이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.3.30. 경기도 용인시 OOO 외 13필지에 건축물(물류센터, OOO㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 2020.3.31. 처분청에 「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따라 100분의 75 감면을 적용하여 취득세 등을 신고ㆍ납부 하였다.

나. 이후, 청구법인은 이 건 부동산 중 일부(이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 임대하면서, 「지방세특례제한법」 제58조의3 제7항 제1호 및 제2호에 따라 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 등으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점부동산[쟁점부동산 중 AAA 주식회사(이하 ‘㈜AAA’이라 한다)에 임대한 부분을 쟁점①부동산, BBB물류서비스 주식회사(이하 ‘(주)BBB’라 한다)에 임대한 부분을 쟁점②부동산이라 한다]에 대하여 기 감면받은 취득세 등을 신고ㆍ납부 하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산에 대한 수정 신고ㆍ납부 현황

○○○

다. 청구법인은 2024.1.4. 형식상 임대차계약을 체결한 것일 뿐, 실제는 창고 사용 계약서에 의한 물품보관(이하 ‘수탁창고’라 한다) 방식으로 쟁점부동산을 사용하고 있다며 기 납부한 취득세 등에 대하여 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.2.8. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 임대차계약서에 의한 물품보관(이하 ‘임대창고’라 한다) 방식으로 사업을 영위하고 있는 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용한 것이다.

(가) 청구법인은 물류터미널 운영업을 영위하면서 수요가 고정적이고 대규모인 고객을 상대로 일일이 보관료를 산정하기에는 무리가 있다고 보아, 임대업에서 임대료를 산정하는 방식을 차용하여 월단위로 보관료를 계산하는 방식을 적용함에 따라 형식상 임대차 계약서를 체결한 것일 뿐이며 이는 물류터미널 운영 업계의 관행이다.

(나) 대법원은 「지방세특례제한법」 제178조에서 규정하는 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 물류사업에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도로 사용하는지를 가리지 아니한다고 봄이 타당하다고 판시한 바 있다(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결).

(다) 또한, 「조세특례제한법」 제24조 등에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자 완료일로부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 임대하는 경우 법인세의 감면세액 추징 규정(같은 법 제146조)에 대하여, 국세청 예규[기준-2023-법무법인-0113(20241.10.)]는 화주들과 임대차계약을 체결하여 화주들에게 창고를 임대하는 방식으로 창고업을 영위하는 내국법인이 「건축법 시행령」 [별표1] 제18호 가목의 창고에 투자하는 경우 「조세특례제한법」 제24조의 통합투자세액공제를 적용할 수 있다고 정하고 있다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 물류터미널 운영업 자체에 직접 사용한 것으로 보는 것이 마땅하며, 그 근거는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2020년 공무팀장 외 10명을 채용하였으며 이 직원들이 중앙통제제어실에서 24시간 교대·근무하면서 쟁점부동산을 포함하여 이 건 부동산 전체를 대상으로 냉동 및 냉장 설비의 적정온도 유지 등 물류터미널로서의 기본적인 기능을 유지ㆍ관리 하는 한편, 모든 입주 업체의 물품 등에 대한 각종 재해, 화재, 전기사고 등의 피해가 발생하지 않도록 이 건 부동산에 대한 전기ㆍ소방 안전 점검 관리 등 전반적인 유지ㆍ관리 업무를 수행하고 있다.

(나) 위의 유지ㆍ관리 업무 수행에 따른 전기료, 상하수도 요금, 승강기 관리비 등 기타 유틸리티 비용과 입주 업체(수탁창고 방식을 취한 업체 포함)의 물적 사고로 인한 재산 및 수익 손실의 보전을 위한 화재보험 가입비 등 모든 비용을 청구법인이 직접 부담하고 있으며, 입주 업체에게 관리비 부과 등으로 전가하지 않고 있다.

(다) 청구법인은 2021년부터 2024년까지 (주)AAA의 임차면적을 제외[(주)AAA이 직접 임차면적에 대한 사업소분 주민세를 신고납부하겠다고 요청하였기 때문이다]한 전체 면적에 대한 사업소분 주민세를 납부하였고, (주)AAA의 법인등기부 등본 및 사업자등록증에 따르면 쟁점①부동산 소재지에 설치ㆍ등록한 지점은 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①부동산을 임대차목적물로 하여 청구법인과 (주)AAA이 맺은 임대차 계약서(이하 ‘이 건 계약서’라 한다)의 내용을 살펴보면, 청구법인은 쟁점①부동산을 임차인에게 제공하고 그 대가로 임대료를 지급받은 것으로 보는 것이 타당하다(쟁점②부동산도 동일하다).

(가) 이 건 계약서의 ‘6. 관리비 지급조건’에서 ‘월 관리비: 없음, 다만, FIT-OUT 기간(입주 전 임차법인이 임차 건물에 대하여 인테리어 공사를 하는 기간을 말한다) 동안 B1 및 2F층에 한하여 특약사항에 따라 지급함’으로 기재 되어 있는데

FIT-OUT 기간이라는 것은 임대차계약 관계하에서만 성립되는 개념이며, FIT-OUT 기간에는 임차인에게 관리비 등을 별도로 부과하나, 임대차 기간에는 별도로 부과하지 않고 임대료에 관리비 등을 포함하여 부과한다고 볼 수 있다.

(나) 이 건 계약서의 계약일반조건 제8조(임대차목적물의 유지관리) 제4항은 ‘임대차목적물 내의 임차인의 위탁, 수탁 상품을 포함하여 임차인 소유 재산에 관한 사고, 화재, 도난 등으로부터의 안전관리는 임차인의 책임이며, 임대인은 위와 같은 사고 등이 임대인이 지배·관리하는 영역 내에서 발생하거나 임대인의 귀책으로 인하여 발생한 경우를 제외하고 임차인에 대하여 책임을 부담하지 아니한다’라고, 제5항은 ‘임차인은 제4항과 관련하여 임차인 자신의 비용과 책임으로 적절한 보험을 가입하여 유지해야 한다’라고 작성되어 있으므로,

청구법인이 화재보험에 가입한 것은 임대인의 지배·관리 영역 내에서 발생한 손실에 대하여 임대인의 지위에서 보전하기 위함일 뿐이며 그것만으로 청구법인이 전적으로 물품의 보관 및 관리 책임을 부담한다고 단정할 수 없다.

(다) 이 건 계약서의 계약일반조건 제9조(출입권한)에 따르면 청구법인의 임직원은 임차인의 서면 승인 없이는 임대차 목적물에 출입할 수 없다는 점과 그 밖에 제6조(임대인의 준수의무), 제7조(임차인의 준수의무), 제9조(인도 및 원상복구) 등 계약 조항에 따르면 이 건 계약서는 임대차계약의 형태인 것이 명확하고,

청구법인이 (주)CCC과 체결한 창고 사용 계약서에 기재된 보관물 내역 및 보관 장소, 보관 조건, 입출고, 유통기간 경과시 처리사항 등의 조항은 (주)AAA 및 (주)BBB와 체결한 임대차계약서의 형식이나 내용과는 확연히 구별되는 차이가 있다.

(2) (주)AAA이 쟁점①부동산에 자체 사무실 등 부대시설을 두고 AAA OOO로 활용하면서, 직원들을 직접 고용하여 물품의 보관 등과 직접적으로 관련된 입고·출고·검수 등 업무를 수행하고 있다는 점에서도 임대차 관계임을 확인할 수 있다.

청구법인의 직원들이 쟁점부동산 외에 상주하며 쟁점부동산의 온도·전기관리, 산업안전 등 업무를 수행하는 것은 쟁점부동산의 물품 보관 등과 직접적으로 관련된 업무라기 보다는 쟁점부동산의 총괄적인 관리업무인 것으로 볼 수 있다.

(3) 청구법인이 쟁점부동산을 임대 방식으로 운영한 것은 「지방세특례제한법」 제58조의3(이하 ‘쟁점법령’이라 한다)의 ‘직접 사용’으로 볼 수 없다고 판단되며, 청구법인이 제시한 판례 및 예규는 쟁점법령과는 달리 적용되어야 한다.

(가) 대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결은 「지방세특례제한법」 제71조(물류단지 등에 대한 감면)에 관련된 판례이고, 청구법인의 쟁점부동산 취득세 감면시 적용된 법령은 같은 법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)으로 그 근거 법령이 상이하다.

1) 「지방세특례제한법」 제71조의 물류단지 등에 대한 감면 법령은 물류시설 및 물류산업이라는 특정 산업 자체의 발전 촉진에 그 설립 취지를 두고 있는 한편, 쟁점법령은 창의적이고 자주적인 중소기업의 각각의 성장을 지원하기 위함에 그 취지를 두고 있는 것으로서 그 지원 대상 업종을 한정적으로 열거하고 있는데 부동산임대업은 그 지원 대상 업종에 포함되어 있지 않다.

2) 구「조세특례제한법」(2015.1.1. 법률 제12173호로 개정 전) 제120조 제3항에서 창업중소기업에 대한 취득세 감면을 규정할 때부터 그 직접 사용의 범위에서 임대는 제외하고 있는바, 쟁점법령에서 규정하는 ‘직접 사용’을 해석할 때 ‘임대’의 방식을 엄격하게 제한하고 있음을 알 수 있고, 이는 동종 업종의 같은 용도에 사용되더라도 달리 적용되지 않는다.

(나) 국세청 예규 또한 「법인세법」, 「소득세법」, 「조세특례제한법」에 근거를 둔 것으로, 쟁점법령의 취득세 감면 규정에 동일하게 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

임대창고 방식으로 운영 중인 쟁점부동산을 청구법인이 물류업에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2016.5.16. 운수업/화물터미널시설 운영업을 목적사업으로 하여 설립되었고, 설립 당시 대표이사는 DDD이며, 현재 대표이사는 EEE으로 확인된다.

(나) 청구법인은 (주)AAA과 2020.6.16. 임대차계약을 체결하였고, 그 일부 내용은 아래와 같다.

○○○

(다) 청구법인은 (주)BBB와 2020.8.7. 임대차계약서를 체결하였고, 그 일부 내용은 아래와 같다.

○○○

(라) 지방세 과세 내역에 의하면, (주)AAA과 (주)BBB는 쟁점부동산을 소재지로 하여 2021년～2024년까지 사업소분 주민세를 납부한 사실과, (주)BBB는 2020.9.29. 용인시(OOO)로부터, (주)AAA은 2021.12.1. 용인시(OOO)로부터 각 축산물보관업 영업허가를 득하였고, 이에 대한 등록면허세를 납부한 사실이 확인된다.

(마) 청구법인이 심판청구를 하면서 제출한 (주)CCC과 2020.6.30. 체결한 창고 사용 계약서의 일부 내용은 아래와 같다.

○○○

(2) 조세심판원 담당 심판조사관이 2025.4.11. 실시한 현장확인조사의 결과는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 물류터미널 운영 상황

○○○

청 구 인

사 용 자

○ 쟁점부동산의 주요 구성부분 또는 기본적 설비부분의 유지, 하자(단순 누수 포함) 보수에 관한 관리, 수선 등

- 건물의 바닥, 벽, 기둥, 천정 등 구조물 자체, 배관과 보일러 시설, 전기시설, 소방시설(소방시설 관리자 선임 등 포함) 등

○ 임대인 지배·관리 영역 내 또는 임대인 귀책으로 발생하는 쟁점부동산 내의 안전관리

○ 전등 등 소모성 부속물의 파손, 훼손에 따른 교체 등 소규모 수선

○ 쟁점부동산 내의 임차인 소유 위·수탁 상품, 재산에 관한 사고, 화재, 도난 등 안전관리

(나) 청구법인과 사용자의 책임·관리 범위

(다) 청구법인 및 (주)AAA이 계약한 보험증권 약관의 중요 내용

○○○

(라) 사고 및 손해배상 사례

○○○

(마) 청구법인의 인적·물적 설비 현황

1) 조직: 1센터장, 6팀 38명

○○○

2) 공무팀 중앙제어실 현황

○○○

＜ 참고: 현장 조사 사진 ＞

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항은 2020.12.31.까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 75%를 경감 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항은 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 않거나, 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

이에 따라 처분청은 쟁점부동산에 대하여 ‘창고 사용 계약서’가 아니라 ‘임대차계약서’에 의해 물품 보관 계약을 체결하였고 그 계약 내용이 부동산 임대차계약과 다르지 않으므로 청구법인이 쟁점부동산을 ‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없고 다른 용도(임대업)로 사용하는 것이라는 의견이나,

청구법인은 이 건 부동산을 1개소당 약 2,000㎡ 면적의 냉동·냉장 시설을 갖춘 다수의 창고로 구분하여 운영 중인바, 물류 수요가 고정적이고 대량인 물품의 보관·유통을 위해 장기간 여러 개의 창고를 사용하려는 사용자와는 임대창고 방식이나 수탁창고(대량) 방식으로 계약을 체결하고 있는데, 두 가지 방식은 계약서의 형식만 다를 뿐이고 물품의 입출고 및 관리 등에 대한 책임을 사용자가 모두 부담하고 그에 필요한 인력을 사용자가 자체적으로 충원한다는 점에서 그 운영 방식은 같다고 볼 수 있으며, 사용료 정산 역시 사용면적을 기초로 하여 월단위로 일정액을 정산하는 임대창고 방식이나 사용 일수를 기초로 하여 사용 면적에 대하여 월 1회 정산하는 수탁창고(대량) 방식은 사실상 차이가 없는 것으로 보인다.

반면, 계약서의 형식이 같은 수탁창고 방식임에도 소량의 물품을 간헐적으로 보관·유통하는 수탁창고(소량) 방식의 경우 청구법인이 자체적으로 인력을 충원하여 계약 물품의 입출고 등 관리 업무를 수행하고 있고, 보관 물품을 입출고할 때마다 사용 일수를 기초로 하여 수시로 사용료를 정산한다는 점에서, 임대창고 방식은 수탁창고(대량) 방식과는 그 운영 방식이 같고 수탁창고(소량) 방식과는 다르다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

아울러, 청구법인은 임대창고 방식의 쟁점부동산과 수탁창고 방식의 쟁점부동산 이외의 냉동·냉장 창고를 포함하여 이 건 부동산 전체에 대하여 청구법인이 직접 10여명을 채용하여 실내 온도를 일정하게 관리·운영하는 등 이 건 부동산의 주요 기능을 제어하고 있는 점, 청구법인의 지배·관리 영역 내에서 또는 청구법인의 귀책으로 이 건 부동산 내에서 발생하는 화재, 전기, 도난 등 안전사고로 인한 보관 물품 등의 피해에 대하여 청구법인이 보상 또는 배상해야 하며 이러한 피해에 대한 보상을 보험가입물로 하여 청구법인이 직접 보험을 가입하고 이에 따라 실제 보상이 이루어진 사례가 다수 있는 점, 일반적으로 사용자부담 원칙에 따라 임차인이 부담하는 전기·상하수도 등의 요금을 사용자에게 전가하지 않고 청구법인이 부담하고 있는 점, 고객의 요구 상황에 따라 창고 사용요금 징수 방법을 달리한다는 점만으로 청구법인이 물류터미널 운영업을 수행하지 않는 것으로 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 임대차계약서에 따른 계약이라는 그 형식만을 좇아 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 않고 다른 용도(임대업)로 사용하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 「중소기업창업 지원법」 제2조제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

② 2020년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 확인일)부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다.

16. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 일부개정 된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

2. 개인이 창업하는 경우: 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자등록일

② 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 청년창업기업”이란 대표자(「소득세법」 제43조제1항에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 더 큰 사업자를 말한다)가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 창업 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

2. 법인으로 창업하는 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사람

가. 제1호의 요건을 갖출 것

나. 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것

⑥ 법 제58조의3제4항제16호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조제8항에 따른 산업을 말한다.

(3) 중소기업창업 지원법(2018.12.31. 법률 제16173호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑧ 법 제6조제3항제18호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 계량 서비스업, 「선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률」에 따른 예선업 및 「도선법」에 따른 도선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다.