이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.5.25. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이 주식회사 OOO은행 및 주식회사 OOO으로부터 매매를 원인으로 취득한 서울특별시 서초구 OOO 총 6필지 91,082.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 관하여 A을 위탁자로 하고 청구법인을 수탁자로 하며, 쟁점토지를 신탁부동산으로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하고, 같은 날 신탁을 원인으로 하여 쟁점토지의 소유권을 청구법인 앞으로 이전등기하여 현재까지 수탁자의 지위에서 쟁점토지를 소유하고 있다.

나. 처분청은 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 청구법인이 소유한 쟁점토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하여, 2018.11.22., 2019.11.21. 및 2020.11.24. 청구법인에게 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원 및 2020년 귀속분 OOO원) 및 농어촌특별세 합계 OOO원(2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원 및 2020년 귀속분 OOO원)을 각 결정ㆍ고지하였다.

다. 이후 청구법인은 2023.12.12. 및 2024.6.13. 처분청에 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분 등을 하여, 기납부한 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 위 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 서울특별시 서초구청장이 쟁점토지에 대한 2018년도 재산세를 경정한 내역이 확인되지 아니한다는 이유로 2024.6.3. 2018년 귀속 종합부동산세 등에 대한 경정청구는 거부하였고, 서울특별시 서초구청장이 쟁점토지 중 가설건축물의 부속토지 등을 종합합산과세대상에서 별도합산과세대상으로 변경하여 2019년도ㆍ2020년도 재산세 등 일부를 직권으로 환급한 사실에 근거하여 2024.8.19. 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 2019년ㆍ2020년 귀속 종합부동산세 등 일부를 환급하는 한편, 2024.10.31. 나머지 경정청구는 거부하였다.

＜표1＞ 재산세 및 종합부동산세 등의 환급 내역

○○○

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.31. 및 2024.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지에 건축된 일반건축물, 가설건축물과 철거되지 않고 존치되고 있는 잔존건축물의 바닥면적 합계에 3배를 곱한 면적은 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(가) 건축물의 부속토지 중 그 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지는 별도합산과세대상으로 구분되며, 도시지역 중 상업지역의 적용배율은 3배이다(「지방세법 시행령」 제101조 제1항 제2호, 제2항).

(나) 쟁점토지는 도시지역 중 상업지역에 해당하고 쟁점토지에는 일반건축물, 가설건축물 및 잔존건축물이 존재하는바, 쟁점토지 중 일반건축물 등의 바닥면적 합계에 3배를 곱한 면적의 토지는 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(다) 따라서 2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 일반건축물과 가설건축물 바닥면적의 합계는 10,603.00㎡이고, 여기에 잔존건축물의 바닥면적을 합친 면적에 3배를 곱한 면적은 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(라) 쟁점토지에 대한 2022년도 재산세 납세의무자인 A은 2022.12.8. 쟁점토지에 부과된 2022년도 재산세 부과처분에 대하여 서울특별시 서초구청장에게 이 건 심판청구와 동일한 사유로 이의신청을 제기하였고, 이에 대하여 서울특별시 서초구청장은 2022년도 재산세 과세기준일 당시 일반건축물 및 가설건축물의 바닥면적 합계를 12,868.28㎡로 보아 그 면적의 3배인 38,604.84㎡를 별도합산과세대상으로 구분하여 재산세를 경정하였다.

(마) 한편, 청구법인과 A은 2022년 9월경 서울특별시장, 서울특별시 서초구청장 및 대한민국을 상대로 쟁점토지에 부과된 2017년도~2021년도 재산세(지방교육세 포함) 및 2017년~2021년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 부당이득으로 보아 서울중앙지방법원에 부당이득반환청구 소송을 제기하여 현재 해당 소송이 진행 중이다(서울중앙지방법원 OOO호, 이하 “쟁점소송”이라 한다). 이에 서울특별시 서초구청장은 2024.5.29. 쟁점소송의 진행 경과를 고려하여 청구주장 중 일부(일반건축물과 가설건축물의 부속토지 및 「주차장법」에 따라 재계산한 차량 대수인 189대를 기준으로 산정한 부속토지는 별도합산과세대상)를 인정하여 2019~2021년도 재산세 등 부과세액 중 정당세액을 초과하는 금액을 직권으로 감액하였다.

(2) 쟁점토지 중 일부는 차고용 토지로서 최저보유차고면적기준의 1.5배 이내의 면적은 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(가) 「여객자동차 운수사업법」 또는 「화물자동차 운수사업법」에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허ㆍ등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허ㆍ등록 조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저 보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지는 별도합산과세대상에 해당한다(「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제1호).

(나) 화물자동차 사용자들이 쟁점토지 중 일부를 차고 소재지로 신고한 후 이를 사용하고 있으므로, 해당 차고 소재지 신고 면적을 확인하여 그 면적 합계의 1.5배에 해당하는 면적의 토지를 별도합산과세대상으로 구분하여야 한다.

(3) 쟁점토지 중 일부는 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지로서 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(가) 「주차장법 시행령」 제6조에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지는 별도합산과세대상에 해당한다(「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제11호).

(나) 이 건 일반건축물의 건축물대장에서 확인할 수 있는 바와 같이 쟁점토지상 일반건축물에는 274대의 자동차를 주차할 수 있는 옥외 주차장이 있고, 그 옥외주차장은 위 부설주차장에 해당한다. 따라서 위 옥외주차장 토지면적 6,932.2㎡(=274대×차량 1대당 면적 25.3㎡)는 별도합산과세대상으로 구분되어야 한다.

(다) 다만, 위 A의 2022년도 재산세 이의신청 결과를 살펴보면, 서울특별시 서초구청장은 2023.2.22. 건축물대장상 주차대수(274대)가 아닌 「주차장법」에 따라 재계산한 대수(189대)를 기준으로 별도합산과세대상 면적을 산정하여 재산세를 경정하도록 결정함에 따라 A에 대한 2022년도 재산세 등 부과처분 중 재산세 OOO원과 지방교육세 OOO원이 감액되었다.

(라) 또한, 서울특별시 서초구청장은 2019년도~2021년도 재산세 등 부과세액 중 정당세액을 초과하는 금액을 직권으로 감액하고 재산세 등을 환급하였다.

(마) 한편, A은 쟁점토지에 관한 2022년 귀속 종합부동산세 등의 부과처분에 대하여 익산세무서장에게 2023.2.17. 이의신청을 제기하였는데, 해당 이의신청은 경정청구를 하지 않고 곧바로 이의신청하였다는 이유로 2023년 3월 중 각하되었으나, 해당 이의신청 결정서에 따르면 익산세무서장은 서울특별시 서초구청장이 통보한 ‘종합부동산세 관련 재산세 과세자료 변동내역 통보_A’이라는 제목의 공문(서울특별시 서초구청 OOO, 2023.2.22.)에 근거하여 종합부동산세 등 부과처분을 직권 시정할 예정”이라고 하였으므로, 2022년도 재산세 이의신청의 결과 2022년 귀속 종합부동산세 등 부과처분을 감액한다는 사실에 대하여는 이견이 없는 상황이다.

(바) 그러나, 「건축법」이나 「주차장법」에 따라 설치된 부설주차장은 그러한 주차장 설치 사실이 건축물대장에 기재되고, 그렇게 설치된 부설주차장은 원칙적으로 「주차장법」 제19조의4에 따라 주차장 외의 다른 용도로 사용할 수 없으며 만약 다른 용도로 사용하는 경우 원상회복 명령을 받게 되고, 당해 명령에 따르지 아니할 경우 해당 건축물은 「건축법」 위반건축물로서 각종 행정조치를 받는 등의 공법상 제한을 받는다(서울행정법원 2016.11.11. 선고 2016구합52729 판결, 참조).

(사) 따라서 2022년도 재산세 등 이의신청 결정과 같이 「주차장법」에 따라 적법하게 인정되어 건축물대장에 기재된 주차장 대수를 부인하고 임의로 주차장 대수를 재계산하여 별도합산과세대상 면적을 새로 정하는 것은 건축물대장의 효력을 부인한 것으로서 허용될 수 없으므로, 2022년도 재산세 등 이의신청 결과와 달리 건축물대장상 주차대수(274대)를 기준으로 별도합산과세대상 면적을 산정하여야 한다.

(4) 쟁점토지 중 일부는 여객자동차터미널 및 물류터미널용 토지에 해당하므로 분리과세대상으로 구분되어야 한다.

(가) 「여객자동차 운수사업법」및 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객자동차터미널 및 물류터미널용 토지는 분리과세대상에 해당한다(「지방세법 시행령」 제102조 제6항 제4호).

(나) 쟁점토지를 촬영한 사진 등에 의하면 쟁점토지의 상당 부분이 OOO 등에 의하여 물류시설로 사용되고 있고, 해당 물류회사들이 쟁점토지를 계속하여 물류터미널용 토지로 사용하고 있음이 객관적으로 확인되므로, 그 면적에 대해서는 분리과세대상으로 구분되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목으로 과세대상 물건의 분류는 「지방세법」에 따르며, 관할지방자치단체장의 통보내용에 따라 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과하고 있는바, 서울특별시 서초구청에 의견을 조회한 바에 따르면, 쟁점토지에 대한 2018년도 재산세 조정 내역이 없는 것으로 회신받았으므로(서초구청 OOO, 2024.8.12.), 2018년 귀속 종합부동산세 등을 경정할 수 없다.

(2) 청구법인은 잔존건축물의 지상부분만 철거되고 저유조 등 저장시설이 철거되지 않은 채 존치되고 있으므로 이를 포함하여 건축물 부속토지 면적을 산정하여야 한다고 주장하나, 해당 잔존건축물은 공부상 확인되지 않는 시설물이고, 존재한다 하더라도 무허가 시설물에 해당할 뿐만 아니라 지상 주유시설이 모두 철거된 상태에서 사용되지 않는 지하의 주유저장시설 등은 사실상 폐구조물에 불과하여 건축물로 보기 어렵다.

(3) 「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제1호에서 「화물자동차 운수사업법」에 따라 화물자동차 운송사업의 면허·등록을 받은 자가 그 면허·등록 조건에 따라 사용하는 차고용 토지를 별도합산과세대상으로 분류하고 있으나, 쟁점토지의 일부를 임차한 임차인들은 화물자동차 운송사업자로 확인되지 아니하고, 청구법인이 제시한 ‘화물자동차 사용신고확인증’은 「화물자동차 운수사업법」 제55조에 따라 화물자동차 운송사업에 이용되지 않고 자가용으로 사용되는 화물자동차로서 차고시설을 확보하였음을 증명하는 확인서에 불과하므로, 쟁점토지 일부를 차고용 토지로 볼 수 없다.

(4) 지방자치단체에 문의한 바에 따르면, 별도합산과세대상이 되는 부설주차장 설치기준 면적은 신축 또는 증축 당시 해당연도의 「주차장법」에 따른 법정주차대수를 기준으로 계산하여야 한다. 따라서 법정주차대수 189대가 아닌 건축물대장상 주차대수 274대를 기준으로 별도합산과세대상을 산정하기는 어렵다.

(5) 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조에 의하면 ‘물류터미널’이란 화물의 집화·하역 및 이와 관련된 분류 포장·보관·가공·조립 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말하며, 「지방세법 시행령」 제102조 제6항 제4호에서 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 자가 사용하는 물류터미널용 토지를 별도합산과세대상으로 분류하고 있는바, 청구법인은 물류터미널 시설을 설치하여 물류터미널을 경영하는 사업자에 해당하지 아니하고, 물류터미널이 조성되지 않은 상태에서 OOO이 쟁점토지 일부를 임차하여 사용하고 있으므로 당해 토지를 물류터미널용 토지로 보아 분리과세대상으로 분류할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 건축물 바닥면적에 3배를 곱한 면적을 별도합산과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지 중 차고용 토지로서 최저보유차고 면적의 1.5배를 별도합산과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점토지 중 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 쟁점토지 중 여객자동차터미널 및 물류터미널용 토지를 분리과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제17조【결정과 경정】④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제9조【결정과 경정】③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

(3) 지방세법

제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(4) 지방세법 시행령

제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시 지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지

가. 읍ㆍ면지역

나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역

② 제1항에 적용할 상업지역 적용배율은 다음과 같다.

③ 법 제106조 제1항 제2호 나목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 「여객자동차 운수사업법」 또는 「화물자동차 운수사업법」에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허ㆍ등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허ㆍ등록 조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

11. 「주차장법 시행령」 제6조에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 부설주차장은 제외한다). 다만, 「관광진흥법 시행령」 제2조 제1항 제3호 가목ㆍ나목에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 같은 항 제5호에 따른 유원시설업에 해당하는 시설의 부설주차장으로서 「도시교통정비 촉진법」 제15조 및 제17조에 따른 교통영향평가서의 심의 결과에 따라 설치된 주차장의 경우에는 해당 검토 결과에 규정된 범위 이내의 주차장용 토지를 말한다.

제102조【분리과세대상 토지의 범위】⑥ 법 제106조 제1항 제3호 바목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 이 경우 제5호 및 제7호부터 제9호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

4. 「여객자동차 운수사업법」 및 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객자동차터미널 및 물류터미널용 토지

(5) 화물자동차 운수사업법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “화물자동차 운송사업”이란 다른 사람의 요구에 응하여 화물자동차를 사용하여 화물을 유상으로 운송하는 사업을 말한다. 이 경우 화주(貨主)가 화물자동차에 함께 탈 때의 화물은 중량, 용적, 형상 등이 여객자동차 운송사업용 자동차에 싣기 부적합한 것으로서 그 기준과 대상차량 등은 국토교통부령으로 정한다.

제3조【화물자동차 운송사업의 허가 등】① 화물자동차 운송사업을 경영하려는 자는 각 호의 구분에 따라 국토교통부장관의 허가를 받아야 한다.

1. 일반화물자동차 운송사업 : 20대 이상의 범위에서 대통령령으로 정하는 대수 이상의 화물자동차를 사용하여 화물을 운송하는 사업

2. 개인화물자동차 운송사업 : 화물자동차 1대를 사용하여 화물을 운송하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

제55조【자가용 화물자동차 사용신고】① 화물자동차 운송사업과 화물자동차 운송가맹사업에 이용되지 아니하고 자가용으로 사용되는 화물자동차(이하 “자가용 화물자동차”라 한다)로서 대통령령으로 정하는 화물자동차로 사용하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 사항을 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

(6) 주차장법

제19조【부설주차장의 설치ㆍ지정】① 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 같은 법 제51조 제3항에 따른 지구단위계획구역 및 지방자치단체의 조례로 정하는 관리지역에서 건축물, 골프연습장, 그 밖에 주차수요를 유발하는 시설(이하 “시설물”이라 한다)을 건축하거나 설치하려는 자는 그 시설물의 내부 또는 그 부지에 부설주차장(화물의 하역과 그 밖의 사업 수행을 위한 주차장을 포함한다. 이하 같다)을 설치하여야 한다.

③ 제1항에 따른 시설물의 종류와 부설주차장의 설치기준은 대통령령으로 정한다.

(7) 주차장법 시행령

제6조【부설주차장의 설치기준】① 법 제19조 제3항에 따라 부설주차장을 설치하여야 할 시설물의 종류와 부설주차장의 설치기준은 별표 1과 같다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군(광역시의 군은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 조례로 시설물의 종류를 세분하거나 부설주차장의 설치기준을 따로 정할 수 있다.

1. 오지ㆍ벽지ㆍ섬 지역, 도심지의 간선도로변이나 그 밖에 해당 지역의 특수성으로 인하여 별표 1의 기준을 적용하는 것이 현저히 부적합한 경우

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제2호에 따른 관리지역으로서 주차난이 발생할 우려가 없는 경우

3. 단독주택ㆍ공동주택의 부설주차장 설치기준을 세대별로 정하거나 숙박시설 또는 업무시설 중 오피스텔의 부설주차장 설치기준을 호실별로 정하려는 경우

4. 기계식주차장을 설치하는 경우로서 해당 지역의 주차장 확보율, 주차장 이용 실태, 교통 여건 등을 고려하여 별표 1의 부설주차장 설치기준과 다르게 정하려는 경우

5. 대한민국 주재 외국공관 안의 외교관 또는 그 가족이 거주하는 구역 등 일반인의 출입이 통제되는 구역에 주택 등의 시설물을 건축하는 경우

6. 시설면적이 1만제곱미터 이상인 공장을 건축하는 경우

[별표 1] 부설주차장의 설치대상시설물 종류 및 설치기준

업무시설, 종교시설

시설면적 100㎡당 1대

전시시설, 운수시설, 방송·통신시설, 창고시설(냉동·냉장창고를 제외한다.)

시설면적 150㎡당 1대

(8) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “물류터미널”이란 화물의 집화(集貨)ㆍ하역(荷役) 및 이와 관련된 분류ㆍ포장ㆍ보관ㆍ가공ㆍ조립 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말한다. 다만, 가공ㆍ조립 시설은 대통령령으로 정하는 규모 이하의 것이어야 한다.

3. “물류터미널사업”이란 물류터미널을 경영하는 사업으로서 복합물류터미널사업과 일반물류터미널사업을 말한다. 다만, 다음 각 목의 시설물을 경영하는 사업은 제외한다.

라. 「유통산업발전법」 제2조 제15호 및 제16호의 집배송시설 및 공동집배송센터

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 청구법인이 소유한 쟁점토지를 아래 ＜표2＞와 같이 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하여, 청구법인에게 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 결정ㆍ고지하였다.

＜표2＞ 쟁점토지의 과세대상 구분(당초)

○○○

(2) 청구법인은 2023.12.12. 및 2024.6.13. 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분 등을 하여 기납부한 2018년~2020년 귀속 종합부동산세 등의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 서울특별시 서초구청장이 쟁점토지에 대한 2018년도 재산세를 경정한 내역이 확인되지 아니한다는 이유로 2024.6.3. 2018년 귀속 종합부동산세 등에 대한 경정청구를 거부하였고, 서울특별시 서초구청장이 쟁점토지 중 가설건축물의 부속토지 등을 종합합산과세대상에서 별도합산과세대상으로 변경하여 2019년ㆍ2020년도 재산세 등 일부를 환급한 사실에 근거하여 2024.8.19. 아래 ＜표3＞과 같이 과세대상 구분을 경정하여 청구법인에게 2019년ㆍ2020년 귀속 종합부동산세 등 일부를 환급하는 한편, 2024.10.31. 나머지 경정청구는 거부하였다.

＜표3＞ 쟁점토지의 과세대상 구분(경정)

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(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실 등이 확인된다.

(가) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, A은 2016.5.25. 쟁점토지 및 그 지상 건축물을 취득하고 청구법인을 수탁자로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하여 소유권이전과 신탁을 원인으로 신탁등기를 병행한 것으로 등재되어 있다.

(나) 처분청은 2023.2.22. 서울특별시 서초구청장으로부터 쟁점토지에 대한 재산세 과세자료 변동 내역을 통보받았는바, 그 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점토지에 대한 재산세 과세자료 변동 내역

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(다) 2022년도 재산세 과세기준일(2022.6.1.) 현재 쟁점토지의 용도지역은 도시지역 중 상업지역이고, 그 지상 일반건축물은 연면적 19,092.57㎡, 바닥면적 5,933.03㎡이며, 주용도는 운수ㆍ근린ㆍ업무시설로, 허가된 가설건축물 13건이 축조 후 연장신고되어 존치하고 있고, 그 총 연면적은 30,090.25㎡, 총 바닥면적은 12,868.28㎡로 각각 확인되는바, 쟁점토지의 건축물 현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 건축물 현황

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(라) 한편, 쟁점토지 지상 일반건축물에 설치된 부설주차장은 옥외 주차장으로 증축 당시 건축물대장상 옥외주차대수가 274대로 기재된 후 현재까지 변동이 없는 것으로 나타나고, 청구법인이 쟁점토지에 지상 부분만 철거되고 지하 부분 또는 관련 저유조, 저장창고 등의 저장시설이 철거되지 않은 채 존치하고 있다고 주장하는 잔존건축물은 공부상 확인되지 아니할 뿐만 아니라 서울특별시 서초구청장도 이에 대하여 재산세 등을 부과한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(마) 청구법인이 제시한 ‘화물자동차 사용신고확인증’ 등에 의하면 쟁점토지상에는 아래 ＜표6＞과 같이 화물자동차 사용자들이 쟁점토지 중 일부를 임차하여 차고 소재지로 신고한 후 사용하고 있는 것으로 나타나는데, 위 임차인들은 「화물자동차 운수사업법」에 따라 화물자동차 운송사업의 면허ㆍ등록을 받은 화물자동차 운송사업자가 아니라 같은 법 제55조에 따라 자가용 화물자동차를 운행하고 있는 것으로 확인된다.

＜표6＞ 차고지 등록 내역

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(바) 또한, 청구법인이 제시한 다음과 같은 쟁점토지 이용사진 등에 의하면, OOO 등의 물류회사가 쟁점토지 및 그 건축물 일부를 임차하여 물류시설로 사용하는 것으로 보이나, 청구법인 및 위 임차인들은 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 물류터미널사업자에 해당하지 아니한다.

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(사) 그 밖에 청구법인과 A은 2024.5.31. 서울특별시장, 서울특별시 서초구청장 및 대한민국을 상대로 쟁점토지에 부과된 2017년~2021년도 재산세(지방교육세 포함) 및 2017년~2021년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 부당이득으로 보아 부당이득반환청구 소송을 제기하여 현재 쟁점소송이 진행되고 있다(서울중앙지방법원 OOO).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 건축된 일반건축물, 가설건축물과 철거되지 않고 존치되고 있는 잔존건축물의 바닥면적 합계에 3배를 곱한 면적을 별도합산과세대상으로 구분하여야 한다고 주장하나,

서울특별시 서초구청장이 쟁점토지 중 이 건 건축물의 바닥면적 합계 12,868.28㎡(일반건축물 5,993.03㎡, 가설건축물 6,935.25㎡)에 용도지역(도시지역)별 적용배율(3배)을 곱한 38,784.84㎡를 건축물의 부속토지로 보아 별도합산대상으로 구분하여 재산세를 환급함에 따라 처분청도 이를 근거로 2019년ㆍ2020년 귀속 종합부동산세 등을 환급한 것으로 확인되는 반면, 청구법인이 쟁점토지에 존재한다고 주장하는 잔존건축물은 건축물대장 등 공부상 등재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 이에 대하여 재산세 등이 부과된 사실도 없는 것으로 확인되므로, 잔존건축물의 바닥면적 합계에 3배를 곱한 면적을 별도합산과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다만, 처분청은 쟁점토지에 건축된 일반건축물 및 가설건축물의 바닥면적 합계에 3배를 곱한 면적을 별도합산과세대상으로 구분하여 2019년ㆍ2020년 귀속 종합부동산세 등을 환급하면서도 2018년 귀속 종합부동산세 등에 대하여는 2018년도 재산세의 경정 내역이 없다는 사유로 경정하지 아니하였는데, 종합부동산세 및 재산세의 부과대상, 세율 및 공제방식 등을 고려할 때 종합부동산세는 그 체계상 재산세와 연계되어 있는 세목으로서, 과세대상의 현황에 따른 과세유형의 분류는 원칙적으로 재산세를 관할하는 지방자치단체가 판단하는 것이 합리적인 운영을 위하여 타당할 것이나, 종합부동산세가 본세의 세액에 부가하여 부과되는 부가세가 아닌 이상 토지에 대한 재산세의 과세대상 구분에 오류가 발생하였다면, 재산세의 세액이 실제로 변경되었는지 여부와 관계없이 종합부동산세의 세액만을 별도로 변경하는 것이 가능하다고 할 수 있는 점, 이 건과 같이 「지방세법」상 부과제척기간 또는 경정 등의 청구기간이 도과되어 재산세에 대한 경정(청구)권이 인정되지 아니하는 상황에서 종합부동산세에 대한 경정마저 제한된다면 납세자에게 이중으로 부담을 주게 되는 결과가 되는 점 등에 비추어, 쟁점토지에 대한 이용 현황이 2018년부터 2020년까지 큰 차이가 없는 이상 2018년 귀속분에 대하여도 2019년ㆍ2020년 귀속분과 동일하게 경정함이 합리적이므로, 처분청은 쟁점토지 중 2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 존재하던 이 건 건축물의 바닥면적 합계 10,603㎡(일반건축물 5,933.03㎡ 및 가설건축물 4,669.97㎡)에 3배를 곱한 31,809㎡를 별도합산대상으로 구분하여 2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 차고용 토지로서 최저보유차고면적의 1.5배를 별도합산과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다고 주장하나,

「지방세법」 제106조 제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제101조 제3항 제1호에서 「화물자동차 운수사업법」에 따라 화물자동차운송사업의 면허·등록을 받은 자가 그 면허·등록 조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있는데, 쟁점토지의 일부를 임차하고 있는 ㈜B 외 4개 업체는 「화물자동차운수사업법」 제3조에 따라 화물자동차운송사업의 허가(등록)를 받은 자가 아니라 같은 법 제55조에 따라 자가용으로 화물자동차를 사용하고 있으므로 그 자동차에 대한 차고지는 「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제1호에서 별도합산과세대상으로 규정하고 있는 토지에 해당하지 아니하는 점, 지방세법령에 자가용 화물자동차의 차고지를 별도합산과세대상으로 한다고 별도로 규정하지 아니한 이상 위 임차업체들이 차고지로 사용하는 토지를 별도합산과세대상으로 구분하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 부설주차장 설치기준면적[건축물대장상 주차대수(274대)를 기준으로 계산] 이내의 토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다고 주장하나,

「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제11호에서 「주차장법 시행령」 제6조에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있을 뿐 ‘건축물대장에 기재된 옥외 주차장의 주차대수를 근거로 부설주차장의 면적을 산정한다’고 규정하고 있지 아니하는 점, 별도합산과세대상이 되는 부설주차장 설치기준면적은 신축 또는 증축 당시 적법하게 인정받은 의무주차대수를 기준으로 산정함이 타당하다 할 것인데, 청구법인이 주장하는 274대는 마지막 증축 당시의 건축물대장상 옥외주차대수로 변동 없이 현재까지 기재되어 있으나, 증축 당시 용도별 증가면적을 해당 연도의 「주차장법」에 따라 법정주차대수를 계산하여야 하므로, 서울특별시 서초구청장은 이 건 일반건축물의 부설주차장 설치면적을 산정하면서 「주차장법」에 따라 법정차량대수를 189대로 재계산하여 이를 기준으로 별도합산과세대상 토지 면적(4,781.7㎡)을 산정하여 재산세를 경정하였고, 처분청도 이에 따라 종합부동산세 등을 환급한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

다만, 처분청은 이 건 일반건축물의 부설주차장 설치면적을 「주차장법」에 따른 법정차량대수(189대)를 기준으로 산정하고 이를 별도합산과세대상으로 구분하여 2019년ㆍ2020년 귀속 종합부동산세 등을 환급하면서도 2018년 귀속 종합부동산세 등에 대하여는 2018년도 재산세의 경정 내역이 없다는 사유로 경정하지 아니하였는데, 앞서 쟁점①과 관련하여 본 바와 같은 이유로 처분청은 쟁점토지 중 일반건축물의 부설주차장 설치면적(4,781.7㎡)을 별도합산과세대상으로 구분하여 2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 여객자동차터미널 및 물류터미널용 토지를 분리과세대상으로 구분하여 종합부동산세 등을 경정하여야 한다고 주장하나,

「지방세법」 제106조 제1항 제3호 바목 및 같은 법 시행령 제102조 제6항 제4호에서 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 물류터미널용 토지 등을 분리과세대상 토지로 규정하고 있는데, 수탁자인 청구법인(위탁자 포함 시에도)은 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 물류터미널 경영사업자에 해당하지 아니하는 점, 물류터미널사업의 범위에 물류터미널을 직영하는 것뿐만 아니라 임대 등의 방식으로 운영하고 그 사용자로부터 시설사용료를 징수하는 형태로 운영하는 것을 포함한다고 하더라도, 물류터미널사업자가 아닌 OOO 등과 같은 물류사업자가 쟁점토지 일부를 물류터미널 관련 시설로 사용한다고 하여 이를 「지방세법 시행령」 제102조 제6항 제4호에서 규정하고 있는 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 물류터미널용 토지로 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.