출되었고, 객관적 증빙에 해당하지도 않는 소명 내용으로 쟁점금액 전액을 청구법인의 수입금액이 아니라고 단정할 수 없다.

(3) 청구법인은 조사대상연도 중 쟁점계좌로 청구법인의 수입금액 누락액을 초과하는 금액을 입금하였고, 청구법인의 회계처리 내역을 보면 입금액은 대표자 가수금으로, 금융이체내역 등 객관적 근거 없는 현금인출액은 대표자 가수금 반제로 처리한바, 이는 청구법인의 수입금액 누락금액 및 개인사업자 수입금액 누락금액을 법인에 유입시켜 법인자금과 대표이사 개인자금을 청구법인이 사실상 구분 없이 혼재하여 사용하였음을 보여주는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 적법한 세무조사인지 여부

② 쟁점금액이 청구법인의 누락된 수익금액에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제81조4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

제81조6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 처분청은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호 “신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 근거하여 청구법인의 통합세무조사를 실시하였다.

＜처분청 조사개시 통지서＞

(나) 청구법인은 2024.6.5.부터 2024.7.29.까지 54일간의 조사기간 동안 쟁점계좌 입금액 OOO원에 대한 처분청의 소명요청에 대해 OOO원은 소명하였으나, OOO원(쟁점금액)에 대해 소명하지 못하였고, 처분청은 이를 청구법인의 면세수입금액 누락액으로 보아 2019?2023사업연도 법인세 합계 OOO원을 부과하였다.

(다) 쟁점계좌에서 확인한 수입금액 누락액의 구분은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 쟁점계좌 중 쟁점금액(미소명액) 입금자별 구분

(단위 : 백만원)

(라) 처분청은 청구법인이 소명한 자료 중 신고되지 않은 개인적 영농활동으로 인한 수입금액, 조사개시 후 작성된 사인 간 확인서, 확인되지 않는 세금계산서 및 현금영수증 등과 관련한 쟁점계좌 입금액을 청구법인의 수입금액으로 보아 법인세를 부과하였다.

(마) 청구법인의 대표이사는 쌀ㆍ작물 등을 작목반을 구성하여 공동경작(생산)한 후 공동출하(유통)하는 농업경영체를 운영 중이며 해당 농업경영체의 생산 및 판매 구조는 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 농업경영체(작목반)의 생산·판매 구조

(2) 청구법인이 제출한 소명 자료에 대한 내용은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 청구법인의 소명 내용(OOO원 이상 거래)

(단위 : 백만원)

(가) ①∼③의 거래는 개인사업자 ‘h’의 매출로 청구법인의 매출누락과 관계 없음을 확인하였고, ⑥은 OOO으로부터 2019.12.23. 지급보증료 OOO원을 돌려받은 것이고, , (16)은 2021.12.1. OOO의 착오로 인해 입금된 OOO원을 돌려받은 것으로 소명하였다.

＜착오 입금액 관련 증빙＞

＜지급보증료 관련 증빙＞

(나) 청구법인의 대표이사 부친 k로부터 대여하여 쟁점계좌에 입금된 거래⑬과 대표이사 명의로 쟁점계좌에 입금한 거래(21)과 관련하여 청구법인으로 자금이 유입되었다는 것은 아래 계좌이체 내역 ＜표10＞·＜표11＞과 같이 나타난다.

＜표10＞ ⑬ 청구법인의 대표이사 부친 k로부터의 대여금 계좌이체 내역

＜표11＞ (21) 쟁점계좌의 대표이사 명의 입출금액 계좌이체 내역

(다) 청구법인 대표이사의 개인영농활동과 관련(⑭, (17), (19), -22)하여 대표이사가 운영 중인 농업경영체(작목반)의 생산·판매 구조를 설명하고, 작목반 확인서 등을 제출하였으나, 청구법인의 업종(농산물 가공ㆍ판매)과 작목반의 생산물이 유사한 점 등을 고려할 때, 해당 소명자료만으로 쟁점계좌에 입금된 금액이 개인영농활동으로 인한 것인지 청구법인의 매출누락금액인지 명확히 구분되지 아니한다.

이와 관련하여 소명자료에서 청구법인은 재배된 농작물을 공급받아 가공하여 판매하기 때문에, 영농활동을 하는 농가로 부터 농작물을 매수할 뿐, 매출을 일으킬 수 없다고 소명하였다.

(라) 거래(18)은 청구법인 대표이사가 전북특별자치도 익산시에서 시행하는 지원사업에 참여하면서 농가에 지급된 농가보조금을 익산시마을전자상거래 위탁업체인 OOO로부터 받은 것으로 소명하면서 보조금 교부 결정 통지서를 증빙으로 제출하였다.

전북특별자치도 익산시는 택배비ㆍ공동마케팅 비용 지원비와 생산장려금을 구분하여 지원비는 법인으로 장려금은 개인으로 지급하고 있는데, 쟁점계좌에 입금된 금원은 개별 농가에 지급하는 농가보조금으로 청구법인의 매출과는 무관한 것으로 소명하면서, 전북특별자치도 익산시에서 OOO에 송부한 보조금 교부통지서를 제출하였다.

＜보조금 교부결정 통지서 공문＞

(마) 지인 대여금 및 정산금 등의 반환과 관련하여, 거래⑤·⑦·⑧·⑨·⑪·⑫·(20)에 대하여는 최초 대여금 출금내역은 소명하지 못하였으나 거래⑫에 대해 채무관계를 확인하는 공증서를 제출하였고, 거래⑤·⑦·⑧·⑨·⑪·(20)에 대하여는 OOO 대화 내용 및 사인 간 확인서 등을 제출하였다.

＜거래⑫ 관련 공증서 내용 일부 발췌＞

(바) 거래⑩(물품 절도 변제)과 관련하여 경찰조사 사건번호를 제출하였으나, 인적사항 및 내용은 없어 사건관련 여부를 확인하기 어렵고, 거래(23)은 청구법인이 공사비용으로 처리한 금액 중 일부가 반환된 것으로, 반환된 후 세무조정(손금불산입)하지 않음을 심판청구 소명자료 준비 중 인지하여 수정신고 할 예정이고, 거래(25)는 청구법인 대표이사가 운영하는 개인사업자 “l”(창고임대업)의 증축공사를 위해 대출받은 금액 중 공사에 사용하고 남은 금액을 청구법인 대표이사 개인계좌로 입금한 것으로, 공급자가 “l”에 발행한 전자세금계산서를 제출하였으며, 거래⑮·(24)는 거래처 폐업 및 현금결제 등으로 증빙을 제출하지 못한 것으로 나타난다.

＜거래⑩ 관련 경찰 신고 증빙＞

＜거래(25) 관련 대표이사 개인사업자 전자세금계산서 수취＞

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사는 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에 따른 세무조사 대상에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 이 건 세무조사는 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 착수한 농업회사 법인통합조사로, 처분청(조사청)이 청구법인에게 통지한 조사개시 통지서에 의하면, 조사 대상 세목을 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부할 의무가 있는 모든 세목)로 기재하여 통지한 것으로 나타나는 점, 세무조사를 개시하면서 소명 요구한 거짓계산서 발행 및 수취혐의는 조사 과정에서 먼저 소명 요구한 자료의 일부이고, 쟁점계좌에 대한 소명 요청은 청구법인의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 혐의가 있었기에 적법하게 세무조사 대상으로 선정된 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점계좌에 입금된 금액 중 쟁점금액에 대하여 청구법인이 객관적으로 소명하지 못하였다는 의견이나,

1) 청구법인이 제시한 증빙으로 볼 때, 쟁점금액 중 OOO로부터 입금된 금액은 청구법인과 거래한 이력은 확인되지 아니하고 청구법인의 대표이사가 개인사업자로서 거래하여 송금받은 금액으로 보이는 점, ㈜a으로부터 입금받은 OOO원은 청구법인의 대표이사가 운영하는 창고임대업의 증축공사비용의 정산비용으로 보이는 점, OOO에서 지급받은 금액 OOO원은 대표이사 개인명의로 지급한 지급보증료 및 착오금을 환급받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점금액 중 OOO원은 청구법인의 매출누락 금액과 관련이 없는 것으로 보이므로, 처분청은 쟁점금액 중 OOO원을 청구법인의 매출누락 금액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

2) 또한, 청구법인 대표이사의 부친으로부터 입금받은 OOO원은 청구법인의 계좌로 이체된 것으로 나타나나 부친의 대여금인지 확인이 필요한 점, 청구법인의 대표이사 및 b으로부터 입금받은 금액 OOO원은 개인영농활동에 따른 수입금액이라고 주장하면서 농업경영체등록 확인서, 작목반을 운영하고 있는 확인서 등을 제출하였으나 입금출처 등의 확인이 필요한 점, 청구법인의 대표이사가 전자상거래로 농작물을 판매한 후 지자체에서 지원해주는 보조금 등의 정산금 OOO원은 청구법인이 아닌 개인에게 지원해주는 것인지 확인이 필요한 점, d 등이 입금한 OOO원은 개입사업자로서 구매제한이 있는 저가의 농작물을 대량 구매하기 위하여 지인에게 지급한 농작물 구매대금의 반환금액인지 구매대금 지급내역의 확인이 필요한 점, 청구법인의 사업장 누수방지 공사 후 공사대금의 일부 반환금액 OOO원은 청구법인이 손금불산입하였는지 확인이 필요한 점, ㈜m이 입금한 정산금액 OOO원은 청구법인과 관련 없는 개인 임대건물의 전기료인지 확인이 필요한 점, 나머지 금액에 대한 증빙으로는 청구법인의 매출과 관련이 없다는 객관적인 증빙으로 부족하다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 쟁점금액 중 위 OOO원에 대하여 청구법인의 대표이사 개인 사업에 따른 거래인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.