이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1965.3.25. 조합원의 어업생산성의 증진과 경제적·사회적 지위향상을 도모할 목적으로 설립된 조합으로, 2021.6.3. 경상남도 통영시 OOO㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 유상으로 취득하고, 매매금액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제14조 제3항의 농업협동조합등의 농어업관련 사업 등에 대한 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 신청하여 취득세의 100분의 85를 감면받았다.

나. 처분청은 이 사건 토지 지상의 건축물이 감면 유예기간(1년)이 지난 2023.5.25. 사용승인된 것을 확인하고, 지특법 제178조 제1항 제1호에 따라 청구법인이 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’로 보아, 2024.4.12. 청구인에게 취득세 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 지특법 제178조 제1호에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등, 같은 뜻임).

(2) 청구법인은 OOO(이하 “이 사건 건축물”이라 한다) 건립사업(이하 “이 사건 사업”이라 한다)으로 사업부지 마련을 위하여 2021.6.3. 이 사건 토지를 취득하였고, 이 사건 사업은 관내 OOO 부족을 해소하고 통영시 OOO 활성화를 도모하는 등 공익적인 목적 하에 도비ㆍ시비 보조를 받아 진행하는 사업으로, 사업 규모만 OOO원이 넘고, 보조금 신청, 관련 공사업체 입찰 및 개찰, 그리고 공사기간만 하여도 1년 여 이상이 소요되는 사업인바, 아래와 같이 유예기간 내 직접 사용한 경우에 해당하거나, 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 인정된다 할 것이다.

(가) 청구법인은 2021.6.3. 이 사건 토지를 취득한 후, 보조금 교부신청 및 관련 공사업체들의 입찰 및 개찰, 선정 절차를 거쳐 2022.4.22. 이 사건 사업에 착공하였고, 쟁점감면 규정의 ‘고유 업무’란 지특법 제2조 제1항 제1호에서 정한 바와 같이 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 것으로, 청구법인은 농어업을 위한 지원으로서 생산어업인, 수산가공어업인, 수산물소비자들을 위한 사업을 진행하며 유예기간 내에 착공하여 건축물을 건축 중이었으므로 지특법 제178조 제1항 제1호 규정상 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용한 경우에 해당한다.

(나) 이 사건 사업은 지방재정 보조사업으로, 중기지방재정계획 수립 후 사업계획 수립, 투자심사 요구, 협의ㆍ조정, 투자사업 결정, 투자심사 결과 통보 등 투자심사를 거쳐 진행되었고, 청구법인으로서는 처분청의 지방재정투자심사 일정 및 계획에 따라 이 사건 사업을 진행할 수밖에 없었다. 또한 이 사건 사업에 착공하기 위해서도 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 “지방계약법”이라 한다), 「지방재정법」, 「보조금관리에 관한 법률」등에 의거하여 설계ㆍ감리계약에 대한 심사, 공사업체 선정 등 모든 사항을 입찰에 따라 진행할 수밖에 없었으며, 그 모든 사항은 처분청의 심사를 받은 후에야 진행되었다.

이에 청구법인은 2021.9.15. 건축허가를 받은 이후에도 2022.4.22. 착공 시까지 지방재정투자심사 통과에 따른 보조금 교부신청 절차 진행, 시설공사 입찰 및 개찰, 냉동ㆍ전기ㆍ시설공사 입찰 및 개찰, 그 과정에서 유찰에 따른 재공고 등의 절차를 거치면서 시간이 소요될 수밖에 없었다. 따라서 건축물의 신축을 위한 설계, 감리, 입찰을 통한 시공업체 선정 등 절차가 수의계약보다 과정이 길고 복잡하므로 이러한 과정은 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다거나 이 사건 토지를 고유 업무 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 거친 정당한 사유에 해당한다 할 것이다.

(다) 또한 2022년 2월경 러시아-우크라이나 전쟁 발발로 인하여 국내에 반입되는 철의 수급 불균형 및 철근 가격 인상과 조달에 문제가 발생하였고, 청구법인은 2022년 2월경부터 조달청에 철근구매를 위하여 관급자재 납품 요청을 하였으나 위와 같은 사유로 관급자재 납품을 담당하는 A과 B에서 납품을 거절하는 사태가 발생하여 상당기간 납품 지연상태가 지속되었는바, 유예기간 내 이 사건 건축물을 준공하지 못한 데 정당한 사유가 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 지특법 제14조 제3항 및 제178조 제1항 제1호는 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용할 것을 전제로 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다는 의미로 규정하고 있다.

지특법 상 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 이러한 정당한 사유가 있는 지 여부는 진지한 노력을 다하고도 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 것인지 등의 내부적인 사유와 취득세 등을 면제하는 입법취지 및 다른 법인과의 형평성, 법령이나 사실상의 장애정도, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 결정하여야 하고, 자체 자금사정 등은 이에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 1992.6.23. 선고 92누1773 판결, 대법원 2002.7.12. 선고 2001두1888판결, 대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결, 대법원 2006.2.9. 선고 2005두4212 판결 등, 같은 뜻임)이다.

(2) 청구법인은 보조사업으로 자금을 조달하기 위한 절차 수행, 건축 자재 조달 지연 등을 이유로 진지한 노력을 하였으나 유예기간 1년을 경과하여 이 사건 건축물을 준공할 수밖에 없었다고 주장하나,

보조금을 교부받기 위한 지방재정 투자심사 등의 절차수행은 자체 공사자금 조달을 위한 내부적인 사무로 보일 뿐이고, 전쟁 등으로 실제 건축자재 조달이 지연되어 공사현장에서 어떠한 영향을 받았는지에 대한 구체적이고 객관적인 자료 제시가 없어 불분명한 이러한 것을 유예기간을 넘긴 어쩔 수 없는 사정으로 보기는 어려운 점, 이 사건 토지를 취득한지 10개월 이상 경과하여 공사에 착공한 점, 2022년 4월 작성된 착공신고서상 준공예정일이 유예기간을 8개월 정도 넘긴 날(2023.2.28.)로 작성된 사실에 미루어 착공 당시 유예기간을 넘길 수밖에 없다는 것을 알고 있었다고 보이는 점, 지방재정투자심사 보완서류를 제출해야 하는 절차이행은 청구법인의 귀책사유에 의한 것일 뿐만 아니라 그 밖에 법령이나 행정기관의 금지나 제한 등에 의하여 기간을 넘길 밖에 없었다는 등의 사정이 없는 점 등을 종합하여 고려해 보면, 청구법인이 감면 유예기간을 도과한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점감면(85% 감면)을 받고 취득한 토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1965.3.25. 「수산업협동조합법」에 따라 어업을 경영하는 조합원의 경제적 지위향상 등을 목적으로 설립된 조합으로, 이 사건 건축물 건립을 위하여 2021.6.3. 이 사건 토지를 OOO원에 유상으로 취득하였다.

(나) 통영시는 ‘OOO 역량강화사업’을 추진하면서 이 사건 토지 일대에 OOO를 조성하기로 하였고, 이 사건 사업은 위 OOO 조성사업의 일환으로 대규모 OOO을 확충함에 있어 연면적 OOO㎡의 OOO을 총사업비 OOO원의 3개년 재정보조사업(2021～2023, 도비ㆍ시비ㆍ자부담)으로 신축하는 사업이며, 청구법인이 40% 자부담을 통해 수산물 처리ㆍ저장시설인 이 사건 건축물을 건축한 후 운영하게 된다.

＜경상남도 통영시 시행 이 사건 사업 주요내용＞

○○○

(다) 이 사건 사업 추진 경과를 살펴보면, 청구법인은 2020.10.23. 경상남도 지방재정투자심사에서 이 사건 사업이 조건부 가결된 후 2021.6.3. 이 사건 토지를 취득하였고, 2021.9.15. 건축허가를 받아 2022.2.22. 이 사건 건축물 신축 공사계약을 체결하였으며, 2022.4.22. 공사기간을 2022.4.22.부터 2023.2.28.로 하여 이 사건 건축물 신축 공사에 착공하여 2023.5.25. 이 사건 건축물이 사용승인(준공)되었다.

＜청구법인의 이 사건 사업 추진 경과＞

1) 2020.10.23. 경상남도 지방재정투자심사(조건부 가결)

2) 2021.6.3. 이 사건 토지 취득

3) 2021.8.5. 경상남도에 지방재정 투자심사 보완자료 제출

4) 2021.9.15. 건축허가

5) 2022.1.5. 이 사건 사업 1차년도 교부금 교부

* 보조금 교부신청액 : OOO원

OOO원)

6) 2022.2.22. 이 사건 건축물 신축 공사계약

7) 2022.2.28. 이 사건 사업 기공식 시행

8) 2022.4.22. 이 사건 건축물 신축 공사 착공(착공신고서 상 공사기간 : 2022.4.22. ～ 2023.2.28.)

9) 2023.5.25. 이 사건 건축물 사용승인(준공)

(라) 청구법인이 2021.6.3. 이 사건 토지를 취득한 이후 이 사건 건축물을 건축한 경과를 살펴보면, 청구법인은 이 사건 사업이 경상남도 재정보조사업(2021～2023, 도비ㆍ시비ㆍ자부담)임에 따라 2022.1.5. 1차년도 교부금을 교부받은 후 아래와 같이 설계에서부터 건축, 자동화 창고, 냉동설비, 통신설비 등 각 공정별로 입찰공고 및 계약심사를 거쳐 2022.2.22.부터 2022.4.20.까지 총 5회 이상의 공사계약 등을 체결하였고, 2022.3.11. ‘OOO공사 관급자재(철근콘크리트용 봉강) 발주’로 철근자재의 납품을 요구하는 등 조달청 조달 절차를 거쳐 2022.5.1.～2022.6.3. 418톤(총 발주물량 중 68%), 2022.6.4.～2023.4.11. 197톤(총 발주물량 중 32%)의 철근자재가 입고되었으며, 토목ㆍ자동화 창고ㆍ냉동설비ㆍ전기 및 소방설비ㆍ통신설비 등 시설공사를 거쳐 2023.5.25. 이 사건 건축물이 사용승인(준공)된 것으로 나타난다.

＜청구법인의 이 사건 건축물 신축공사 계약 추진 경과＞

ㅇ 2022.1.7. 처분청에 시설공사 입찰계약 업무 직접 진행 요청

ㅇ 2022.1.10. 처분청에 수산물처리저장시설 건립사업 계약심사 요청

ㅇ 2022.2.4. 건축(토목ㆍ기계), 자동화 창고 입찰공고(2022.2.9. 개찰)

ㅇ 2022.2.18. 냉동설비, 통신설비 입찰공고

(계약기간 2022.3.1.～2023.2.28.)

ㅇ 2022.3.7. 냉동설비, 통신설비 입찰 재공고

(계약기간 2022.3.18.～2023.3.17.)

(계약기간 2022.4.13.～2023.4.12.)

(계약기간 2022.4.15.～2023.4.14.)

(계약기간 2022.4.20.～2023.4.19.)

(마) 청구법인은 우크라이나 전쟁 등으로 건축자재 조달이 지연되어 조달청 구매사업국 관급자재계약 담당자 및 본청 담당자에게 철근 공급에 관하여 민원을 제기하였으나, 지속적으로 건축자재 조달이 지연되어 공사기간이 늘어날 수밖에 없었다고 주장하며 조달청 분할납품요구서에 조달청 전화번호를 메모하여 둔 문서를 참고자료로 제출하였고, 조달청이 B 주식회사에 요청한 ‘분할납품요구서’에는 2022.3.11. ‘OOO공사 관급자재(철근콘크리트용 봉강) 발주’로 철근 또는 강철봉 총 345.435톤(납품대금 OOO원, 수수료 포함)을 납품 요구한 것으로 나타나고, 철근자재는 2022.5.1.～2022.6.3. 418톤(총 발주물량 중 68%), 2022.6.4.～2023.4.11. 197톤(총 발주물량 중 32%)이 반입되었으며, 위 문서에 조달청 담당자의 휴대전화번호, 경상남도 담당자의 사무실 전화번호가 수기로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

지특법 제14조 제3항 및 제178조 제1항 제1호는 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제(다만, 법 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제 적용)하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고,

위 규정에서 정하고 있는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등, 같은 뜻임).

청구법인이 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 그 지상에 이 사건 건축물을 준공하지 못한 사실은 인정되나, 이 사건 사업은 경상남도 통영시에서 추진하는 OOO 신축 및 역량강화사업 등 시행과 관련하여 안정적인 가공산업 기반확보를 위해 대규모 OOO 확충이 필요함에 따라 추진된 공익 목적 지방재정 보조사업으로, 청구법인이 그 우선순위 사업자로 선정되어 이 사건 건축물을 신축하기 위해서는 지방재정 보조금 교부신청 등이 필요하였고, 이를 위하여 지방재정투자심사를 거치는 등의 행정절차를 위하여 시간이 소요될 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 또한 이 사건 사업은 지방계약법, 「지방재정법」, 「보조금 관리에 관한 법률」등에 의거하여 설계ㆍ감리계약에 대한 심사, 공사업체 선정 등 모든 사항을 처분청 심사를 거쳐 입찰에 따라 진행할 수밖에 없었는바 일반적인 건축물ㆍ공장 등 신축에 비해 그 과정이 복잡하고 장기간이 소요될 수밖에 없었고, 철근자재 등 공사자재의 조달 또한 조달청 조달을 통해 반입하여야 하는 등 공사자재의 반입도 마찬가지였던 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 건축물을 신축하기 위한 모든 절차를 순차적으로 지속하여 진행하였는바, 이 사건 토지를 취득한 날(2021.6.3.)부터 1년 이내인 2022.4.22. 이 사건 건축물 신축공사에 착공한 것으로 나타나고, 이후 2023.5.25. 이 사건 건축물을 준공하기까지 청구법인의 귀책사유로 보이는 지연사유가 보이지 않는 점 등에 비추어, 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 판단된다.

따라서 처분청에서 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.