이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.11.1. 인천광역시 서구 OOO 소재지를 사업장으로 하고 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 서비스업(광고·마케팅 등)을 영위하기 위하여 사업자등록을 한 후 쟁점사업장 소재지를 2024.6.11. 경상남도 김해시로, 2024.7.29. 인천광역시 연수구로, 2024.9.30. 부산광역시 남구로, 2024.10.17. 경기도 부천시로, 2024.11.5. 제주특별자치도 서귀포시로, 2024.11.13. 인천광역시 서구로, 2024.11.20. 부산광역시 금정구로, 2025.2.6. 인천광역시 서구로, 2025.3.12. 서울특별시 동작구로 각각 이전하여 심리일 현재까지 사업을 영위하고 있는 계속사업자이다.

나. 처분청은 2025.4.14. 청구인을 조사대상자로 선정하고 2025.4.14.~2025.6.20.을 조사기간으로 하여 2023년 제2기~2024년 제2기 부가가치세 세목별조사(자료상 혐의)를 착수하였으나, 청구인은 2025.4.15. ‘질병으로 인한 입원치료’를 이유로 2025.4.14.~2025.10.31. 기간 동안 세무조사중지를 신청(이하 “1차 신청”이라 한다)하였다.

다. 처분청은 위 1차 신청을 검토한 결과, 청구인이 제시한 병원진단서가 위조된 것임을 확인하고 2025.4.16. 이를 불승인하였고, 이에 청구인이 새로운 진단서를 발급받아 2025.4.17. 재차 세무조사중지 신청(이하 “2차 신청”이라 한다)을 함에 따라 처분청은 이를 검토하였으나, 청구인이 제시한 사유는 「국세기본법 시행령」 제63조의9 제1호에 따른 세무조사 중지사유에 해당하지 아니한다고 보아 2025.4.21. 2차 신청을 불승인하는 내용의 결과통지(이하 “쟁점통지”라 한다)를 하였다.

라. 한편, 청구인은 2025.4.17. 서울지방국세청장에게 권리보호요청을 접수하였고, 이를 인계받은 부산지방국세청 납세자보호위원회는 심의 결과, 쟁점통지를 정당한 것으로 보아 2025.5.1. 청구인에게 시정불가를 통지하였다.

마. 이후, 청구인은 2025.5.7. 국세청장에게 재차 권리보호요청을 접수하였고, 국세청 납세자보호담당관도 이를 심의하여 쟁점통지를 시정불가한 것으로 보아 2025.6.2. 청구인에게 처리결과를 통보하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 갑상선 임파선 전이암 환자로서 산정특례 적용대상이고, 고혈압 및 공황장애 진단까지 받은 중증환자로 현재 혈압 관련 수술을 권고받은 상태이며, 이와 관련한 진단서와 의사 소견서를 이미 제출하였음에도 처분청은 이를 무시하거나 의학적 검토 없이 세무조사중지 신청을 불승인하였다. 따라서 조사를 계속하여 진행한다는 것 자체가 명백히 부당한 경우임에도 불승인한 쟁점통지는 위법하다.

(2) 청구인은 처분청의 세무조사에 대응하기 위하여 수술 일정을 연기하였고 이로 인하여 혈압 수치가 악화되었는바, 이러한 사실은 진단서에 구체적으로 기재되어 있다. 따라서 이는 조세행정이 납세자의 생명·건강권을 침해한 중대한 사정에 해당하므로, 세무조사의 일시 중단은 납세자의 법익을 보호하기 위한 합리적 선택이라 할 수 있다.

(3) 한편, 강남세무서장과 서부산세무서장은 처분청에 제시한 동일한 진단서 등을 근거로 세무조사중지 신청을 승인하였음에도 처분청만 반복적으로 중지신청을 불허하는 것은 납세자 간 형평성에도 반하고 과세관청 간 일관성 원칙에도 위배된다.

(4) 쟁점통지와 관련하여 서울에서 개최된 납세자보호심의위원회는 대면출석만 허용할 뿐, 건강상 출석이 불가능한 청구인에게 서면을 통한 의견제출 외에 다른 대안 없이 절차를 종결하였다. 이에 청구인은 급하게 세무대리인을 선임함으로써 실질적인 방어권을 행사할 수 없었는바, 이는 납세자의 진술권 보장을 위반한 절차적 하자에 해당한다.

(5) 또한, 조사공무원은 청구인의 동의 없이 청구인의 병명, 수술 예정 사실, 조사 상황 등을 거래처 관계자에게 전달함으로써 청구인의 인격권을 심각하게 침해하였고, 이는 조사 권한을 벗어난 위법한 행위에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점통지는 신청자에게 처리결과를 단순히 회신하는 것에 불과하고, 청구인의 경우 세무조사에 따른 결과통지나 부과처분이 이루어지지 아니한 상태이므로, 이 건 심판청구는 「국세기본법」 제55조에 따른 불복청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법하다.

(2) 청구인은 쟁점통지가 청구인의 권리를 침해하여 부당하다고 주장하나, 청구인이 처분청에 강제적인 세무조사 중지를 요구할 법규상 또는 조리상 신청권에 대한 근거를 찾을 수 없고, 청구인은 당초에 진단서를 위조하고 국세공무원에게 거짓진술을 하는 등 세무조사를 고의로 기피하고자 하였으며, 이에 처분청은 「국세기본법 시행령」 제63조의9에 따라 청구인이 세무조사를 받지 못할 정도로 곤란한 것은 아니라고 보아 쟁점통지를 한 것이므로 쟁점통지를 불복청구대상이 되는 처분으로 본다고 하더라도 쟁점통지는 정당하다.

(3) 또한, 청구인은 조사공무원이 청구인의 질병 등 개인정보를 거래처에 유출하였다고 주장하나, 이는 사실 여부가 확인되지 아니하는 청구인의 일방적인 주장일 뿐이고, 처분청은 청구인이 언급하는 거래처에 거래사실 해명안내문을 발송한 이후 별도로 연락하거나 연락을 받은 사실이 전혀 없다.

(4) 한편, 청구인은 부산지방국세청에서 시행한 납세자보호위원회에 참석하였으나, 시정불가 처리된 결과를 납득하지 못하고 국세청에 권리보호요청을 재차 접수하였으며, 서울에서 개최된 납세자보호위원회에는 세무대리인을 선임하여 진행하였고 심의 결과 시정불가로 처리됨에 따라 2025.6.5. 당초 세무조사를 재개하였으나, 청구인이 같은 날 추가 사유로 부산지방국세청에 권리보호요청을 재신청하여 2025.6.24. 납세자권리보호위원회가 개최될 예정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점통지가 위법·부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의8【세무조사 기간】④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.(각 호 생략)

제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제80조의2【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의9【세무조사의 중지】법 제81조의8 제4항에서 “납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우

제63조의7【세무조사의 연기신청】① 법 제81조의7 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 처분청이 2025.4.14. 이 건 세무조사를 착수함에 따라 2025.4.15. ‘질병으로 인한 입원치료’를 이유로 1차 신청을 하였고, 처분청은 이에 대하여 2025.4.16. 허위 진단서 제출을 이유로 불승인하였다.

(2) 이후, 청구인은 처분청이 1차 신청을 불승인함에 따라 2025.4.17. 1차 신청 시와 유사한 이유로 2차 신청을 하였고, 처분청은 이에 대하여 세무조사중지 사유에 해당하지 아니한다고 보아 2025.4.21. 불승인하였다.

(3) 청구인은 이에 따라 2025.4.17. 서울지방국세청장에게 권리보호요청을 접수하였고, 이를 인계받은 부산지방국세청 납세자보호위원회의 심의 결과, 쟁점통지를 정당한 것으로 보아 2025.5.1. 청구인에게 시정불가를 통지하였으며, 이에 청구인은 2025.5.7. 국세청장에게 재차 권리보호요청을 접수하였고, 국세청 납세자보호담당관도 이를 심의하여 쟁점통지를 정당한 것으로 보아 2025.6.2. 시정불가를 통지하였다.

(4) 본안심리에 앞서 이 건 심판청구의 적법 여부에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제80조의2는 심판청구에 관하여는 제65조를 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제65조 제1항 제1호 등은 심사청구가 적법하지 아니한 때, 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 등에 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바,

「국세기본법」 제81조의8 제4항에서 ‘세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다’고 규정하고 있는 점을 감안하면 동 규정은 납세자가 세무조사중지 신청 시 반드시 이행하여야 하는 강행규정으로 보기는 어렵고, 납세자의 세무조사중지 신청은 세무조사 절차상 권리구제의 한 방법에 해당하므로, 그에 대한 결과통지는 납세자에게 처리결과를 단순히 회신하는 것에 불과한 것으로 보이며, 이 건 심판청구일 현재 쟁점통지가 위법한지 여부에 따라 영향을 미칠 과세처분이 없고, 세무조사에 따른 결과통지나 부과처분이 이루어지지 아니한 상태에서의 쟁점통지는 그 통지 자체로 불복청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점통지의 절차적 하자를 주장하는 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.