이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.11.29. 경기도 화성시 OOO㎥, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.5.16. 쟁점토지가 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제58조 제1항의 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 해당한다고 주장하며 취득세 등의 감면을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 쟁점토지를 취득하여 취득세 감면대상에 해당되지 않는다며 2024.7.9. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 벤처기업집적시설 지정 이전에 취득하는 부동산도 지특법 제58조 제1항의 감면 대상에서 배제되지 않는다.

(가) 지특법 제58조 제1항은 지특법 신설 전 「지방세법」 제276조 제3항에서 이관된 것으로, 「지방세법」에서는 “「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산”에 대하여 취득세를 감면하는 것으로 규정하였으나, 지특법이 2011.1.1. 시행되면서 “「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산”에 대하여 취득세를 감면하는 것으로 규정되었다.

해당 규정은 취득한 부동산이 지정된 벤처기업집적시설을 개발하여 분양 또는 임대할 목적을 요건으로 하고 있을 뿐, 그 지정 시점을 취득 이전으로 한정하고 있는지 여부는 불분명하고, 법령의 취지 및 목적을 살펴보면, 취득세를 감면하는 등의 혜택을 줌으로써 벤처기업집적시설의 사업시행자가 거액의 취득세 등을 면제받는 대신에 임대료를 저렴하게 해서라도 벤처기업을 벤처기업집적시설에 입주시키게끔 하여 재정이 취약한 신생벤처기업도 창업 및 기업활동이 가능하도록 유도함으로써 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데 기여함에 그 목적이 있다고 할 것이다(대법원 2006.5.11. 선고 2006두2138 판결).

(나) 대법원에서는 “조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다”라고 판시하였다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결).

또한 대법원은 ① 벤처기업집적시설을 개발·조성하기 위하여 토지를 취득하였고, ② 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 감면받았다고 하더라도, 그 취득일로부터 3년 이내에 사후관리사유가 발생하는 경우 감면된 취득세를 추징할 수 있어 벤처기업집적시설 지정 전에 취득한 부동산을 취득세 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성도 크지 않은 점 등을 종합하여 보면 벤처기업집적시설을 개발·조성하기 위하여 취득한 부동산인 이상, 지정 전에 취득한 것도 감면대상에 해당된다고 판시하였는바(대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결),

이는 지특법이 제정되기 전 판결이어서 벤처기업집적시설 지정전에 취득한 부동산에 대하여도 감면이 적용되는지 논란의 여지가 있었으나, 지특법 제정 이후 사건에 대한 조세심판원 결정(조심 2014지1429, 2015.3.23.)에서도 위의 대법원 판례의 해석을 원용하여 벤처기업집적시설 지정 전에 취득한 부동산에 대하여도 감면이 적용된다고 결정하였다.

(다) 따라서, 청구법인의 쟁점토지의 경우에도 벤처기업집적시설 지정 전 취득한 사유로 지특법 제58조 제1항의 감면 대상에서 배제할 수 없고, 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석으로 판단하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 벤처기업집적시설 목적으로 취득하였고, 취득세를 감면받는 경우에도 감면 후 실제 사용현황에 따라 언제든지 감면받은 세액을 추징할 수 있으므로 감면을 배제할 이유가 없다.

(가) 청구법인의 쟁점토지의 경우 OOO 택지개발사업 지구단위 계획에 속한 토지로 사용 용도는「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업 및 벤처기업집적시설, 「소프트웨어산업진흥법」에 의한 소프트웨어진흥시설, 교육연구시설(학교교과교습학원 제외), 업무시설(오피스텔 제외), 문화 및 집회시설만 가능하다.

(나) 청구법인은 쟁점토지를 구매하기 전 2023.9.19. 처분청 기업지원과로 방문하여 오직 벤처기업직접시설 용도로 건축이 가능한지에 대해서만 문의하였고, 2023.9.25. 처분청 기업지원과는 쟁점토지가 벤처기업집적시설로 건축 가능하다고 답변하였다. 따라서 청구법인은 쟁점토지를 벤처기업집적시설 목적으로 취득하였다고 볼 수 있다.

(다) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 벤처기업직접시설 지정을 받았고, 감면대상 이외의 목적으로 사용되는 경우에는 처분청은 지특법 제58조 제1항의 단서에서 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하거나, 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 지정이 취소 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 세액을 추징하도록 보완 규정을 두고 있는바, 이에 따라 추징하면 되기 때문에 벤처기업집적시설로 지정되기 이전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성도 그리 크지 않아 보인다(조심 2014지1429, 2015.3.23.).

(라) 또한 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 등 관련 규정상 벤처기업집적시설을 취득하기 전에 벤처기업집적시설로 지정받는 것은 사실상 어렵고, 지특법 제58조 제1항은 벤쳐기업집적시설을 활성화하여 지역경제를 발전시키고자 신설한 조항으로 취득세 감면을 부당하게 제한하는 것은 입법취지에 반한다고 할 것이다.

(3) 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 ㈜A와 2023.10.10. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, 같은 해 11월 29일 잔금까지 지급함으로써 같은 날 ㈜A는 LH로부터 소유권을 이전받았다. 해당 거래는 형식상 ㈜A와의 부동산 매매계약이지만, 실질적으로는 LH가 2021년 최초 분양한 쟁점토지의 분양권을 청구법인이 제3자인 ㈜A로부터 승계받은 전매 계약에 해당하고, 이러한 거래 구조상, 쟁점토지의 실질적인 처분 및 사용 권한은 매매계약 체결 시점까지도 LH가 보유하고 있었던 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인은 쟁점토지 취득 이전 벤처기업집적시설 지정을 받고자 하였으나, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제1항 및 “벤처기업집적시설의 지정 및 관리지침” 제3조 제1항 제1호 가목에 따라 신축 예정인 건축물의 경우에도 건축계획서, 배치도, 평면도 등을 포함한 서류 제출이 필수적이며, 이들 서류의 작성을 위해서는 토지의 지반조사가 선행되어야 하나, 지반조사를 실시하기 위해서는 토지에 대한 사용승낙이 필요하며, 청구법인은 LH OOO사업단 보상판매부로부터 토지 매매대금 완납 이후 사용 승낙이 가능하다는 답변을 수신받았다.

(다) 처분청은 쟁점토지의 명의상 매도인이 ㈜A임을 이유로, LH의 토지사용승낙과 청구법인이 쟁점토지의 취득 전 벤처기업집적시설 지정을 받지 못한 것에 대한 인과관계가 없다고 보았으나, 이는 실질적인 권한 관계를 간과한 것으로, ㈜A는 쟁점토지 취득일이자 매도일인 2023.11.29. 이전까지 쟁점토지에 대한 소유권을 보유하고 있지 않았고, 실질적인 사용 및 처분에 관한 권한은 LH가 유지하고 있었다. 따라서 청구법인이 실질적으로 쟁점토지에 대한 사전사용승낙을 요청할 수 있었던 상대방은 LH뿐이었고, 해당 기관의 방침상 매매대금의 완납 전 사용승낙이 불가능했기 때문에, 지반조사나 건축계획 수립 등 사전 절차를 진행하는 것이 구조적으로 불가능한 상황이었다.

(라) 또한, 처분청이 유사 사례로 제시한 OOO의 경우, 정확한 사실관계를 파악할 수는 없으나, 소유권이전등기 내역 및 건축허가 등의 행정절차의 흐름을 종합적으로 고려할 때 해당 토지 사용 및 처분 권한에 실질적인 제약이 없었던 것으로 추정되는바, 이는 쟁점토지와는 근본적으로 다른 구조이고, 두 사안을 동일한 기준으로 비교하여 감면 요건 충족 여부를 판단하는 것은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1) 지특법 제58조 제1항은 “「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산”에 대해서는 취득세 등을 경감하고 있다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)이다.

(3) 청구법인은 쟁점토지는 벤처기업집적시설 용도로 취득한 것이므로 이에 대한 감면을 배제하는 것은 해당 감면규정의 입법취지에 반하는 것이므로 부당하다고 주장하나,

「지방세법」에서 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자’를 감면받는 자로 규정하던 것을 지특법으로 감면 규정이 이관되면서 ‘「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산’으로 개정되었는바, 청구법인의 경우 벤처기업집적시설로 지정받은 날은 2024.4.1.로 쟁점토지 취득일 이후이고, 청구법인이 인용한 대법원 판례(대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결)는 구 「지방세법」이 적용되는 사례로 이 건에 원용하기에 적절하지 않으며, 조세심판원의 결정(조심 2014지1429, 2015.3.23.)은 처분청과의 사전 협의를 통하여 벤처기업집적시설용으로 용도를 한정하여 청구법인에게 매각한 사항과 처분청과 청구법인이 사전에 체결한 협약에 청구법인이 해당 토지를 지정용도(벤처기업집적시설)로 사용하지 않아 시정명령을 받고도 이를 이행하지 않은 경우 처분청은 협약을 해지할 수 있다고 규정하고 있으므로 쟁점토지를 벤처기업집적시설용 부동산으로 사용할 수밖에 없으므로 벤처기업집적시설 지정 전에 취득한 부동산에 대하여도 감면이 적용된다고 결정한 것으로, 청구법인의 주장에서도 확인할 수 있듯이, 쟁점토지는 OOO지구 택지개발사업 지구단위 계획에 속한 토지로서 사용용도가 벤처기업집적시설, 소프트웨어진흥시설, 교육연구시설, 업무시설, 문화 및 집회시설로서, 청구법인이 벤처기업집적시설로만 쟁점토지를 사용할 것이라고 볼 수도 없어 해당 사례도 그대로 원용하기에 적절하지 않다고 할 것이다.

(4) 관련 규정상 벤처기업집적시설을 취득하기 전에 벤처기업집적시설로 지정받는 것은 사실상 어렵다는 청구주장도 다음과 같은 점에서 이유없다.

“벤처기업집적시설의 지정 및 관리지침” 제3조에 따르면, 건축계획서, 토지 등기부등본, 토지매매계약서 등을 제출하면 벤처집적시설의 지정 신청이 가능하고, 다른 법인의 경우에도 토지 취득 전에 벤처기업집적시설로 지정을 받고 취득세 감면 신청을 한 사례가 있는 등, 한국토지주택공사로부터 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받을 수 없어 벤처기업집적시설로 지정받을 수 없다는 청구주장은 다른 법인과의 과세형평성 및 조세평등주의에 위반되어 인정할 수 없는 점, 아울러, 청구법인은 한국토지주택공사로부터 사용승낙을 받지 못해 지반 조사등을 사전에 실시할 수 없었다고 주장하나, 쟁점토지의 매도자는 ㈜A로 한국토지주택공사가 아니며, ㈜A와 쟁점토지에 대한 매매계약 체결 및 잔금 지급이 같은 날(2023.11.29.) 이루어 진 것을 볼 때, 쟁점토지의 사용승낙을 받을 수 없는 이유는 시간적인 여유가 없었기 때문으로 보이는바, 처분청이 이 건 경정청구를 거부처분한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

벤처기업집적시설 지정 전 취득한 쟁점토지가 지특법 상 취득세 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2014.2.14. 설립되어 의료기기 도소매업 및 판매업, 의료용 소모품 도소매업 및 판매업 등을 영위하는 법인이다.

(나) 쟁점토지의 매매계약서에 따르면, 청구법인은 2023.11.29. 청구외 ㈜A와 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 잔금지급일은 2023.11.29.로 계약일과 동일한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 처분청(기업지원과)에 벤처기업 입주와 관련한 문의를 한 후 받은 답변은 아래와 같다.

○○○

(라) 청구법인은 2024.4.1. 화성시장으로부터 쟁점토지에 벤처기업집적시설 지정을 받은 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 관련 규정의 취지 등을 고려할 때 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후에 벤처기업집적시설로 지정되었다고 하더라도 취득세 등 감면을 적용해야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 다수, 같은 뜻임)이고, 지특법에서 정하고 있는 취득세의 감면 여부는 취득세 납부의무의 성립시기를 기준으로, 각각의 조항에서 규정한 감면요건의 충족 여부에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2016.11.10. 선고 2016두46212 판결, 같은 뜻임)인바, 지특법 제58조 제1항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 ‘지정된’ 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 해당 규정은 문언적으로 해당 부동산을 취득할 당시 이미 벤처기업집적시설로 지정이 되어 있을 것을 의미한다고 할 것이며, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제1항에서도 벤처기업집적시설을 설치하려는 자 등은 시ㆍ도지사 등으로부터 그 지정을 받을 수 있다고 규정하여 벤처기업집적시설을 설치하기 전에 미리 그 지정을 받은 후 벤처기업집적시설을 설치할 수 있도록 지원하고 있는 것으로 나타나는데, 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후에 벤처기업집적시설로 지정받은 사실이 확인되는 점, 또한 쟁점토지는 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업 및 벤처기업집적시설 외에도 「소프트웨어산업진흥법」에 의한 소프트웨어진흥시설, 교육연구시설, 업무시설, 문화 및 집회시설 등으로 사용이 가능하므로 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 벤처기업집적시설만을 위하여 취득하였다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜관련 법령＞

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때

(2) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 사실상의 잔금지급일

⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다.

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2023.5.16. 법률 제19416호로 일부개정된 것)

제14조(조세에 대한 특례) ① 국가나 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」, 그 밖의 관계 법률로 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록면허세 등을 감면할 수 있다.

제18조(벤처기업집적시설의 지정 등) ① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사(「지방자치법」 제198조에 따른 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상 대도시의 경우에는 그 시장을 말한다. 이하 이 조, 제18조의4 및 제26조에서 같다)로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 「건축법」 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것