이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.10.31. 전북특별자치도 OOO 토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 85를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.7.10. 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도로 직접 사용 않은 것으로 보아 기 경감 받은 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 OOO 판매장용 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 후 처분청으로부터 건축허가 승인을 받았으나, 쟁점부동산이 실제현황과 지적도상 지적내용이 불일치한 “지적불부합지”로 다시 재측량부터 실시하는 불가피한 상황이 초래되었고, 최초 건축허가 접수일(2023.6.30.)부터 최종 건축허가 승인일(2024.1.26)까지 7개월 이상이 소요되었다.

공사 준비기간은 유사사례에서 평균적으로 소요되는 기간을 기준으로 하되, 장애사유를 중점적인 판단요소로 하여 개별 사안의 특수성을 반영하고, 청구법인이 진지한 노력 등을 다하였는지를 고려하여야 하며, 납세의무자의 탓으로 볼 수 없는 외부적인 사유가 있을 경우에는 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보고 있는바, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 사용하지 못한 것에는 외부적인 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」제14조의 농업협동조합 등에 대한 감면은 농업협동조합이 수행하는 업무가 그 성격상 공공성을 강하게 띄고 있으므로 조합으로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상 지원함으로써 영농산업 등을 보호, 육성하려는 정책적 고려에 의한 것으로,

청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 건축물을 신축하고자 했다면 사전에 관련 기관과 충분한 검토를 거쳐 취득하여야 함에도 쟁점부동산 취득 시 충분한 검토를 거치거나 주의를 기울이지 않았으므로 귀책사유는 청구법인에게 있고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2022.10. 31.)하고, 5개월이 지난 2023.4.26.에서야 쟁점부동산에 이 건 건축물을 신축하기 위한설계용역을 의뢰하였고, 그 취득일로부터 8개월이 경과한 2023.6.30.에 처분청에 건축허가 신청서를 제출하여 2023.7.20.에 건축허가를 받은 사실에서 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 볼 수가 없다.

또한, 청구법인은 “지적불부합지”라는 외부적인 사유로 착공이 지연되었다고 주장하나, 쟁점부동산 취득일로부터 약 8개월이 지난 2023.7.13.에서야 쟁점부동산이 지적불부합지임을 확인하였고, 실제로 2024.6.18.에서야 착공하여 4개월 11일이 경과한 2024.10.29.까지도 준공하지 못한 점에서 볼 때, 2023.7.20. 처분청의 건축허가를 승인받아 바로 착공하였다 할지라도 취득일로부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 사용하는 것은 어려웠을 것으로 보인다.

실제 현황과 지적의 불일치로 인한 다수의 측량 관련 업무협의 등으로 인해 건축공사가 지연된 것은 행정기관의 귀책사유나 외부적인 부득이한 특별한 사정에 의한 것이 아니고, 취득 이전에 존재하던 장애사유를 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유라거나 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 감면유예기간(1년)을 넘긴 내부적 사유라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1979.5.12. 「농업협동조합법」에 의거 농업인들의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인들의 경제적·사회적·문화적 지위를 향상시키고 경쟁력강화를 통해 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2022.10.31. 「농업협동조합법」상 상호금융업무와 생산물의 판매장(이 건 건축물)을 신축하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 85를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2022.11.10. 농협전북지역본부에 아래와 같이 이 건 건축물 신설 승인요청(OOO호)을 하였고, 농협전북지역본부는 2023.7.4. 청구법인에게 신규고객 유치를 통해 농협사업의 활성화 등을 위하여 승인을 하였고, 그 설치예정일은 2023년 9월이라고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

○○○

(라) 청구법인은 이 건 건축물 신축하기 위한 안건을 2022.11.8. 이사회에 상정하여 승인 받았고, 2022.11.30. 임시대의원총회에서 승인을 받은 것으로 확인된다.

(마) 청구법인은 2023.4.26. 전북특별자치도 전주시 덕진구 소재 주식회사 A건축사무소(이하 “건축사무소”라 한다)에 이 건 건축물 신축 관련 설계용역계약을 체결하였고, 건축사무소는 2023.7.13. 청구법인에게 1차 지적설계도를 작성하였다고 주장하고 있다.

(바) 청구법인은 2023.6.20. 한국국토정보공사에 이 건 건축물 신축 관련하여 경계복원측량(현황측량성과도)을 신청하였고, 한국국토정보공사는 2023.7.6. 경계복원측량(현황측량성과도)을 한 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 2023.6.30. 처분청에 이 건 건축물 신축 관련하여 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2023.7.20. 건축허가를 한 것으로 확인된다.

(아) 건축사무소는 2023.7.13. 위(바) 경계복원측량(현황측량성과도)와 처분청에 제출한 위(사) 건축허가(설계도서) 검토한 결과 이 건 건축물의 실제 현장의 현황과 설계도면상 지적내용이 상당한 차이(지적불부합)로 이 건 건축물의 신축이 불가하므로 재 설계가 필요하다는 이유로 아래와 같이 설계용역 측량성과도 검토의견서를 청구법인에게 통보한 것으로 확인된다.

○○○

(자) 청구법인은 2024.1.23. 처분청에 위(아) 지적불부합 등을 고려하여 변경 건축허가[대지면적 : (기존)OOO㎡ → (변경)OOO㎡, 건축면적 : (기존)OOO㎡ → (변경)OOO㎡]를 신청하였고, 처분청은 2024.1.26. 건축허가를 승인한 것으로 확인된다.

(차) 청구법인은 2024.3.21. 전북특별자치도 전주시 완산구 소재 B 주식회사와 쟁점부동산 소재 건축물 철거를 위하여 계약을 체결하였고, 2024.4.25. 철거를 완료하였다.

(카) 청구법인은 전북특별자치도 전주시 완산구 소재 C 주식회사와 이 건 건축물 신축을 위하여 2024.5.30. 도급계약을 체결하였고, 2024.6.18. 착공을 하였으며, 2024.12.24. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(타) 청구법인은 2024.8.26. 건축사무소와 쟁점부동산의 지적불부합과 관련한 통화녹취를 우리원에 제출하였고, 그 주요내용은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여

살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제14조 제3항에서「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 해당 사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 2024.8.26. 건축사무소와 쟁점부동산의 지적불부합과 관련하여 제출한 통화녹취에서 알 수 있듯이 청구법인이 이 건 건축물 신축허가를 받기 전부터 그 지역에서 새로운 지적버전(수치지역)에 따른 측량이 사용되고 있었던 것 등에서 볼 때 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 새로운 지적버전(수치지역)에 따라 측량하였을 것으로 볼 수 있어 청구법인은 지적불부합에 따라 별도 건축 설계 등을 다시하게 된 것을 외부적사유라고 볼 수 없는 점, 청구법인은 2022.10.31. 이 건 건축물 신축을 위하여 쟁점부동산을 취득한 후 약 8개월이 경과한 2023.7.20.에서야 이 건 건축물 신축을 위한 최초 건축허가를 받아 이 건 건축물 착공(2024.6.18.)에서 준공(2024.12.24.)까지 걸린 공사기간(약 6개월)을 감안할 때 지적불부합에 따른 건축설계 변경 등이 없었다고 하더라도 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못했을 것으로 인정되므로 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당용도에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보기가 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.