이유
1. 처분개요

가. 청구인은 건축사로, ‘A센터’ 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 건축설계용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 건축주인 A(이하 “건축주”라 한다)로부터 2006.6.29.에 도급받아 쟁점용역을 제공하던 중 2015.2.23.경 건축주의 자금난을 사유로 공사가 중단되자, 2018.2.8. 쟁점사업의 미지급 용역비용에 대한 지급을 요청하였으나, 건축주가 이를 거부하여 2018.8.23. 총 OOO원의 미지급 용역비용에 대한 소송을 전주지방법원에 제기하였고, 2020.9.9. 전주지방법원의 판결(전주지방법원 2020.9.9. 선고 2018가합3617 판결, 이하 “1심판결”이라 한다) 후 항소심 판결(광주고등법원 2023.1.12. 선고 (전주)2020나11921 판결, 이하 “2심판결”이라 한다)을 거쳐 대법원은 2023.4.27. 2심판결(건축주가 청구인에게 OOO원을 지급할 의무가 있음을 선고함)을 유지하는 상고 기각 판결(심리불속행, 대법원 2023.4.27. 선고 2023다211185 판결, 이하 “대법원판결”이라 한다)을 하였다.

나. 한편 건축주는 청구인에게 2심판결상 지급의무가 있던 OOO원을 2023.4.27., 2023.5.19. 2023.6.26. 분할하여 지급하고 2023년 8월경 세금계산서의 발급을 요청하였으나, 청구인이 이를 검토하던 중 2023.8.31. 처분청에 쟁점용역에 대한 ‘거래사실확인신청서’를 제출하였고, 처분청은 2023.9.18. 건축주에게 ‘거래사실 확인 통지’를 하였으며, 건축주는 이를 근거로 2023.11.15. 처분청에 2023년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서를 제출하였다.

다. 이에 따라 청구인은 당초 2023.9.20. 대법원 판결일(2023.4.27.)을 쟁점용역의 공급시기로 보아 2023년 제1기 부가가치세에 대하여 수정신고하고 추가세액 OOO원을 납부하였으나, 다시 2023.11.28. 쟁점용역에 대한 부과제척기간이 도과하였다고 보고, 위 수정신고를 취소하여 기납부한 추가납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.3.15. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.2. 이의신청을 거쳐, 2024.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 건축주는 OOO군과 함께 전라북도 OOO 일원 144,870㎡에 ‘A특구’를 조성하는 사업을 추진하기로 하고 총괄사업자 OOO군수(총괄시행사업자), 건축주(단위사업시행자), 사업비 OOO원, 사업기간 2010.12.31.까지로 하여 2005.6.28. 재정경제부장관으로부터 전라북도 OOO 일원(이하 “이 사건 토지”라 한다)을「규제자유특구 및 지역특화발전특구에 대한 규제특례법」에 따른 지역특화발전 특구로 지정받았다OOO.

이후 위 사업은 2010.5.19. 특화사업자를 건축주로, 사업기간은 2011.1.1.부터 2016.12.31.까지로, 총 사업비는 OOO원으로, 부지의 면적은 144,870㎡에서 138,634㎡로 각 변경되었고(이하 “제1차 변경”이라 한다), 2016.12.7. 다시 사업기간은 2017.1.1부터 2020.12.31.까지, 총사업비는 OOO원으로 변경되었다(이하 “제2차 변경”이라 한다).

(2) 청구인과 건축주의 계약내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2006.6.29. 건축주와 OOO 건설사업관리(CM), 지구단위계획 설계변경 및 OOO 기타시설 기본 및 실시설계 용역에 관하여 아래 ＜표1＞과 같이 계약하였다.

＜표1＞ 청구인과 건축주 간에 체결한 계약 내역

(단위 : 평, 원)

OOO

1) 계약금액 : OOO(부가가치세 별도)

2) 기본 및 실시설계확정시, 면적증감에 따라 정산처리하기로 한다.

3)건설사업관리(기획업무⇒사후설계관리)비용은 추후 실비정산가산식에 의하여 별도 처리하기로 한다.

(나) 이후 청구인은 지구단위변경 및 기반시설설계용역에 대하여 2006.6.29.부터 2009.5.26.까지 용역을 공급하고, 2009.5.26. 특구 변경 신청을 하였으며, 지구단위변경용역에 대한 대금 OOO원과 기반시설설계용역에 대한 대금 OOO원을 계약대로 대금을 청구하고 수령하였는바, 위 각 금원은 대법원 판결에 따른 금액과도 일치한다.

(다) 건축기본설계용역은 14,072평(=최초 계약면적 12,651평+증가면적 1,421평)에 대해서 2009.5.26. 설계도서를 작성 완료하여 건축주에게 납품하였고, 납품 완료한 건축기본설계도서를 토대로 작성된 지역특화개발특구 (변경)지정 신청서를 관할 주무관서인 OOO군 보건소에 제출하는 등 용역의 공급을 완료하였으며, 건축기본설계용역 대금도 최초계약서에 명시된 대로 평당 OOO원에 증가된 면적 1,421평을 추가하여 OOO원(=OOO원×14,072평)의 대금을 청구하였으며, 건축주로부터 이미 수령한 금액 OOO원을 차감하면 미수령 금액은 OOO원(세금계산서 미발행)으로 대법원의 판결 금액도 일치한다.

(라) OOO(기타시설)에 대한 실시설계용역은 최초 계약시에는 OOO 실시설계용역에 대해서 11,968평, 평당 OOO원 합계 OOO원으로 계약하였으나, 특구사업의 변경 및 축소로 3,552평, 평당 OOO원 합계 OOO원으로 변경되어 2011.3.1.부터 2011.12.27.까지 용역의 공급을 완료하고, 건축허가권자인 OOO군수에게 2011.12.28. 건축허가 신청을 하였으며, 실시설계용역대금으로 OOO원(=OOO원×3,552평, 세금계산서 미발행)을 청구하였으나 그 대금을 수령하지 못하였는바, 대법원의 판결 금액도 OOO원으로 일치한다.

(마) 한편 청구인과 건축주는 2013.1.4.에 이 사건 토지상에 건립할 힐링센터 694평 건물에 관한 설계용역계약을 OOO원에 추가로 계약을 체결하고, 2013.11.20.경 OOO에 대한 감리용역을 OOO원에 계약을 체결하였으나, 투자자금의 부족으로 2015.2.23.에 공사가 중단되었다.

청구인은 OOO 설계용역에 대하여 2013.7.1. 허가신청을 완료하였고, 설계용역대금으로 OOO원을 수령하였으며, 2013.12.2. 착공 이후 공사중단으로 2015.4.30. 감리 철수 시까지 감리용역 대금으로 OOO원 등 총 OOO원을 수령하였다.

(바) 청구인은 최초 계약시 ‘건축물의 설계 표준계약서’에서 “건설사업관리(기획업무⇒사후 설계관리)비는 추후 실비정산가산식에 의하여 별도 처리하기로 한다”라고 계약하였는바, 건설사업관리란 건설공사의 기획·타당성조사·분석·설계·조달·계약·시공관리·감리·평가·사후관리 등 관리업무의 전부 또는 일부를 맡아서 수행하는 것을 말하는 것으로 청구인은 건축주가 OOO군 보건소와 함께 ‘A특구사업단’이라는 이름으로 사업을 진행하였으며, 위 사업단의 사업본부장으로 2006.6.29.부터 2017.3.6.까지 이 사업 전반에 관하여 특구사업 관련 업무를 총괄하여 건설사업관리 업무를 수행하였다.

또한 청구인은 건축주를 대리하여 사업본부장으로서 모든 업무를 대리하면서 관리비, 업무추진비, 여비교통비, 접대비 및 기타경비 등이 발생하였고, 건축주는 건설사업관리 업무에 대한 용역의 대가로 감리용역비(매월 OOO원)에 준하는 선에서 매월 OOO원씩을 급여의 성격으로 지급하기로 하였다.

2006년부터 2011년까지는 사업 초기단계로 OOO군 및 지식경제부에 보고하지는 못하였으나 특구총괄기관인 지식경제부 지역특구과 지침 및 특구법 개정에 따라 2012년부터 2017년까지 매년 초(2∼3월), OOO군 및 지식경제부에 ‘A특구’ 관련 ‘지역특구운영성과 보고서’를 작성하여 특구사업자인 건축주에게 서면 또는 대면보고 후, 관할 주무관서에 이를 제출하였다.

청구인은 이 특구사업을 진행하면서 매달 급여 성격의 건설사업관리비를 수령하여 관공서, 투자자 및 이해관계자 등과 여러 업무를 수행하여야 하는데, 매달 건설사업 관리비용은 지급되지 않았지만 사업본부장으로 이 사업을 반드시 성공시켜야겠다는 일념으로 특구사업과 관련된 실비를 청구인의 재산으로 먼저 충당하다가 결국에는 실비부족으로 청구인의 자산까지 처분하게 되었고, 가족 및 지인들에게 차용한 차용금액과 사무실 운영 손실비용을 합하여 약 OOO원의 빚을 떠안게 되었다.

이에 청구인은 도저히 업무를 수행할 수 없다고 판단하고 2017.5.24. 서류를 이관하고 용역계약을 해지하였고, 미지급된 건설사업관리비 지급을 여러 차례 요청하였으나, 지급되지 않아 2018.1.22. “건설사업관리비용 중간 결산보고”라는 청구인의 공문을 통해 내용증명을 발송하게 되었다.

건축주는 청구인이 2018.3.20.에 보낸 미수금 관련 답변 요구서 내용증명에 대한 최종 답변으로 ‘지금까지 진행한 특구사업 CM(건설사업관리)은 서로 묻지 않는다’는 조건 하에 ‘2018년 4월부터 2020년 12월까지 약 32개월간의 컨설팅 비용으로 월 OOO원씩 제공한다’고 하면서 그 동안 청구인이 수행한 11년(2006년∼2017년)간의 건설사업관리비 지급을 거부하는 내용증명을 보냈다.

이에 청구인은 특구사업자인 건축주의 악의적이고 부도덕한 행위에 대하여 2018.8.23. 전주지방법원에 민사소송을 제기하였고, 민사소송 재판 과정 중 건축주는 악의적으로 대금 지급을 회피하려고 건설사업관리비에 대한 용역계약을 1심 소송에서 부인하다가, 2심 소송에서는 도저히 인정하지 않을 수 없어「민법」상 채권의 소멸시효가 지났다고 주장하는 등 악의적으로 지급하지 않으려 하였으며, 청구인은 1심 및 2심 소송을 거쳐 2023.4.27. 대법원 최종 판결에 의하여 건설사업관리비로 OOO원(부가가치세 포함, 세금계산서 미발행)을 지급하라는 판결을 받았다.

(3) 건축기본설계용역의 미수금 OOO원과 한방병원(기타시설)의 실시설계용역의 미수금 OOO원의 합계 OOO원(공급가액 OOO원 + 부가가치세 OOO원)은 국세의 부과제척기간이 이미 도과하였으므로 청구인이 처분청에게 2023.9.20. 수정신고한 2023년 제1기 부가가치세 과세표준에서 OOO원을 차감하여 감액경정하여야 한다.

(가) “공공발주사업에 대한 건축사의 업무범위와 대가기준”에 따르면 설계업무는 기획업무와 건축설계업무(계획설계, 중간설계, 실시설계)로 구분하고 있고, “기본설계”란 건축주가 필요로 하는 건축물의 용도 및 규모 검토, 현장조사, 설계 기초자료 수집, 건축주로부터 제공받은 자료 등 설계 기초자료를 바탕으로 건축물의 규모, 예산, 기능, 질, 미관적 측면에서 설계목표를 정하고 가능한 해법을 제시하며, 디자인 개념 및 연관분야(구조, 기계, 전기, 토목, 조경 등)의 기본계획안을 작성하여 건축주에게 제안하고, 승인받는 설계업무의 기초단계를 말하는바, 청구인은 건축주와 2006.6.29. 도급계약을 체결하여 쟁점용역 7개동(아래 ＜표2＞ 참조)에 대하여 건축물의 용도 및 규모, 설계 기초자료 수집 및 예산, 기능, 질, 미관적 측면 등을 고려하여 기본설계안을 작성하여 입면, 평면, 단면 및 배치도면 수백페이지의 기본설계도서를 2009.5.26.까지 특구변경관할부서인 ‘OOO군 보건소’에 납품하였고, 변경된 면적으로 OOO원을 청구하여 OOO원을 수령하였으나, OOO원을 미수령하였다.

＜표2＞ 시설명 및 면적개요

OOO

(단위 : ㎡)

*2010년 3월 지역특화발전특구[변경]지정신청서, A특구 변경계획은 건축기본설계도서를 근거로 작성된 보고서임.

건축기본설계는 기획 및 계획설계로서 이미 건축주에게 제안하고, 승인을 받아 수백 페이지의 설계도서를 완성하여 OOO군 보건소에 납품하기 전 날인 2009.5.25.이 용역의 공급일이라 할 것이고, 2009.5.25.에 이미 건축기본설계에 대한 설계도서가 납품되어 용역의 공급이 완료되었고, 대금의 청구가 이루어져 대가가 확정되었던 것이므로 이에 대한 부가가치세의 부과제척기간 기산일은 2009.7.26.로 국세부과의 제척기간인 5년이 도과되었다 할 것이다.

또한 2심판결문에서도 “지구단위변경 및 기반시설설계에 대해서는 용역의 공급이 완료되었고, 논란이 없다”라고 판결하고 있다. 지구단위변경, 기반시설설계 및 건축기본설계는 “공공발주사업에 대한 건축사의 업무범위와 대가기준” 제5조(업무의 범위)에서도 보듯이 기획업무와 설계업무 중 계획설계에 해당되는 것으로 건축기본설계도서를 가지고 지구단위변경도 하고, 기반시설설계를 하는 것으로 같이 공급되는 것이 일반적이며, 건축기본설계만 따로 분리되어서 공급되는 것이 아닌데도 처분청은 건축기본설계도서를 토대로 행해지는 지구단위변경 및 기반시설설계용역은 공급이 완료되었다고 하면서도 건축기본설계에 대해서는 분리하여 용역전체에 대한 포괄계약으로 보아 대법원 판결일을 공급시기로 보아 이 건 부가가치세를 과다하게 경정.고지한 것은 위법.부당하다.

(나) “중간 및 실시설계”는 기본설계(기획업무 + 계획설계) 내용을 구체화하여 발전된 안을 정하는 “중간설계”를 거쳐 공사단계에서의 변경 가능성을 최소화하기 위해 다각적으로 검토하고, 연관 분야의 시스템 확정에 따른 각종 자재, 장비의 규모, 용량이 구체화된 설계도서를 작성하며, 입찰, 계약 및 공사에 필요한 설계도서를 작성하는 단계로서 공사의 범위, 양, 질, 치수, 위치, 재질, 질감, 색상 등을 결정하여 설계도서를 작성하는 설계업무의 최종단계를 말하는바, 중간 및 실시설계 도서를 납품받은 건축주는 본 설계도서를 가지고 건축허가 등 인ㆍ허가 접수를 하는 것이다.

＜표3＞ 시설명 및 면적 개요

(단위 : ㎡)

OOO

* 건축허가 신청에 따른 협의(OOO군 공문, 2011.12.28. 참조)

OOO의 실시설계용역은 2011.3.1.부터 2011.12.27.까지 3,552평에 대하여 공사의 양, 질, 치수, 위치, 재질, 질감, 색상 등을 결정하여 수백 페이지에 달하는 설계도서를 납품하였고, 이 설계도서를 토대로 건축허가권자인 OOO군수에게 제출하고 2011.11.28. 건축허가를 신청하였으며, 실시설계용역대금으로 OOO(3,552평 × OOO원)을 청구하였으나 대금을 수령하지 못하였다. 즉 2011.12.27. 수백페이지에 달하는 설계도서의 납품이 이루어져 용역의 공급이 완료되고 대금의 청구도 이루어져 대가가 확정된 것이므로 이에 대한 부가가치세의 부과제척기간 기산일이 2012.1.26.로 국세부과의 제척기간인 5년이 도과된 것이다.

건축사 업무의 범위에서 보듯이 설계업무는 계획설계, 중간설계 및 실시설계로 구분하고 있고, 각 단계에서 공급해야 하는 용역이 다름을 알 수 있다. 그럼에도 처분청이 OOO의 실시설계용역에 대하여 설계도서가 납품이 되고 건축허가신청까지 하였음에도 불구하고 이를 용역 전체에 대한 포괄계약으로 보고, 대법원 판결일을 용역의 공급일로 본 것은 잘못된 것이다.

반대로 청구인이 실시설계용역에 대하여 “설계도서 작성을 완료하고 건축허가신청까지 하였음에도 거래처가 대금을 지급하지 않아서 청구인이 실시설계용역에 대하여 용역의 공급으로 보지 않고, 판결에 의해서 확정받으면 신고하려고 했다”라고 가정한다면 처분청은 용역의 제공완료일을 기준으로 세금을 추징하였을 것이다.

더불어 처분청은 대금의 다툼이 있다고 하나 대법원에서도 청구인이 청구한 금액 그대로 확정되었다. 1원이라도 조정이 이루어져서 결정이 되었다면 공급대가에 대한 다툼이 있었다고 할 것이나 청구인이 청구한 금액이 그대로 확정된 것은 단순히 건축주가 악의적으로 지급하지 않은 미수금액을 확정하는 것으로 보아야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 건축기본 설계용역 및 OOO(기타시설)의 실시설계용역이 설계도면 및 허가신청이 완료되고 대금이 확정되었으므로 국세부과제척기간 기산일인 2009.7.26., 2012.1.26.로부터 각 5년이 경과되어 국세부과제척기간이 도과하였다고 주장하나, 청구인과 건축주는 2006.6.29. 쟁점사업의 지구단위 변경계획 및 기반 시설설계, 중간 실시설계에 대한 건축물의 설계표준계약서를 작성하였고, 용역에 대한 세부내역으로 지구단위변경, 기반시설설계, 건축기본설계, OOO 기타시설 등을 포함하여 설계 도면에 용역, 허가신청 및 건설사업관리 등을 별도 계약이 아닌 포괄적으로 계약하였다.

＜그림 삽입을 위한 여백＞

＜그림1＞ 건축물의 설계 표준계약서 용역비 산출 및 지불방법(발췌)

OOO

용역비의 지불방법에서도 ‘일시불 또는 분할하여 지불할 수 있다’라고 규정하고 대가를 분할하여 지불하는 경우에는 각 지불금액 및 지불시기에 관하여 계약 제4조 제3항에서 규정하고 있음에도, 피고가 원고에게 정하는 각 시기에 용역대금을 지불한 것이 아닌 점(분할하여 대가를 지불할 경우 용역 계약시 OOO원을 지불하여야 함에도 이 사건 계약 체결 당시 아무런 대가를 지급하지 아니하였고, 2008.3.28. OOO원을 지구단위변경 및 건축기본설계 명목으로 지급함)은 건축물의 표준 설계에 대한 용역 계약 내용이 포괄적으로 계약하였음을 알 수 있다.

(2) 청구인과 건축주는 각각 용역의 대금 지급에 대한 다툼이 있어 청구인이 2018.8.23. 전주지방법원에 민사소송을 제기하였고, 전주지방법원의 1심판결과 광주고등법원의 2심판결을 거쳐 2023.4.27. 대법원 판결에 의해 용역의 대가가 최종 확정되었다.

＜표4＞ 쟁점용역에 대한 청구인·건축주 1심 소송 주장금액

(단위 : 원)

OOO

광주고등법원의 2심판결 내용을 보면 지구단위변경 및 기반시설설계 업무의 용역대금은 OOO원으로 청구인과 건축주는 다툼이 없으나, 건축기본설계에 있어서는 청구인이 건축주에게 지급받아야 할 용역대금의 당초 계약 금액(=OOO×OOO원)이 약 OOO원이나, 면적 1,421평의 증가로 청구인은 약 OOO원을 주장하고, 건축주는 OOO원(=OOO×OOO원)을 주장하였지만, 청구인의 주장에 따라 OOO원으로 확정되었다.

OOO(기타시설)의 실시설계용역에 대한 중간 및 실시설계업무의 용역대금 OOO원(=OOO×OOO원)에 대해서도 건축주는 건축허가신청이 반려되었으므로 1/2만 지급해야 한다고 주장하였지만, 법원은 반려 사유가 청구인의 귀책이라는 증거가 없어 청구인의 주장대로 약 OOO원이라고 판단하였다.

또한 건축주가 소장에서 “지구단위변경, 기반시설설계, 건축기본설계, 각 시설에 대한 중간 및 실시 설계를 각 완성할 때마다 별개의 용역 청구권이 발생하여 3년의 소멸시효가 경과하여 용역의 대금을 지급할 의무가 없다”라고 주장한 반면, 청구인은 용역 대금을 지급할 의무가 있다고 주장하였고, 법원은 건축주의 소멸시효 경과가 아닌 청구인의 주장대로 설계용역 등에 대한 청구권을 인정하여 승소하였는바, 소멸시효에 대한 판결내용을 보면, 청구인이 쟁점사업에 관한 특구 사업본부장으로 기획, 건축설계(계획, 중간, 실시설계), 사후 설계관리, 건설사업관리 및 사업 타당성 분석, 지구단위계획 및 종합계획도 작성, 흙막이 상세도 작성 등 쟁점사업에 관한 모든 업무를 수행하기로 하는 계약을 체결하였는데 이는 단순히 각 건축설계의 위임이 아닌 쟁점사업을 기획하고 각종 인허가를 받으며 특구 사업 지역 내의 녹지와 건물을 포함한 모든 사항을 설계하고 건설사업관리까지 수행하는 업무에 관한 위임계약이라고 판단하였다.

쟁점 계약에 따른 용역 기간은 ‘납품일’까지이고, 용역비는 ‘일시불 또는 분할하여 지불할 수 있다’라고 규정하고 대가를 분할하여 지불하는 경우에는 각 지불금액 및 지불시기에 관하여 쟁점 계약에서 규정하고 있음에도 건축주가 청구인에게 각 시기에 지불하지 않은 점, 용역대가에 대하여 건축주가 지급한 OOO원은 계약상 대가를 분할하여 지급한 것이 아니라 쟁점사업이 1차 및 2차 변경을 통해 사업이 장기화됨에 따라 청구인의 재정 악화에 따른 비용 보전 등을 이유로 지급한 것으로 판단하였다.

위의 판결에 대하여 종합하면 ‘납품일’은 2차 변경에 따른 쟁점사업 사업기간 종료일 2020.12.31.이 될 것이나 청구인이 2018.4.10. 계약을 해지한다는 의사를 표시하였는바, 이때부터 “소멸시효가 진행된다고 봄이 상당하다”고 판결하였다.

이와 같이 건축기본 설계용역 및 OOO(기타시설)의 실시설계용역의 공급시기는 청구인과 건축주가 ‘쟁점계약’에 대한 지구단위변경계획, 중간 및 실시계획, 건설사업관리비용 등에 대한 공급대가의 다툼이 있어 민사소송으로 공급대가가 확정되었는바, 소멸시효 기산일은 계약을 해지한다고 의사표시한 날인 2018.4.10.이 공급시기일 것이나, 공급가액이 확정되지 않았기 때문에 소송을 통하여 대법원 판결이 최종 확정된 2023.4.27.이 공급시기에 해당하므로 이 건 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점용역의 공급시기를 대법원의 확정판결일로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 일부개정되기 전의 것)

제9조(거래 시기) ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15., 대통령령 제24359호로 일부개정되기 전의 것)

제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2.완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3.제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(3) 부가가치세법(2022.12.31., 법률 제19194호로 일부개정된 것)

제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2023.2.28., 대통령령 제33271호로 일부개정된 것)

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1.역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 : 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(5) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.(이하 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1.납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년

2.납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(이하 생략)

(7) 국세기본법 시행령

제12조의3(국세의 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1.과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.6.29.에 건축주와 ‘A 센터’ 조성사업과 관련하여 아래 ＜그림2＞와 같이 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 맺은 사실이 확인된다.

＜그림 삽입을 위한 여백＞

＜그림2＞ 건축물의 설계 표준계약의 주요 내용(일부 발췌)

OOO

이후 청구인과 건축주는 쟁점용역 외에 2013.1.4.에 해당 토지 위에 건립할 OOO 건물에 대한 설계용역계약을 OOO원에 체결하였고, 2013.11.20.에는 OOO 감리용역계약을 OOO원에 체결한 사실이 확인되고(이하 “추가용역”이라 한다), 청구인은 쟁점용역 계약 체결 후 사업본부장 직함으로 쟁점용역을 수행하였으며, 건축주로부터 2016.4.29.까지 OOO원을 지급받은 사실이 2심 판결문을 통해 확인되며, 이에 대한 당사자 간 이견은 없다.

2015.2.23.경 건축주의 투자자금 부족으로 동 공사가 중단되었고, 청구인은 2017.5.24.에 쟁점용역에 대한 업무를 잠정적으로 중지한 후 관련 서류 일체를 건축주에게 송부하였고, 2018.2.8.에 건축주가 청구인의 미지급 용역비용 청구에 응하지 않자 2018.4.10.에 ‘건설사업관리비용 중간결산에 대한 최종 입장문 회신’이라는 제목의 문서를 건축주에게 내용증명으로 발송한 사실이 확인된다.

(2) 청구인이 주장하는 쟁점용역 및 추가용역의 세부 금액은 아래 ＜그림3＞과 같다.

＜그림3＞ 쟁점용역 및 추가용역의 세부 금액

OOO

(가) 상기 용역 외 추후 별도 처리하기로 한 건설사업관리용역(이하 “별도산정용역”이라 한다)의 대가 OOO원 또한 소송 제기 시에 포함된 사실이 확인된다.

청구인은 쟁점용역 및 추가용역에 대한 대가 OOO원 중 기지급된 OOO원을 제외한 OOO원과 추후 실비정산가산식에 의해 별도 처리하기로 한 “별도산정용역 대가” OOO원의 합계 금액인 OOO원을 지급할 의무가 있다고 소송을 제기한 사실이 확인된다.

(나) 2심판결 내용을 보면 청구인과 건축주는 쟁점용역 및 추가용역에 대해 아래 ＜표5＞와 같이 상이한 주장을 하였고, 아래 ＜표6＞과 같이 법원은 대부분 청구인의 주장을 인정하였음이 확인된다.

＜표5＞ 쟁점용역에 대한 청구인·건축주 2심 소송 주장금액

(단위 : 백만원)

OOO

＜표6＞ 광주고등법원 2023.1.12. 선고 (전주)2020나11921 판결의 주요내용 요약

OOO

(다) 2심판결에서 판단한 각 세구분의 용역대가는 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 2심법원이 인정한 각 세구분의 용역대가

(단위 : 원)

OOO

(라) 또한 건축주가 쟁점용역 및 추가용역이 각 완료시점으로부터 3년의 소멸시효기간이 경과하여 용역대금 지급의무가 없다고 주장하였으나, 법원은 이에 대해 청구인이 쟁점용역에 대해 계약을 해지한다고 의사표시한 2018.4.10.부터 소멸시효가 진행된다고 보아 소멸시효 항변이 이유없다고 판단하였다.

(3) 2심판결에 따라 건축주는 OOO원[=⑦ 별도산정 용역 대가 OOO원 + OOO원(①∼⑥ 합계금액 OOO원 - 기지급액OOO원)]을 청구인에게 지급하고 세금계산서 발급을 요청하였으나 청구인이 이를 검토하는 중 2023.8.31.자로 쟁점용역에 대한 ‘거래사실확인신청서’를 처분청에 제출하였고, 2023.9.15.에 처분청은 건축주에게 거래사실 확인 통지’를 하였으며, 건축주는 이를 근거로 2023.11.15.에 2023.1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서를 제출하였다.

(4) 청구인과 건축주 사이 맺은 각 계약에 대한 세금계산서 발급내역은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 세금계산서 발급내역

(단위 : 원)

OOO

1) 공급시기 특례 규정에 따라 대가를 받고 선발급한 금액

2) 거래사실 확인 통지에 따라 건축주가 발행한 매입자발행세금계산서

3) 각 당사자마다 합계액에 소액 차이(불부합)가 있으며, 조사서는 판결내용을 기준으로 작성함

(5) 청구인은 당초 2023.4.27. 대법원 상고기각일을 공급시기로 보아 2023.9.20.자로 2023년 제1기 부가가치세 수정신고서를 제출하고 추가세액 OOO원을 납부하였으나, 쟁점용역에 대한 국세부과제척기간이 도과하였다고 판단을 변경하여 2023.11.28.자로 해당 수정신고에 대한 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 과세사실판단자문위원회 의결 결과(법원판결일을 공급시기로 본다)에 따라 경정청구 거부통지를 하였고, 이에 청구인은 2024.5.2.에 이의신청을 제기하였으며, 처분청은 2024.5.28. 이를 기각한 사실이 확인된다.

(6) 경정청구, 이의신청, 심판청구 시 청구인의 주장은 다음과 같이 변경되었다.

(가) 청구인은 경정청구 시 모든 계약 내용의 부과제척기간이 도과되었다고 주장하였으나, 이의신청 시에서는 건설사업관리용역(OOO원)은 소멸시효를 법원 판결일로 보는 것으로 변경하였으며, 이외 계약에 대해서 제척기간의 도과를 주장하고 있다.

(나) 심판청구 시 주장은 이의신청 시 주장과 거의 동일하나, 청구인은 이의신청 시 건축기본설계 용역이 2012년 6월까지 제공완료되었으므로 국세부과제척기간의 기산일을 2012.7.6.로 주장한 반면, 심판청구 시에는 2009.5.25.에 건축기본설계에 대한 설계도서가 납품되어 용역의 공급이 완료되었으므로 국세부과제척기간의 기산일을 2009.7.26.로 주장하였다.

(7) 세액경정 대상 계약의 당사자 간 분쟁 내용에 대한 법원의 구체적인 세구분별 판결내용은 다음과 같다.

(가) 아래 ＜표9＞와 같이 법원은 청구인 주장과 동일하게 판단하였다.

＜표9＞ 건축기본설계용역에 대한 건축주와 청구인의 주장 요약

OOO

(나) 이와 관련하여 아래 ＜표10＞과 같이 법원은 해당 용역의 계약상 설계단가는 OOO원이고, 설계면적이 3,552평인 사실에는 당사자간 다툼이 없는 것으로 확인하였고, 용지매입을 하지 못한 것이 청구인의 잘못이라고 볼 증거도 없으며, 당사자 간 건축허가를 못받을 경우 용역대금을 감액하기로 하는 약정 등이 있었음을 인정할 증거도 없으므로 청구인의 주장은 이유 없으며, 오히려 청구인은 설계진행 및 건축허가에 필요한 제반서류(소유권 관계 등)의 제공의무를 부담하고 있는 사실을 인정할 수 있으므로 청구인의 주장 금액을 용역대가로 판단하였다.

＜표10＞ 중간 및 실시설계 업무에 대한 건축주와 청구인의 주장 요약

OOO

(다) 소송과정에서 시효완성을 주장한 자는 건축주로, 쟁점용역과 관련하여 청구인과 건축주 간 2006.6.29.에 작성한 ‘OOO 조성공사 건설사업관리(CM), 지구단위변경계획 설계변경 및 OOO 기타시설 기본 및 설계용역’이라는 이름으로 체결한 도급계약의 주요 내용은 아래 ＜그림4＞와 같다.

＜그림 삽입을 위한 여백＞

＜그림4＞ 쟁점용역 계약서의 주요 내용(발췌)

OOO

청구인과 건축주 간 소송과정에서 건축주는 계약에 따른 각 구체적 용역, 즉 지구단위변경, 기반설계, 건축기본설계, 각 시설에 대한 중간 및 실시설계를 각 완성할 때마다 별개의 용역대금 청구권이 발생한다는 전제에서 원고의 청구 중 지구단위변경, 기반시설설계, 건축기본설계, 중간 및 실시설계의 각 완료시점으로부터 「상법」상 채권소멸시효 3년이 도과한 이후 청구인이 소를 제기하였으므로 용역대금을 지급할 의무가 없다고 주장하였고,

이에 대해 1심 법원은 설계 및 감리업무 부분은 소멸시효가 도과하였으며, 건설사업관리용역에 대해서는 ① 청구인과 건축주는 건설사업관리 비용은 추후 실비정산가산식에 의해 별도 처리하기로 했을 뿐, 용역비 지급시기와 관련하여 별도로 정하지 않은 점, ② 청구인이 장기간 건설사업관리업무를 건축주에게 청구하지 않았던 것은 건설사업관리업무가 종료되지 않았기 때문으로 보이는 점, ③ 실제 청구인은 사업이 중단된 2015.2.23. 이후에도 건설사업관리 업무를 수행한 점을 종합하면, 청구인이 최종 건설사업관리용역을 수행한 2017년 3월이 건설사업관리 업무 용역 대금 채권의 소멸시효 기산일이라 봄이 타당하다고 판결하였으며,

이후 2심 법원은 ① 청구인이 쟁점용역에 관한 특구사업본부장으로서 기획, 설계, 사후 설계관리, 건설사업관리 및 사업타당성 분석, 지구단위계획 및 종합계획도 작성, 흙막이 상세도 작성 등 사업진행에 관한 모든 업무를 수행하기로 하는 계약을 체결하였는바, 이는 단순한 각 건축설계의 위임이 아닌 사업 전체를 기획하고 인허가를 받으며 특구사업 지역 내 녹지와 건물을 포함한 모든 사항을 설계하고 건설사업까지 수행하는 업무에 관한 포괄위임계약이라고 봄이 상당한 점, ② 쟁점용역 계약에 따른 용역기간은 “납품일”까지이고, “용역비는 일시불 또는 분할하여 지불할 수 있다”라고 규정하면서, 만일 대가를 분할 지급하는 경우에는 각 지불금액 및 지불시기에 관해 계약 제4조 제3항에서 규정하고 있음에도, 건축주가 청구인에게 제4조 제3항에서 정하는 각 시기에 용역대금을 지불한 것이 아닌 점, ③ 오히려 건축주가 지급한 OOO원은 쟁점 계약상 대가를 분할하여 지급한 것이 아니라 사업이 1차 및 2차 변경을 통해 장기화됨에 따라 청구인의 재정악화에 따른 비용보전 등을 이유로 지급한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 쟁점계약서 제2조에서 정한 “납품일”은 이 사건이 모두 종료되거나 원고의 업무가 종료되는 시점으로 보아야 할 것이므로 본 계약의 납품일은 2차 변경에 따른 이 사건 사업기간 종료일인 2020.12.31.이 될 것이나, 청구인이 2018.4.10. 이 사건 계약을 해지한다는 의사를 표시하였으므로 이때부터 소멸시효가 진행된다고 판결하였음이 확인된다.

(라) 경정청구 및 이의신청에서 제척기간 도과를 주장하는 자는 청구인으로, 청구인은 경정청구 및 이의신청에서 계약에 따른 각 구체적 용역, 즉 지구단위변경, 기반설계, 건축기본설계, 각 시설에 대한 중간 및 실시설계 용역을 별개의 수행의무로 보아 개별 용역별로 국세부과제척기간을 판단하여야 하고, 건설사업관리용역 외에는 청구인과 건축주 사이에 대가에 대한 다툼이 없었음을 주장하고 있는바, 해당 내용은 소송과정에서 건축주가 청구인에게 채권 변제의무가 없음을 주장했던 논거와 유사한 것으로 보인다.

(마) 청구인은「부가가치세법」 제16조에 따른 각각의 용역제공 완료 시점 또는 기성률에 따라 해당 용역별로 구분하여 세금계산서를 발급한 것이 아니라, 동법 제17조 제1항의 공급시기 특례규정(재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.)에 따라 용역별 구분없이 다음과 같이 대금 수령시 마다 해당 대금수령액에 대응하는 세금계산서를 발급한 것으로 보인다.

＜그림 삽입을 위한 여백＞

＜그림5＞ 청구인의 대금수취 및 세금계산서 발급내역

OOO

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점용역에 대한 용역의 제공완료일을 공급시기로 볼 경우 쟁점용역에 대한 부과제척기간이 도과되었다고 주장하나,

「국세기본법」제12조의3 제1항 제1호에서는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 과세표준신고기한의 다음 날을 국세부과제척기간일로 정하고 있고,「부가가치세법」 제16조 제1항에서는 용역이 공급되는 시기를 “역무의 제공이 완료되는 때, 시설물 및 권리 등 재화가 사용되는 때”로 정하고 있으며,

「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제1호에서는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우에는 “역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때”를 공급시기로 정하고 있는바,

청구인이 국세부과제척기간의 도과를 주장하고 있는 건축기본설계 및 기타시설(한방병원1)의 실시설계에 대하여 청구인과 건축주가 용역비에 대하여 소송을 통해 다퉜고, 이에 대하여 1심 법원은 설계부분은 소멸시효가 도과하였다고 판단하였으나, 2심 법원은 ① 청구인이 쟁점용역에 관한 특구사업 본부장으로서 기획, 설계, 사후 설계관리, 건설사업관리 및 사업타당성 분석, 지구단위계획 및 종합계획도 작성, 흙막이 상세도 작성 등 사업진행에 관한 모든 업무를 수행하기로 하는 계약을 체결하였는바, 이는 단순한 각 건축설계의 위임이 아닌 사업 전체를 기획하고 인허가를 받으며 특구사업 지역 내 녹지와 건물을 포함한 모든 사항을 설계하고 건설사업까지 수행하는 업무에 관한 포괄위임계약이라고 봄이 상당한 점, ② 쟁점용역 계약에 따른 용역기간은 “납품일”까지이고, “용역비는 일시불 또는 분할하여 지불할 수 있다”라고 규정하면서, 만일 대가를 분할 지급하는 경우에는 각 지불금액 및 지불시기에 관해 계약 제4조 제3항에서 규정하고 있음에도, 건축주가 청구인에게 제4조 제3항에서 정하는 각 시기에 용역대금을 지불한 것이 아닌 점, ③ 오히려 건축주가 지급한 OOO원은 쟁점 계약상 대가를 분할하여 지급한 것이 아니라 사업이 1차 및 2차 변경을 통해 장기화됨에 따라 청구인의 재정악화에 따른 비용보전 등을 이유로 지급한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 쟁점계약서 제2조에서 정한 “납품일”은 이 사건이 모두 종료되거나 원고의 업무가 종료되는 시점으로 보아야 할 것이므로 본 계약의 납품일은 2차 변경에 따른 이 사건 사업기간 종료일인 2020.12.31.이 될 것이나, 청구인이 2018.4.10. 이 사건 계약을 해지한다는 의사를 표시하였으므로 이때부터 소멸시효가 진행된다고 판결한 점, 동 판결에 따라 쟁점용역의 공급시기는 공급가액이 확정된 대법원 판결이 확정되는 때로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.