이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2022.6.23. 서울특별시 구로구 OOO, 다세대주택 6세대(201호, 202호, 301호, 302호, 401호, 501호)를 신축하여 취득한 후, 401호를 제외한 5세대 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 장기일반민간임대주택으로 등록하고 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여, 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 취득세 감면을 적용하여, 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2024.9.13. 쟁점주택을 매도함에 따라, 쟁점주택 취득 당시 감면받은 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으나, 이후2024.10.14. 이 신고·납부금액은 환급되어야 한다며 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.10.17. 이 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청의 전산상 임대사업자 등록이 ‘말소’ 처리 되었다고 하더라도, 실질적으로 임대사업을 ‘승계’한 것이므로 추징대상이 아니다.

(1) 청구인은 빌라왕 사건으로 인해 1년 이상 임대수입이 없었고, 치매를 앓고 있으며 소득이 없어 개인적으로 자금조달이 불가능하다. 또한 금융기관은 건물신축자금 대출연장을 거부하였다. 이러한 부득이한 사유로 인하여 사업자등록증상 공동사업자가 임대사업을 승계하게 된 것이다.

(2) 임대사업자등록 신청시 관할세무서에 사업자등록을 하였고 처분청도 임대사업을 승계 받은 자의 주소지 관할인 강원특별자치도 원주시청과 연락하여 쟁점주택을 승계등록하였다.

(3) 임대사업자로 등록된 쟁점주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」등에 따라 합법적으로 다른 임대사업자에게 승계처리하였고, 이는 단순 매각행위가 아닌 임대사업자 간 임대물건을 승계처리한 것으로 취득세 추징대상에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 경정청구 거부처분과 관련된 관계법령 등의 내용은 다음과 같다.

(가) 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 신축 취득하는 경우 취득세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제13조에서 법 제31조 제3항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정한 경우”란 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제4항에서 정하는 경우를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제43조 제4항에서 임대사업자는 임대의무기간 중에도 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제34조 제3항에서 법 제43조 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 경제적 사정 등”이란 “2년 연속 적자가 발생한 경우”, “2년 연속 부(負)의 영업현금흐름이 발생한 경우”, “최근 12개월간 해당 임대사업자의 전체 민간임대주택 중 임대되지 아니한 주택이 20퍼센트 이상이고 같은 기간 동안 특정 민간임대주택이 계속하여 임대되지 아니한 경우” 등으로 규정하고 있다.

(나) 또한 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제15조에서 다른 임대사업자에게 포괄양도 하는 경우 ‘민간임대주택 양도신고서’(별지 제19호 서식)를 구청장에게 제출하고, 양수도계약서에 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계할 것을 명시하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제43조 제4항, 같은 법 시행령 제34조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제17조 제1항에서 임대의무기간 중에 부도, 파산 등 경제적 사정으로 임대를 계속할 수 없는 경우에 해당하여 민간임대주택을 양도하려는 임대사업자는 ‘민간임대주택 양도허가 신청서’(별지 제20호 서식) 및 양도의 구체적인 사유를 적은 서류, 양도가격 산정의 근거서류 등을 구청장에게 제출하도록 규정하고 있다.

(2) 청구인이 2024년 8월경 쟁점주택을 다른 임대사업자에게 포괄 양도·양수계약에 따라 임대의무기간 내에 매각한 것으로 확인되고, 이와 같은 사유는 「지방세특례제한법」 제31조 제3항에서 규정하고 있는 추징 제외대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

(3) 청구인이 쟁점주택을 경제적 사정으로 임대를 계속할 수 없어 다른 임대사업자에게 매각하였다 하더라도 이는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제4항 제1호에 따른 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택을 임대의무기간 내에 매각하여 「지방세특례제한법」제31조 제3항에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2022.6.23. 소유권보존등기를 하였고, 이후 2024.8.19.자 매매를 등기원인으로 하여 2024.9.13. a(청구인의 아들)에게 소유권등기를 이전하였다.

(나) 처분청이 2022.6.8. 발급한 임대사업자 등록증에 따르면 청구인은 2022.4.14. 쟁점주택을 ‘장기민간임대주택(10년)’으로 등록하였고, 강원특별자치도 원주시장이 2024.8.21. 발급한 임대사업자 등록에 따르면, a는 2024.8.21. 쟁점주택을 ‘장기민간임대주택(10년)’으로 등록하였다.

(다) 처분청의 2024.10.17.자 ‘경정청구 승인불가’ 공문에 따르면 경정청구 사유 및 거부사유는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 경정청구 사유 및 거부사유

○○○

(표 삽입을 위한 여백)

＜표2＞ 임대사업자 등록 말소 사유 적용 법조항 조회 회신 문서

○○○

(2) 청구인이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인은 쟁점주택의 임대개시일을 아래 ＜표3＞과 같이 제시하였다.

＜표3＞ 쟁점주택의 임대개시일

호실

임대사업자 등록일

임대개시일

공실개월수

201

2022.4.14

2023.5.23.

14개월

202

2024.2.5.

21개월

301

2023.8.16.

17개월

302

2023.8.12.

16개월

501

2024.1.7.

20개월

(나) 청구인이 제시한 2022.5.16.자 OOO병원의 진단서에 따르면, 청구인은 경도인지장애 등으로 진단을 받은 것이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서 취득세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 매각하거나 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제13조 제1항에서 법 제31조 제3항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정한 경우"란 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제4항에서 정하는 경우를 말한다고 규정하고 있는바, 처분청의 2025.3.12.자 “임대사업자 등록 말소 사유 적용 법조항 조회 회신” 문서에 따르면 청구인의 임대사업자 등록 말소 관련 법조항은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제1항 제5호 및 제43조 제2항으로 확인되므로, 같은 법 제43조 제4항에서 규정하고 있는 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우에 해당한다고 보기는 어려운 점, 청구인은 쟁점주택을 매각하였고 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택과 관련하여 「지방세특례제한법」제31조 제3항에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택"이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 "단기민간임대주택"이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항 또는 「공공주택 특별법」 제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33324호로 개정되기 전의 것)

제13조(추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등) ① 법 제31조 제3항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정한 경우"란 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제4항 또는 「공공주택 특별법 시행령」 제54조 제2항 제1호 및 제2호에서 정하는 경우를 말한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2023.3.28. 법률 제19313호로 개정되기 전의 것)

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

5. 제43조 제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

⑤ 임대사업자가 제2항에 따라 임대의무기간 동안 다른 임대사업자에게 민간임대주택을 양도하기 위하여 신고하거나 제3항에 따라 임대의무기간이 지난 후 공공지원민간임대주택을 양도하기 위하여 신고하는 경우 시장·군수·구청장은 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2023.6.20. 대통령령 제33556호로 개정되기 전의 것)

제34조(민간임대주택의 임대의무기간 등) ② 법 제43조 제4항에 따라 임대의무기간(같은 조 제1항에 따른 임대의무기간을 말한다. 이하 같다) 중에 민간임대주택을 양도하려는 임대사업자는 국토교통부령으로 정하는 신청서와 첨부서류를 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 제출해야 한다.

③ 법 제43조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경제적 사정 등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 임대의무기간이 8년 이상인 민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 등록한 임대사업자에 대해서는 제3호, 제4호 및 제5호나목의 경우로 한정한다.

1. 2년 연속 적자가 발생한 경우

2. 2년 연속 부(負)의 영업현금흐름이 발생한 경우

3. 최근 12개월간 해당 임대사업자의 전체 민간임대주택 중 임대되지 아니한 주택이 20퍼센트 이상이고 같은 기간 동안 특정 민간임대주택이 계속하여 임대되지 아니한 경우

④ 시장·군수·구청장은 제3항 제3호 또는 제4호에 해당하여 법 제43조 제4항에 따른 양도허가를 하려는 경우에는 해당 사유가 발생한 주택에 한정하여 허가하여야 한다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2022.12.30. 국토교통부령 제1183호로 개정되기 전의 것)

제15조(임대사업자간 민간임대주택 양도 신고) ① 임대사업자는 법 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자(해당 민간임대주택을 양수하여 주택임대사업을 하려는 자를 포함한다)에게 양도하려는 경우에는 별지 제19호서식의 민간임대주택 양도신고서를 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 민간임대주택의 등기사항증명서 및 민간임대주택을 양수하는 자(해당 민간임대주택을 양수하여 주택임대사업을 하려는 자는 제외한다)의 임대사업자 등록증을 확인하여야 하며, 신고인이 임대사업자 등록증의 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 해당 서류를 첨부하도록 하여야 한다.

제17조(민간임대주택의 양도 허가신청 등) ① 영 제34조 제2항에서 "국토교통부령으로 정하는 신청서와 첨부서류"란 각각 별지 제20호서식의 신청서 및 다음 각 호의 서류를 말한다.

1. 양도의 구체적인 사유를 적은 서류

2. 양도가격 산정의 근거서류

3. 특별수선충당금 적립통장 사본(법 제53조 제1항에 따라 특별수선충당금을 적립하여야 하는 임대사업자만 해당한다)

4. 하자보수보증금 예치증서[공동주택의 사용검사일(주택단지 안의 공동주택의 전부에 대하여 임시사용승인을 얻은 경우를 포함한다)부터 10년 이내인 경우만 해당한다]