이유
1. 처분개요

가. A 주식회사(이하 “이 사건 법인”이라 한다)는 2000.6.1. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 인쇄출판 광고대행 산업디자인업, 통신판매업 등을 목적사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2019.3.13. 서울특별시 중구 OOO(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고, 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 서로 특수관계인(친족)에 해당하는 청구인 aㆍb(이하 “청구인들”이라 한다)가 2021.3.16. 이 사건 법인의 발행주식 27,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득(이하 2021.3.16.을 “쟁점 취득일”이라 한다)하여 이 사건 법인의 100% 주주가 되었음에도 「지방세법」 제7조 제5항에 따른 과점주주 간주 취득세를 신고ㆍ납부하지 아니한 것으로 보아, 2021.3.16. 현재 이 사건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건(이 사건 부동산)의 장부가액에 청구인들의 주식 소유비율(100%)을 적용한 OOO원을 과세표준으로 하고, 표준세율(1천분의 20)을 적용하여, 2024.9.23. 청구인들에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2024.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인 a은 2000.6.1. 이 사건 법인의 이사로, 2000.12.19. 대표이사로 각 취임하여 현재까지 대표이사직을 수행하고 있고, 청구인 b는 2006.9.9. 이 사건 법인의 이사로 취임한 후 중임하여 현재까지 이사로서 업무를 수행하고 있다.

이 사건 법인은 2000.6.1. 자본금 OOO원[발행주식 20,000주(액면가 OOO원)]으로 설립하였다가 2001.10.16. 자본금 OOO원을 증자[신주발행 20,000주(액면가 OOO원)]하였고, 이 사건 법인 증자 전ㆍ후의 주주명부에 나타나듯이 증자 전 주주는 청구인 a 외 c, d, 주식회사 B, e, f, g, h 등 총 8명의 주주가 해당 주식을 보유하고 있었으며, 2001년 증자 당시 청구인 a, c, d 외에 나머지 주주 5명(주식회사 B, e, f, g, h)이 신주인수권을 포기하고 청구인 a, c, d만이 신규 출자를 통해 신주 20,000주(청구인 a 10,000주, c 8,000주, d 2,000주 취득, 출자금 OOO원)를 취득하였는바, 2001.12.31. 현재 주주명부상 8명의 주주(청구인 a 외 c, d, 주식회사 B, e, f, g, h)가 등재되어 있고, 이후 2001년부터 2005년 사이에 수차례 주식변동이 있어 2018.12.31. 결산 시에는 청구인 a(24,000주)과 청구인 b(16,000주)만이 실제 주주로 남게 되었다.

＜표1＞ 이 사건 법인 주주명부 변동내역(청구인들 제출)

○○○

(2) 청구인들은 2018.12.31. 이전에 이미 이 사건 법인의 100% 주주로 주주명부에 등재되어 있었고, 이후 2019.3.13. 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 취득하였다 하여 과점주주 간주 취득세를 신고ㆍ납부할 이유가 없다.

앞서 본 바와 같이 청구인들은 2018.12.31. 이전에 이미 이 사건 법인의 100% 주주로 주주명부에 등재되어 있었으나, 종전 세무대리인이 법인세 신고시에 이 사건 법인에서 제출한 주식매매계약서 등 서류의 신고를 누락하였고, 2020.8.5. 이후 이 사건 법인의 기장 및 세무신고대행업무를 대행하게 된 세무회계사무소에서 이 사건 법인에 대한 2020년 귀속 법인세를 신고하면서 이 사건 법인의 주주 변동상황이 주식등변동(양도)상황명세서에 반영되어 있지 않은 사실을 알게 되었고, 이에 국세청 주주명부와 실제 주주명부를 일치하게 하는 과정에서 부득이 청구인들이 2021.3.16. 쟁점주식을 취득한 것으로 주주변동 신고를 한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2018.12.31. 기준 이미 청구인들이 이 사건 법인의 과점주주였다고 주장하나, 제출된 주식등변동상황명세서 및 주식·출자지분양도명세서상 청구인들이 2021.3.16. 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 사건 법인의 총 발행주식 100%를 보유한 과점주주 지위에 놓인 것으로 확인되는 점, 청구인들이 2018.12.31. 이전에 이미 쟁점주식을 취득하였다고 주장하나, 주식매매계약서나 주식취득 대금 납입 금융거래내역상 그 일부만이 확인되고 있는 점, 2018.12.31. 이전이 이미 이 사건 법인의 100% 주주가 되고도 2021년 3월에 법인세 신고를 하기 전까지 약 2년여간 주식등변동상황명세서가 제출되지 아니하였다는 청구주장을 그대로 신뢰하기 어려운 점 등을 종합하면, 처분청이 주식등변동상황명세서 등을 근거로 청구인들이 쟁점 취득일에 이 사건 법인의 부동산 취득에 대한 과점주주 간주 취득세 납세의무가 성립하였다고 본 것은 잘못이 없다.

(2) 한편 청구인들은 대금 증빙이 일부 확인되는 부분이라도 취득세를 경정해야 한다고 주장하나, 주식등변동상황명세서에 의해 확인되는 2006년까지의 자료 외에 그 이후의 것들을 확인하기 어려워 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들이 2021.3.16. 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 보아 과점주주 간주취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 이 사건 법인(대표이사 a)은 2000.6.1. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 인쇄출판 광고대행 산업디자인업, 통신판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로, 청구인들이 제출한 주주명부에 나타나는 설립 당시 주주현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 사건 법인 설립 당시 주주현황

(단위 : 주, 원)

○○○

(나) 이 사건 법인은 2019.3.13. 이 사건 부동산(OOO)을 매매로 취득하고, 과세표준을 OOO원으로 하고 표준세율(4%)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(다) 주식등변동상황명세서에 따르면 청구인들이 2021.3.16. 이 사건 법인 발행주식 27,000주를 취득하여 이 사건 법인의 최초 과점주주 지위에 놓이게 된 것으로 나타난다.

＜표3＞ 이 사건 법인의 2021년 귀속 주식등변동상황명세서 주요내용

(단위 : 주)

○○○

(라) 청구인들은 이 사건 법인 발행주식의 50%를 초과하여 취득함으로써 최초로 과점주주로 성립된 시기가 쟁점 취득일(2021.3.16.) 이전이라는 취지로 아래와 같은 증빙자료를 제출하였다.

1) 청구인들이 제출한 2019년도 이 사건 법인 주주명부에는 청구인들이 이 사건 법인의 100% 주주(청구인 a 24,000주, 청구인 b 16,000주)인 것으로 나타난다.

2) 이 사건 법인 발행주식 매매계약서(4부, 2003.1.15.자)에 따르면 2003.1.15. 청구인 a이 g, i, h으로부터 이 사건 법인 발행주식 1,700주(매매대금 OOO원)를, j가 e로부터 이 사건 법인 발행주식 1,500주(매매대금 OOO원)를 각 매수한 것으로 되어 있다.

3) 청구인 a은 종전 주주들로부터 2018.12.31. 이전에 이 사건 법인 발행주식을 인수하였다고 주장하며 계좌이체내역을 제출하였고, 계좌이체내역에 따르면 청구인 a이 2001.8.25.부터 2005.4.25.경까지 d, e, j, c, ㈜B에 총 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구인 a의 d 등에 대한 계좌이체 내역

(단위 : 원)

○○○

4) 청구인 b는 청구인 a이 주식 인수대금을 먼저 지급한 후 청구인 b로부터 그 대금을 수령하였다고 주장하며 계좌이체내역을 제출하였고, 계좌이체내역에 따르면 청구인 b가 2018.7.7.부터 2020.11.5.까지 청구인 a에게 총 OOO원(2018.7.7. OOO원, 2019.4.29. OOO원, 2019.5.25. OOO원, 2019.5.29. OOO원, 2020.11.5. OOO원)을 지급한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제7조 제5항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있고, 제10조 제4항은 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만, 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증(대법원 1996.12.6. 선고 95누14770 판결, 같은 뜻임)하여야 할 것이다.

(나) 청구인들은 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2018.12.31. 기준 이미 청구인들이 이 사건 법인의 과점주주였다고 주장하나, 주식등변동상황명세서 및 주식·출자지분양도명세서에 따르면 청구인들이 2021.3.16. 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 사건 법인의 총 발행주식 100%를 보유한 과점주주 지위에 놓인 것으로 확인되는바, 청구인들이 2021.3.16. 이 사건 법인의 최초 과점주주가 되어 이 사건 법인 소유의 이 사건 부동산에 대한 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립한 것으로 보이는 점,

청구인들이 2003년경 종전 주주들로부터 이 사건 법인 발행주식을 취득하였다고 주장하며 제출한 주식 매매계약서의 경우, 청구인 a이 2003.1.15. g, i, h으로부터 이 사건 법인 발행주식 1,700주(매매대금 OOO원)를 취득하는 것으로 약정되어 있을 뿐 해당 거래내역이 거래대금 계좌이체내역 등에 의해 뒷받침되지 아니하고 거래 주식수가 청구인들이 취득한 주식수(청구인 a 11,000주, 청구인 b 16,000주 합계 27,000주)에 현저히 미달하는 점,

청구인 a이 종전 주주들로부터 이 사건 법인 발행주식을 매수하였다며 제출한 계좌이체내역의 경우, 관련 주식매매계약서가 제출되지 아니하였고, 거래기간ㆍ거래금액 등에 비추어 해당 이체금액이 이 사건 법인 발행주식의 매매대금 지급을 위하여 지급된 것인지 확인되지 아니하는 점,

청구인 b가 2018.12.31. 이전에 이 사건 법인 발행주식 16,000주(40.0%)를 취득하였다고 주장하며 제출한 계좌이체내역의 경우, 청구인 b가 청구인 a에게 2018.7.7.부터 2020.11.5.까지 총 OOO원을 지급한 사실만으로 해당 금액이 이 사건 법인 발행주식을 종전 주주로부터 취득하기 위하여 지급된 사실을 인정하기 어렵고, 청구인 b가 이 사건 법인 발행주식을 취득하게 된 거래 상대방, 취득일, 취득가액, 매매대금 지급내역 등을 확인할 수 없어 청구인 b가 2018.12.31. 이전에 이 사건 법인 발행주식을 취득하였다는 사실을 인정하기 어려운 점 등에 비추어,

처분청에서 청구인들이 2021.3.16. 이 사건 법인 발행주식의 100%를 소유한 과점주주가 되었다고 보아 이 사건 부동산에 대한 과점주주 간주취득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되어 2019.7.1. 시행되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.

(2) 지방세법 시행령(2019.3.12. 대통령령 제29617호로 개정되기 전의 것)

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.

(3) 지방세기본법(2019.12.31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(4) 지방세기본법 시행령(2019.3.12. 대통령령 제29617호로 개정되기 전의 것)

제2조(특수관계인의 범위) ③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 총 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

2. 비영리법인인 경우

가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자인 경우