이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2015~2016사업연도 중 다른 A계열사인 B㈜, C㈜, D㈜, E㈜(이하 “쟁점매도인들”이라 한다)와 함께 보유 중인 F㈜, G㈜, H㈜(이하 “매각대상법인”이라 한다)의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 ㈜I, J㈜, K㈜, L㈜(이하 “쟁점매수인들”이라 한다)에게 총 OOO원에 매각하였다(이하 “쟁점주식거래”라 한다).

청구법인과 쟁점매도인들은 쟁점주식거래 과정에서 매각대상법인의 임직원에게 특별상여금(지분율에 따라 부담, 이하 “쟁점상여금”이라 한다)을 지급하였고, 해당 사업연도 법인세 신고 시 쟁점상여금을 손금불산입하였는바, 청구법인이 매각대상법인 임직원에게 지급한 쟁점상여금은 아래 ＜표1＞과 같이 약 OOO원이다.

＜표1＞ 사업연도별 청구법인의 쟁점상여금 지급 내역

(단위 : 억원)

OOO

나. 이후 쟁점매도인들은 쟁점상여금이 「법인세법」상 손금에 해당하므로 기납부한 법인세를 환급해달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청이 이를 거부하자 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였으며, 조세심판원은 쟁점매도인들의 심판청구를 인용하여 처분청의 위 거부처분을 취소하였다(조심 2022중2885, 2023.12.12. 결정 등, 이하 “쟁점심판결정”이라 한다).

다. 청구법인은 2024.3.8. 쟁점심판결정에 근거하여 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호 또는 제5호에 따라 쟁점상여금을 손금에 산입하여 2015∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 후발적 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.6.24. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 적법한 후발적 경정청구권자에 해당한다.

(가) 「국세기본법」제45조의2 제2항은 제3자간 결정 또는 판결에 의한 후발적 경정청구를 금지하지 않고 있고, 조세심판원도 제3자간 결정 또는 판결을 후발적 경정청구사유로 인정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(조심 2022서5708, 2024.3.18. 등 참조).

「국세기본법」제45조의2 제2항은 후발적 경정청구권자가 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자’일 것을 요구하고 있을 뿐 그 밖의 다른 요건을 요구하고 있지 아니하다. 따라서 제3자간 결정 또는 판결에 근거한 후발적 경정청구도 허용된다고 보아야 한다.

조세심판원 또한 제3자간 결정 또는 판결도 후발적 경정청구사유가 된다고 보고 있다. 즉, 조세심판원은 “제3자간 판결이라 하더라도 ① 청구인의 거래 또는 행위 등이 당사자 사이에 투명하게 다투어져서 판결이유에서 실체적 진실을 담은 사실관계가 드러나고, ② 사실관계에 대한 판단이 납세자의 과세표준과 세액의 계산근거가 되는 거래 여부를 확정하는 데 직접적인 영향을 주는 사유이며, ③ 관련된 판결의 논리필연적인 결과로 납세자에 대한 과세근거가 없는 것으로 확정될 뿐만 아니라, ④ 사실관계의 확정에 따라 파생되는 조세부과권을 발동할 필요가 없는 경우라면 실질적 조세법률주의 및 재산권 보장의 관점, 후발적 경정청구 제도의 취지 등에 비추어 예외적으로 후발적 경정청구를 인정할 수 있다”고 일관되게 설시하여 왔다.

조세심판원은 위 법리에 기초하여 결정 또는 판결의 당사자와 법률관계가 일체(一體)인 자에 대하여, 예컨대 ① ‘건설용역을 공급받은 자’에 대한 판결이 거래상대방인 ‘건설용역을 공급한 자’에 대하여(조심 2016광2300, 2017.6.27.), ② ‘공동상속인들’의 유류분 소송 판결이 ‘피상속인’에 대하여(조심 2020전1154, 2021.3.15.), ③ ‘주식발행법인’의 법인세 심판결정이 ‘해당 주식 양수인’에 대하여(조심 2019서3039, 2020.9.3.), ④ ‘배당소득 원천징수의무자’의 화해권고결정이 ‘배당소득 원천납세의무자’에 대하여(조심 2022서1568, 2023.1.18.) 각 후발적 경정청구사유가 된다고 보았다.

(나) 청구법인은 쟁점심판결정의 당사자들과 하나의 계약으로 거래한 공동 당사자로서 ‘법률관계가 일체(一體)’인 경우에 해당하므로 쟁점심판결정을 이유로 한 후발적 경정청구권이 인정된다.

청구법인, 쟁점매도인들 및 쟁점매수인들의 쟁점주식거래는 ‘1개의 계약서’, 즉 ‘하나의 계약’으로 이루어졌다. 그리고 청구법인은 각각의 계약에서 쟁점매도인들과 모든 계약 조항이 완전히 동일하게 적용되기 때문에, 청구법인과 쟁점매도인들은 모든 계약상 권리ㆍ의무를 동일하게 향유하거나 부담하여 법률관계가 일체이다.

그렇다면 쟁점심판결정은 청구법인의 후발적 경정청구사유가 될 수 있으므로, 청구법인은 적법한 후발적 경정청구권자에 해당한다.

(2) 쟁점심판결정에 의하여 청구법인의 과세표준 및 세액의 근거가 되는 거래가 다른 것으로 확정되었으므로, 청구법인에게는 후발적 경정청구사유가 인정된다.

(가) 판결 또는 결정에서 과세표준 및 세액의 근거가 되는 거래의 ‘사법상의 법적 성격’이 다르게 확정된 경우 후발적 경정청구사유에 해당한다.

「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호는 “최초의 신고.결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 경정청구사유로 규정하고 있다. 여기서 ‘과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위’의 의미는 조세법률관계의 전제가 되는 ‘사법상의 법률관계’ 또는 실질과세원칙 등에 따라 ‘세법상 재구성된 법률관계’를 의미한다.

‘사법상 법률관계’란 ① 그 법률관계의 기초가 되는 ‘사실행위’, ② 그 사실행위에 관한 ‘사법상의 법적 성격’ 및 ③ ‘사법상의 효력’을 모두 포함하는 개념이다. 만약 위 세 가지 중 어느 하나라도 다르게 판단되면, 이를 전제로 하는 세법의 적용 또한 다른 양상을 보이게 되므로 후발적 경정청구가 허용되어야 한다.

예를 들어, 어떠한 거래가 판결 또는 결정으로 ‘가장행위’임이 밝혀지거나(① ‘사실행위’가 다르게 판단됨), 취소 또는 해제되었음이 밝혀진 경우(③ ‘사법상 효력’이 다르게 판단됨), 후발적 경정청구사유가 된다는 점에는 이견이 없을 것이다. 마찬가지로 예컨대 돈을 송금한 행위 및 그 효력에는 다툼이 없더라도, 그 법적 성격이 ‘용역대금’인지 ‘손해배상금’인지에 따라 세법 적용이 완전히 달라지는 이상, 판결 또는 결정으로 송금행위의 법적 성격이 최초의 신고와 다르게 확정된다면(② ‘사법상의 법적 성격’이 다르게 판단됨), 이 역시 후발적 경정청구사유가 된다. 조세심판원도 마찬가지 입장에서 원천징수의무자인 해외펀드 운용사가 소송에서 일부 금액을 ‘배당’이 아닌 ‘환차손익’으로 인정받은 것이 원천납세의무자에 대하여 후발적 경정청구사유가 된다고 보았다(조심 2022서1568, 2023.1.18.).

(나) 쟁점심판결정은 쟁점상여금의 법적 성격을 최초 신고와 다르게 ‘상여금’이 아닌 ‘주식매각을 위한 비용’으로 확정하였다.

쟁점심판결정의 쟁점은 ① 쟁점상여금의 법적 성격과 ② 쟁점상여금의 「법인세법」상 손금여부였고, 위 두 쟁점은 쟁점상여금의 법적 성격이 확정되면 그에 따라 손금 여부가 자연스럽게 결정되는 관계에 있었다. 실제로 쟁점심판결정에서는 쟁점상여금의 법적 성격이 쟁점매도인들이 부담하여야 할 ‘주식매각을 위한 비용’인지(쟁점매도인들 주장), 아니면 쟁점매도인들이 부담할 의무가 없는 ‘매각대상법인 임직원들에 대한 상여금’인지(처분청 주장)가 가장 주된 쟁점이었고, 쟁점매도인들 주장에 따라 쟁점상여금의 법적 성격이 확정되었다. 조세심판원은 이를 토대로 쟁점상여금이 「법인세법」상 손금 요건을 충족한다는 결론도 자연스럽게 도출하였다.

청구법인은 단순히 가산세 부담을 줄이기 위한 보수적인 세무처리 차원에서 쟁점상여금을 손금불산입한 것이 아니라, 실제로 쟁점상여금의 법적 성격이 청구법인에게 부담의무 없는 ‘매각대상법인 임직원들에 대한 상여금’이라고 보아 손금불산입을 한 것이었다. 이는 쟁점매도인들 및 청구법인의 대표자로서 B㈜가 2015.6.17. 매각대상법인에게 보낸 공문을 통하여 객관적으로 증명되는 사실이다. 따라서 쟁점심판결정은 쟁점상여금의 법적 성격을 청구법인의 최초 신고와 다르게 확정한 경우에 해당한다.

(다) 쟁점심판결정은 단지 법령에 대한 해석만 달리한 사안에 해당하지 않는다.

법령에 대한 해석만 달리한 경우에 해당하려면 세법 적용의 전제가 되는 법률관계에 관한 다툼 없이 법리적으로 손금인지 여부만 쟁점이 되었어야 한다. 대법원은 최근 사회질서 위반 지출로서 통상성과 수익관련성이 부인되어 손금불산입되는지 여부는 그 지출의 원인행위가 아니라 지출행위 자체를 기준으로 판단하여야 한다고 보아, 손해배상금을 지급한 원인이 사회질서 위반 행위이더라도 손금이 될 수 있다고 판단하였다(대법원 2024.9.12. 선고 2021두35308 판결). 이러한 판결이 법령에 대한 해석만 달리한 경우이다.

반면, 쟁점심판결정은 세법 적용의 전제가 되는 법률관계인 쟁점상여금의 법적 성격이 주된 쟁점이었고, 이를 최초 신고 당시와 다르게 확정하였으므로, 법령 해석만을 달리한 경우가 아니다.

(라) 쟁점심판결정은 청구법인의 후발적 경정청구사유가 된다.

이 건의 경우, ① 쟁점심판결정에서 쟁점상여금의 법적 성격이 가장 주된 쟁점으로 투명하게 다투어져서 그 이유에서 실체적 진실을 담은 사실관계가 드러났고, ② 쟁점상여금에 관한 각종 사실관계 및 법적 성격에 관한 판단은 청구법인의 법인세 과세표준과 세액의 계산 근거가 되는 거래 여부를 확정하는 데 직접적인 영향을 주는 사유이며, ③ 쟁점심판결정의 논리필연적인 결과로 청구법인이 지출한 쟁점상여금에 대한 손금불산입의 근거가 없는 것으로 확정되었고, ④ 위와 같은 사실관계 확정에 따라 파생되는 조세부과권을 발동할 필요가 없게 되었다. 즉, 이 건은 조세심판원 선결정례가 제시하는 제3자간 결정 또는 판결로 인한 후발적 경정청구 인정 기준을 정확하게 충족하므로, 쟁점심판결정은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호 또는 제5호에 따라 청구법인의 후발적 경정청구사유가 된다.

(3) 후발적 경정청구 제도의 취지에 비추어 보더라도 청구법인의 후발적 경정청구는 허용되어야 한다.

후발적 경정청구는 5년의 경정청구기간이 경과한 후 판결 또는 결정에 의하여 그 전제가 되는 사법상 법률관계 등이 뒤늦게 다른 것으로 확정되어 조세부과권을 발동할 필요가 없게 된 경우, 당초 잘못 신고한 세액을 바로잡을 기회를 제공하여 납세자의 권리구제 범위를 확대하기 위한 제도이다. 청구법인은 쟁점주식거래 당시 당사자들간에 합치된 의사에 따라 쟁점상여금을 손금불산입하여 최초 신고를 한 것이었고, 5년의 경정청구기간이 경과한 후 뒤늦게 쟁점심판결정에 의하여 쟁점상여금에 관한 법률관계가 다르게 확정되었으므로, 후발적 경정청구를 통하여 권리구제를 받을 필요가 인정된다.

이 건에서 후발적 경정청구를 통하여 잘못된 최초 신고 내용을 바로잡는 것이 허용되지 않는다면, 일체의 법률관계를 형성하고 있는 다수 당사자 간에 납세의무가 달라지는 불합리한 결과가 발생한다. 이러한 결론에 의하면, 하나의 거래를 두고 일부 납세의무자가 경정청구를 하는 경우 나머지 납세의무자한테도 만약의 경우를 대비하여 일단 경정청구를 하도록 사실상 강요하게 되어, 조세행정 부담을 가중시키고, 납세자들로 하여금 불필요한 비용을 지출하도록 만드는 문제도 발생하게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점심판결정의 당사자가 아닌 자는 후발적 경정청구를 할 수 없다.

(가) 특정 사건에 있어서 관계 법령의 해석이나 법률적 쟁점에 대한 법원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것으로, 그 이외의 사건에 있어서 과세관청을 기속하는 효력이 없다. 재판의 효력이 제3자에게까지 직접 미치는 것은 예외적이므로, 이른바 제3자 소송담당의 경우, 법률이 판결의 대세적 효력을 인정하고 있는 경우 등과 같이 법률의 규정이 있는 때에 한정된다고 할 것이다.

대법원은 후발적 경정청구 사유와 관련하여 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자’라 함은 당해 판결서상 소송당사자에 국한되는 것으로 해석함이 타당하다고 판시하였다(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결).

조세심판원에서도 동일 주식 양도와 관련된 대법원 판결을 후발적 경정청구 사유로 보아 심판을 청구한 사건에 대해, 당해 판결의 효력은 소송당사자에 국한되므로 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 보아 기각 결정을 한 바 있다(조심 2014서774, 2014.5.30. 외 다수).

(나) 쟁점심판결정에 대하여 청구법인이 당사자가 아닌 제3자임은 상호간에 다툼의 여지없이 인정되는 사실이다. 앞서 살펴본 바와 같이 판결의 효력이 제3자에게 미치는 것은 법률에 특별한 규정이 있는 경우에만 예외적으로 인정되는 것이며, 해당 판결의 효력을 받는 소송당사자만이 후발적 경정청구를 할 수 있으므로, 쟁점심판결정의 효력이 미치지 않는 제3자인 청구법인은 쟁점심판결정에 기하여 후발적 경정청구를 할 수 없다.

청구법인은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 ‘판결’의 범위를 후발적 경정청구를 하려는 자가 제기한 소송에 대한 판결로 제한하고 있지 않으므로 소송의 당사자가 아닌 경우에도 후발적 경정청구를 할 수 있다는 취지로 주장하나, 이는 해당 법 조항을 유추.확장하여 해석한 것으로서 조세법률주의에 반하여 허용되지 않는다.

(다) 청구법인에게는 당초부터 과세관청의 법률적 판단에 대하여 다툴 수 있는 권리가 있고 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기할 여지가 있었다.

청구법인은 쟁점심판결정의 당사자와 하나의 계약으로 거래한 공동당사자로서 쟁점심판결정에 근거하여 후발적 경정청구 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, 국세청은 토지 공동 소유자가 제기한 양도소득세 취소소송의 승소 판결을 근거로 후발적 경정청구를 제기한 건에 대하여 “청구인들이 제기하지 않은 소송인 쟁점토지 공동소유자의 승소판결은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다”고 판단하였고(심사양도 2015-68, 2015.7.27.),

법원은 토지를 공유하던 제3자들이 제기한 행정소송 결과에 따른 후발적 경정청구에 대해 “원고와 함께 이 사건 토지를 공유하던 제3자들이 행정소송을 제기하여 얻은 유리한 결과를 자신에게도 원용하겠다는 것에 불과하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다”고 판단(서울행정법원 2012.11.2. 선고 2012구단11327 판결)하는 등 법원의 판결 등의 당사자가 아닌 자의 판결을 후발적 경정청구 사유에 포섭하여 허용한다고 하면 정상적인 절차를 통해 경정청구를 이행한 다른 법인들과 형평성 문제가 발생함과 더불어 통상적인 경정청구나 불복 등 제도 및 절차를 무력화시키는 결과를 초래할 수 있다.

(라) 청구법인이 제시한 선결정례들은 이 건과 사실관계와 쟁점이 다르므로 원용할 수 없다.

청구법인은 조심 2016광2300, 조심 2019서3039, 조심 2022서1568 등의 선결정례를 들어 조세심판원이 소송당사자가 아닌 자의 후발적 경정청구를 인정하였다고 주장하나, 위 선결정례들은 판결이유에서 드러난 사실관계 및 판단이 납세자의 과세표준과 세액의 계산 근거가 되는 거래 여부를 확정하는데 직접적인 영향을 주는 사유였고, 조세심판원이 예외적으로 후발적 경정청구를 인정한 사례이다.

반면, 이 건의 경우 쟁점심판결정은 과세표준과 세액의 계산근거가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부에 대한 판단이 달라지는 경우에 해당되지 않으며, 법령에 대한 해석을 달리한 것에 불과하다. 그렇다면 청구법인이 제시한 선결정례들은 이 건에 대하여 원용할 수 없다.

(2) 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호 및 제5호의 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않는다.

(가) 대법원은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 판결에 의해 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미하므로 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 부과처분을 취소한 관련 확정판결은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에 포함되지 않는다고 판시하였다(대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결).

또한, 대법원은 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 후발적 경정청구사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초 신고.결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다고 판시하였다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결).

(나) 쟁점심판결정은 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과를 다르게 본 것이 아니라, 쟁점상여금이 손금에 해당하는지 여부에 대한 해석을 달리한 것에 불과하다.

(다) 관계법령의 해석이 판결에 의하여 변경된 것은 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 것으로 볼 수 없어 「국세기본법 시행령」제25조의2 제1호 내지 제3호에서 정한 사유에 준한다고 해석할 수 없는 점, 동일한 법률적 쟁점에 관하여 과세관청과 달리 해석을 한 판결을 후발적 경정청구사유의 하나로 삼는다면 성실납세의무자의 권리구제에는 충실할 수 있지만, 조세법률관계가 장기간 불안정한 상태로 방치되고, 경정청구권 행사로 환급의무를 부담하게 함으로써 국가재정의 붕괴를 초래할 수 있다는 점 등을 고려하여 볼 때, 법령에 대한 해석이 달라졌다는 사유는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호 및 제5호의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보아야 한다(서울행정법원 2012.4.27. 선고 2011구합32027 판결 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점심판결정을 근거로 청구법인에게 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유를 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 개정된 것)

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

⑦ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34261호로 개정된 것)

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 쟁점매도인들은 쟁점주식거래 과정에서 매각대상법인의 임직원에게 쟁점상여금을 지급하였고, 해당 사업연도 법인세 신고 시 이를 손금불산입하였다.

(2) 쟁점매도인들은 쟁점상여금이 「법인세법」상 손금에 해당하므로 기납부한 법인세를 환급해달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청의 거부 처분 이후 심판청구를 통해 쟁점매도인들의 주장이 인용되었는바, 쟁점심판결정의 판단 부분 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(3) 청구법인은 쟁점심판결정의 당사자인 쟁점매도인들과 하나의 계약으로 거래한 공동당사자로서 법률관계가 일체인 경우이므로, 쟁점심판결정에 의해 그 법률관계가 다르게 확정된 이상 후발적 경정청구가 허용되어야 한다고 주장하며 쟁점주식 매매계약서를 제출하였다.

OOO

(4) 청구법인은 쟁점심판결정으로 인해 쟁점상여금의 법적 성격이 다르게 판단되었고, 그에 따라 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액 신고의 근거가 되는 법률관계가 다르게 확정되었으므로 후발적 경정청구사유를 인정하여야 한다고 주장하면서,

그 근거로 당초 법인세 신고 시에는 매각대상법인에게 쟁점상여금을 지급하는 것을 주식매매계약과는 “별개의 채무”를 이행하는 것이라고 보았음을 입증하기 위하여 B가 주식매도인들의 대표자로서 매각대상법인에 대하여 송부한 다음의 공문을 제출하였다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점심판결정에 의하여 청구법인의 과세표준 및 세액의 근거가 되는 거래가 다른 것으로 확정되었으므로, 청구법인에게 후발적 경정청구사유가 인정된다고 주장하나,

특정 사건에 있어서 관계 법령의 해석이나 법률적 쟁점에 대한 법원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것으로, 그 이외의 사건에 있어서 과세관청을 기속하는 효력이 없고, 대법원은 후발적 경정청구 사유와 관련하여 판결의 효력은 소송당사자에게 국한되는 것으로 판단하고 있는 점(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 제시한 우리 원 인용 선결정례는 법원의 판결이나 우리 원의 결정이 납세자의 과세표준에 필연적으로 영향을 미치는 사례인 반면, 청구법인은 쟁점주식거래의 공동당사자 중 1인으로서 쟁점매도인들과 병렬적 관계에 있어 그 사실관계 등을 달리하는 것으로 보이는 점,

후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는바, 청구법인 및 쟁점매도인들은 쟁점주식거래 과정에서 쟁점상여금을 지급하고, 이를 법인세 신고 시 손금불산입하였으며, 쟁점심판결정은 쟁점상여금이 「법인세법」상 인정되는 손금에 해당된다고 판단한 것일 뿐, 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라졌다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.