이유
1. 처분개요

가. 청구법인 (주)AAA·(주)BBB·(주)CCC(이하 ‘청구법인들’이라 한다)은 2013.5.20. 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같이 OOO계열사들의 기업부설연구시설인 ‘DDD’(이하 ‘이 건 건축물’이라 한다)를 건립하기 위해 OOO컨소시엄을 구성하고 EEE로부터 서울특별시 강서구 OOO 외 4필지 일반산업단지 내 토지(OOO㎡, 이하 ‘이 건 토지’라 한다)를 각각 지분별로 매수하고 매매대금은 연부로 지급하기로 하는 토지분양(매매) 계약을 체결하였다.

＜표1＞ 청구법인들 이 건 토지 취득 내역

○○○

＜표2＞ 청구법인들 매매대금 지급 내역

○○○

나. 청구법인들은 2013년부터 2014년까지 이 건 토지를 연부로 취득하면서 기업부설연구소로 직접 사용하기 위한 부분(52.12%)에 대해서는 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것, 이하 ‘종전 지특법’이라 한다) 제46조(이하 ‘기업부설연구소 감면’이라 한다)에 따른 감면율(100%)을 적용하고 나머지 부분(47.88%)은 감면을 적용하지 아니한 취득세 등을 아래 ＜표3＞과 같이 신고ㆍ납부하였다.

＜표3＞ 계약금 및 중도금에 대한 취득세 신고ㆍ납부 금액

○○○

다. 이후 청구법인들은 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 12955호로 개정된 것, 이하 ‘개정 지특법’이라 한다)의 기업부설연구소 감면이 100%에서 25% 감면으로 축소됨에 따라 2015.5.20. 최종 잔금 지급 시 기업부설연구소용 부분(53.54%)에 대해 감면율 25%를 적용하고, 나머지 부분(46.46%)에 대해 감면을 적용하지 아니한 세액과 기업부설연구소용 부분이 기존 52.12%에서 53.54%로 증가하면서 계약금 및 1～3차 중도금에 대해 추가로 받아야 할 감면분을 합하여 산출한 취득세 등을 아래 ＜표4＞와 같이 신고ㆍ납부하였다.

＜표4＞ 최종 잔금에 대한 취득세 신고ㆍ납부 내역

○○○

라. 청구법인들은 2018.9.17. 기업부설연구소 감면 요건을 충족하지 못함에 따라 감면 규정을 변경하여 계약금 및 1～3차 중도금에 대해서는 종전 지특법 제78조 제4항(이하 ‘산업용 건축물 감면’이라 한다)에 따른 산업용 건축물 등의 부속 토지로 감면(100%)을 적용한 다음 이에 대한 감면분 농어촌특별세를 ＜표5＞와 같이 수정신고 납부하고,

같은 날 최종잔금분에 대해서도 산업용 건축물 감면으로 변경ㆍ적용하되, 개정 지특법 제78조 제4항의 감면이 면제에서 50% 감면으로 축소ㆍ변경되었으나 같은 법 부칙 제25조에 따라 종전 법률(면제)을 적용하여 환급해야 한다는 취지의 경정청구를 하여, 2018.10.5. 취득세 등을 아래 ＜표5＞와 같이 환급받았다.

＜표5＞ 2018.9.17.자 농어촌특별세 수정신고 납부 및 2018.10.5. 취득세등 환급 내역

○○○

마. 청구법인들은 2021.11.8. 이 건 토지의 조성원가 정산금을 ＜표6＞과 같이 EEE에 납부하고, 2022.1.5. 처분청에 토지 조성원가 정산금에 대해 산업용 건축물 감면 및 「서울특별시 시세 감면 조례」 제13조(75% 감면)를 적용하여 산출한 취득세 등을 아래 ＜표6＞과 같이 신고ㆍ납부하였다.

＜표6＞ 이 건 토지 조성원가 정산금 및 취득세등 신고ㆍ납부 내역

○○○

바. 처분청은 청구법인들이 산업용 건축물 감면을 적용받은 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 유예기간(연부금 잔금 지급일부터 3년, 2015.5.20.～2018.5.20., 이하 ‘유예기간’이라 한다) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 개정 지특법 제78조 제5항 제1호(이하 ‘산업용 건축물 감면에 대한 추징’이라 한다) 대상으로 보아, (주)CCC에 대하여 2023.3.15., (주)AAA 및 (주)BBB에 대하여 2023.3.31. 최종잔금분에 대해 취득세 등을 아래 ＜표7＞과 같이 부과ㆍ고지 하였고,

＜표7＞ 산업용 건축물 감면에 대한 추징 내역

○○○

2023.6.19. 계약금ㆍ중도금 및 정산금에 대해 아래 ＜표8＞과 같이 취득세 등을 부과ㆍ고지(이하 ‘이 건 처분’이라 한다)하였다.

＜표8＞ 이 건 처분 내역 (단위: 원)

○○○

사. 청구인들은 이에 불복하여 2023.9.13. 이의신청을 거쳐 2024.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인들은 이 건 토지 취득 후 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있다.

(가) ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고(대법원 2003.12.12. 선고, 2003두9978 판결), 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는데(대법원 2016.4.28. 선고, 2016두32251 판결 등 참조),

(나) 조세심판원에서는 유예기간 내 건축공사를 착공하고 꾸준히 공사를 진행한 경우에는 유예기간 만료일까지 준공하지 못하였다 하더라도 감면된 취득세를 추징할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 판단한바(조심2016지1048 결정, 2017.3.24. 참조), 청구법인들은 2015.5.20. 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내 착공하였고, 2018.2.12. 유예기간 내 비산먼지 발생사업 및 특정공사를 실시하여 처분청(환경과)에 신고한 사실을 통해 공사를 계속 진행하였다는 사실을 알 수 있으며, 유예기간이 경과한 후에도 꾸준히 공사를 진행하였으므로 정당한 사유가 있다고 판단된다.

(2) 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위배하였다.

(가) 대법원은 감액 경정청구를 받은 과세관청은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다고 판시하였고(대법원 2008.12.24. 선고, 2006두13497 판결), 조세심판원은 청구법인들의 경정청구에 따라 처분청이 경정처분을 한 이상 신의성실의 책임은 청구인에게 있는 것이 아니라 처분청에 있다고 결정한바 있다(국심 2003중1265, 2003.7.28.).

(나) 청구법인들은 2018.9.17. 계약금, 1～3차 중도금 및 최종잔금에 대해 기업부설연구소 감면이 아닌 산업용 건축물 감면을 적용한다는 내용의 수정신고 및 경정청구를 하였고 2022.1.5. 토지 조성원가 정산금에 대해 산업용 건축물 감면을 적용하여 신고ㆍ납부 하였음에도 처분청은 이를 수리하여 산업용 건축물 감면을 적용한다는 결정을 하였으므로, 이는 과세관청의 공적인 견해표명이라 할 것이며 이에 대한 청구법인들의 신뢰는 보호되어야 한다.

(다) 특히, 처분청이 위와 같이 산업용 건축물 감면을 적용한다는 결정을 내린 시점은 유예기간이 지난 2018.9.17. 및 2022.1.5.이므로 청구법인들로서는 이를 전적으로 믿을 수밖에 없었고 이러한 과세관청의 견해표명에 반하는 불이익한 처분은 위법한 것이므로 취소되어야 한다.

(3) 청구법인들은 가산세를 면할 ‘정당한 사유’가 있다.

(가) 대법원은 당초 처분청이 납세자의 감면신청을 받아들이거나 비과세 결정을 한 뒤 감사원이 감면대상이 아니라고 지적하거나 시정을 요구한 경우, 이에 따라 처분청이 뒤늦게 감면세액을 추징하고자 하거나 당초 처분청의 견해와 다른 과세처분을 하더라도 납세자에게는 신고ㆍ납부의무 해태를 탓할 수 없어 가산세 면제의 정당한 사유가 인정된다고 판시(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결, 대법원 2009.2.26. 선고 2008두23207 판결 등)한 바 있다.

(나) 또한, 「지방세기본법」 운영예규 법57-2(정당한 사유) 제3호에 따르면 처분청이 경정청구를 받아들여 환급하였다가 다시 추징하거나 이후에도 동일하게 신고하는 경우 납세자에게 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있는 것으로 보아 가산세를 부과할 수 없다.

(다) 이 건에서는 처분청이 먼저 기감면된 취득세등이 추징될 가능성을 인지하여 청구법인들에게 수정신고를 안내하였고 그에 따라 청구법인들이 수정신고를 하면서 산업용 건축물 감면으로 감면 조항을 변경하는 경정청구를 함께 하였으므로, 처분청은 산업용 건축물 감면 적용 여부에 관한 판단을 보다 정확히 할 수 있었음에도 유예기간 3년이 이미 지난 시점인 2018.9.17. 경정청구를 받아들여 감면을 결정하고 환급해 주었으며, 이후의 감면 신고까지도 받아주었다.

이 같은 사실은 이 건 토지의 취득에 산업용 건축물 감면을 적용한다는 처분청의 공적인 견해표명이라 할 것이고 납세자에게 이 건 부과처분에 관한 신고ㆍ납부 의무의 이행을 기대하는 것은 무리라고 할 수 있을 정도의 사정임에도 이에 반하는 과세처분을 하면서 그 의무 불이행에 대한 가산세까지 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 감면 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유를 인정하기 어렵다.

(가) ‘정당한 사유’를 판단함에 있어서는 법인이 토지를 취득할 당시 당해 사업에 직접 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애 사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 토지를 취득한 것이고, 취득 후 유예기간 내에 당해 토지를 당해 사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상ㆍ사실상의 장애 사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상ㆍ사실상의 장애 사유는 당해 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다(대법원 1995.6.30. 선고 94누6901 판결, 1992.7.14. 선고 91누12219 판결 등 참조).

(나) 청구법인들은 ‘조심 2016지1048 결정, 2017.3.24.’ 사례를 인용하여 유예기간 내 건축공사를 착공하고 처분청(환경과)에 비산먼지 발생사업 및 특정공사 신고를 하였으며 유예기간이 경과한 후 해당 공사를 꾸준히 진행한 경우라면 감면된 취득세를 추징할 수 없다고 주장하나,

해당 조세심판원 결정례는 청구법인의 목적사업에 필수불가결한 주요 기계장치인 목재파쇄기를 공장동을 건축할 때 함께 설치하여야 하는 특수성 등으로 인하여 많은 시간이 소요된 것으로 보이는 점과 유예기간의 도래 후에도 잔여 공정을 계속 진행하여 6개월 후에 공장건축물을 준공한 점 등을 종합적으로 고려하여 유예기간 내 사용승인을 받지 못한 불가피한 사유가 있다고 인정하면서 청구인이 산업용 건축물을 신축하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 본 사건으로,

유예기간이 경과한 후부터 약 5년 6개월이 흐른 현재까지도 이 건 토지 지상에 공사가 진행 중인 이 건에는 원용할 수 없다고 하겠다.

(다) 이 건 공사의 진행과정을 살펴보면 청구법인들은 이 건 토지의 취득일부터 건설공사 계약 및 착공까지 약 5개월이 소요되었으나, 취득일부터 약 8년 6개월이 지난 시점에서도 건축물이 준공되지 아니하고 있는데,

청구법인들의 주장과 비산먼지 발생 신고서 등 제출한 자료로는 그 일련의 과정에서 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유나 기타 객관적인 사유로 인하여 이 건 토지를 산업용 건축물로 직접 사용을 하지 못하였다는 특별한 사정이 있었다고 보이지도 않으므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

(2) 이 건 처분은 신뢰보호 원칙에 위배되지 않는다.

(가) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하는데(대법원 2001.11.27. 선고, 99두10131 판결, 대법원 2003.5.30. 선고, 2001두4795 판결 등 참조),

이 건의 경우 청구법인들은 2018.9.17. 이 건 토지 취득에 대해 기업부설연구소 감면이 아닌 산업용 건축물 감면을 적용한다는 내용의 수정신고 및 경정청구를 하였고, 이는 기업부설연구소 감면을 산업용 건축물 감면으로 변경하는 것으로서 건설공사 계약서 상 건축공사 종료기간이 2022년인 점을 감안하면 청구법인들은 수정신고 및 경정청구를 할 당시부터 이미 이 건 토지를 유예기간 내 직접 사용하는 것이 불가능하다는 것을 알고 있었다고 할 수 있다.

(나) 또한, 이러한 수정신고 및 경정청구가 받아들여졌다는 사정만으로 처분청이 청구법인들에게 추후 산업용 건축물 감면 요건을 충족하지 못하여 추징 대상이 되더라도 이와 같은 감면 처리를 유지할 것이라는 공적 견해표명을 하였다거나 청구법인들에게 이에 관한 정당한 기대를 제공하였다고 볼 수 없고, 이를 과세관청의 견해표명으로 착각하여 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 있다고 판단되는바, 가산세를 포함한 처분청의 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위배하여 부당하다는 청구법인들의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(가) 대법원 등은 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 판시하고 있다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780판결 외 다수 참조).

(나) 이 건은 청구법인들이 이 건 토지를 취득한 후 5개월 만에 건설공사 계약을 체결하고 같은 달 착공을 하였으나,

특별한 사정 없이 그로부터 약 8년 1개월이 경과한 현재까지도 이 건 건축물이 준공되지 않았으며, 건설공사계약서에는 이 건 건축물의 준공예정일이 감면 유예기간(2018.5.19.)을 약 4년여 경과한 2022.4.30.로 기재되어 있는 것으로 확인되는바,

청구법인들은 건설공사계약 체결 당시부터 이미 유예기간 내 준공이 불가능하다는 것을 알고 있었음에도 이 건 토지에 산업용 건축물 감면을 적용하여 취득세 등을 신고ㆍ납부 하였으므로, 청구법인들에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 감면 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한데 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② 처분청의 견해 표명에 따라 취득세 감면을 적용받은 청구법인의 신뢰는 보호되어야 한다는 청구주장의 당부

③ 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인들이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인들의 이 건 건축물 신축 추진경과는 다음과 같다.

1) 청구법인들은 2015.6.25. 처분청(건축과)에 이 건 건축물에 대한 착공신고를 하였고, 처분청(건축과)은 2015.10.29. 청구법인들에게 착공신고필증을 교부하였다.

＜표9＞ 건축물 착공신고서 교부 알림 공문서 일부 발췌

○○○

2) 청구법인들은 2015.10.6. ㈜FFF과 이 건 건축물 신축을 위한 건설공사계약(계약금액: OOO원, 공사기간: 2015.10.6.～2022.12.31.)을 체결하였다.

3) 청구법인들은 2018.2.12. 처분청(환경과)에 건축물 축조 공사를 위한 비산먼지 발생사업 및 특정공사 신고를 하였다.

4) 청구법인들이 2018.3.5. 서울특별시(서남권사업과)에 제출한 문서에 따르면 ‘2016년 이후 신용등급 강등 및 매출감소에 따른 심각한 자금 유동성 위기’를 사유로 사업계획을 변경하고 ‘단계별 예산편성 및 개발을 통해 달성 가능한 범위 내에서 순차적으로 OOO 공사를 재개’하겠다며 준공기한 연기를 요청하였으며, 처분청은 OOO 정책심의위원회를 개최하여 이를 수용하였다.

5) 청구법인들은 2024.1.29. 유예기간 경과일부터 약 5년 8개월이 경과하여 이 건 건축물의 사용승인서를 교부받았다.

(나) 처분청은 2018.3.16. 토지 취득 후 2년(신축) 이내에 기업부설연구소 인정을 받도록 한 「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제46조 제4항 제1호의 감면 요건을 충족하지 못하는 경우 취득세 등을 수정신고 하도록 안내하였다.

(다) 처분청은 2018.10.5. 청구법인들의 2018.9.17.자 기업부설연구소 감면(25%)이 아닌 산업용 건축물 감면(100%)을 적용하여 환급하여야 한다는 취지의 경정청구에 대하여 20일 이상의 검토를 거쳐 경정청구 당시 이미 유예기간(3년)이 약 4개월 경과 되었음에도 위 ＜표5＞와 같이 취득세 등을 환급하고, 이후(2022.1.5.)에도 토지 조성원가 정산금에 대해 산업용 건축물 감면(75%)을 적용한 신고를 받아주었다.

(라) 처분청은 2020.11.10. 청구법인들에게 ‘산업단지 감면에 따른 의무사항 준수 안내문’을 발송하였고, 안내문의 유의사항에는 ‘착공행위는 직접사용에 해당하지 않으며, 구체적인 사실관계를 통해 개별적으로 정당한 사유에 해당 여부를 판단할 사항’이라 기재되어 있으며, 청구법인들은 안내문을 수령한 후 별도로 소명하지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 뜻하는 것이고(대법원 2020.4.29. 선고 2020두31750 판결, 조심 2002지1302, 2023.10.12. 결정, 같은 뜻임),

토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임).

2) 청구법인들은 이 건 토지 취득(2015.5.20.) 이후 3년의 유예기간 이내인 2015.6.25. 처분청(건축과)에 착공신고를 하고 2015.10.29. 착공신고필증 교부를 받은 사실, 2015.10.6. (주)FFF과 건설공사계약을 체결한 사실, 2018.2.12. 처분청(환경과)에 비산먼지 발생사업 및 특정공사 신고를 한 사실을 정당한 사유의 인정 근거로 제시하고 있으나, 이 같은 사실만으로는 산업용 건축물의 용도에 사용하기 위해 정상적이고 진지한 노력을 꾸준하게 하였다는 정도에 이른 것이라고 할 수 없으므로 정당한 사유에 해당하는 것으로 인정하기 어렵다.

3) 아울러, 청구법인들은 2018.3.5. 서울특별시(서남권사업과)에 신용등급 강등 및 자금 유동성 위기 등의 사유로 준공기한 연기 및 순차적 공사 재개를 신청하여 승인받은 사실이 있는데, 이는 청구법인들의 자유로운 의사결정에 따라 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것이므로 정당한 사유에 포함되지 않는다고 판단된다.

(나) 다음, 쟁점②에 대해 살펴본다.

1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 한다(대법원 2001.11.27. 선고, 99두10131 판결, 대법원 2003.5.30. 선고, 2001두4795 판결 등, 같은 뜻임).

2) 이러한 점에 비추어 보면 청구법인들이 주장하는 바와 같이 수정신고 및 경정청구가 받아들여졌다는 사정만으로는 처분청이 앞으로도 이와 같거나 유사한 사례에 대하여 불특정다수의 납세자에게 추징하지 않고 감면을 유지하겠다는 공적 견해를 표명한 것이라 할 수 없고, 이를 과세관청의 공적 견해표명으로 오인하였다는 점은 청구법인들의 귀책사유라 할 것이므로 청구법인들의 이 부분 주장은 이유 없다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대해 살펴본다.

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결 등 다수, 같은 뜻임) 할 것이다.

2) 이에 비추어 보면 이미 산업용 건축물 감면 유예기간(3년)을 4개월이나 경과한 시점에서 감면을 신청한 청구법인들의 경정청구에 대하여 처분청이 20여일의 검토를 거쳐 이를 수용·환급하고, 그 이후에도 같은 규정의 감면을 적용한 추가 신고ㆍ납부를 받아주었다는 사실에서 납세자에게 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 판단되므로, 이 건 부과처분 중 가산세를 부과한 부분은 처분청의 잘못이 있다고 판단된다.

(라) 따라서, 이 건의 경우 청구법인들이 감면 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한데 정당한 사유가 있다거나 처분청에 신의성실 원칙을 적용하여 청구법인들의 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 청구법인들의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 그러나, 위 (다)에서 살펴본 바와 같이 청구법인들이 취득세 등을 신고ㆍ납부를 하지 않은 점에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 건 부과처분 중 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

② 제1항에도 불구하고 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

부칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(3) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(4) 지방세기본법

제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 지방자치단체의 장은 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지나 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직권 또는 납세자의 신청으로 그 기한을 연장할 수 있다.

제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(5) 서울특별시 시세 감면 조례(2021.5.20. 조례 제7995호로 개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조제4항제2호나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.