이유
1. 처분개요

가. A, B, C, D(이하 “청구인들”이라 한다)은 2022.2.3. 사망한 E(이하 “피상속인”이라 한다)의 자녀들이다.

나. 피상속인은 2015.5.18. F 주식회사(이하 “F”이라 한다) 보통주 320,721주를 주식회사 G(이하 “G”라 한다)에 현물출자(이하 “쟁점현물출자”라 한다)하면서 G 신주 3,320,391주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였다.

다. 피상속인은 쟁점현물출자에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다. 2015.12.15. 법률 제13560호로 일부 개정되기 전의 것) 제38조의2 제1항에 따라 현물출자등 과세특례를 신청하여 양도소득 OOO원에 대한 양도소득세 과세이연을 받았다.

라. 청구인들은 피상속인의 사망으로 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점주식을 상속받았고, 이 건 상속세 신고 당시인 2022.8.31. 쟁점주식 중 634,560주(청구인별 각 158,640주, 이하 “물납주식”이라 한다)에 대하여 상속세 물납허가를 신청하였으며, 처분청은 2023.6.1. 청구인들에게 물납허가통지를 하였다.

＜표1＞ 쟁점주식 상속내역

○○○

마. 청구인들은 2023.8.31. 과세이연된 양도소득 중 물납주식 상당액에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 2023년 귀속 양도소득세 각 OOO원과 지방소득세 각 OOO을 관할 세무서장과 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하였다.

＜표2＞ 물납주식 관련 양도소득세 신고 내역

○○○

바. 청구인들은 2024.2.6. 물납주식 납부가 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우, 부득이한 사유가 있는 것으로 보도록 규정한「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 가목(이하 “1/2 미만 처분규정”이라 한다)에 해당하므로, 같은 호 나목의 사망이나 파산으로 인한 처분 규정의 경우와 마찬가지로, 물납주식을 계속 보유한 것으로 보아야 한다는 이유로 기신고한 양도소득세와 지방소득세의 환급 경정청구를 제기하였다.

사. 처분청은 2024.5.2. 청구인들이 주장하는 사유는 조특법 제38조의2 제5항(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 부득이한 사유에 해당하지 않는다고 보아 경정청구 거부통지하였다.

아. 청구인들은 이에 불복하여 2024.6.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 법원 판례(서울행정법원 2019.12.23. 선고 2019구단54675 판결 등) 및 조세심판원 결정례(조심 2021서2878, 2022.11.22. 등)에 의하면 1/2 미만 처분규정이 조특법 제38조의2 제1항 본문에 준용되는 ‘부득이한 사유’에 해당한다는 점은 분명하고, 이 건 주식물납에도 불구하고 실질적인 기업지배구조의 변경이 전혀 존재하지 아니하다는 점에서 주식물납을 과세이연 중단사유로 보아 과세하는 것은 과세이연 규정이나 1/2 미만 처분규정의 입법 취지에도 배치되는 것이므로 부당하다.

(2) 처분청은 이 건 주식물납이 1/2 미만 처분규정에 따라 과세이연이 계속되는 ‘부득이한 사유’에 해당하지 않는다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 이러한 처분청의 의견은 이미 법원 및 조세심판원에서 결정 등(서울행정법원 2019.12.13. 선고 2019구합57817 판결, 서울행정법원 2019.12.23. 선고 2019구단54675 판결, 조심 2021서2878, 2022.11.22., 조심 2023서6850, 2023.6.7. 등)에도 배치되는 것이고, 또한 청구인들이 물납주식으로 상속세를 납부하게 된 것은 오로지 피상속인의 사망으로 부담하게 된 상속세를 납부하기 위한 것이며, 주식물납으로 인하여 실질적인 기업지배구조의 변경이 있다고 보기도 어려우므로 이 건 주식물납을 과세이연 중단사유로 보아 양도소득세를 부과하는 것은 과세이연 규정이나 1/2 미만 처분규정의 입법취지에도 배치된다.

(가) 1/2 미만 처분이 쟁점규정(조특법 제38조의2 제5항)에서 정한 ‘부득이한 사유’에 해당하여 주식을 계속 보유하는 것으로 본다는 것은 법 문언 및 체계상 분명하다.

조특법 제38조의2 제1항에서는 제1호의 지분 연속성 요건과 제2호의 사업 계속성 요건을 모두 갖춘 경우에는 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 주주가 해당 지주회사 주식을 처분할 때까지 양도소득세 과세이연을 허용하고 있고, 같은 조 제5항(쟁점규정)은 위 규정을 적용함에 있어 ‘대통령령으로 정하는 부득이한 사유’가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 조특법 시행령 제35조의3 제12항에서는 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”에 관하여「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 각 목 및 제2호 각 목을 준용하도록 하고 있고,「법인세법 시행령」제80조의2 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우’를 각 목에서 열거하고 있는데, 가목에서 “제5항에 따른 주주등[…]이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우”를, 나목에서 “해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우”를 정하고 있다.

따라서, 주주등이 현물출자로 교부받은 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분하는 경우 조특법 제38조의2 제5항에서 규정한 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유”에 해당하여 주식을 계속 보유하는 것으로 보는 것임은 분명하다.

(나) 1/2 미만 처분이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일 이후 발생하는 경우에도 ‘부득이한 사유’에 해당하므로 청구인들이 물납주식을 계속 보유한 것으로 보아 과세이연이 적용되어야 한다.

법원과 조세심판원은「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 각 목에서 정하는 ‘부득이한 사유’를 조특법 제38조의2 제1항 본문까지 적용되는 것으로 해석하고 있다.

조세심판원도 부득이한 사유에 관한 규정은 조특법 제38조의2 제1항 각 호 뿐만 아니라 본문에도 적용되고, 이에 따라 조특법 제38조의2 제1항 각 호에서 정하는 기간이 경과한 후에 발생한 상속에 대하여도 부득이한 사유에 관한 규정이 적용되어 여전히 과세이연이 계속된다고 판단(조심 2021서2878, 2022.11.22.)하였고, 다른 사례에서도 부득이한 사유에 관한 규정은 조특법 제38조의2 제1항 각 호 뿐만 아니라 본문에도 적용되고, 이에 따라 조특법 제38조의2 제1항 각 호에서 정하는 기간이 경과한 후에 발생한 상속에 대하여도 부득이한 사유에 관한 규정이 적용되어 여전히 과세이연이 계속된다고 판단(조심 2023서6850, 2023.6.7.)하였다.

이처럼 판례 및 조세심판원 결정례는 처분청이 제시하는 본건 처분사유가 타당하지 않음을 일관되게 판시하면서, 부득이한 사유에 관한 규정이 조특법 제38조의2 제1항 본문에도 적용된다고 해석함이 타당하다는 점을 분명히 하여 왔다.

따라서 ‘부득이한 사유’로서 동일하게 병렬적으로 규정되어 있는 1/2 미만 처분규정(「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 가목)의 사유를 나목(상속)의 사유와 달리 ‘부득이한 사유’에 해당하지 않는 것으로 해석할 어떠한 근거도 없다.

(다) 처분청 의견은 조특법 제38조의2 과세이연 규정이나 1/2 미만 처분규정의 입법취지에도 정면으로 배치된다.

조특법 제38조의2의 현물출자로 인한 지주회사 전환 시 양도소득세 과세이연 규정은 지주회사 설립 촉진을 통한 기업지배구조의 투명성 확보 및 기업구조조정 활성화 유도에 그 취지가 있고, 같은 조 제제1항 각 호의 과세이연 요건이나 제3항의 사후관리요건에서 단기간 내에 현물출자로 취득한 주식을 처분하는 경우 등에 과세이연을 적용하지 않거나 지주회사에게 과세하도록 규정한 것은, 조직재편을 이용하여 조세를 회피하면서 과세이연 제공의 취지를 잠탈하는 것을 방지하기 위함에 있다.

또한, 쟁점규정(조특법 제38조의2 제5항), 같은 법 시행령 제35조의4 제6항에 의하여 준용되는「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 가목의 1/2 미만 처분규정은 사망으로 인한 처분규정의 경우와 마찬가지로 실질적인 지배구조의 변경이 있다고 보기 어렵다는 점을 감안하여 주식을 계속 보유한 것으로 보는 것인바, 이처럼「법인세법 시행령」은 구조조정 과정에서 취득한 주식의 2분의 1 미만을 처분한 경우에는 실질적인 지배구조의 변경이 없다고 보아 지분의 연속성을 인정하여 과세이연의 혜택을 계속 제공할 필요가 있다는 입법적 판단 하에 위와 같이 가목의 부득이한 사유를 규정하고 있는 것이고, 현물출자에 있어서도 달리 평가할 이유가 없다고 보아 1/2 미만 처분규정을 현물출자 과세이연 제도에도 동일하게 준용하고 있는 것이다.

결국, 현물출자로 취득한 주식의 처분을 이유로 과세이연을 중단할지 여부를 결정함에 있어서도, 주식의 처분으로 인해 과세이연의 취지가 잠탈되었는지 여부 및 실질적인 지배구조의 변경이 있었는지 여부가 함께 고려되어야 하는데, 이 건에 있어 현물출자일로부터 기간이 한참 경과한 후, 피상속인의 사망으로 인하여 발생한 상속세를 납부하기 위하여 주식이 물납되었고, 주식물납을 전후로 G에 대한 지배구조에 실질적인 변경이 없었으므로 과세이연 가능성의 판단에 있어 1/2 미만 처분규정의 적용을 배제할 이유가 없는 것이다.

즉, 주식의 현물출자로 인한 지주회사 전환에 대하여 양도소득세 과세이연의 혜택을 부여하는 취지(조특법 제38조의2 제1항 본문), 과세이연 요건으로 지분 연속성과 사업 계속성 요건을 규정한 취지(같은 조 제1항 각호),「법인세법 시행령」제82조의2 제1항 제1호 각목에서 규정한 ‘부득이한 사유’가 있으면 주식을 계속 보유한 것으로 규정한 취지(조특법 제38조의2 제5항, 같은 법 시행령 제35조의3 제12항,「법인세법 시행령」제82조의2 제1항 제1호), 사후관리요건 조항과의 관계(조특법 제38조의2 제3항) 등 주식 현물출자로 인한 지주회사 전환에 따른 양도소득세 과세이연 조항 전반의 취지 및 체계에 비추어 보더라도, 처분청 의견처럼 1/2 미만 처분규정이 ‘부득이한 사유’에 해당하지 않는 것으로 해석할 수는 없는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 피상속인 사망으로 발생한 상속세를 납부하기 위한 이 건 주식물납은 자산의 직접적인 처분으로 조특법 제38조의2 제1항 본문이 규정하고 있는 처분에 해당하고, 청구인들이 적용되어야 한다고 주장하는 쟁점규정(같은 조 제5항)의 ‘부득이한 사유’에 해당하는「법인세법시행령」제80조의2 제1항 1호 가목(1/2 미만 처분규정)은 제1항에서 과세이연 요건을 규정한 각 호를 판단하는 경우에만 적용된다고 보는 것이 타당하므로 청구주장은 맞지 아니하다.

(가) ‘상속’이 과세이연 중단사유에 해당하는지 여부에 대해 조세심판원에서는 ①입법자가 쟁점규정을 신설한 것은 파산, 사망, 적격 기업구조개편 등의 경우 등 부득이한 사유가 있는 경우 쟁점규정에 따라 개시된 과세이연을 계속하기 위한 것으로 보이는 점, ②사망이 제1항에 따른 과세이연 종료사유인 주식의 처분에 포함된다면 조특법 제38조의2 제1항 제1호 기간 중에 지배주주가 사망한 경우, 쟁점규정 등에 따라 여전히 지배주주가 주식을 보유하고 있는 것으로 간주되므로 조특법 제38조의2 제1항 제1호의 과세이연 개시요건은 충족하게 되나, 동시에 조특법 제38조의2 제1항 본문에 따른 과세이연 종료사유에도 해당되는 불합리한 결론에 이르게 되는 점, ③조특법 제38조의2 규정은 개정 전 규정 제38조의2 제3항과는 달리 상속에 의하여 과세이연이 종료되는 경우 양도소득세 신고·납부에 관한 규정을 두고 있지 아니하므로, 주식 상속으로 인하여 과세이연이 종료되었다고 하더라도 현실적으로 처분청이 양도소득세를 과세할 수 있는 근거가 미비한 것으로 보이는 점 등에 비추어 피상속인이 사망하였다고 하더라도 조특법 제38조의2 제1항에 따른 과세이연은 계속되는 것으로 봄이 타당함하다고 결정(조심 2023서6850, 2023.6.7.)하였는바, 즉 사망으로 인한 ‘상속’이 쟁점규정(조특법 제38조의2 제5항)에 기재된 ‘부득이한 사유’에 해당하는 것으로 보아 상속 후에도 피상속인이 신청한 과세이연이 지속되는 것으로 보았다.

‘처분’을 문언 그대로 해석하는 경우, 개인의 의사에 따른 ‘법률행위’로서의 처분행위를 의미하는데, 물납의 경우 상속인들의 의사에 따라 상속받은 자산으로 상속세를 납부하는 ‘법률행위’로써, 사망과 같이 사람의 의사가 개입될 여지 없이 법률규정에 따른 법률효과에 의해 포괄적으로 승계가 발생하는 ‘상속’과는 구분되어야 한다.

(나) 조특법 제38조의2 제1항은 현물출자 후 양도소득세 신고와 관련하여 제1항 각 호의 갖추어야만 양도소득세가 과세이연되는 것으로 적용받을 수 있는 부분과 본문의 ‘주식을 처분할 때까지’ 적용된다는 규정으로 나누어지는바, 청구인들은 쟁점규정의 ‘부득이한 사유’가 제1항의 본문 후단 부분인 ‘주식의 처분’에 적용됨을 전제로 주장하나, 쟁점규정을 문언 그대로 해석하면 부득이한 사유는 조특법 제38조의2 제1항에서 각 호를 준용하는 경우에만 적용되므로, 본문 후단에는 적용되지 아니한다.

조특법 제38조의2 제1항은 현물출자 후 양도소득세 과세이연을 받고자 하는 경우에 갖추어야만 하는 요건을 정한 규정으로 각호에서 과세이연 신청 시 갖추어야 할 세부규정을 정하고 있고, 제5항인 쟁점규정에서는 과세이연 요건 판단 시 예외적으로 적용될 수 있는 같은 법 시행령 35조의3 제13항의 ‘부득이한 사유’를 두고 있으며, 동 시행령 조항에서는「법인세법 시행령」80조의2 제1항을 준용하도록 되어있다.

조특법 제38조의2 제1항에서는 현물출자로 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 과세이연 시기를 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지로 규정하고 있고, ‘처분’과 관련하여 조특법 시행령 35조의4 제1항에서는「법인세법」상 별도의 준용 규정 없이 거주자인 주주가 지주회사의 주식을 양도하는 경우 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 규정이 있는바, 「법인세법」제44조 제2항에서 위임한 같은 법 제80조의2 제1항에 규정된 ‘부득이한 사유가 있는 경우’란 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 시점의 양도차익 과세이연 적용 여부 판단시에만 적용되는 것으로 해당조항을 준용한 쟁점규정(조특법 제38조의2 제5항)의 ‘부득이한 사유’도 조특법 제38조의2 제1항의 현물출자 후 과세이연 신청 시 갖추어야 할 각호 요건의 예외조항으로서 한정적으로 적용되어야 한다.

쟁점규정상 ‘부득이한 사유’가 조특법 제38조의2 제1항 본문에도 적용되는지 여부를 판단한 선결정례(조심 2023서6850, 2023.6.7. 외) 등에서는 쟁점규정상 ‘부득이한 사유’가「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 1호 ‘나목’에 규정된 피상속인의 사망으로 ‘상속’된 경우에 한정하여 심리하였으므로 동일한 법리를 ‘가목’의 규정에는 적용할 수 없는 것이다. 위 선결정례에서는 사망이 조특법 제38조의2 제1항에 따른 과세이연 종료사유인 주식의 처분에 포함된다면 같은 항 제1호 기간 중에 지배주주가 사망한 경우, 쟁점규정 등에 따라 여전히 지배주주가 주식을 보유하고 있는 것으로 간주되므로 같은 항 제1호의 과세이연 개시요건은 충족하게 되나, 동시에 같은 항 본문에 따른 과세이연 종료사유에도 해당되는 불합리한 결론에 이르게되는 점을 들어 사망으로 인한 상속으로 과세이연이 종료되지 않는다고 보았으나, 1/2 미만 처분규정(「법인세법시행령」제80조의2 제1항 제1호 가목)에 규정된 ‘취득한 전체 주식등의 2분의 1 미만처분’의 경우에는 사망과는 달리 조특법 제38조의2 제1항 제1호의 과세이연 개시요건은 충족하면서도 동시에 같은 항 본문에 따른 과세이연 종료사유에는 해당하지 않으므로「법인세법시행령」제80조의2 제1항 제1호 ‘나목’에 규정된 피상속인의 사망으로 ‘상속’된 경우의 상황과는 성격을 달리하여「법인세법시행령」제80조의2 제1항 제1호 ‘나목’에 규정된 ‘부득이한 사유’를 조특법 제38조의2 본문에도 적용한 기존의 법리를「법인세법시행령」제80조의2 제1항 제1호 ‘가목’의 규정에는 적용할 수 없고 ‘나목’ 이외의 쟁점규정상 ‘부득이한 사유’는 조특법 제38조의2 제1항 각호의 요건충족 여부 판단시에만 한정하여 적용해야 한다.

(2) 청구법인은 현행 법령상 상속에 의하여 과세이연이 종료되는 경우 양도소득세 신고·납부에 관한 규정을 두고 있지 아니하므로, 쟁점주식의 상속으로 인하여 과세이연이 종료되었다고 하더라도 현실적으로 처분청이 양도소득세를 과세할 수 있는 근거가 미비한 점을 들어 과세이연이 종료되지 않는다고 하였으나, 양도로 인한 처분의 경우 조특법 시행령 35조의4(지주회사 설립 등에 대한 거주자 주주의 과세특례)에서 과세이연이 중단되는 경우 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 계산하는 방법으로 규정하고 있으므로 과세할 수 있는 근거가 명백하다.

(3) 조특법 제38조의2 규정은 지주회사의 설립 촉진을 통한 기업지배구조의 투명성 확보 등을 유도하기 위하여 지주회사 설립·전환 등에 대한 과세특례 목적에서 마련된 제도로, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로, 청구인들이 상속과는 소유권이전 성격이 다른 주식의 제3자 처분(물납) 시 상속을 원인으로 과세이연을 받은 당초의 법리를 그대로 적용하여 양도소득세를 납부하지 않는 방향으로 확장해석 및 유추해석하는 것은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

현물출자로 취득한 쟁점주식의 1/2 미만을 상속세 물납(물납주식)한 경우, 조특법 제38조의2 제1항 및 제5항에 따라 부득이한 사유가 있는 것으로 보아 양도소득세 과세이연을 지속할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】① 내국법인의 내국인 주주가 2026년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제18조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

4.지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인 주주의 과세특례】⑬ 법 제38조의2 제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제38조의2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주가「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제38조의2 제1항 제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 주주의 과세특례】 ①내국법인의 주주인 거주자가 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대해서는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

(3) 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

라. 해당 주주등이「조세특례제한법」제38조ㆍ제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

마. 해당 주주등이「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

바. 해당 주주등이「조세특례제한법 시행령」제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

사. 해당 주주 등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인들이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가)청구인들은 당초 2022.2.3. 피상속인의 사망으로 쟁점주식을 각 1/4씩 상속받았고, 쟁점주식의 상속이 조특법상 과세이연 종료사유인 ‘주식의 처분’에 해당하는 것으로 보아, 아래 ＜표3＞과 같이 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표3＞과세이연분 상속에 따른 양도소득세 신고·납부 내역

○○○

(나) 청구인들은 현물출자 등 과세특례 규정상 과세이연 종료 사유인 주식의 처분에 ‘상속’이 포함되지 아니한다고 보아 2022.11.30. 처분청에 기신고한 양도소득세(＜표3＞ 내역)의 환급 경정청구를 제기하였다.

(다) 청구인들은 처분청이 위 경정청구에 대하여 처리기한이 경과될 때까지 아무런 통지를 하지 아니하자 2023.2.8. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 “조특법 제38조의2 제1항에서 과세이연 종료사유로 정하고 있는 ‘처분’에 ‘상속’이 포함된다고 하면서도, 부득이한 사유를 규정하고 있는 쟁점규정의 입법취지나 상속에 의해 과세이연이 종료되는 경우 현실적으로 양도소득세를 과세할 수 있는 근거가 미비한 점 등을 들어 피상속인이 사망하였다 하더라도 조특법 제38조의2 제1항에 따른 과세이연이 계속되는 것으로 봄이 타당하다”고 하면서 청구주장을 인용(조심 OOO, 2023.6.7.)하였다(처분청은 양도소득세를 전액 환급하였다).

(라)한편, 청구인들은 이 건 상속세 신고 당시인 2022.8.31. 상속받은 쟁점주식 중 물납주식 상당인 634,560주(청구인별 각 158,640주)에 대하여 상속세 물납허가를 신청하였고, 처분청은 2023.6.1. 청구인들에게 물납허가통지를 하였으며, 청구인들은 2023.8.31. 과세이연된 양도소득 중 물납주식 상당액에 대하여 위 ＜표2＞와 같이 2023년 귀속 양도소득세 각 OOO원과 지방소득세 각 OOO을 관할 세무서장과 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하였다.

(마) 청구인들은 2024.2.6. 물납주식 납부가「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 제1호 가목(1/2 미만 처분규정)에 해당한다고 보아 기신고한 양도소득세와 지방소득세의 환급 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.5.2. 경정청구 거부통지 하였다.

(2) 청구인들이 F 발행 보통주 320,721주를 G에 현물출자하고 쟁점주식을 취득한 것과 관련하여 작성한 현물출자계약서 및 쟁점현물출자에 따른 양도소득세 과세이연 신청과 관련하여 처분청에 제출한 현물출자등 과세특례신청서, 청구인들의 상속세 물납허가신청에 대한 처분청의 상속세 물납(변경)허가 통지서의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 피상속인 E(“갑”)과 G(“을”) 간에 2015.5.18. 작성한 현물출자계약서에 의하면, 갑은 현물출자 목적물인 F 주식 320,721주(가격 금 OOO원)를 2015.5.18.자로 을에게 현물출자하기로 하고, 을은 갑에게 을의 보통주식 3,320,391주(쟁점주식)를 교부하기로 한다고 되어 있다.

(나) 피상속인이 쟁점현물출자 후 처분청에 제출한 현물출자등 과세특례신청서(과세연도 2015년)에 의하면, 출자주식은 F 주식 320,721주(취득가액 OOO원)이고, 출자로 취득한 주식은 지주회사인 G의 보통주 OOO원(주식가액 OOO원)이며, 과세이연금액은 G 주식가액에서 F 주식가액(취득가액)을 차감한 OOO원(양도차익)으로, 조특법 시행령 제35조의4 제6항에 따라 현물출자등 과세특례신청서를 제출한다고 기재되어 있다.

(다) 청구인들이 이 건 상속세 신고 시 쟁점주식 중 물납주식(총 634,560주, 각 158,640주)과 토지·건물 각 1건을 물납허가신청한데 대하여 처분청이 2023.6.1. 청구인들에게 통지한 상속세 물납(변경)허가 통지서에 의하면, 물납재산수납일은 2023.6.30.으로 되어 있고, 유가증권인 물납주식(634,560주, OOO원)을 포함한 물납허가신청재산에 대하여 상증세법 제73조 및 같은 법 시행령 제70조 제3항, 제71조, 제72조 제4항·제5항에 따라 물납허가(변경명령) 결정·통지한다고 기재되어 있다.

(3) 쟁점현물출자 전후 전환지주회사인 G의 주요 주주현황 내역은 아래 ＜표4＞와 같은바, 현물출자 및 상속 이후의 G의 주주들은 모두「법인세법 시행령」제80조의2 제5항에서 규정한 ‘지배주주등’에 해당하고, 물납 후에도 대한민국(기획재정부)을 제외한 나머지 주주들은 모두 ‘지배주주등’에 해당하며, 청구인들은 물납으로 각 158,640주가 감소한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 쟁점현물출자 전후 G 주요 주주현황표

○○○

(4)기획재정부가 발간한 ‘2010 간추린 개정세법’ 책자에 의하면, 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된「조세특례제한법」제38조의2의 개정 내용 및 개정 이유는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 조특법 제38조의2 개정내용 및 개정이유

10. 주식의 포괄적 교환 등을 통한 지주회사 설립ㆍ전환시 조세특례 정비(조특법 §38의2, 대통령령 제22812호 부칙 제8조)

(1) 개정내용

종전

개정

□ 주식의 포괄적 교환 등을 통해 지주회사 설립ㆍ전환시 해당 지주회사 주식 처분시까지 양도세ㆍ법인세 과세이연

○ 과세이연 대상

- ㉠ 내국법인의 주주(현물출자는 내국인 주주에 한정)가 주식의 현물출자, 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 통해 지주회사 설립ㆍ지주회사로 전환시

- ㉡ 내국법인의 내국인 주주가 전환지주회사*에 주식을 현물출자 또는 전환지주회사의 자기주식과 교환시

* 현물출자, 적격분할, 주식의 포괄적 교환을 통해 지주회사로 전환한 법인

○ 과세이연 요건

- (㉠) 별도 없음

- (㉡) 다음 요건을 모두 갖출 것

ㆍ지분비율미달자회사 주식에 한정

ㆍ전환지주회사가 된 날부터 2년 내 현물출자 등을 할 것

ㆍ자기주식교환은 지분비율미달 회사의 모든 주주가 교환에 참여할 기회를 줄 것

□ 지주회사 설립ㆍ전환 관련

과세특례 정비

○ 과세이연 대상

- ㉠ 주식의 포괄적 교환ㆍ이전

특례 삭제

(현물출자는 존치)

- ㉡ 좌 동

○ 일반적 요건 추가*

- 사업 계속성 및 지분 연속성

(합병, 분할 등 일반적 기업구조개편

세제에 준하여 규정)

* 다만, '10.12.31 현재 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 사업계속성 요건 등을 갖춘 것으로 봄

○ 사후관리

- 다음 사유 발생시 과세이연 중단

(과세를 이연받은 자회사 주주에게 과세*)

* 이연받은 양도세ㆍ법인세 상당액에 대해 과세

※ ㉢, ㉣은 이자상당액 가산

㉠ 지주회사에 해당하지 않게

되는 경우

㉡ 지주회사 주식 등을 증여ㆍ

상속시

㉢ 지주회사 전환후 2년내

자회사 지분비율 미충족시

㉣ 자기주식교환일 현재 전환

지주회사의 최대주주가

자회사 임원으로 취임시

＜신 설＞

○ 사후관리

- 다음 사유 발생시 과세이연 중단

(자회사 주식을 취득한 지주회사에 과세*)

* 장부가액으로 계상했던 자회사 주식을 시가로 조정하고 차액을 익금산입

※ ㉢은 이자상당액 가산

㉡ 삭 제 (처분에 포함)

㉣ 삭 제

㉤ 현물출자ㆍ자기주식교환일이

속한 사업연도 종료 후 3년내

다음 사유 발생시

ㆍ대통령령으로 정하는 자회사 주주(지배주주 등) 및 지주회사가 현물출자ㆍ자기주식교환으로 취득한 주식을 처분*(단, 1/2이상 처분시 한정할 예정)

* 다만, '10.12.31 현재 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 이를 적용하지 않고, 과세이연을 계속함

ㆍ자회사가 사업을 폐지

* 단, 「법인세법 시행령」 §80의2① 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(파산, 사망, 적격 기업구조개편 등)는 과세이연을 계속함

(2) 개정이유

○ 합병, 분할 등 여타 기업구조개편 지원세제와 동일하게 정비

(3) 적용시기 및 적용례

○ 2011.1.1. 이후 현물출자하거나 교환하는 분부터 적용

※ 부칙 제18조 : 제38조의2 제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행(2011.1.1.) 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 법원 판례와 조세심판원 결정례 등에 의하면 1/2 미만 처분규정이 조특법 제38조의2 제1항 본문에 준용되는 ‘부득이한 사유’에 해당한다는 점은 분명하고, 이 건 주식물납에도 불구하고 실질적인 기업지배구조의 변경이 전혀 존재하지 아니하므로 과세이연 규정이나 1/2 미만 처분규정의 입법취지 등에 따라 이 건 양도소득세를 감액경정하여야 한다고 주장하나, 쟁점규정(조특법 제38조의2 제5항)에서는 ‘제1항 각 호 및 제3항 제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다’고 규정하고 있는데, 제1항과 관련하여 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 보는 부득이한 사유는 제1항 각 호와 관련된 것으로 보이는 점, 1/2 미만 처분 규정을 이 건에 적용하여 과세이연을 계속하는 것은 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 규정의 사후관리 취지에 비추어 불합리해 보이는 점, 청구인들이 제시한 사례는 사망으로 인한 상속과 관련된 것으로 상속은 피상속인의 사망이라는 상속인의 의도와 관계없는 지극히 부득이한 사유로 인하여 적극·소극재산이 포괄적으로 상속인에게 이전되는 것인 반면, 이 건과 같은 주식물납의 경우 물납허가신청자인 청구인들의 임의적인 의사결정에 따라 조세의 납부형식으로 재산이 개별적으로 물납허가자인 국가에게 이전되므로 양자를 동일하게 취급하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호,「지방세기본법」제96조 제7항에 의하여 주문과 같이 결정한다.