이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2020.6.15. 충청북도 충주시 OOO에서 A이라는 상호로 숙박.여관업 사업자등록을 한 개인사업자로, 2022.11.25. 부산광역시 남구 OOO 소재 B(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 OOO원(공급가액)의 인테리어 설계 표준 계약을 체결(이하 “쟁점공사”라 한다)하였고, 쟁점거래처에게 아래 ＜표1＞과 같이 2022.11.26.부터 2023.2.24.까지 5차례 걸쳐 총 OOO원을 입금하였으며, 쟁점거래처의 요청으로 2023.4.2.부터 2023.5.10.까지 하청업체의 자재비 및 인건비 등 총 OOO원을 지급하였다.

＜표1＞ 쟁점거래 관련 지급내역

(단위 : 원)

OOO

나. 청구인은 이후 쟁점공사의 대금에 대하여 쟁점거래처로부터 2023.4.1. OOO원, 2023.4.5. OOO원, 2023.4.11. OOO원, 2023.5.4. OOO원 등 총 OOO원(VAT 포함)에 대해 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았다.

다. 쟁점공사 진행 중 각종 분쟁으로 공사가 지연되는 등 쟁점공사가 원활하게 진행되지 못하는 등의 사정으로 쟁점거래처는 2023.5.8.경 ‘쟁점거래처가 청구인에게 추가 공사대금을 요청하였으나, 대금을 주지 않아 공사를 진행할 수 없어 쟁점거래처와 청구인 간의 리모델링 공사계약을 해지한다’는 내용증명을 청구인에게 보냈고, 이에 청구인은 쟁점공사가 제대로 진행되지 않은 것에 대하여 2023.5.11. 충주경찰서에 쟁점거래처의 관련자들(쟁점거래처의 대표자인 a, 대표자의 사위이자 공사책임자인 b, 대표자의 딸인 c)을 사기혐의로 고소하였으며, 쟁점거래처는 2023.7.12. 당초 쟁점세금계산서의 금액 중 일부 금액에 대해 기재사항의 착오정정의 사유로 음(-)의 세금계산서를 발행하였다.

라. 이에 청구인은 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 교부받지 못하였음을 주장하면서 2023.7.17., 2023.8.24. 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 처분청에 거래사실의 확인을 신청하였고, 처분청은 쟁점거래처의 관할세무서인 수영세무서장에게 거래사실 확인을 요청하였으며, 수영세무서장은 청구인과 쟁점거래처 간 거래 사실의 확인이 불가하다는 회신을 하였는바, 처분청은 2023.9.12. 청구인에게 거래사실 확인불가 통지(이하 “확인불가 통지”라 한다)를 하였다.

마. 청구인은 확인불가 통지에 대하여 별도의 이의 신청 등 불복을 제기하지 않았고, 2023.10.31. 처분청에 ‘공급받는 자의 동의 없이 일방적으로 수정세금계산서를 작성하는 것은 정당하게 교부된 수정세금계산서로 볼 수 없음(질의회신 부가22601-1380, 1992.9.3.)’을 사유로 2023년 제1기 부가가치세에 대하여 경정청구서를 제출하였으며, 처분청은 2023.12.1. 이를 거부하는 통지(이하 “쟁점거부처분”이라 한다)를 하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2024.2.27. 이의신청을 거쳐, 2024.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2022.11.25. 쟁점거래처와 계약을 체결하고, 쟁점공사를 진행하였는바, 2022.11.26.부터 2023.2.24.까지 5차례에 걸쳐 총 OOO원을 지급하였고, 또한 쟁점거래처의 요청으로 2023.4.2.부터 2023.5.10.까지 하청업체 자재비 및 인건비 등 총 OOO원을 지급하였다.

쟁점거래처는 2023.4.1.부터 2023.5.4.까지 총 4회에 걸쳐 공급대가 OOO원의 쟁점세금계산서를 발급하였다가 2023.7.12. 일부 금액에 대하여 일방적으로 취소함에 따라 청구인은 쟁점거래처를 형사고발하였는바, 쟁점거래처가 발급한 음(-)의 수정세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 처분청은 2023년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분을 취소하고, 쟁점공사와 관련되어 당초 발행된 세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 2023.5.11. 쟁점거래처의 공사지체로 발생한 손해의 민·형사상 책임을 묻고, 공사계약의 해제를 주장하면서 공사대금을 반환하여 달라는 취지로 내용증명을 보냈으며, 공사대금 OOO원을 편취하였다는 사유로 쟁점거래처의 관련자들을 충주경찰서에 고소한 사실이 있다.

청구인은 쟁점거래처가 일방적으로 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다고 주장하나, 위와 같이 실질적으로 쟁점공사의 미이행으로 동 계약이 해제된 것이 명백하므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

더불어 청구인이 매입자발행세금계산서를 발급받기 위하여 이미 제출한 거래사실 확인신청서에 따라 쟁점거래처의 관할세무서인 수영세무서장이 확인한 결과 쟁점공사에 대한 거래사실을 확인할 수 없다는 취지의 통지를 한 사실이 있다.

그러므로 처분청이「부가가치세법」제39조 제1항 제2호에 따라 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래처가 발급한 음(-)의 수정세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 청구인은 쟁점거래처에게 쟁점공사에 대한 대금을 모두 지급하였으므로 당초 수취한 세금계산서상 매입세액을 모두 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제34조의2(매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례) ① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 “사업자”라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업, 공급 계약의 해제ㆍ변경 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우로서 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1.기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

제71조의2(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등) ① 법 제34조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 발급의무가 있는 사업자(제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2.신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1.거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.

⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.

⑫ 제10항 또는 제11항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 쟁점거래처 간 체결한 인테리어 설계 표준계약서는 ＜별지1＞ 기재와 같고, 동 계약서상 다음과 같이 A과 메인모텔이 함께 기재되어 있다.

＜그림1＞ 인테리어 설계 표준계약서 중 일부(발췌)

OOO

(2) 처분청이 제출한 이의신청 결정서에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인이 밝히는 쟁점거래처 등에 지급한 내역은 ＜별지2＞ 기재와 같고, 처분청은 청구인이 쟁점거래처의 요청에 의해 계좌이체와 입금표 등으로 지급한 내역을 확인한 것으로 나타난다.

＜그림2＞ 입금표

OOO

청구인은 입금표를 제출하면서 다음과 같은 카카오톡 메세지를 다수 제출하였다.

＜그림3＞ 카카오톡 메세지

OOO

(나) 쟁점거래처가 청구인에게 발행한 세금계산서 및 음(-)의 수정세금계산서 내역은 아래 ＜표2＞과 같다.

＜표2＞ 쟁점거래처와 청구인 간 발행된 세금계산서 및 음(-)의 수정

세금계산서 내역

(단위 : 천원)

OOO

(다) 쟁점거래처가 청구인에게 2023.5.8.경 리모델링 계약을 해지한다는 내용증명을 보냈다는 사실이 청구인이 2023.5.11. 충주경찰서에 제출한 고소장을 통해 확인이 되며 그 내용은 다음과 같다.

＜그림4＞ 고소장 일부(9페이지～10페이지)

OOO

(라) 청구인이 제출한 다음과 같은 고소장에 따르면 쟁점공사와 관련하여 청구인과 쟁점거래처 사이에 공사대금의 지급은 공사의 진행 정도에 따라 지급되지 않았던 것으로 나타나고, 청구인이 판단하는 쟁점공사의 공정률은 약 25% 정도에도 미치지 못한 것으로 나타난다.

＜그림5＞ 고소장 일부(14페이지)

OOO

(마) 청구인이 쟁점공사의 지체로 인한 민·형사상의 책임을 묻고 공사계약의 해제를 주장하면서 공사대금을 반환하여 달라는 취지로 2023.5.11. 쟁점거래처에게 내용증명을 보냈음이 확인되는바, 그 내용은 다음과 같다.

＜그림 삽입을 위한 여백＞

＜그림6＞ 202.5.11.자 내용증명

OOO

(3) 청구인이 쟁점공사와 관련하여 2023.7.17., 2023.8.24. 처분청에 신청한 거래사실 확인 신청에 대한 진행 경과와 수영세무서장의 의견은 아래 ＜표3＞.＜표4＞와 같다.

＜표3＞ 거래사실 확인 신청에 대한 진행경과

① 청구인은 충주세무서에 쟁점거래처로부터 세금계산서를 교부받지 못했다고 주장하면서 2023.7.17. 거래사실 확인신청하였다.

② 이에 공급자의 관할 세무서인 수영세무서는 부가가치세법시행령 제71조의2(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등)에 따라 2023.7.17. 3건, 총 공급대가 OOO원에 대하여 거래 사실 여부를 확인하였으나, 공사 관련 세부계약내용 및 기성금청구 등 서류 미비하여 실제 공급시기 확인불가로 2023.7.24. 거래사실 확인불가함을 통보하였다.

③ 이후 2023.8.24. 5건, 총 공급대가 OOO원에 대하여 인테리어 설계표준계약서, 내용증명, 고소장 등을 첨부하여 재차 거래확인 신청하였으나 기발행 여부 확인 불가, 선발급세금계산서 요건 미비, 대금지급서류 불명확 등의 사유로 2023.9.12. 거래사실 확인불가함을 통보하였다.

＜2023년 8월 거래사실확인 신청내용과 확인불가 사유＞

OOO

＜표4＞ 수영세무서장의 의견

① 청구인의 거래사실확인 신청을 검토해 본 바 공사 관련 세부 계약내용 및 기성금 청구 등 서류가 미비하고 확인 대상 신청액과 기발행된 세금계산서 금액, 계약서상 공사계약 금액 불일치로 세금계산서 발행시기와 발행금액에 대한 구체적인 근거가 없다.

② 또한 기발행된 세금계산서 금액을 차감하지 않고 신청한 것으로 보이며, 하청업체에게 직접 이체하고 쟁점 거래처로부터 받은 입금표는 임의서류로 거래금액으로 인정하기가 어렵다.

③ 공사기간 6개월 미만인 단기 건설용역일 경우 역무가 완료될 때가 통상적인 공급시기이고, 완성도기준지급의 경우 6개월 미만 단기 건설용역이라도 기성고 청구에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 인정될 수 있으나 청구인의 신청내용만으로는 선발급 세금계산서 공급시기로 볼 수 없다.

④ 매입자 발행 세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청은 매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화·용역의 공급자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 매입세액공제를 허용하자는 취지이므로 매출자가 이미 세금계산서를 발행한 경우는 신청대상이 아니다. 또한 이미 세금계산서를 발행하여 거래사실 확인신청 대상이 되지 않는 당초 세금계산서에 대해 발급한 수정세금계산서 또한 거래사실 확인신청 대상이 아니다.

⑤ 그러므로 청구인이 신청한 거래사실 확인신청에 대한 거래사실 확인불가 통지는 정당하다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래처가 발급한 음(-)의 수정세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 쟁점거래처에게 쟁점공사에 대한 대금을 모두 지급하였으므로 당초 수취한 세금계산서상 매입세액을 모두 공제하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 고소장, 청구인이 쟁점거래처로 발송한 내용증명 등에 따르면, 쟁점거래처가 쟁점공사의 대금만 수취하고 계약내용에 따른 공사용역을 제공하지 아니하여 쟁점거래처 관련자를 사기혐의로 고소한 것으로 확인될 뿐만 아니라, 청구인은 공사계약의 해지를 주장하고 있고, 쟁점공사 계약해지에 따른 대금의 반환을 요청하고 있어 리모델링 공사가 계약서의 내용대로 이행되지 않았던 것으로 보이는 점, 청구인 본인도 쟁점공사의 공정률을 25% 정도로 인식한 것으로 보이고, 쟁점공사와 관련하여 이미 발행된 세금계산서[음(-)의 세금계산서를 반영하여 쟁점거래처와 청구인 간에 발행된 세금계산서]의 순발행금액 OOO원이 쟁점공사의 공급가액 OOO원 대비 22.7%에 이르는 것으로 보이는 점, 쟁점거래처에서 공사용역을 일부 제공하였다고 하더라도 청구인이 제출한 증빙으로는 쟁점공사의 진행률을 객관적으로 산정하기가 어려운 점, 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점거래처가 청구인에게 계약내용에 따른 쟁점공사 용역을 제공하였는지 확인되지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 2023년 제1기 부가가치세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 인테리어 설계 표준계약서

OOO

＜별지2＞ 대금입금내역

OOO