이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.11.19. 서울특별시 마포구 OOO 일원에서 진행되는 도시정비사업(마포 OOO지구, 이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 위하여 자산매입 및 관리, 운영, 처분 등을 목적사업으로 하여 설립된 프로젝트금융투자법인으로, 주식회사 A(청구법인 주식 100% 소유, 이하 “A”라 한다)는 2019.7.17.～2019.10.1. 이 건 정비사업에 포함된 서울특별시 마포구 OOO 토지 및 건축물[주택(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 근린생활시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다]에 대한 매매계약(이하 “종전매매계약”이라 한다)을 매도인들과 체결하였고, 청구법인은 2019년 11월경 A와 이 건 부동산에 대한 권리·의무 승계계약(이하 “쟁점승계계약”이라 한다)을 체결하였다.

나. 청구법인은 2020.11.3. 이 건 부동산에 대한 매매계약을 매도인들과 체결하고, 2020.11.30. 이 건 부동산을 매도인들로부터 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점주택에 대해서는「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율(12%)을 적용하고, 토지와 근린생활시설에 대해서는「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

＜이 건 부동산 신고내역＞

○○○

다. 청구법인은 2019.11.29. A와 체결한 쟁점승계계약에 따라 매도인들에게 계약금 지급을 완료하여「지방세법」(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것) 부칙 제6조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라, 청구법인은 2020년 7월 10일 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결하고, 계약금을 지급한 사실이 확인되므로 종전규정에 따라 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하면서, 2023.11.23. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.1.17. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.29. 이의신청을 거쳐, 2024.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 정비사업에서 종전부동산 소유자들로부터 토지를 매입하여「도시정비법」제25조에 따른 토지등소유자 방식을 통해 단독으로 이 건 정비사업을 시행하여 분양하기 위한 목적으로 A가 설립한 특수목적법인(PFV)이다.

A는 PM으로서 사업관리자 역할을 수행하기 위하여 청구법인을 설립하기 전부터 사업이 종료될 때까지 사업 진행에 관한 모든 의사결정(부동산 취득, 건물 철거, 사업관련 인허가 업무 등)을 수행하고 있다.

청구법인이 이 건 정비사업에서 쟁점주택을 취득하여야 하나, 청구법인의 설립이 지연됨에 따라 이 건 정비사업의 PM인 A가 청구법인을 대신하여 먼저 부동산 매매계약을 진행한 것일 뿐, PFV를 통한 부동산 개발사업의 일반적인 사업구조 상 A가 해당 부동산을 취득할 이유가 전혀 없다.

청구법인은 2019년 11월경 A와 이 건 부동산에 대한 모든 권리·의무 및 지위 일체를 승계하는 계약을 체결하고 자신의 계약과 책임하에 계약금 지급까지 모두 완료하였으므로 쟁점승계계약이 있었던 2019.11.29. 이후에는 청구법인이 쟁점주택의 매수인 당사자의 지위에 있다고 볼 수 있다.

A와 쟁점주택의 매도인들간에 체결된 계약서 특약사항에서 별도 SPC법인 설립 등을 통한 매수인의 변경이 있을 것을 명시하여 매수인의 변경이 있을 것임을 매도인들이 동의하였다고 볼 수 있고, 매수인이 변경되더라도 계약 내용이 훼손되지 않으면 매도인들은 조건 없이 승낙하고 계약 내용이 동일하게 승계되는 것에 동의하였는바, 청구법인이 쟁점주택의 매도인들에게 계약금 지급을 완료한 2019년 11월경 기존 계약서상 매수인의 변경이 있던 것으로 보아야 할 것이다.

따라서, 청구법인이 취득한 쟁점주택에 대한 취득세율은 쟁점부칙에 따라 일반세율을 적용하여야 한다.

(2) 법인 주택 취득세 중과세 규정은 법인의 주택 취득 등에 대한 중과세를 통하여 투기수요를 근절하겠다는 취지로 개정된 것이므로 청구법인이 이 건 정비사업을 시행하기 위하여 멸실목적으로 취득한 쟁점주택은 취득세 중과 규정 개정 취지에 부합하지 않고, 청구법인을 계약을 체결한 당사자의 범위에 있다고 해석하더라도 법인 주택 취득에 대한 중과 규정을 잠탈하는 등의 조세회피 우려도 없을 뿐 아니라,「지방세법」개정 전에 이미 권리·의무 승계 계약 및 계약금 지급까지 완료한 점을 고려하여 보면 납세자의 신뢰보호를 위하여 규정한 쟁점부칙의 취지 등에 부합하여 청구법인이 취득한 멸실목적의 쟁점주택은 취득세 중과대상에 해당하지 아니하므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

A와 쟁점주택의 매도인들의 매매계약(특약사항)에, 매수인이 변경될 경우 매도인들은 매수인 변경에 대한 동의서 혹은 신규 계약서를 작성하여 동의하도록 약정하고 있고, 청구법인과 A가 체결한 쟁점승계계약에서도 양도인이 보유하고 있는 권리·의무 및 지위 일체를 양도하고, 양도인은 양수인이 별도로 요구하는 시점까지 양도에 필요한 대항요건(매도자들의 동의서·승낙서 징구)을 갖추어 주기로 한 것을 보면, 청구법인과 A의 쟁점승계계약(매수인 지위 이전)이 효력을 발휘하기 위해서는 매도인들의 서면 동의를 필요로 하는 것으로 보인다.

청구법인은 2020.11.3. 매수인 명의를 A에서 청구법인으로 변경하였으나, 나머지 계약내용은 종전과 동일한 내용으로 하여 새로이 매매계약서를 작성하였고, 그 내용에 비추어 2020.11.3.의 매매계약은 일종의 매수인 지위를 승계하는 것을 목적으로 하는 계약인수에 해당하나, 종전매매계약과 202.11.3.매매계약은 엄연히 별개의 계약이므로 종전매매계약을 체결한 당사자가 A라는 그 사실 자체까지 변경되어 청구법인이 소급하여 종전 매매계약을 직접 체결한 당사자가 되는 것으로 볼 수 없다.

또한, 청구법인의 설립이 지연되어 불가피하게 A가 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하였다고 하더라도, 청구법인이 2019.11.19. 설립된 이후, 청구법인이 종전 규정을 적용받기 위해 언제든 2020.7.10. 이전에 매도인들에게 매수인 지위 이전에 대한 동의를 받아 이 건 부동산의 계약을 다시 체결할 수 있는 시간적 여유가 충분히 있었으나 2020.11.3.에 이르러서야 다시 매매계약을 체결하였다.

A와 매도인들이 체결한 종전매매계약에 대해「부동산거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 부동산의 매매계약에 대한 거래신고를 하지 아니하였고, 더불어 청구법인이 2020.11.30. 이 건 부동산을 취득한 후 제출한 취득세 신고서 및 청구법인과 매도인들간에 체결한 매매계약서 및 관련 부대서류에서, 청구법인이 매수인 지위가 변동되어 계약을 체결한다는 언급 없이 청구법인과 매도인이 신규 계약을 체결하는 형식으로 되어 있다.

또한, 청구법인과 매도인간에 체결한 매매계약서에서 계약일 및 계약금 지급일, 부동산거래계약 신고필증 상 계약체결일이 모두 2020.11.3.로 되어 있고, 쟁점주택의 계약일인 2020.11.3.을 등기원인일으로 하여 부동산 소유권이전등기가 경료된 사실 등을 고려할 때 청구법인이 쟁점승계계약을 원인으로 하여 종전매매계약의 효력을 소급하여 승계하였다고 볼 수 없어 청구법인은 2020.11.3. 쟁점주택에 대하여 매매계약을 체결하였으므로 쟁점주택에 대하여 법인 중과 취득세율을 적용하는 것이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 종전매매계약을 매수자지위이전계약으로 승계하였으므로 청구법인을 종전매매계약의 당사자로 보아 종전규정을 적용하여 중과세율 적용을 배제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.11.19. 서울특별시 영등포구 OOO을 사업장 소재지로 하고, 이 건 정비사업을 위한 자산매입, 관리, 운영 및 처분(분양을 포함)을 목적으로 설립된 프로젝트금융투자회사이다.

(나) A는 청구법인의 지배회사(지분율 100%)로서 금융상품 투자, 부실자산의 인수, 처분 및 컨설팅, 자산관리, 주택건설, 부동산매매업 등을 주된 사업으로 영위하고 있다.

(다) A는 이 건 정비사업을 시행하기 위하여 아래와 같이 이 건 부동산에 대하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였다.

＜이 건 부동산 매매계약 현황＞

○○○

(라) 쟁점주택에 대한 A와 매도인들 간에 체결된 종전매매계약(특약사항)에는 매수인을 추가하거나 변경할 수 있다는 조항이 명시되어 있다.

○○○

(마) A는 2019.11.1. B 주식회사 및 C 주식회사와 주주간계약을 체결하여 이 건 정비사업 시행을 위해 청구법인을 설립하기로 하였고, 2019.11.19. 청구법인을 설립하였다.

(바) 위 주주간계약서에 의하면, A는 청구법인을 설립한 후 추가로 유상증자하면서 출자금을 현금으로 납입하거나, 이 건 정비사업부지의 소유권 취득을 위해 A가 체결한 계약 일체를 청구법인에게 양도하면서 양도대금 채권의 전부 또는 일부와 출자금을 상계하는 방식으로 납입하는 방법 중 선택하여 시행한다는 조항이 기재되어 있다.

(사) 청구법인과 A는 2019년 11월경 이 건 정비사업을 위해 매매계약에 대한 권리·의무 및 지위 일체를 승계하는 계약을 체결하였다.

＜권리의무 승계계약서＞

○○○

(아) 청구법인은 2019.11.29. A가 이 건 부동산의 매도인들에게 지급한 계약금 OOO원 중 OOO원은 계좌이체하였고, 법인등기부상 2019.11.30. 보통주식 840,000주(납입금 OOO원)를 유상증자한 사실(2019.12.3. 등기)이 확인되며, 청구법인은 출자금과 양도대금채권을 상계하는 방식으로 A에게 인수대금을 지급한 것으로 나타난다.

(자) 청구법인은 2020.11.3. 쟁점주택의 매도인들과 부동산매매계약 및 부동산 매수인 지위 이전계약을 체결하고, 2020.11.26. 부동산거래계약 신고필증을 발급받았다.

○○○

(차) 청구법인은 2020.11.3. 이 건 부동산에 대한 매매계약을 매도인들과 체결하고, 2020.11.30. 이 건 부동산을 매도인들로부터 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점주택에 대해서는「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율(12%)을 적용하고, 토지와 근린생활시설에 대해서는「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 신고·납부하였다.

○○○

(카) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 의하면, OOO의 등기원인은 2020.11.3. 매매로 되어 있다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2020.11.3. 쟁점주택의 매도인들과 매매계약을 체결하였으므로 쟁점부칙을 적용할 수 없다는 의견이나, 쟁점부칙을 법문대로 해석하면, 주택의 매매계약을 체결한 당사자에 그 계약 당사자가 아닌 그 매수인 지위를 포괄적으로 양수한 자는 포함하지 않는다고 할 것이지만, 이미 주택의 매매계약을 체결한 시점에 추후 일정 시점이 되면 주택 양수인의 지위를 계약당사자가 아닌 제3자에게 포괄적으로 이전하기로 하는 내용이 계약 내용에 포함되어 있고, 그 제3자가 양수인인 법인이 설립한 자회사 또는 분할신설법인과 같이 계약의 목적상 양수인과 동일시 할 수 있는 자이며, 그렇게 해석하더라도 법인의 주택 취득에 대한 중과 규정을 잠탈하는 등 조세회피를 용이할게 할 우려가 없는 경우에는, 계약을 체결한 당사자의 범위에 주택 매매계약의 매수인 지위를 포괄적으로 양수한 제3자도 포함된다고 보는 것이 구법에 대한 신뢰보호를 위해 쟁점부칙에서 경과조치를 둔 입법 취지에 부합하는 해석이라고 할 수 있다(행정안전부 부동산세제과-2095, 2023.6.5., 같은 뜻임).

이 건의 경우, A와 쟁점주택의 매도인들이 계약을 체결하면서 매수인의 변경을 예상하고 특약으로 매수인의 변경이 가능하다고 규정한 점, 이와 같이 매수인이 변경될 경우 계약내용이 훼손되지 않으면 매도인은 조건 없이 승낙하기로 한 점, 매도인은 조건 없이 매수인의 변경을 승낙하는 등 본 건 계약의 본질적 내용이 변경되었다고 볼 수 없는 점, 당초 매도인과 계약한 A와 A로부터 지위를 승계한 청구법인은 모두 PFV로서 A가 청구법인의 보통주를 100% 소유하고 있어 동일성이 있다고 볼 수 있는 점, 계약 당사자로서의 지위 승계를 목적으로 하는 계약 인수의 경우에는 원칙적으로 양도인이 계약관계에 기하여 가지던 권리의무가 동일성을 유지한 채 양수인에게 그대로 승계되는 점, 매수인의 지위를 승계받은 청구법인을 본 건 계약의 당초 매수인으로 보더라도 주택 취득에 따른 중과세의 취지가 잠탈되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인은 2020.7.10. 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결한 A로부터 해당 매매계약의 매수인 지위를 승계받은 계약당사자에 해당하여 쟁점주택취득에 대하여 중과세율 적용을 배제하는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 것)

11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조제1호에 따른 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 제10조에 따른 취득 당시의 가액(이하 이 호에서 “취득당시가액”이라 한다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.

가. 취득당시가액이 6억원 이하인 주택: 1천분의 10

나. 취득당시가이 6억원을 초과하고 9억원 이하인 주택: 다음 계산식에 따라 산출한 세율. 이 경우 소수점이하 다섯째자리에서 반올림하여 소수점 넷째자리까지 계산한다.

다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택: 1천분의 30

(2) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것)

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

[본조신설 2020.8.12.]

＜부칙＞(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것)

제6조(법인의 주택 취득 등 중과에 대한 경과조치) 제13조 제2항 및 제13조의2의 개정규정을 적용할 때 법인 및 국내에 주택을 1개 이상 소유하고 있는 1세대가 2020년 7월 10일 이전에 주택에 대한 매매계약(공동주택 분양계약을 포함한다)을 체결한 경우에는 그 계약을 체결한 당사자의 해당 주택의 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다. 다만, 해당 계약이 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다.