이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1983.7.16. 취득한 충청남도 계룡시 OOO 답 4,465㎡ 및 같은 리 OOO 답 750㎡(면적 합계 5,215㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2020.4.18. 유한회사 A에 OOO원에 양도한 후, 쟁점토지 중 고유목적사업에 사용한 토지 2,196㎡를 제외한 3,019㎡의 처분이익 OOO원(이하 “쟁점처분이익”이라 한다)에 대하여 2023.7.12. 2020사업연도 법인세 OOO원을 신고하였다.

나 이후 청구법인은 2024.10.15. 쟁점토지 전체면적을 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 쟁점처분이익이 「법인세법」 제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에서 규정한 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익’에 해당하는 것으로 보아, 당초 청구법인이 신고한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.2. 청구법인의 당초 법인세 신고내용이 정당하다고 보아 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지의 양도는 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따른 비영리내국법인의 과세소득에서 제외되는 ‘고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 양도’에 해당한다.

(가) 쟁점토지는 종회원 소작이 고유목적사업에 해당하므로 비과세대상으로 보아야 한다.

1) 청구법인의 규약 제4조(고유목적사업) 제1항 제2호에는 “선조 및 후 세대를 위한 종중 토지 활용(종회원 소작)사업”이 고유목적사업으로 명시되어 있고, 쟁점토지 전체가 종회원 C, B에 의하여 2010년부터 계속 소작되었는바, 쟁점토지의 양도는 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 고정자산에 해당된다.

2) 충청남도 계룡시 OOO면장이 발급한 기본형 공익직접지불사업 지급확인서에서는 2010년∼2020년 기간 동안 쟁점토지 4,465㎡∼5,326㎡를 종회원이 임차하여 소작한 것으로 나타나고, 농지원부에서도 종회원이 2018.9.25.부터 5,326㎡를 임차하여 소작한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 보더라도 쟁점토지 전체를 고유목적사업인 종회원 소작에 사용하였음이 입증된다.

3) 처분청은 소작한 경작물 전체가 종중에 귀속되었다는 증빙을 제시 하지 못하고 있다는 의견이나, 소작이란 “농토를 갖지 못한 농민이 일정한 소작료를 지급하며 다른 사람의 농지를 빌려 농사를 짓는 일”로 2017.12.3.자, 2018.11.23.자, 2019.11.10.자 청구법인의 제향일지에 의하면 종회원 B이 경작한 농산물을 제향음식으로 제공한 이력이 기재되어 있는 등 쟁점토지가 고유목적사업인 종회원 소작에 사용됨이 확인되고, 종회원 소작 자체가 청구법인의 고유목적사업이므로 소작물 전체가 종중에 귀속될 이유가 없다.

(나) 설령 쟁점토지가 종회원 소작에 사용되지 아니하였다고 보더라도 농산물 재배가 청구법인의 고유목적사업에 해당하므로 비과세 대상에 해당한다.

1) 처분청은 쟁점토지 중 제실과 관련된 부분 214㎡, 실제 경작면적 1,322㎡, 경작을 위하여 사용한 수로면적 660㎡은 고유목적 사업인 농산물 재배에 직접 사용한 것으로 인정하였고, 이를 제외한 3,019㎡에 대하여 과세대상으로 오인하였으나, 쟁점토지는 전체가 종중 규약에 규정된 ‘종중 토지 및 위토(位土)의 경작(농산물 재배)사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산’에 해당되므로 법인세 과세대상으로 볼 수 없다.

2) 청구법인의 규약 제4조 제1항 제2호에는 농산물재배사업이 명시되어 있고, 공익직접지불사업 지급확인서와 농지원부에서 종회원이 5,326㎡를 임차하여 소작한 사실이 확인되며, 쟁점토지 항공사진(2012년∼2020년에서 전체 면적이 매년 경작을 위해 관리된 사실 확인되는바, 쟁점토지 일부 면적에서 수확물이 산출되지 않았다는 이유로 농산물 재배에 사용하지 않았다는 과세관청의 의견은 잘못된 것이다.

3) 처분청은 이미 쟁점토지 일부 면적에 대하여는 처분청이 농업에 직접 사용한 토지로 보아 비과세 대상인 고유목적에 직접 사용한 고정자산으로 신고시인하였는바, 농업이 종중의 고유목적사업으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 납득할 수 없고,

처분청은 쟁점토지의 일부가 농지로서의 기능을 상실된 것으로 보았으나, 대법원 판례 등에 의하면 농경장애 원인이 제거 된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적인 휴경상태라고 보아 농지의 양도로 보아야 할 것인바, 청구법인이 농경장애 원인을 제거하고자 수로막음 공사를 실시하는 등 쟁점토지를 농산물 재배사업에 사용하기 위하여 노력하여 왔기 때문에 농산물 재배사업에 직접 사용된 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 당초 법인세 신고시 쟁점토지 중 일부만 고유목적에 사용하였다고 증빙 등을 통하여 소명하였다가, 이후 쟁점토지 전체가 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당한다고 당초 신고내용과 배치되는 주장을 하고 있다.

(가) 청구법인은 쟁점토지 5,215㎡ 중 경작토지(1,322㎡) 및 수로(660㎡), 제실(祭室) 부수토지(214㎡) 면적인 2,196㎡가 고유목적 사업에 직접 사용한 토지에 해당한다고 보아 당초 법인세를 신고하였는바, 신고 당시 일관되게 일부 토지만 경작하였다고 소명하며 전체면적을 경작하였다고 주장한 사실이 없다.

(나) 법인세 신고 시 제출한 소명서에 의하면, 쟁점토지 전체 면적 1,586평(8마지기) 중 실지 경적 면적은 400평(2마지기)에 불과하고, 실제로 농사를 지을 수 없는 실정이라 부득이 밭으로 일부 소규모로 경작할 수밖에 없었으며, 2마지기 농지에서 수확한 들기름, 무, 배추, 고사리를 제례에 직접 사용하는 등 쟁점토지 중 일부 토지면적만 고유목적사업에 직접 사용하였다고 소명하였다.

또한 청구법인은 일부 경작면적(1,322㎡)에서 수확한 작물이 소량으로 판매용이 아닌 제례물 사용 수준인 것을 입증하기 위하여 실 경작자인 종중원 B의 농지원부, 직불금 수령확인서, 비료 등 거래내역서(OOO) 등을 제출하였었고, 일부 농지밖에 사용할 수 없었던 사유로 “수로가 흐르는 이유로 일부 농지밖에 사용할 수 없었으며 수렁화된 논으로 경작이 어렵고 작물이 잘 자라지 않는다”라며 직접 촬영한 사진과 2016.3.26.일자 종중 회의록 등을 증빙으로 제출하였다.

(다) 청구법인이 쟁점토지 전체에 대하여 경작하였다는 증빙으로 제출한 항공사진 등은 당초 쟁점토지 중 일부만을 경작할 수밖에 없었다고 소명하며 제출한 사진 등과 배치되고, 청구법인이 제출한 쟁점토지의 사진을 살펴보면, 당초 청구법인이 소명하고 신고한 내용대로 일부만 경작이 가능하였던 것으로 보인다.

(2) 쟁점토지 전체가 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당한다고 인정할 아무런 증거가 없다.

(가) 쟁점토지가 ‘선조 및 후 세대를 위한 종중토지 활용사업’에 3년 이상 계속하여 직접 사용되었는지 여부

1) 청구법인은 2010년부터 양도하기 전까지 쟁점토지 전체를 종회원에게 소작하도록 하였는바, 종중 규약에서 고유목적사업으로 규정한 “선조 및 후 세대를 위한 종중 토지활용(종회원 소작) 사업”에 3년 이상 계속하여 사용하였다고 주장하나, 청구법인의 주장대로 종중원 B이 쟁점토지 전체 면적을 경작하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 한다면, 쟁점토지 전체 면적의 경작물이 종중의 제례에 직접 사용되었거나, 그 경작물이 종중에 귀속되었다는 증빙을 제출하여야 하나 청구법인은 이를 제출하지 못하고 있다.

2) 소작사업에 따른 수입금액인 소작료가 종중에 귀속되었어야 함에도 그 수입을 관리하였다는 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 만약 소작에 따라 발생한 수입금액이 중종원 개인에게 귀속되었다면 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 ‘법인으로 보는 단체’의 성격에 어긋나고, 청구법인을 ‘법인으로 보는 단체’로 볼 수 없으므로, 청구법인의 쟁점토지 양도소득세 신고는 「소득세법」 제106조(거주자의 양도소득에 의한 납세의무 예정신고납부)에 따라 신고하여야 할 것이다.

3) 종중이란 공통의 선조를 두고 제사나 분묘 보전, 문중 재산관리, 종원 상호간의 친목 등을 목적으로 구성되는 자연발생적인 종족집단으로 종중의 이러한 목적과 본질에 비추어 볼 때 소작사업은 종중의 고유목적 성격으로 볼 수 없다. 종중은 선조의 분묘수호 및 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것으로 종중규약에 규정되어 있다고 하여 종중의 본질에 합당하지 않는 그 외의 것을 고유목적사업에 포함할 수는 없다.

4) 설령 청구법인의 종중 규약에 “종회원 소작”이 고유목적사업으로 포함되어 있다 하더라도 수많은 조세심판원 선결정례에서 “농지의 임차인이 종중원이라 하더라도 농지를 경작하고 그 소출물을 판매하여 종중시제의 제물을 준비하는 등 종중의 고유목적사업에 필요한 비용을 충당하였다 하더라도 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과하므로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다”고 결정하고 있고, 이미 처분청은 청구법인의 종중원이 경작하여 그 경작물을 제례에 직접 사용한 면적에 대해서는 고유목적사업으로 인정하여 신고시인하였다.

(나) 쟁점토지가 ‘종중 토지 및 위토(位土)의 경작(농산물 재배)사업’에 3년 이상 계속하여 직접 사용되었는지 여부

청구법인은 쟁점토지가 논수렁화 등의 사유로 일부 면적에서 수확물이 나오지 않은 것일 뿐 쟁점토지 전체를 종중 규약에 의한 종중 토지 및 위토(位土)의 경작(농산물 재배)사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였다고 주장하나,

종중은 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘수호, 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업이 그 고유목적사업에 포함된다고 보기 어렵고, 어떠한 사정에 의하여 농지로서의 기능을 상실하였다 하여 종중이 소유하고 있던 농지를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 인정하는 것은 예외적인 감면규정에 해당하는 「법인세법」 제4조 제3항 제5호, 같은 법 시행령 제3조 제2항을 조세법률주의에 반하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것으로 허용될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업(종회원 소작 또는 농산물 재배사업)에 사용되었으므로 그 처분이익은 법인세 비과세 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제4조【과세소득의 범위】① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(2) 법인세법 시행령

제3조【수익사업의 범위】② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제25조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2023.4.10. 쟁점토지 5,215㎡ 중 고유목적 사업에 직접 사용한 경작토지(1,322㎡) 및 수로(660㎡), 제실(祭室) 부수토지(214㎡) 합계 2,196㎡를 제외한 3,019㎡를 법인세 과세대상으로 보아, 2020사업연도 법인세 OOO원을 기한 후 신고하였다가, 2023.7.12. 쟁점토지 양도차익을 당초 OOO원에서 OOO원으로 변경하여 2020사업연도 법인세 OOO원을 수정신고하였다.

(나) 이후 청구법인은 쟁점토지 전체 면적이 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 사용되었다고 보아, 당초 신고한 법인세를 환급하여 줄 것을 요구하는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점토지의 일부만 경작하였다는 청구법인의 당초 신고내용이 정당하다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(다) 청구법인이 제출한 청구법인 종중규약을 보면, 제4조의 고유목적사업에서 ‘종중 토지 및 위토(位土)의 경작(농산물 재배) 사업’(제1항 제2호) 및 ‘선조 및 후 세대를 위한 종중 토지 활용(종회원 소작)사업’(제1항 제4호)이 확인된다.

＜청구법인 규약의 주요 내용＞

제2장 고유 목적 사업

제3조(목적) 본회의 목적은 익안대군 자손 백파도정공의 업적과 유훈을 계승 발전하여 숭조 사상을 고취하고 선조의 제향봉행 및 수호관리와 종친간의 화목을 더욱 돈독히 하며 물려받은 토지 및 유산을 경작 또는 다방면으로 효율적으로 활용 및 증식하여 후손 만대에 무궁한 발전을 추구함에 있다

제4조(고유목적사업) 본 종중은 목적을 달성하고자 다음과 같은 사업을 한다

제1항 종재의 관리 및 운영

1. 종중 재산의 수호 보존 및 증식 사업

2. 종중 토지 및 위토의 경작(농산물 재배) 사업

3. 선조의 분묘관리, 제향 봉행 및 수호보존 사업

4. 선조 및 후 세대를 위한 종중 토지 활용(종회원 소작)사업

(라) 2016.3.26.자 청구법인 회의록(참석인원 28명)을 보면, 제3호 안건에서 ‘쟁점토지 전체의 경작자를 C에서 B으로 변경하고 그에 따른 경작물은 종중 각종 시제에 최우선으로 사용(쌀한가마니 이상)하며, 대대손손 종회원 자경을 원칙으로 한다’라고 되어 있고, 심의결과 찬성 22명, 반대 1명으로 나타나며, 충청남도 계룡시 OOO에서 발급한 기본형 공익직접지불사업 지급확인서(2022.4.26. 등)에 의하면, 쟁점토지는 2010년부터 2020년까지 C 및 B이 아래 ＜표1＞과 같이 4,465㎡∼5,326㎡의 면적을 경작한 것으로 나타나며, 충청남도 계룡시 OOO면장이 발급한 농지원부에서는 B의 임차농지 현황에서 충청남도 계룡시 OOO 5,326㎡가 확인된다.

＜표1＞ 기본형 공익직접지불사업 지급확인서

○○○

(마) 청구인은 쟁점토지의 항공사진(2012년, 2014년, 2015년, 2017년, 2019년, 2020년)을 제출하였고, 쟁점토지 항공사진에 의하면, 쟁점토지 전체에 대하여 농산물 재배사업을 위하여 경작을 위한 고랑과 이랑이 나타나는 등 전체 면적을 농산물 재배사업에 사용하였음이 확인되고, 설령 일부 면적에서 수확물이 나오지 않았다고 하더라도, 쟁점토지를 경작(농산물 재배)사업에 직접 사용하지 않았다고 보는 것은 부당하다는 것이 청구법인의 주장이다.

(바) 청구법인이 당초 법인세 신고 당시 쟁점토지 중 일부 면적만을 경작하였다며 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인은 법인세 신고 시 쟁점토지 전체면적 중 실제 농사 면적은 400평에 불과하고, 부득이 소규모로 경작할 수 밖에 없었으며, 소출물인 들기름, 무, 배추, 고사리를 쟁점토지 내 소재한 제실의 제례에 직접 사용하였다고 소명한 것으로 나타나고, 일부를 농지로 사용할 수 밖에 없었던 사유로는 “수로가 흐르는 이유로 일부 농지밖에 사용할 수 밖에 없었으며 수렁화된 논으로 경작이 어렵고 작물이 잘 자라지 않는다”라며 직접 활영한 사진 등과 수렁논과 실지 경작 가능한 면적 등이 논의된 2016.3.26.자 종중 회의록을 증빙으로 제출한 것으로 나타난다.

〈2016.3.26.자 청구법인 정기총회 회의록 내용 중 일부〉

“OOO 경작자는 경작 시 필요한 실비(비료 등)를 차감한 나머지 수확물에 대해서는 종중에 귀속됨을 원칙으로 한다. 다만, OOO가 수로막음공사를 했음에도 불구하고 수렁논화되어 실질 경작면적이 두마지기도 안되는 부분은 감안한다”

2) 청구법인은 쟁점토지 중 수로면적(660㎡)과 일부 경작면적(1,322㎡)을 고유목적사업인 종중 위토(位土)의 경작사업에 사용하였음을 입증하기 위하여 종중원 B의 직불금 수령 입금증(B이 직불금을 수령하여 종중에 입금), 농지원부 등을 처분청에 증빙자료로 제출하였고, 쟁점토지 중 경작면적(1,322㎡)에서 소량 수확한 작물을 판매용이 아닌 제례물로 사용한 사실을 입증하기 위하여 종중원 B이 농엽으로부터 구입한 종자(옥수수, 호박, 배추 등)를 근거로 ‘2017년∼2020년 4월까지의 파종 및 예상수확량 자료’를 작성하여 제출하였고, 경작자 B의 주된 농사는 쟁점토지 인근 인삼밭에서 경작하고 있는 특용작물로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계와 법령 등에 비추어 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업인 종회원 소작 또는 농산물 재배사업에 3년 이상 사용되었으므로 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따른 비과세 고정자산에 해당한다고 주장하나,

「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 의하면 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 경우 예외적으로 비과세 대상으로 규정하고 있는바, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 그 규약에 고유목적사업으로 종회원 소작 또는 농산물 재배사업을 규정하였더라도, 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘 수호, 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 종회원 소작이나 농산물 재배사업을 그 고유목적사업으로 인정하기는 어려운 것으로 보이는 점(조심 2018서3509, 2018.12.11. 외 참조), 쟁점토지에서 생산된 농산물이나 이를 판매하여 얻은 수입이 청구법인에게 귀속되고, 이를 청구법인의 고유목적사업에 사용되었음이 관련 증빙자료에 의해 입증되지 아니하는 이 건의 경우, 그 중 일부가 청구법인의 제례 등에 사용되었다 하더라도 쟁점토지 전체가 청구법인의 고유목적사업에 사용되었다고 인정하기 어렵고, 처분청은 쟁점토지의 일부면적(2,196㎡)이 고유목적사업에 사용된 것으로 보아 당초 청구법인의 법인세 신고 내용을 신고시인한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.