이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2011년 7월경 AAA과 주식회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)을 설립하였고, 2012.6.8. CCC, DDD, AAA과 주식회사 EEE(이하 “EEE”라 한다)를 설립하여 인바(INVAR) 등 철강재를 일본과 중국에서 수입하여 도매하는 사업을 영위하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.1.23.부터 2018.12.20.까지 실시한 EEE 및 BBB 등에 대한 법인통합 세무조사 결과, 청구인이 EEE 및 BBB 등 법인의 자금을 홍콩에 설립한 페이퍼컴퍼니인 OOO(이하 “FFF”이라 한다) 내지 국내 명의위장 사업장 등을 통하여 사외유출한 것으로 보아 청구인의 상여, 배당, 기타소득으로 소득처분하도록 용인세무서장에게 통보하였고, 이에 따라 용인세무서장은 청구인에게 아래 ＜표＞와 같이 소득처분을 하고, 종합소득세를 부과·고지하였으며, 처분청은 이에 따라 청구인에게 지방소득세 OOO원을 부과·고지하였다.

＜표＞ 청구인에 대한 당초 처분 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 이후 조사청은 소득금액변동통지된 상여, 배당, 기타소득 중 배당 및 기타소득 처분의 귀속연도에 오류가 있음을 발견하여 이를 바로잡아 용인세무서장에게 과세자료를 통보하였고, 용인세무서장은 2020.4.22. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원, 2018년 귀속 종합소득세 OOO원 합계 OOO원을 경정.고지하였으며, 처분청은 2020.6.13. 지방소득세 OOO원을 감액하고, OOO원을 부과·고지하였다.

라. 청구인은 우리 원에 심판청구OOO를 제기하였는데, 우리 원은 이를 모두 기각하는 결정을 하였고, 청구인이 서울행정법원에 제기한 소송(서울행정법원 OOO 판결) 역시 기각되었으며, 이에 대한 항소심(서울고등법원 OOO 판결) 및 상고심(대법원 OOO 판결, 심리불속행 기각으로 확정)에서 원심결과를 유지하는 내용으로 선고되어 최종 확정되었다.

마. 이후 청구인은 FFF의 주식 중 AAA의 주주권은 존재하지 않는다는 취지로 소송(수원지방법원 OOO 판결)을 제기하여 ‘FFF 주식(OOO주) 중 OOO주에 대한 피고 AAA의 주주권이 존재하지 아니함을 확인한다’는 판결(항소심 수원지방법원 OOO 판결, 2024.8.9. 확정, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 받았고, 쟁점판결을 근거로 2024.9.3. 용인세무서장에게 2012년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 용인세무서장은 2024.12.9. 이를 거부하였다.

바. 청구인은 쟁점판결을 근거로 2024.9.3. 처분청에 2012년∼2018년 지방소득세(종합소득) 합계 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.11.4. 이를 거부하였다.

사. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점판결은 「지방세기본법」 제50조 제2항 제1호의 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 소송의 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”에 해당하는 것으로서 이른바 후발적 경정청구의 사유가 되는 것이므로, 청구인에 대한 경정청구 거부처분을 취소하고 기 납부한 지방소득세를 전부 환급하여야 한다.

처분청의 지방소득세 부과처분의 근거는, EEE와 FFF이 청구인, CCC, DDD, AAA이 각 1/4 지분을 가진 회사로서 그 주주 구성이 동일하다는 이유로 EEE 및 GGG가 실제로는 HHH 및 III로부터 직접 철강재 및 밧데리렉을 수입하는 것임에도 마치 FFF을 통하여 철강재를 수입하는 것처럼 거래관계를 위장하였다고 보아 EEE 및 GGG에서 유출된 금원이 청구인에게 귀속되었다는 것이었다.

그런데 청구인은 AAA 등과의 FFF 관련 분쟁에서 AAA, CCC, DDD을 상대로 청구인이 FFF의 100% 지분권자라는 주주권확인 소송을 제기하여 법원으로부터 FFF은 청구인이 자본금 전부를 출자하여 설립한 회사로서 100% 지분권자임을 확인하는 내용의 쟁점판결을 선고받았다.

특히 쟁점판결에서 이 건 각 부과처분의 근거가 뒤바뀌었는바, ① AAA, DDD, CCC은 주주로서 FFF의 운영 및 수익 배분에 관여하였음을 인정할 아무런 자료가 없고, ② 그에 대한 내부적 합의도 없었으며, ③ 청구인의 AAA 등에 대한 각 송금은 배당금으로서 지급한 것이 아닌, EEE의 주주에게 제품판매에 대한 지원대가로 판매마진 중 일부를 지급한 것이라고 하여 기존 행정소송 및 형사소송 판결을 뒤집는 판결을 선고하였다.

따라서 청구인에 대한 경정청구 거부처분을 취소하고 청구인이 기 납부한 지방소득세를 전부 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세법」 제91조 제1항은 거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 「소득세법」 제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 소득세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 소득세 과세표준 및 소득세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지 이 건 개인지방소득세 부과처분은 적법한 것으로 보아야 한다.

청구인은 용인세무서장의 종합소득세 경정청구 거부처분에 대하여 불복을 제기하였으나, 조세심판원에서 이미 기각되었는바, 처분청의 지방소득세 경정청구 거부처분 또한 적법하다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점판결에 의하여 부과처분의 기초가 된 사실관계가 변경되었으므로, 청구인의 후발적 경정청구를 거부한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점판결을 근거로 2024.9.3. 용인세무서장에게 2012년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 용인세무서장은 2024.12.9. 이를 거부하였다.

(나) 청구인은 2024.11.21. 용인세무서장의 종합소득세 경정거부처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2025.5.8. 청구인의 심판청구를 기각하는 결정(조심 OOO)을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점판결에 의하여 종합소득세 및 지방소득세 부과처분의 기초가 된 사실관계가 달라졌으므로, 처분청이 청구인의 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 주장한다.

「지방세법」제86조 제1항에서 「소득세법」에 따른 소득세 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으고, 같은 법 제91조 제1항에서 거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 「소득세법」 제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 소득세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제97조 제3항에서 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「소득세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다.

개인지방소득세는 「소득세법」제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 신고·납부 또는 부과·징수하는 지방세로서 지방소득세의 경우 그 과세표준이 되는 종합소득세 과세표준이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 그 과세처분은 유효하다고 할 것인데(조심 2018지3239, 2019.3.26., 같은 뜻임), 이 건 심판청구 심리일까지 이 건 개인지방소득세의 과세표준이 되는 이 건 종합소득세의 과세표준이 국세청 등 권한 있는 기관에 의하여 결정 또는 경정된바가 없는 것으로 확인되는 점, 청구인이 용인세무서장이 한 종합소득세 경정거부처분을 취소해달라는 취지로 우리 원에 제기한 심판청구가 이미 기각된 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구인의 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것)

제86조(납세의무자 등) ① 「소득세법」에 따른 소득세 또는 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

제87조(지방소득의 범위 및 구분 등) ① 거주자의 개인지방소득은 다음 각 호와 같이 구분하고, 각 호의 소득의 범위는 「소득세법」 제16조부터 제22조까지, 제94조 및 제95조에서 정하는 바에 따른다.

1. 종합소득

　 이 법에 따라 과세되는 개인지방소득에서 제2호 및 제3호에 따른 소득을 제외한 소득으로서 다음 각 목의 소득을 합산한 것

가. 이자소득

나. 배당소득

다. 사업소득

라. 근로소득

마. 연금소득

바. 기타소득

제91조(과세표준) ① 거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 「소득세법」 제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제97조(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 거주자가 제95조에 따른 신고를 하지 아니하거나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 지방자치단체의 장이 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 그 내용을 해당 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 통지하여야 한다.

(2) 소득세법

제14조(과세표준의 계산) ① 거주자의 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준은 각각 구분하여 계산한다.

② 종합소득에 대한 과세표준(이하 “종합소득과세표준”이라 한다)은 제16조, 제17조, 제19조, 제20조, 제20조의3, 제21조, 제24조부터 제26조까지, 제27조부터 제29조까지, 제31조부터 제35조까지, 제37조, 제39조, 제41조부터 제46조까지, 제46조의2, 제47조 및 제47조의2에 따라 계산한 이자소득금액, 배당소득금액, 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액 및 기타소득금액의 합계액(이하 “종합소득금액”이라 한다)에서 제50조, 제51조, 제51조의3, 제51조의4 및 제52조에 따른 공제(이하 “종합소득공제”라 한다)를 적용한 금액으로 한다.