이유
1. 처분개요
가. a(청구법인의 대표이사)는 2022.4.1. 청구법인을 설립한 후, 2022.4.20. a가 소유하고 있던 강원특별자치도 철원읍 OOO 141,894.7㎡(농지)와 같은 읍 OOO 7,068㎡(농지 외, 농지와 합하여 이하 “이 건 토지”라 한다)를 청구법인에게 현물출자하였고, 청구법인은 같은 날 「지방세특례제한법」제11조 제1항(75%) 및 제2항(50%)에 따른 농업법인 감면을 각각 받았다.
나. 이후, 처분청은 청구법인에 대해 세무조사를 실시하여 청구법인이 설립등기일로부터 90일 이내에 「농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록하지 않아 「지방세특례제한법 시행령」 제5조의2에서 규정한 감면대상인 농업법인이 아니라고 보아 2024.7.8. 청구법인에게 취득세 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 2022.4.26. 농업경영정보 등록을 국립농산물품질관리원 강원지원 철원사무소(이하 “철원품질관리원”이라 한다)에 신청하였으나, 등록을 지연하다 설립등기일인 2022.4.1.부터 90일이 지난 2022.7.20.에야 농업경영정보 등록을 완료할 수 있었기에 90일 이내에 농업경영체 등록을 못한 정당한 사유가 있다.
나. 처분청 의견
청구법인의 설립등기일인 2024.4.1.로부터 90일이 지난 2024.7.20.에 농업경영정보를 등록한 점, 「지방세특례제한법 시행령」 제5조의2에 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인의 경우, 법인설립 초기인 점을 감안하여 농업경영정보 등록 전에 취득한 과세물건에 대해서도 감면혜택을 주기 위함으로 보이는 점, 그 기일을 정함에 있어 유예기간 등에 대한 내용이 나타나지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
농업경영체 등록 신청을 적기에 했으나 철원품질관리원의 행정적 지연 등으로 인해 90일 이내에 농업경영정보 등록을 완료하지 못했으므로 이 건 부과처분은 부당하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 강원특별자치도 철원군 철원읍 OOO을 본점소재지로 하고, 농산물의 생산·유통·가공·판매업 등의 목적사업을 영위하기 위하여 2022.4.1. 설립된 것으로 나타난다.
(나) 농업경영체 등록 확인서에 의하면, 청구법인은 법인설립일(2019.11.7.)부터 90일을 경과한 2022.7.20. 최초로 농업경영정보를 등록한 것으로 나타난다.
(다) 철원품질관리원(b 주무관)이 2024.7.8. 발급한 사실관계 확인서에 따르면, 청구법인은 2022년 5월 중순 철원사무소를 방문하여 자신이 소유한 23필지에 대해 경영체 등록을 신청하였으며(청구법인은 2022.5.20. 접수하였다고 함), 이후 2022년 5월 중순 해당 신청을 21필지로 변경하였고(청구법인은 2022.5.24. 변경하였다고 함), 2022.7.20.에는 최종적으로 21필지 중 19필지에 대해 경영체 등록이 완료된 사실이 기재되어 있다.
(라) 청구법인이 당초 23필지에 대해 신청했던 농업경영체 등록을 21필지로 변경 신청한 이유는, 임대차 관계가 종료되지 않아 직접 경작이 불가능한 농지가 포함된 오류를 수정하기 위한 것으로 확인된다.
(마) 청구법인은 2022.6.24. 철원품질관리원을 방문하여, 2022.5.24. 접수한 경영체 등록 신청이 30일이 지나도록 처리되지 않은 것에 대해 항의하였고, 이 과정에서 철원품질관리원소장은 접수일을 2022.6.24.로 기재한 농업경영체 신규 등록 신청 접수증을 발급한 것으로 확인된다.
(바) 처분청이 2024.6.10. 농업경영체 등록이 지연되었다고 주장한 사항을 확인하기 위해 철원품질관리원을 방문하여 작성한 출장복명서에 의하면, 철원품질관리원은 신청일은 단지 신청일일 뿐이며, 농업경영체 등록확인서에 명시된 최초 등록일이 농업경영체 등록의 확정일로 적법하다는 답변을 제공한 것으로 기재되어 있다.
(사) 철원품질관리원(b 주무관)은 청구법인의 농업경영체 등록이 지연된 사유를 묻는 우리원 조사담당자의 유선상 질문에 대해, 당시 담당자가 아니어서 서류 보완 등 보정 요구가 있어서 지연되었는지 여부는 알 수 없다고 답변하였다.
(아) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」 별지 제1호 서식에 의하면, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 및 같은 법 시행규칙 제3조에 따른 농업경영정보 등록 신청에 대한 처리기간이 30일로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 법인설립등기일로부터 90일이 지난 후 농업경영정보를 등록한 이상 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다는 의견이나,
「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」에 따르면, 농업경영정보 등록 신청의 처리기간은 30일로 규정되어 있고, 청구법인은 2022.5.24. 신청서를 제출했음에도 철원품질관리원은 2022.7.20.에 이르러서야 등록처리를 완료하였고, 이는 법정 처리기간을 초과한 것으로 철원품질관리원의 절차 지연에 따른 책임이 없다고 보기는 어려운 점, 철원품질관리원이 발급한 접수증에는 접수일이 2022.6.24.로 기재되어 있으나, 청구법인은 2022.5.20.에 신청하였다고 주장하고, 실제로 2022.5.24. 변경 신청한 자료가 이를 입증한다 할 것이며 따라서 접수일이 임의로 변경된 정황이 드러나는 등 철원품질관리원의 등록 절차의 미흡함이 나타나는 점, 철원품질관리원은 행정기관으로서 신청인에게 처리 상황을 안내할 의무가 있음에도 청구법인에게 진행 상황을 적시에 통보하거나 지연 사유를 명확히 설명하지 못하고 있는 점, 청구법인은 2022.5.20. 법인 설립등기일(2022.4.1.)부터 90일 이내에 농업경영체 등록을 신청하였고, 2022.6.24. 항의 방문을 통해 90일 이내 등록을 마치기 위한 적극적인 노력을 기울였음에도 불구하고, 철원품질관리원의 등록 지연으로 인해 90일을 초과한 것으로 보이는바, 청구법인에게 아무런 귀책사유가 없는 것으로 보임에도 등록 지연으로 발생한 불이익을 전적으로 청구법인이 책임지는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 설립등기일로부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 아니하여 「지방세특례제한법」 제11조에서 정하는 ‘농업법인’에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법
제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감한다.
1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인
2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령
제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보 등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.