이유
1. 처분개요

가. 농업회사법인 A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2014.6.3. 서울 OOO에서 농산물(곡물) 도소매업 등을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서에는 청구인이 2021.5.6.부터 2022.7.11.까지 대표이사로 등기되어 있다.

나. 강서세무서장은 쟁점법인이 2021사업연도 법인세를 신고하지 않았으므로, 추계소득금액 OOO원을 익금으로 산입하여 쟁점법인의 2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 결정한 후, 청구인의 재직 일수에 따라 안분한 금액을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하고 청구인의 주소지 관할인 동고양세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 소득세 과세자료를 통보하였다.

다. 청구인이 상여로 소득처분된 금액에 대하여 종합소득세를 신고하지 아니하자, 처분청은 2024.10.10. 청구인에게 2021사업연도 종합소득세 OOO원을 결정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.28. 이의신청을 거쳐, 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 2021년 쟁점법인을 인수인계하는 과정에서 쟁점법인의 대표이사로 등기된 사실이 있으나 이후 상호 의견 불합치로 쟁점법인을 인수하지 않기로 하고 전 대표이사 B의 요구로 대표이사를 C으로 변경하였다.

이 기간 동안 청구인은 쟁점법인의 영업 및 소득 과정에는 일절 관여하지 않았으며 쟁점법인으로부터 어떠한 소득도 제공받은 사실이 없으므로 소득세를 부과한 것은 명백히 위법하다.

나. 처분청 의견

쟁점법인은 2014년 6월 개업 이후부터 2020년 사업연도까지는 법인세 신고를 했으나, 청구인의 대표이사 재직기간에 해당하는 2021년 사업연도의 법인세는 무신고한 것으로 나타난다.

법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 법인등기부등본상의 대표자를 그 법인의 대표자로 보는 것이고, 청구인은 쟁점법인의 영업활동 등에 일체 관여한 사실이 없고 쟁점법인으로부터 받은 소득이 없었다고 주장하고 있으나 청구인이 제출한 자료만으로는 청구인이 대표이사로 등기되어 있던 기간 중 실제 영업활동 등을 하지 아니하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서 쟁점법인이 법인세를 무신고함에 따라 추계결정한 소득금액을 청구인의 대표이사 재직일수를 기준으로 안분계산하여 청구인에 대한 상여로 소득처분하고 과세한 쟁점처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점법인의 실질 대표자가 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 :　＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 처분청은 쟁점법인이 2021사업연도 법인세를 무신고함에 따라 계산서 및 신용카드 등 매출에 기준경비율을 적용하여 추계소득금액 OOO을 익금산입하고, 2021년 쟁점법인의 대표이사로 등기되었던 B과 청구인에게 대표이사 등기 일수를 기준으로 안분하여 소득처분한 내용이 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 소득금액변동통지 내역

OOO

(나) 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 2021.5.6. 쟁점법인의 대표이사로 등기되었다가 2022.7.11. 사임한 것으로 확인되고 그 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 법인등기사항전부증명서 임원에 관한 사항(일부)

OOO

(다) 국세통합전산망에서 조회되는 쟁점법인의 사업자등록정정내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점법인 사업자등록정정내역(일부)

OOO

(라) 쟁점법인의 주식등변동상황명세서상 주주현황은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 주식등변동상황명세서상 주주 현황(2017년 이후)

OOO

(마) 청구인의 2020년부터 2023년까지 소득내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 청구인이 쟁점법인으로부터 근로소득을 지급받은 내역은 나타나지 않으나 ‘OOO’에서 근로소득을 지급받은 내역이 확인된다.

＜표5＞ 청구인의 소득내역

OOO

(바) 청구인이 쟁점법인의 실질적 대표자가 아님을 주장하며 제출한 업무협약 내용(아래 ＜표6＞) 및 각서(아래 ＜표7＞)는 각 아래와 같다.

＜표6＞ 업무협약 내용

OOO

＜표7＞ 각서

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 실질적으로 쟁점법인을 운영하지 아니하였으므로 청구인을 쟁점법인의 대표자로 보아 상여 처분한 것은 잘못되었다고 주장하나, 「법인세법」상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이고(대법원 1994.3.8. 선고 93누1176 판결, 같은 뜻임), 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있는 것이므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 하는 것인데, 청구인은 쟁점법인의 등기사항전부증명서상 2021.5.6.부터 대표이사로 등기되어 있는 점, 국세청 전산 자료에 따르면 청구인을 대표자로 하는 쟁점법인의 사업자등록 정정 신고서가 제출된 점, ‘업무협약’에는 대표이사인 청구인이 쟁점법인의 모든 채권·채무 업무를 책임지고 금융행위를 진행한다는 내용이 기재된 점, 제출된 ‘각서’도 청구인이 쟁점법인의 대표이사로 등기되어 있는 동안 업무처리를 하였음을 전제로 작성되었다고 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점법인으로부터 소득을 제공받은 사실이 없다는 주장 또한 쟁점법인의 해당 연도 지급명세서 전부가 신고되지 않아 확인이 불가한 점, 쟁점법인의 사내이사이면서 지분의 55.8%를 소유하고 있는 전 대표이사 B이 쟁점법인의 경영을 사실상 지배한다고 보기에는 청구인의 입증이 부족한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점법인의 대표자로 등기되어 있는 청구인에게 인정상여 처분에 따라 종합소득세를 부과한 쟁점처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제66조(결정 및 경정）③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

제67조(소득처분)　다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제54조(대표자 상여처분방법) 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다.