청구인이 쟁점주식매수선택권 행사일 전일까지 금융기관에 주식매수선택권 전용계좌개설을 신청하고 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 쟁점법인에 제출한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없어 보이는 점, 기한 후 신고 등 납세자의 세법상 의무 미이행 시 조세특례의 적용배제를 규정한 조특법 제128조에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항들(조특법 제16조의2~4)을 열거하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구인의 주식매수선택권 행사이익에 대하여 쟁점과세특례를 적용함이 타당하므로, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구인은 2015.10.5. A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 입사하여 약 7년 9개월 동안 재직하다가 2023.7.10. 퇴사한 근로소득자로, 2019.4.3. 쟁점법인의 주주총회 결의로 「벤처기업육성에 관한 특별법」(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권 19,000주(이하 “쟁점주식매수선택권”이라 한다)를 부여받아 그 중 4,000주를 2022.9.20. 행사하고 총 행사차익 OOO원 중 OOO원에 대하여는 구「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조의2에 따른 비과세특례를 적용하고, 나머지에 대하여는 조특법 제16조의4에 따른 과세특례(이하 “쟁점과세특례”라 한다)를 적용하고자 2022.9.19. 쟁점법인에 과세특례신청서를 제출하였으나, 2022년 귀속 종합소득세 신고 시 이를 반영하지 아니하였다. 나. 이후, 청구인은 종합소득세 신고 시 쟁점과세특례를 적용하지 아니한 사실을 확인하고 2024.3.22. 처분청에 이를 반영하여 과다납부한 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 위 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 청구인으로부터 과세특례신청서를 제출받은 쟁점법인이 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 전용계좌로 입고하고 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 처분청에 제출하여야 함에도 경정청구일 현재까지 이를 미이행함으로써 조특법 시행령 제14조의4 제3항의 요건을 충족하지 아니한다고 보아 2024.5.16. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 법적 요건을 충족하는 적격 벤처기업 임직원이 법적 요건을 충족하는 적격 주식매수선택권을 행사하여 발생하는 행사차익에 대하여 해당 임직원이 행사 전까지 과세특례를 신청한 경우 조특법 제16조의4에 따른 쟁점과세특례를 적용받을 수 있는바, 청구인은 위 요건을 모두 충족한다. (가) 청구인은 주주총회 결의일 현재 법적 요건을 충족하는 적격 벤처기업의 임직원에 해당한다. 1) 쟁점과세특례는 당해 임직원이 주주총회 결의일 현재 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 10%를 초과하여 보유하게 되는 자가 아닐 것을 요건으로 하는데, 쟁점법인은 2019.4.3. 벤처기업법 제16조의3 제1항에 따른 주주총회 결의로서 당사 임직원에게 주식매수선택권을 부여하기로 결정하였고, 청구인은 부여받은 쟁점주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 지급되는 주식 외에는 이 건 주주총회 결의일 현재 별도의 쟁점법인 주식을 보유하지 아니하였는바, 이 건 주주총회 결의일 현재 쟁점법인의 총발행주식수는 5,824,310주이므로 청구인이 쟁점주식매수선택권을 모두 행사한다고 하여도 그 지분율은 0.03%로 10%를 초과하지 아니한다. 2) 또한, 쟁점과세특례는 주주총회 결의일 현재 해당 법인의 주주로서 지배주주 등에 해당하지 아니하고, 해당 법인의 발행주식 총수의 10%를 초과하여 보유하는 주주가 아니거나 동 주식을 10% 이상 보유하고 있는 자와 친족관계 또는 경영지배 관계에 있지 아니할 것을 요건으로 하는데, 청구인은 주주총회 결의일 현재 쟁점법인의 주식을 보유하고 있지 아니하였다. 한편, 「법인세법」상 “지배주주 등”이란 지분율 1% 이상의 주식을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우의 해당 주주 등을 말하는데, 쟁점법인의 최대주주는 B으로 청구인은 B과 특수관계에 있지 아니하고, 쟁점법인 주식을 10% 이상 보유하고 있는 C 및 D와 친족관계 또는 경영지배 관계에 있지도 않다. 따라서 청구인은 주주총회 결의일 현재 적격 벤처기업 임직원 요건을 모두 충족한다. (나) 쟁점주식매수선택권은 벤처기업법 제16조의3 제1항에 따른 적격주식매수선택권에 해당한다. 1) 벤처기업법 제16조의3 제1항에 의하면 주식회사인 벤처기업은 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 해당 기업의 설립 또는 기술·경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 임직원 등에게 미리 정한 행사가격으로 신주를 매수할 수 있는 주식매수선택권 등을 부여할 수 있는바, 쟁점법인은 벤처기업법 제25조에 따른 벤처기업으로서 같은 법 제16조의3 제1항에 따라 주주총회의 결의로 임직원에게 주식매수선택권을 부여하였다. 따라서 청구인에게 부여한 쟁점주식매수선택권은 벤처기업법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권 요건을 충족하는 적격주식매수선택권에 해당한다. 2) 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정하는 경우 이를 적격주식매수선택권으로 볼 수 있는데, 쟁점법인이 청구인을 포함한 임직원에게 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳤음이 주식매수선택권 부여계약서 등에 의하여 확인되므로 쟁점주식매수선택권은 위 요건을 충족한다. 3) 적격주식매수선택권은 당해 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없는 것을 요건으로 하는데, 청구인이 쟁점법인과 체결한 약정서 제8조에 따르면 청구인은 해당 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없음이 확인되므로 위 요건을 충족한다. 4) 또한, 적격주식매수선택권은 임직원의 사망 등 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 주주총회 결의일로부터 2년 이상 해당 법인에 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것을 요건으로 하는데, 청구인은 2015.10.5. 쟁점법인에 입사하여 주주총회 결의일로부터 약 3년 5개월 동안 재직한 후인 2022.9.20. 쟁점주식매수선택권을 행사하였으므로 위 요건을 충족한다. 5) 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계가 OOO원 이하인 경우 이를 적격주식매수선택권으로 보는데, 청구인은 입사 이후 2022.9.20. 주식매수선택권 4,000주 외에는 주식매수선택권을 행사한 사실이 없고, 주식매수선택권 4,000주의 총 행사가액은 OOO원(주당 행사가액 OOO원)이므로 위 요건을 충족한다. (다) 조특법 시행령 제14조의4에 따르면 조특법 제16조의4 제1항에 따른 쟁점과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원은 특례적용신청서(별지 제6호의5 서식)에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하는바, 청구인은 쟁점주식매수선택권 행사 전 특례적용신청서를 쟁점법인에 제출하였으므로 위 요건을 충족한다. (2) 벤처기업 임직원이 요건을 충족하는 경우에는 쟁점과세특례 적용이 가능하여야 하고, 벤처기업은 사후적으로 관련 자료를 제출하여 협력의무를 이행할 수 있도록 허용되어야 함에도 이와 달리 벤처기업인 쟁점법인이 조특법 시행령 제14조의4 제3항의 기한 내 자료제출의무를 이행하지 않았다고 하여 벤처기업 임직원인 청구인에 대한 쟁점과세특례 적용을 배제하는 것은 납세자의 권익을 과도하게 제한하여 조세법률주의에 위배된다. (가) 청구인은 2022년 쟁점과세특례를 적용하고자 주식매수선택권을 행사하기 전에 쟁점법인에 과세특례신청서를 제출하여 전용계좌로 주식을 입고받았고, 쟁점법인도 청구인의 쟁점과세특례 적용을 신청받은 후 2022사업연도 법인세 신고 시 쟁점주식매수선택권 행사차익을 손금불산입하여 법인세를 신고하였는바, 쟁점과세특례는 납세자의 과세이연 및 해당 법인으로의 과세전가 효과가 나타나므로 이를 적용받으려는 벤처기업 임직원이 주식매수선택권 전용계좌 개설ㆍ입고 후 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사 전에 해당 벤처기업에 제출하여 명확하게 의사표시를 하도록 필수요건을 규정하는 한편, 벤처기업에게도 원천징수 관할 세무서장에게 관련 자료를 제출하도록 협력의무를 규정하고 있으나(조심 2021서6907, 2022.12.13. 참조), 관련 규정 어디에도 벤처기업의 조특법 시행령 제16조의4 제3항의 기한 내 자료제출의무를 벤처기업 임직원의 쟁점과세특례 적용을 위한 필수요건으로 규정하고 있지는 않다. 따라서 청구인은 쟁점과세특례의 효력에 영향을 미치는 모든 필수요건을 갖추었을 뿐만 아니라 벤처기업 임직원과는 다르게 벤처기업은 쟁점과세특례 대상 납세자에 해당하지도 않고, 벤처기업의 자료제출의무는 쟁점과세특례의 효력에 직접 영향을 미치는 필수요건에도 해당하지 아니하는 점 등을 고려할 때 벤처기업의 자료제출의무는 행정처리에 필요한 단순 협력의무로 봄이 타당하다. (나) 쟁점과세특례를 적용함에 있어서 벤처기업의 주식매수선택권 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서 제출의무는 협력의무에 불가하므로 과세특례 적용 여부에 영향을 미칠 수 없다. 즉, 세법이 「국세기본법」상 실질과세원칙을 천명하고 있는 바와 같이 감면규정을 적용할 때에도 중요한 것은 감면 취지에 맞는 실체적 요건을 갖추는 것으로 이를 필요조건이라 할 수 있고, 그 외에 감면을 적용받기 위한 제반 절차는 감면 적용을 위한 행정처리에 필요한 단순 협력의무라고 할 수 있다(기획재정부 재산세제과-340, 2004.3.15. 등 참조). 위와 관련하여 조세심판원도 실체적 요건에 해당하지 않는 세액면제신청서나 면제세액계산서는 행정처리를 위한 협력의무라고 결정하고 있고(조심 2021중1715, 2021.8.9., 조심 2018전1838, 2018.8.14. 참조), 법원도 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라고 판단하고 있다(대법원 1997.10.24. 선고 97누10628 판결 참조). (다) 엄격해석의 원칙상 조세법규는 과세요건은 물론 비과세 요건이나 감면요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는바, 이러한 엄격해석의 원칙에 의하더라도 벤처기업의 자료제출 여부는 청구인의 쟁점과세특례 적용 여부에 영향을 미칠 수 없다. 조특법 제16조의4는 청구인이 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받기 위해서는 청구인이 요건을 갖추어 전용계좌를 개설하고 쟁점법인에 과세특례를 신청할 것을 요건으로 하고 있을 뿐이므로 청구인이 조특법 제16조의4의 요건을 갖춰 전용계좌를 개설하고 쟁점법인에 과세특례를 신청한 이상 청구인이 쟁점과세특례를 적용받을 수 있는 것으로 해석함이 엄격해석의 원칙에도 부합하다 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 주장하는 쟁점과세특례 요건에 대한 충족 여부에 대하여는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다. (2) 청구인이 쟁점과세특례 요건을 모두 충족하였다고 하더라도 과세특례신청서를 제출받은 쟁점법인이 조특법 시행령 제14조의4 제3항에 따른 기한 내에 자료제출의무를 누락하였으므로 청구인에게 쟁점과세특례를 적용할 수 없다. 청구인은 쟁점과세특례를 적용함에 있어 벤처기업의 주식매수선택권 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서 제출의무는 협력의무에 불가하여 쟁점과세특례 적용 여부에 영향을 미칠 수 없다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석함이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인바, 조특법 시행령 제14조의4 제3항에 따르면 과세특례신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 함에도 쟁점법인은 이를 기한 내에 이행하지 아니하였으므로 청구인의 주식매수선택권 행사이익에 대하여 쟁점과세특례를 적용할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인이 쟁점과세특례 요건을 모두 충족하였음에도 과세특례신청서를 제출받은 쟁점법인이 기한 내 자료제출의무를 미이행한 경우 청구인에게 쟁점과세특례를 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간 5천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. ② 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사 시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. 1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것 ② 적격주식매수선택권 행사 시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

양도소득금액 = A － B - (C － D) A : 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식의 양도가액 B : 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액과 적격주식매수선택권 부여 당시의 시가 중 큰 금액 C : 제16조의2에 따라 비과세되는 금액 D : 시가 이하 발행이익에 대해 제16조의2에 따라 비과세를 적용받은 금액

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 「법인세법」 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익)을 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. 1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일 2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날 3. 제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우 : 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 최초로 거래한 날 ⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조 제1항 제7호를 적용하지 아니한다. ⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다. ⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. ⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】② 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제96조의2, 제96조의3, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제99조의12, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항, 제121조의33 제2항을 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제14조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】① 법 제16조의3 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다. ② 법 제16조의3 제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 “특례적용신청서”라 한다)를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용 대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3 제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제14조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】① 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업”이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 자”란 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)을 말한다. 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자 2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등에 해당하는 자 3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주 4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자 ② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다. ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 행사주식지급명세서”라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 “특례적용대상명세서”라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 “금융투자업자”라 한다)는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서”라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것 2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것 3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것 ⑥ 법 제16조의4 제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 「소득세법」 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 법 제16조의4 제4항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 본문에 따른 금액에서 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 시가 이하 발행이익을 제외한 금액을 말한다. ⑧ 법 제16조의4 제5항 제1호에서 “해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 다음 각 호의 사유를 말한다. 1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우 2. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우 3. 합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우 ⑨ 법 제16조의4 제6항에서 “대통령령으로 정하는 자료”란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다. ⑩ 법 제16조의4 제8항에 따라 벤처기업 임직원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 전용계좌를 개설해야 한다. 1. 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것 2. 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설ㆍ관리할 것 3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것 4. 계좌 개설 이후 1개월 내에 주식이 입고되지 않을 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2019.4.3. 쟁점법인으로부터 쟁점주식매수선택권을 부여받아 2022.9.20. 그 중 4,000주를 행사하고 총 행사차익 OOO원 중 OOO원에 대하여는 조특법 제16조의2에 따른 비과세특례를 적용하고, 나머지는 조특법 제16조의4에 따른 쟁점과세특례를 적용하고자 쟁점법인에 과세특례신청서를 제출하였으나, 2022년 귀속 종합소득세 신고 시 이를 반영하지 아니한 사실을 확인하고 2024.3.22. 아래 ＜표1＞과 같이 처분청에 이를 반영하여 과다납부한 2022년 귀속 종합소득세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 쟁점법인이 주식매수선택권 행사주식 지급명세서와 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하지 아니함으로써 조특법 시행령 제14조의4 제3호의 요건을 미충족한다고 보아 2024.5.16. 청구인의 경정청구를 거부하였다. ＜표1＞ 청구인의 경정청구 내역 ○○○ (2) 조특법 제16조의4 제1항에서 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례는 벤처기업법 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령(조특법 시행령 제14조의4 제1항)으로 정하는 요건을 갖출 것을 규정하고 있는바, 쟁점주식매수선택권의 각 요건별 충족 여부를 검토하면 아래 ＜표2＞와 같고, 쟁점주식매수선택권이 쟁점과세특례 적용 요건을 모두 충족하여 적격주식매수선택권에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인 및 처분청 간에 다툼이 없다. ＜표2＞ 쟁점과세특례 요건 충족 여부

구분	상세 요건	충족 여부
임직원 요건 (조특법 시행령 제14조의4 제1항)	- 주주총회 결의일 현재 다음 어느 하나에 해당하지 아니할 것 ① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 지분율이 10%를 초과하는 자 ② 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등에 해당하는 자 ③ 지분율 10%를 초과하여 보유하는 주주 ④ 위 ③의 주주와 「국세기본법」상 친족관계 또는 경영지배 관계에 있는 자	충족함
적격주식매수선택권 요건(조특법 시행령 제14조의4 제5항)	- 벤처기업법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권으로서 다음의 각 호의 요건을 충족할 것 ① 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것 ② ①에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것 ③ 임직원의 사망 등 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 주주총회 결의일로부터 2년 이상 해당 법인에 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것	충족함
과세특례 신청 요건	- 조특법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출할 것	충족함

(3) 조특법 제16조의3은 벤처기업의 우수인력 유치를 지원하기 위하여 2014.12.23. 법률 제12853호로 신설되어 벤처기업 임직원이 부여받은 주식매수선택권에 대해 근로소득 과세방식과 양도소득세 과세방식을 선택할 수 있도록 2015.1.1. 이후 주식매수선택권을 부여받은 분부터 허용하고 있는바, 청구인의 과세방식별 조세부담액을 비교하면 아래 ＜표3＞과 같고, 쟁점법인은 2022사업연도 법인세 신고 시 이 건 행사차익을 손금불산입하였음이 확인된다. ＜표3＞ 과세방식별 세 부담 비교 ○○○ (4) 청구인은 쟁점과세특례 적용 요건을 모두 충족하는 이상 협력의무에 불과한 쟁점법인의 자료제출의무 미이행을 이유로 이 건 경정청구를 거부할 수 없다고 주장하며 쟁점법인에 제출하였다는 특례적용신청서 및 주식매수선택권 전용계좌개설확인서 등을 제시하였다. (5) 또한, 청구인은 쟁점법인이 원천징수 관할 세무서장에게 주식매수선택권 행사 주식지급명세서와 특례적용대상 명세서를 제출하는 것은 쟁점과세특례 적용의 필수요건이 아니라고 주장하며 다음과 같은 기획재정부의 예규(OOO, 2004.3.15.)를 제시하고 있다. ○○○ (6) 그 밖에 조특법상 주식매수선택권의 납부특례에 관한 기획재정부의 유권해석은 다음과 같고, 쟁점과세특례에 관한 유권해석은 확인되지 아니한다.

○ 기획재정부 소득세제과-754(2024.7.17.) [제목] 절차적 요건을 충족하지 못한 경우 주식매수선택권 행사이익 납부특례 적용여부 [회신] 조특법 시행령 제14조의3 제2항에 따른 특례적용신청서를 같은 항 또는 같은 조 제5항에서 규정한 기한 내에 제출하지 않더라도 기한 후 신고 등을 통해 조특법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례의 적용을 받을 수 있는 것임 [사실관계] - 신청인은 A법인에 입사한 후 두 과세기간에 걸쳐 주식매수선택권을 행사하여 A법인 신주를 각각 취득한 후 행사시기에 비과세 특례한도 내로 판단하여 행사이익을 합산하여 신고하지 않고 납부특례도 신청하지 않음 - 이후 각 주식매수선택권 행사이익에 대하여 매매사례가액 등이 존재함을 인지하였고, 향후 기한 후 신고 및 수정신고 절차를 통해 납부특례를 신청할 예정임

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 조특법 제16조의4 등에 따르면 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 과세특례를 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있고, 위 특례조항의 위임을 받은 조특법 시행령 제14조의4에 의하면, 쟁점과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌를 개설하고 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하며(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상 명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(제3항)고 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점법인이 주식매수선택권의 필수요건인 위 신청절차를 기한 내에 이행하지 아니하여 청구인의 주식매수선택권 행사이익에 대하여 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 청구인이 쟁점주식매수선택권 행사일(2022.9.20.) 전일까지 금융기관에 주식매수선택권 전용계좌개설을 신청하고 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 쟁점법인에 제출한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없어 보이는 점, 쟁점과세특례는 납세자의 과세이연(주식매수선택권 행사 시 근로소득에서 해당 주식 처분 시 양도소득으로 과세이연) 및 해당 법인으로의 과세전가(양도소득으로 과세이연되는 경우 손금불산입) 효과가 나타나므로 법령상의 과세특례 신청 여부에 대한 납세자의 의사표시가 명확히 요구되는데, 청구인은 쟁점주식매수선택권을 행사할 당시 조특법 제16조의4의 요건을 갖추어 전용계좌개설을 신청함으로써 쟁점과세특례의 적용을 받겠다는 의사표시를 하고 필수적인 절차를 이행한 것으로 보이는 점, 쟁점법인도 청구인의 쟁점과세특례 적용을 신청받은 후 2022사업연도 법인세 신고 시 쟁점주식매수선택권 행사차익을 손금불산입하여 법인세를 신고함으로써 쟁점주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식의 양도차익에 대하여 양도소득세 납부를 선택하려는 청구인 및 쟁점법인의 의사표시가 있었다고 추정해 볼 수 있는 점, 주식매수선택권을 행사한 임직원이 과세특례에 필요한 절차를 이행하였음에도 회사가 기한 내 이를 이행하지 아니하였다는 이유로 과세특례 적용을 배제하는 것은 벤처기업의 우수인력 유치 지원이라는 과세특례 취지를 감안하면 다소 불합리해 보이는 점, 그 밖에 기한 후 신고 등 납세자의 세법상 의무 미이행 시 조세특례의 적용배제를 규정한 조특법 제128조에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항들(조특법 제16조의2~4)을 열거하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구인의 주식매수선택권 행사이익에 대하여 쟁점과세특례를 적용함이 타당하므로, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.