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심판청구
청구법인이 「지방세특례제한법」상 창업중소기업에 해당하는지 여부
조심 2024지2058생산일자 2025-07-18
AI 요약
요지
청구법인은 이 건 사업체의 기존 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 해당함.
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.10.25. 설립된 법인으로 울산광역시 남구 OOO 외 3필지 소재 토지 OOO㎡ 및 건물 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득(매매)하고, 2023.11.28. 그 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후, 청구법인은 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 취득세 감면대상(75%)에 해당한다는 취지로 2024.5.23. 처분청에 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2024.6.18. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 이 건 경정청구를 거부하면서 청구법인이 기존 동종의 사업을 영위하는 과점주주가 새로 신설되는 중소기업 법인의 과점주주가 되는 경우에 해당하므로 창업으로 보지 아니한다는 의견이다.

「지방세특례제한법」(2023.12.29., 법률 제19862호로 개정된 것) 제58조의3 및 같은 법 시행령(2023.12.29., 대통령령 제34079호로 개정된 것) 제29조의2 제12항 제2호(이하 “쟁점시행령”이라 한다)에서 같은 법 제58조의3 제6항 제5호에서 대통령령으로 정하는 경우란 “해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)”라는 규정이 신설되었다.

그러나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날은 2023.11.28.이고, 쟁점시행령의 시행일은 2024.1.1.이므로, 이를 청구법인에 적용하여 이 건 경정청구를 거부한 것은 소급과세금지 원칙에 반하는 부당한 처분이다.

(2) 청구법인은 당초에는 자동차 제조부품 제조업을 업종으로, 제조업을 업태로 법인을 설립하려 하였으나, 산업단지에 공장 등록을 하려고 보니 청구법인의 가공 업무는 제조업에 해당하지 않아 공장등록이 불가하다고 하여 물류산업 중 일반창고업(운수 및 창고업)을 업종(업태)으로 하여 이를 설립할 수 밖에 없었다.

또한, 청구법인은 쟁점부동산을 매도한 ㈜AAA과는 다른 업종을 영위하고 있는바, 청구법인이 이 건 감면규정에 해당되지 않는다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부하면서 2024.1.1.부터 납세의무가 성립하여 과세요건이 완성된 것에 대하여 적용해야 함에도, 이 건 경정청구 거부 사유로 쟁점시행령의 규정을 소급적용한 것은 잘못이 있었다.

그러나, 쟁점시행령은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제6항 제4호에서 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에 대하여 기존의 포괄적으로 규정하던 내용을 좀 더 구체화한 규정일 뿐이고, 청구법인은 쟁점시행령의 적용 여부와 상관없이 기존 동종 법인인 부친이 대표이사로 있는 BBB 주식회사의 사업을 승계한 것이므로, 이 건 감면규정에서 말하는 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업에 해당되지 않는다.

(2) 또한, 청구법인은 ‘CCC로부터 완성된 부품을 공급받아 보관하다가 가공 절차(테이핑 등)를 거쳐 서열용기에 담아 DDD 제조 현장으로 배송하는 업무’를 하고 있어 쟁점부동산을 매도한 ㈜AAA과는 전혀 다른 업종을 영위하므로 창업중소기업에 해당한다고 주장한다.

그러나, ㈜AAA의 업종과 무관하게 청구법인은 부친의 BBB 주식회사와 사업내용 등이 동일하므로, 이 건 감면규정에서 말하는 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 「지방세특례제한법」상 창업중소기업에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 등기사항전부증명서(법인) 등에 의하면, 청구법인은 2023.10.25. 울산광역시 남구 OOO(쟁점부동산 소재)를 본점으로 하여 설립되었고, 업태(업종)이 운수 및 창고업(일반 창고업)으로 기재되어 있는 것이 확인된다.

(나) 주주명세표 등에 의하면, 청구법인의 대표이사는 EEE(지분 70%)이고, 사내이사는 FFF(지분 30%)이며, FFF은 EEE의 부친인 것으로 나타난다.

<표1> 청구법인 주주현황

(단위 : 주, 원)

○○○

(다) 한편, EEE의 부친 FFF은 BBB 주식회사(이하 “이 건 사업체”라 한다)의 대표이사이고, EEE은 이 건 사업체의 사내이사이며, 주주명세표에 의하면 FFF(지분 50%)과 EEE(지분 30%)은 이 건 사업체의 과점주주인 것으로 나타난다.

<표2> 이 건 사업체 주주현황

(단위 : 주, 원)

○○○

(라) 이 건 사업체는 2021.10.29. 울산광역시 북구 OOO을 본점으로 설립되었고, 업태는 ‘보관 및 창고업.운송 관련 서비스업.기타 도급업’인 것으로 확인된다.

(마) 청구법인과 이 건 사업체는 동일인들이 두 법인의 사내이사와 대표이사를 겸직하고 있고, 업태(운수 및 창고업), 한국표준산업분류표상 업종코드(52101) 등이 아래 <표3>과 같이 일치하는 것으로 나타난다.

<표3> 청구법인과 이 건 사업체의 비교

○○○

(바) 청구법인과 이 건 사업체의 2023년~2024년도 매출거래처 및 거래 현황을 비교한 결과, 주 거래처는 CCC 주식회사로 100% 일치하고, 주요품목 또한 동일한 것으로 아래 <표4>와 같이 확인된다.

<표4> 매출거래처 및 주요품목 비교

○○○

(사) 청구법인은 2023.11.28. 쟁점부동산을 ㈜AAA으로부터 매입하였고, ㈜AAA은 ‘특장부품 제조업 및 수출용화물 포장업’ 등으로 사업자등록을 한 법인인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항과 같은 조 제6항 제1호 및 제4호에서 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 100분의 75를 경감하되, ‘합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우(제1호)’, ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우(제4호)’에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산의 취득은 「지방세특례제한법」상 창업중소기업 감면대상에 해당한다고 주장한다.

그러나, 이 건 사업체는 청구법인의 대표이사(EEE)의 부친(FFF)이 설립·운영하는 법인으로, 특수관계에 있는 자를 청구법인의 대표이사로 하여 동종 법인을 설립한 후 동일인들이 두 법인의 대표이사와 사내이사를 겸직하고 있는 것으로 확인되는 점, 청구법인과 이 건 사업체는 업종과 업태(운수 및 창고업), 한국표준산업분류표상 업종코드(52101), 주요 매출거래처 등이 일치하는 것으로 확인되는 점, 따라서, 청구법인은 이 건 사업체의 기존 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 해당하는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인을 「지방세특례제한법」 제58조의3에 따른 창업중소기업에 대한 감면대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」 제96조 제7항과「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

(2) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우

5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(3) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29., 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

2. 개인이 창업하는 경우: 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자등록일

⑦ 법 제58조의3 제4항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조제7항에 따른 물류산업을 말한다.

⑨ 법 제58조의3 제6항 제1호 단서에서 “토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산”이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조에 따른 감가상각자산을 말한다.

⑩ 법 제58조의3 제6항 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 30을 말한다.

⑪ 법 제58조의3 제6항 제1호 및 제3호에 따른 같은 종류의 사업은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 세분류가 동일한 사업으로 한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29., 대통령령 제34079호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위)

⑫ 법 제58조의3 제6항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 개인사업자가 동종 사업을 영위하는 법인인 중소기업을 새로 설립하여 과점주주(「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 되는 경우

2. 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)

3. 법인인 중소기업이 회사의 형태를 변경한 이후에도 변경 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

(5) 조세특례제한법(2022.12.31., 법률 제19199호로 개정된 것)

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

6. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다)

(6) 조세특례제한법 시행령(2023.9.26., 대통령령 제33764호로 개정된 것)

제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다.

1. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송업

2. 화물 취급업

3. 보관 및 창고업

4. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송지원 서비스업

5. 화물운송 중개ㆍ대리 및 관련 서비스업

6. 화물포장ㆍ검수 및 계량 서비스업

7. 「선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률」에 따른 예선업

8. 「도선법」에 따른 도선업

9. 기타 산업용 기계ㆍ장비 임대업 중 파렛트 임대업