이유
1. 처분개요

가. 주식회사 A와 주식회사 B(이하 “종전 사업시행자들”이라 한다)은 처분청으로부터 2010.7.2. 서울특별시 종로구 OOO 일대(이하 “이 건 사업구역”이라 한다) OOO지구 도시환경정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)에 대한 사업시행인가를 받았고, 청구법인은 종전 시행자들의 이 건 사업구역 내 토지를 취득한 후, 처분청으로부터 2014.5.16. 이 건 정비사업의 사업시행인가(변경), 2018.9.14. 관리처분계획(이하 “이 건 관리처분계획”이라 한다)을 받았다.

나. 청구법인은 2018.7.30. 이 건 사업구역 내에 서울특별시 종로구 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 그 중 70.08%에 해당하는 OOO㎡[동 면적 중 24.92%에 해당하는 OOO㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 청구법인에게, 0.53%에 해당하는 OOO㎡는 a 외 2인(이하 “a 외 2인”이라 하고, 청구법인과 합하여 이하 “청구법인 등”이라 한다)에게 환지]는 환지로, 그 중 4.47%에 해당하는 OOO㎡(이하 “쟁점③부동산”이라 한다)는 서울특별시장에게 기부채납하기로 하여 취득한 후,

2018.9.18. 처분청에 쟁점부동산 중 쟁점①부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 체비지 취득에 해당하는, 쟁점②부동산의 취득이 같은 조 제1항 단서 및 제2호에 따른 환지 취득에 해당하는, 쟁점③부동산의 취득이 「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가 등에 기부채납하기 위한 취득에 해당하는 것으로 감면 등을 신청하여 제①·③부동산의 취득에 대하여는 취득세 등 면제 및 비과세를, 제②부동산의 취득에 대하여는 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액에 상당하는 부동산 취득에 대하여는 취득세 등을 면제받고, 초과하는 부동산 취득에 대하여는 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2023.9.12. 쟁점②부동산에 대하여 기 신고·납부한 이 건 취득세 등을 과다하게 신고·납부하여 그 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.11.9. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세특례제한법 시행령」 제35조 제2항에 따른 ‘환지계획등에 따른 취득부동산의 과세표준’을 법인장부에 의해 입증되는 사실상의 취득가격으로 할지 아니면 관리처분계획인가상 제출된 감정평가액으로 해야 할지 여부에 대하여 보면,

「지방세특례제한법」 제74조 제1항 단서 및 제2호 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에서 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물은 취득세가 면제되나, 승계조합원(부동산 소유자 중에서도 재개발사업의 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자)의 경우에는 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액(이하 “초과액”이라 한다)에 대하여는 취득세 등을 과세한다고 규정하고 있다.

청구법인은 ‘사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자’로서 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 단서 및 제2호 등의 적용을 받아 그 환지받은 부동산 가액 중 종전 부동산 가액을 초과하는 부분이 있다면 해당 초과액에 대해서는 취득세를 부담하여야 한다. 다만, 같은 법 시행령 제35조 제2항은 환지계획 등에 따른 취득부동산에 대해서 사실상의 취득가격이 입증될 때에는 그 가격을 쓰고, 환지 이전의 부동산 과세표준인 경우 승계취득할 당시 취득세 과세표준을 사용하는 것으로 정하고 있는데, 법인의 경우, 환지받는 부동산의 ‘사실상 취득가격이 입증될 때’ 그 가액 기준을 무엇으로 보아야 할지 과거부터 실무상 혼선이 상당히 있다.

청구법인은 초과액 과세표준을 산정할 때 법문 그대로 ‘환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액’은 법인장부에 의해 입증되는 사실상의 취득가격을 사용하여야 하며, 이 경우, 건축물은 법인장부로서 입증되는 건설 관련 직.간접비용을 합한 가액을 사용하면 되고, 토지의 경우, 환지시점 현재 사실상 취득가격이 확인되지 않으므로 그 취득 당시의 신고가액으로 하여 다시 산정하였으나, 그 사실상 취득가액이 법인의 장부로 확인이 되는 건축물에 대하여는 그 장부가액을 고려하여 이 건 취득세 등이 아래와 같이 경정되어야 한다.

○○○

※ 종전의 부동산 가액에 대하여는 처분청도 이견이 없음

이 건 심판청구의 쟁점은 「지방세특례제한법 시행령」제35조 제2항에 따른 환지계획등에 따른 취득부동산(건축물)의 과세표준을 법인장부에 의해 입증되는 경우 사실상의 취득가격으로 할지 아니면 관리처분계획인가상 제출된 감정평가액으로 해야 할지이나, 그 규정에서 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액이라고 규정하고 있고, 조심 2018지638, 2018.10.8. 결정 등에서 ‘환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준’에서 건축물의 경우에는 공사비를 비롯한 그 신축에 소요되는 실제비용 등을 말한다고 결정하고 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

「지방세특례제한법 시행령」 제35조 제2항에 따른 ‘환지계획등에 따른 취득부동산의 과세표준’을 법인장부에 의해 입증되는 사실상의 취득가격으로 할지 아니면 관리처분계획인가상 제출된 감정평가액으로 해야 할지 여부에 대하여 보면

「지방세특례제한법」 제74조 제1항에서 “「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 면제하되. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다”라고 하면서 제2호에서 “사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자의 경우에는 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산”을 규정하고 있고,

「지방세특례제한법 시행령」 제35조 제2항에서 “법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 취득부동산의 과세표준(「지방세법」제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며,

위 규정에 따라 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에 따른 초과액 산정은 이 건 심판청구 환지부동산의 사실상 취득가격에서 종전 부동산 취득가격을 차감하여야 하고, 사실상 취득가격이란 이 건 심판청구 환지부동산을 취득하기 위하여 거래상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직·간접비용의 합계액이므로, 관리처분계획인가상 제출된 감정평가액이 아닌, 법인장부 등에 따라 사실상 취득가격이 증명되는 가격을 말한다 할 것이다.

따라서 청구법인이 이 건 심판청구 관련 경정청구시, 쟁점②부동산에 대한 ‘건축물’ 부분을, 당초 신고납부한 관리처분계획인가상의 감정평가액이 아닌, 법인장부상 도급공사비, 철거비, 설계비, 컨설팅, 회의비 등을 포함한 사실상 취득가격으로 재산정한 것은 타당하다고 판단된다.

다만, 청구법인은 신탁수수료 등 같이 건축물과 토지에 공통으로 들어가는 비용(OOO원, 이하 “공통비용”이라 한다)에 대하여 청구법인이 이 건 심판청구 관련 경정청구 당시 이 건 건축물 및 그 부속토지의 사실상 취득가격에 따라 각각 34.23% 및 64.77%로 신고하고서 그 공통비용 안분은 이 건 건축물 60.42%로, 그 부속토지 39.58%)(2018년 기준 개별공시지가로 산정한 금액)로 재산정하여 안분한 것에서 볼 때 그 공통비용에 대하여 추가적으로 조사가 필요할 것으로 보여, 이를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 관리처분계획(변경)에 따라 취득한 쟁점②부동산에 대하여 기 신고·납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.12.5. 서울특별시 종로구 OOO지구에서 진행하는 도시환경정비사업의 시행 등을 주요 목적사업으로, 서울특별시 종로구 OOO를 주사무소 소재지로 하여 설립되었다.

(나) 종전 사업시행자들 중 주식회사 A는 2010.7.2. 처분청으로부터 이 건 사업구역에 대하여 이 건 정비사업의 시행인가를 아래와 같이 받았다.

○○○

(다) 청구법인은 이 건 사업구역 내 토지 등을 취득한 후 2014.7. 11. 처분청으로부터 이 건 사업구역에 대하여 이 건 정비사업의 시행인가(변경)를 아래와 같이 받았다.

○○○

(라) 처분청은 2018.8.10. 이 건 사업구역에 대하여 이 건 정비사업의 공사완료를 아래와 고시하였다.

○○○

(마) 청구법인은 2018.9.14. 처분청으로부터 이 건 사업구역에 대하여 이 건 정비사업의 관리처분계획인가(변경)를 아래와 고시하였다.

○○○

(바) 청구법인은 2018.9.14. 이 건 사업에 대한 이전고시를 아래와 같이 하였다.

○○○

(사) 청구법인은 위 (바)의 이 건 사업 이전고시에 따른 이 건 건축물 및 그 부속토지의 소유권 귀속현황을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

※ 이 건 사업구역내 토지 OOO㎡는 정비기반시설로 그 지상에 건축물이 없고, 준공시 처분청에 귀속되었음

(아) 청구법인은 2013.12.18. 등에 이 건 사업구역 내 서울특별시 종로구 OOO 등 토지 등을 서울특별시 종로구에 주소를 둔 b 등으로부터 취득한 것으로 확인되고, 그 당시 처분청에 신고한 과세표준은 OOO원인 것으로 그 당시 취득세 등 과세내역서에서 확인되고, 이에 대하여는 처분청도 이견이 없는 것으로 확인된다.

(자) 청구법인은 2018.7.30. 이 건 부동산을 사실상 사용한 건축물 준공일을 쟁점부동산의 취득일로 보아, 2018.9.18. 처분청에 쟁점②부동산에 대한 취득세 등을 신고하면서 그 과세표준을 아래와 같이 위(마)의 관리처분계획 당시 감정평가액으로 하여 신고한 것으로 확인된다.

○○○

(차) 청구법인은 2023.9.12. 쟁점②부동산의 사실상 취득가액은 감정평가액이 아닌 사실상 취득가액이라고 주장하며 쟁점②부동산 중 청구법인의 이 건 부동산 중 건축물 신축 당시 사실상 소요된 비용과 토지의 감정평가액으로 하여야 한다고 아래와 같이 경정청구를 하였고, 2018년말 당시 청구법인의 장부가액 또한 그 금액으로 등재된 것으로 확인된다.

○○○

(카) 청구법인은 이 건 심판청구를 하면서 이 건 건축물과 그 부속토지에 공통적으로 발생한 아래 공통비비용(OOO원)과 관련한 법인장부 등을 우리 원에 제출하였고,

이 건 심판청구의 실질적인 쟁점은 이 건 건축물의 과세표준을 산출하는 것으로 그 공통비용 중 이 건 건축물에 들어가는 비중이 커지면 청구법인이 납부하여야 할 취득세 등이 커져 불리한 상황이다.

청구법인이 위(차)와 같이 이 건 건축물을 사실상 취득가격으로 할 경우 그 공통비용 중 이 건 건축물로 들어가는 비중이 34.23%에 불과함에도 청구법인은 이 건 건축물의 과세표준을 시가표준액으로 산정하여 그 공통비용 중 이 건 건축물에 들어가는 비중을 60.42%로 신고한 것으로 확인된다.

다만, 이자비용은 이 건 건축물 취득과 그 부속토지 취득을 위하여 대출한 금액에 따라 발생하는 비용으로 그 명확히 구분을 할 수 있어 사실상 이 건 건축물을 취득하기 위한 대출에 따라 발생한 이자비용을 신고한 것으로 확인된다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에서 “「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다”라고 하면서 제2호에서 “사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자의 경우에는 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산(초과상당액)”을 규정하고 있고,

「지방세특례제한법 시행령」 제35조 제2항에서 “법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 취득부동산의 과세표준(「지방세법」제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며,

위 규정에 따라 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에 따른 초과상당액 산정은 이 건 심판청구 환지부동산의 사실상 취득가격에서 종전 부동산 취득가격을 차감하여야 하고, 사실상 취득가격이란 이 건 심판청구 환지부동산을 취득하기 위하여 거래상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직·간접비용의 합계액이므로, 관리처분계획인가상 제출된 감정평가액이 아닌, 법인장부 등에 따라 사실상 취득가격이 증명되는 가격을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 관리처분계획(변경)에 따라 취득한 쟁점②부동산에 대하여 기 신고·납부한 취득세 등의 일부가 환급대상이 아니라는 의견이나, 청구법인의 종전의 부동산 가액 합계액은 OOO원인 것으로 확인되고 이에 대하여 처분청도 이견이 없고, 취득부동산의 가액 중 토지가액에 대하여는 처분청과 청구법인이 이견이 없으며, 이 건 건축물의 가액은 청구법인이 이 건 건축물을 신축하는데 소요된 비용으로 보도록 지방세법령에 규정하고 있어 이에 대하여 처분청도 이견이 없는 점,

이 건 건축물의 과세표준 중 공통비용은 그 공통비용 중 이 건 건축물에 들어가는 비용의 비중이 그 부속토지에 들어가는 비용의 비중보다 커지면 청구법인이 납부하여야 할 취득세 등이 커져 청구법인에게 불리한 상황임에도 불구하고, 청구법인이 공통비용 중 이 건 건축물 취득과 그 부속토지 취득을 위하여 대출한 금액에 따라 발생하는 비용이 명확히 구분되는 이자비용을 제외한 신탁수수료 등 나머지 비용에 대한 안분을 이 건 건축물의 사실상 취득가격으로 산정한 이 건 건축물 가액의 비중(34.23%)이 아닌 시가표준액으로 산정한 이 건 건축물 가액의 비중(60.42%)으로 신고·납부하여 과오납한 것으로 보이나, 청구법인은 그 과오납한 공통비용에 대하여는 별도로 처분청에 경정청구를 하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 관리처분계획(변경)에 따라 취득한 쟁점②부동산에 대하여 기 신고·납부한 취득세 등 중 청구법인이 경정청구한 세액 보다 그 이상을 과오납한 것으로 볼 수가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제74조 (도시개발사업 등에 대한 감면) ①「도시개발법」에 따른 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획 등에 따른 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

③ 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ①법제74조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산은 그 토지의 지목이 사실상 변경되는 부동산을 포함한다.

② 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다

(3) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득