이유
1. 처분개요

가. 청구인 A은 전자제품(휴대폰 부품) 제조업을 영위한 ㈜B(2016.4.20. 개업, 2017.12.31. 폐업, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 34%를 소유한 대표자이고, 청구인 C은 쟁점법인의 발행주식 33%를 소유한 자이다.

나. 처분청은 쟁점법인이 2016년 제2기부터 2017년 제1기까지 재화 또는 용역의 공급없이 OOO원의 세금계산서를 수취하였다는 내용의 자료를 통보받아, 2023.12.1. 쟁점법인에게 2016년 제2기분 및 2017년 제1기분 부가가치세 합계 OOO원(이하 “이 건 부가가치세”라 한다)을 경정.고지하였고, 쟁점법인이 이 건 부가가치세를 체납하자 2024.12.17. 청구인들에게 제2차 납세의무자로 지정하였으며 아래 ＜표1＞과 같이 납부고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)를 하였다.

＜표1＞ 이 건 처분

(단위 : 원)

OOO

다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.2.28. 이의신청을 거쳐 2025.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점법인은 전자 및 휴대폰 부품 제조업을 영위하는 사업체이고 인건비 지출 비중이 큰 업종으로 신분과 거주가 불안정한 외국인 불법체류자들을 수시로 고용하여 인력을 수급하였으나, 적격증빙인 지급명세서를 제출하기 어려웠다. 이에 쟁점법인은 인력공급업체인 ㈜D(이하 “쟁점①거래처”라 한다), ㈜E산업(이하 “쟁점②거래처”라 한다), ㈜F산업(이하 “쟁점③거래처”라 하고, 쟁점①.②거래처와 함께 “쟁점거래처”라 한다)과 거래하면서 부가가치세액을 입금해 주고 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받았다.

(2) 우리나라 부가가치세 제도가 취하고 있는 전단계세액공제법의 특성상, 쟁점거래처가 매출세액을 납부하고 쟁점법인이 매입세액을 공제하면 해당 거래에 관하여 국가의 입장에서는 세수의 감소가 없다. 또한, 쟁점거래처가 부가가치세를 신고하고 무납부 하였거나, 무신고하고 처분청이 결정.고지하였다고 하여 조세수입의 감소가 초래되었다는 겉모습이 드러났을지라도 전단계세액공제법의 본질이 왜곡된다고는 볼 수 없다 할 것이다(서울고등법원 2022.6.9. 선고 OOO 판결).

(3) 부과제척기간 10년을 적용하려면, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제를 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세를 신고.납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고.납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 방법으로 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것인바(대법원 2014.2.27. 선고 OOO 판결),

청구인들은 쟁점거래처의 세금계산서 발행과 그 이후 쟁점거래처의 부가가치세 신고.납부에 관한 미래의 의사결정에 대해 알지도 못할뿐더러, 더 나아가 국가의 조세수입 감소를 초래할 것이라고도 인식하지 못하였다(서울고등법원 2022.6.9. 선고 OOO 판결).

(4) 처분청도 이 건 세금계산서 거래분에 대하여 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 쟁점거래처와 청구인에 대한 사실관계 확인도 부족하고 달리 인정할 증거가 없으므로(대법원 2022.5.6. 선고 OOO 판결), 이 건 부가가치세에 대하여 10년이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 할 것인데, 이 건 처분이 5년의 부과제척기간이 지난 후인 2023년 12월에 이루어져 위법하다.

(5) 따라서 쟁점법인의 이 건 부가가치세 고지는 위법한 법률행위로 그에 터잡은 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래처는 부가가치세 세무조사를 통하여 자료상 행위가 밝혀졌고, 처분청으로서는 쟁점법인의 조세탈루 사실을 알 수 없는 내용으로, 실물거래 없는 가공세금계산서 거래는 「조세범 처벌법」제3조 제6항에 따른 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하고, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위이므로 부과제척기간 10년을 적용한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 쟁점거래처는 세무조사 당시 쟁점법인이 재화 또는 용역제공 대가를 지급하지 않고 세금계산서만 발급받았으며, 인력공급을 하지 않고 세금계산서를 발급한 행위를 인정하였다.

(3) 청구인들도 쟁점법인에서 신분과 거주가 불안정한 외국인 불법체류자들을 수시로 고용하여 인력을 수급하였으나, 적격증빙인 지급명세서를 제출하기 어려워서 거짓세금계산서를 발급받은 사실을 인정하였다.

(4) 따라서 쟁점법인이 사실과 다른 “거짓 문서의 작성 및 수취”한 사실을 알면서도 쟁점거래처로부터 세금계산서를 발급받았으므로 이는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하고, 부과제척기간 10년을 적용한 이 건 부가가치세 처분은 정당하며 이에 터잡아 처분한 출자자에 대한 제2차납세의무 지정도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사실과 다른 세금계산서를 수취한 것에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 부과한 이 건 부가가치세의 처분이 위법하며 이에 터잡아 청구인들에게 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분이 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 역외거래 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

다. 사실관계 조사

(1) 쟁점거래처와 관련된 내용은 아래와 같다.

(가) 관할 조사관서가 실시한 쟁점①거래처에 대한 세무조사 보고서상, 쟁점①거래처는 아래와 같이 쟁점법인에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

1) 쟁점법인은 2016.4.2. 경기도 평택시 OOO에 개업한 휴대폰 부품 제조업체로 쟁점①거래처와 2016년 11월～12월 거래한 것으로 확인된다.

2) 쟁점①거래처의 대표 G은 쟁점법인에 인력파견 없이 가공세금계산서만을 발행하였다고 진술하였고, 조사관서가 쟁점거래처의 금융거래를 확인한 결과, 쟁점①거래처는 쟁점법인으로부터 2016.12.12. 부가가치세액 상당액이 입금되면 동일 날짜에 대표 G의 배우자 H 계좌로 이체한 것으로 확인된다.

(나) 관할 조사관서가 실시한 쟁점②거래처에 대한 세무조사 보고서상, 쟁점②거래처는 아래와 같이 쟁점법인에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

쟁점법인은 2017.2.10. 및 2017.3.10. 쟁점②거래처에게 총 매입대금 중 부가가치세 상당액에 해당하는 OOO원만을 입금하였고 동 금액은 이후 타 계좌로 출금되었으며, 쟁점법인은 2017.6.29. 조사관서로부터 거래사실 확인서를 수령하였음에도 그 회신 요구에 불응하였다.

(다) 관할 조사관서가 실시한 쟁점③거래처에 대한 세무조사 보고서상, 쟁점③거래처는 아래와 같이 쟁점법인에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

쟁점법인은 자료상 확정자인 쟁점②거래처의 주요 매출처로 2017.8.31. 거래사실 확인서를 수령하였음에도 회신에 불응하고 있어 조사관서가 금융거래내역을 검토하였는데, 쟁점법인은 쟁점③거래처에 총 3회에 걸쳐 부가가치세 상당액을 입금하였고 해당 금액은 입금 즉시 H(G의 배우자)의 계좌로 출금되고 있어 조사관서는 이를 전형적인 자료상 거래로 보아 해당 금액을 가공거래로 확정하였다.

(라) 쟁점거래처는 쟁점법인과 거래한 2016년 제2기부터 2017년 제1기에 대한 부가가치세를 신고하였으나 그 세액을 납부하지 않았고, 관할 세무서장은 위 세액에 대하여 무납부고지하였으며, 쟁점거래처가 위 고지세액을 납부하지 않아 체납되었으나, 이 건 부가가치세 경정.고지(2023.12.1.) 전에 쟁점거래처의 체납세액은 시효완성으로 소멸되었다.

(2) 쟁점법인의 주주현황은 아래 ＜표2＞와 같고, 처분청은 ‘청구인 A과 청구인 C(배우자의 형제자매)이 특수관계자에 해당하여, 쟁점법인에 대한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(발행주식 총수 50% 초과)’로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 이 건 처분을 하였다.

＜표2＞ 쟁점법인의 주주현황

(단위 : 주, %)

OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취하는 것에 대하여 국가의 조세수입을 감소시킬 것이라는 인식이 없었으므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 하는바, 부과제척기간을 지나 고지한 이 건 부가가치세에 터잡아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나 쟁점법인은 외국인 불법체류자를 고용하여 일용근로소득 지급명세서를 제출할 수 있는 상황이 아니어서 그 인건비를 손금으로 인정받고자 인력파견업체인 쟁점거래처에게 부가가치세액만을 입금하고 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보이는 점, 쟁점거래처는 쟁점법인에게 사실과 다른 세금계산서를 발급하면서 그에 대한 부가가치세를 신고하였을 뿐 신고한 세액을 납부한 사실이 없고, 나아가 위 세액을 체납하였으며 결국 시효완성으로 쟁점거래처의 체납세액이 소멸한 점, 쟁점법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취하면서 그로 인해 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것을 인식하지 못하였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 이 건 부가가치세의 부과제척기간은 10년으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 청구인들의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.