이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.9.25. OOO평택점(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 개업한 후 음식점업을 영위하고 있고, 2023년 제2기 부가가치세 신고 시 OOO원의 부가가치세 환급신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인의 2023년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 서면검토를 실시하면서 2024.2.7. 청구인에게 인테리어공사 및 증축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 시 수취한 매입세금계산서 관련 증빙자료의 제출을 요청하였고, 청구인은 쟁점공사 관련 공사계약서 및 대금 송금내역 등을 제출하였다.

다. 처분청은 청구인의 제출 자료 등을 검토한 결과, 청구인이 쟁점공사와 관련하여 2023.12.29.자 OOO으로부터 공급가액 OOO원짜리 1매 및 OOO으로부터 공급가액 OOO원짜리 1매의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 각각 수취하였으나, 공사계약상 시공자가 OOO이고, 공사대금도 OOO에게 지급하여 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 보아, 2024.4.15. 청구인에게 매입세금계산서 위장 수취혐의에 대한 해명자료 제출을 요구하였다.

라. 한편 청구인은 별도의 해명자료 제출 없이 쟁점매입세금계산서 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 세금계산서 제출불성실 가산세를 가산하는 등 2024.5.31. 2023년 제2기 부가가치세 수정신고.납부를 하였다.

또한 청구인은 같은 날 쟁점공사의 실제 수행자가 OOO라면서 그와의 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)에 대한 거래사실확인신청(매입자발행세금계산서 발급용)을 처분청에 하였고, 처분청은 2024.7.1. 청구인이 이미 쟁점매입세금계산서를 수취하는 등「부가가치세법」제34조의2 매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제특례 적용대상으로 보기 어려우므로, 청구인에게 거래사실확인 신청대상임을 뒷받침하는 근거자료의 추가 제출에 대한 보정요구를 하였으며, 이후 2024.7.18. 관련 법령상 매입자발행세금계산서 발급요건을 충족하지 아니한 것으로 보아, 청구인의 거래사실확인신청을 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청은 다음과 같이 신청대상에 부합한다.

(가) 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청은 거래건당 공급가액 OOO원 이상이고, 청구인이 이미 수취한 쟁점매입세금계산서가 존재하더라도 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 발급한 경우 사업상 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서 발급시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당하므로 매입자발행세금계산서 발급대상이다.

(나) 공급자를 사실과 다르게 기재한 세금계산서를 발급한 경우 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 다음날부터 1년 이내 수정세금계산서를 발급할 수 있으므로, 쟁점거래에 대한 수정세금계산서를 수취하는 경우 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있음에도, 알테크가 이를 발급해주지 않아 부가가치세 매입세액 공제를 받지 못하고 있는바, 관련 법령상 매입자발행세금계산서 발급제도의 취지와도 부합한다.

(2) 처분청은 청구인의 거래사실확인신청에 대하여 보정요구 사유가 없음에도 보정요구기한인 거래사실확인신청일(2024.5.31.)부터 7일을 경과한 2024.7.1. 청구인에게 보정요구를 하였고, 청구인의 거래사실확인신청에 대한 거부사유가 없음에도 이를 거부하였다.

(3) 따라서 처분청이 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청을 거부한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청은 법적요건을 충족하지 아니하는 등 매입자발행세금계산서 발급제도의 취지에 맞지 않고, 관련 법령상 실물 거래를 통한 정상적인 세금계산서 수수질서를 근본적으로 부인하는 것인바, 이 건 거부처분은 정당하다.

(1) 청구인은 쟁점매입세금계산서를 실제로 용역을 공급하는 자가 아닌 자로부터 수취한 혐의가 있어 처분청으로부터 해명요구를 받자 부가가치세 수정신고한 후 쟁점공사의 실제 수행자인 OOO를 대상으로 한 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인신청을 하였으나, 매입자발행세금계산서 발급제도의 취지는 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위해 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지함과 동시에 세금계산서를 교부받지 못한 사업자 등이 과도한 세부담을 피하고 공급자 등을 사실과 다르게 기재한 세금계산서를 교부받는 것을 방지하기 위해 신설된 것인바, 청구인의 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청은 이러한 취지에 부합하지 않는다.

(2) 청구인은 쟁점공사에 대하여 공급자가 사실과 다른 OOO으로 기재된 쟁점매입세금계산서를 수취(정상적인 사업자와의 거래에 해당하지 아니함)하였는바,「부가가치세법」제34조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제71조의2 제2항의 매입세금계산서를 수취받는 것이 곤란하다고 국세청장이 인정하는 사유에 해당하지 않는다.

(3) 처분청은「부가가치세법」제34조의2에 따라 청구인의 거래사실확인신청에 대한 법정요건을 충족하는지 여부를 검토할 수 있고, 같은 법 시행령 제71조의2 제5항에 따라 신청일부터 7일 이내에 일정 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있으나 이는 강행규정이 아닌 훈시적 규정에 불과한바, 이러한 기간을 준수하지 못하였다는 이유만으로 청구주장을 받아들일 수는 없다.

(4)「부가가치세법」상 세금계산서 발급제도는 재화·용역의 공급시마다 세금계산서를 성실하게 발행·교부·수취·신고하여 정상적인 유통거래질서를 확립하고, 성실한 납세의식을 제고시켜 국가재정의 근간이 되는 조세수입의 일실을 최대한 방지하고자 하는 데 그 근본적인 취지가 있는데, 청구인이 처분청으로부터 쟁점매입세금계산서의 위장수취 혐의에 대한 해명자료 제출을 요구받은 후 실제 공급자가 알테크라면서 거래사실확인신청을 통해 매입자발행세금계산서를 발급하도록 한다면, 향후 유사한 사례의 재발로 세금계산서의 거래질서를 교란시키고 조세포탈행위를 조장시키는 등의 부작용을 초래할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래에 대한 거래사실확인신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(1) 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구인은 2024.1.19. 쟁점사업장에 대한 2023년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 OOO원의 부가가치세 환급신청을 한 것으로 나타난다.

(2) 심리자료 등에 의하면, 처분청은 청구인의 2023년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 서면검토를 실시하면서 2024.2.7. 청구인에게 쟁점공사 시 수취한 쟁점매입세금계산서 관련 증빙자료의 제출 요청 및 부가가치세 조기환급신청에 대한 처리기한 연장통지(부가가치세과-606)를 하였고, 청구인은 쟁점공사 관련 공사계약서 및 대금 송금내역 등을 제출한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점공사에 대한 공사계약서 등에 의하면, 시공자는 OOO(대표자 a)로 기재되어 있고, 총 공사대금 OOO원 및 OOO원은 청구인이 a 명의의 OOO 계좌(100-158-******)로 송금한 것으로 나타난다.

(4) 처분청 발송공문에 의하면, 처분청은 2024.4.15. 청구인에게 쟁점매입세금계산서의 위장 수취혐의(공급자가 OOO가 아닌 OOO으로 기재되어 있음)에 대한 해명자료 제출을 요청한 것으로 나타난다.

(5) 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구인은 위 해명자료 제출 요청을 받은 후 별도의 해명 없이 2024.5.31. 쟁점매입세금계산서 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 세금계산서 제출불성실 가산세를 가산하는 등 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 수정신고.납부한 것으로 나타난다.

(6) 심리자료 등에 의하면, 청구인은 2024.5.31. 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청(매입자발행세금계산서 발급)을 하였고, 처분청은 2024. 7.1. 청구인에게 아래 ＜표＞와 같이 보정요구를 하였으며, 이후 2024. 7.18. 관련 법령상 매입자발행세금계산서 발급요건을 충족하지 아니한 것으로 보아, 청구인의 거래사실확인신청을 거부하였다.

＜표＞ 거래사실확인신청에 대한 보정요구서상 보정할 내용

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청을 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 매입자발행세금계산서 발급제도의 취지는 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위해 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지함과 동시에 세금계산서를 교부받지 못한 사업자 등이 과도한 세부담을 피하고 공급자 등을 사실과 다르게 기재한 세금계산서를 교부받는 것을 방지하기 위해 제정된 것인바, 청구인은 쟁점거래에 따른 공급자가 OOO으로 기재된 쟁점매입세금계산서를 수취하였는데, 이는 공급자를 허위로 잘못 기재한 매입세금계산서의 수수에 해당하고, 처분청의 해명자료 제출요구를 받은 후 청구인이 해당 매입세금계산서를 취소하고 실제 공급자인 OOO로부터 세금계산서를 교부받지 못한 경우「부가가치세법」제34조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제71조의2 제2항의 매입세금계산서를 수취받는 것이 곤란하다고 국세청장이 인정하는 사유에 해당하지 아니하는 점, 처분청은「부가가치세법」제34조의2에 따라 청구인의 거래사실확인신청에 대한 법정요건을 충족하는지 여부를 검토할 수 있는 것이고, 같은 법 시행령 제71조의2 제5항에 따라 신청일부터 7일 이내에 보정요구를 할 수 있으나 이는 강행적 규정으로 보기 어려운 점,「부가가치세법」제70조 제1항 제5호에 따르면 세금계산서상 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우라 하더라도 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제34조의2(매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례) ① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 "사업자" 라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업, 공급 계약의 해제ㆍ변경 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우로서 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제67조(세금계산서) ② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

4. 공급품목

5. 단가와 수량

6. 공급 연월일

7. 거래의 종류

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다)

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

제71조의2(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등) ① 법 제34조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 발급의무가 있는 사업자(제73조제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제34조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 재화 또는 용역을 공급한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소재불명 또는 연락두절 상태인 경우

2. 휴업이나 그 밖의 부득이한 사유로 세금계산서를 발급받는 것이 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

③ 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

④ 제3항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 5만원 이상인 경우로 한다.

⑤ 제3항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑥ 신청인이 제5항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제3항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑦ 신청인 관할 세무서장은 제6항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제5항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑧ 제7항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑨ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑩ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제9항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑪ 제10항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제9항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.

⑫ 제11항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제9항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.

⑬ 제11항 또는 제12항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가.「국세기본법 시행령」제25조 제1항에 따른 과세표준수정신고 서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우

나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우