이유
1. 처분개요

가. 청구인은 매매로 취득한 대구광역시 동구 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 임대주택으로 하여 2015.9.17. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자 등록을 하고, 2015.10.7. 「소득세법」 제168조에 따라 주택임대업으로 사업자등록을 하여 주택임대업을 영위하던 중,

보유 및 거주하던 대구광역시 OOO소재 주택(부수토지를 포함하며, 이하 “쟁점거주주택”이라 한다)이 2018년 8월 주택재개발정비사업조합에 수용되자 2018.9.13. 양도소득세 OOO원을 신고한 뒤, 2019.12.30. 쟁점임대주택 또한 양도하였다.

나. 청구인은 쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 장기임대주택에 해당한다는 이유로 쟁점거주주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하며 2024.5.31. 처분청에 경정청구를 제기하였으나,

처분청은 청구인이 쟁점임대주택을 5년 이상 임대하지 아니하고 양도하여 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 가목의 장기임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 2024.7.31. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.27. 이의신청을 거쳐, 2024.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 특별법을 우선 적용해야 하므로 「소득세법 시행령」이 아닌, 민간임대주택법에 따른 단기 임대기간 4년을 적용하여 쟁점임대주택을 장기임대주택으로 보아 쟁점거주주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다.

(가) 쟁점임대주택은 민간임대주택법에 따라 경상북도 경산시에 임대사업자 등록이 된 임대주택이고, 남대구세무서에도 사업자등록이 되었으며, 쟁점거주주택은 1987년부터 2018년까지 약 31년간 청구인이 보유 및 거주한 후, 2018.8.10. OOO주택재개발정리사업조합에 수용되었다.

(나) 쟁점임대주택을 2019.12.30. 매도하였으며, 보유기간은 6년이고 임대사업자 등록과 사업자등록을 하고 민간임대주택법의 사업자 의무임대기간 4년을 경과한 후 매매를 하였으나, 임대기간이 5년이 되어야 양도소득세 감면 혜택을 받는다고 하여 양도소득세를 납부하였다.

(다) 그러나, 쟁점임대주택에는 민간임대주택법 제2조 제6호의 의무기간 4년이 우선 적용되어야 하고, 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 가목과 「조세특례제한법」 제97조는 5년 이상 임대를 하여야 양도소득세를 면제하지만, 특별법 우선 적용 원칙에 따라 민간임대주택법에 따른 의무임대기간 4년을 충족하였으므로 쟁점거주주택에 대한 양도소득세는 경정되어야 한다.

(라) 이 건의 쟁점은 청구인이 민간임대주택법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 의무임대기간을 경과하여 매매하였으나, 처분청이 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 가목의 5년 이상 임대한 주택 규정을 적용한 결과, 민간임대주택법과 「소득세법 시행령」의 임대기간이 충돌하였으나, 특별법 적용 우선원칙에 따라 민간임대주택법에 따른 4년을 적용하여야 한다.

(2) 쟁점거주주택의 양도소득금액 계산 시에 「소득세법」 제95조에 따라 1세대 1주택에 적용하는 80%의 장기보유특별공제를 적용해야 한다.

(가) 쟁점거주주택은 1987년 구입하여 2018년까지 장기 보유하였으므로 「소득세법」 제95조에 따라 양도차익의 100분 80 공제 혜택을 받아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점임대주택을 5년 이상 임대하지 아니하고 양도하였으므로 장기임대주택 요건을 충족하지 않았으므로 쟁점거주주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다.

(가) 국세통합전산망을 통해 확인한바, 청구인은 2015.9.17. 최초로 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 하고, 2015.10.07. 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하였으며 2019.12.30. 쟁점임대주택을 OOO원에 양도하였다.

(나) 「소득세법 시행령」 제155조 제20항은 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(장기임대주택)과 거주기간이 2년 이상인 주택(거주주택)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용한다고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 장기임대주택을 같은 법 제168조에 의한 사업자등록과 민간임대주택법 제5조에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로 규정하고 있다.

(다) 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 가목은 민간매입임대주택으로 5년 이상 임대할 것을 규정하고 있는바,

청구인의 쟁점임대주택 임대개시일은 임대사업자 등록과 사업자등록을 모두 마친 날인 2015.10.17.이며, 이날부터 5년 이상을 임대하여야 쟁점거주주택에 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있으나, 청구인은 쟁점임대주택을 장기임대주택 요건이 충족되기 전인 2019.12.30. 양도하였으므로 청구인이 당초 신고한 양도소득세는 적정하다.

(2) 쟁점거주주택은 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 양도소득금액 계산 시에 80%의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다.

(가) 「소득세법」 제95조에 따라 1세대 1주택에 해당하는 경우 최대 80%의 장기보유특별공제를 적용하는 것이며, 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하지 못하여, 쟁점거주주택의 양도는 1세대 1주택의 양도가 아니므로 최대 30%의 장기보유특별공제를 적용한 당초 양도소득세 신고내용은 적정하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점임대주택이 임대기간요건을 충족하지 아니하였다는 이유로 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제한 처분의 당부

② 쟁점거주주택의 양도소득금액 산출 시 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 매입임대주택에 해당하는 쟁점임대주택에 대하여 2015.9.17. 민간임대주택법 제5조에 따라 임대사업자 등록을 하고, 2015.10.7. 「소득세법」 제168조에 따라 주택임대업으로 사업자등록을 하여 주택임대업을 영위한 것으로 확인된다.

＜쟁점임대주택 임대사업자 등록내역＞

(나) 청구인은 쟁점임대주택을 2014.4.5.부터 2명의 임차인에게 각 임대하였다고 주장하였고, 처분청은 위 임대기간에 대하여 이견을 제시하지는 아니하였다.

(다) 청구인이 보유 및 거주하던 쟁점거주주택은 2018.8.22. 주택재개발정비사업조합에 수용ㆍ양도되었고, 쟁점임대주택은 청구인이 2014.5.23. 매매로 취득하여 2019.12.30. 양도한 것으로 확인된다.

＜사진 삽입을 위한 여백＞

＜쟁점거주주택 및 쟁점임대주택 소유권 변동내역＞

(라) 청구인은 양도한 쟁점거주주택에 대하여 취득가액(매매)은 OOO원으로, 양도가액(수용)은 OOO원으로 하고, 30%의 장기보유특별공제율과 기본세율을 적용하여 산출한 양도소득세 OOO원을 2018.9.13. 예정신고한 것으로 확인된다.

＜청구인 쟁점거주주택 양도소득세 예정신고내역＞

(단위 : 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점 ①에 대하여 살피건대, 장기임대주택 임대개시일은 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 「소득세법」 제168조의 사업자등록을 모두 한 날인바(대법원 2021.11.25. 선고 2021두51744 판결, 같은 뜻임), 청구인은 매입임대주택에 해당하는 쟁점임대주택에 대하여 2015.9.17. 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하고, 2015.10.7. 「소득세법」에 따라 주택임대업으로 사업자등록을 하였으므로 쟁점임대주택의 임대개시일은 2015.10.7.이라고 할 것인데,

이때부터 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 가목에 따라 5년 이상 임대하여야 장기임대주택으로서 쟁점거주주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있으나, 청구인은 쟁점임대주택을 2019.12.30. 양도하여 그 임대기간이 5년 미만이므로 쟁점임대주택은 장기임대주택의 요건을 갖추었다고 볼 수 없는 점,

장기임대주택 임대에 따른 거주주택 양도에 대한 1세대 1주택 비과세를 규정한 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에서 장기임대주택에 대하여 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 더불어 민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것만을 명시할 뿐, 청구주장과 같이 민간임대주택법 제2조 제6호에서 정의한 단기민간임대주택에 대한 4년 이상의 임대기간을 「소득세법 시행령」 에서 규정한 장기임대주택의 임대기간요건에 우선하여 적용할 아무런 법적 근거 등이 없으므로, 이를 우선 적용하여 임대기간이 4년 이상, 5년 미만인 경우에 「소득세법 시행령」 제167조의3에 따른 장기임대주택의 요건을 충족하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점 ②에 대하여 살피건대, 「소득세법」 제95조 제2항의 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에 최대 100분의 80의 장기보유특별공제율을 적용한다고 규정하며, 같은 법 시행령 제159조의3에서 당해 1세대 1주택에는 같은 법 시행령 제155조에 따라 1세대 1주택으로 보는 거주주택 또한 포함하는 것으로 규정하고 있으나,

청구인의 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3에 따른 장기임대주택으로서 요건을 갖추었다고 볼 수 없으므로 쟁점거주주택의 양도는 1세대 1주택 양도에 해당하지 않으며, 따라서 최대 100분의 80의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조(1세대1주택의 특례) (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2018.1.16. 법률 제15356호로 일부 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(4) 조세특례제한법(2018.5.29. 법률 제15623호로 일부 개정된 것)

제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.