이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2008.4.1. 개업하여 물류자동화 설비 및 반도체장비 등을 제작하는 법인으로, 2024년도에 처분청에서 실시한 청구법인에 대한 2019사업연도 정기조사 결과, 청구법인이 2016사업연도에 적격 합병한 주식회사 A(이하 “피합병법인”이라 한다)의 이월결손금(OOO원을 승계)을 사업용 고정자산 비율로 안분계산하여 2016 및 2017사업연도에 전액 공제하여야하나, 청구법인은 적법한 구분경리가 이루어지지 않았음에도 소득금액을 기준으로 안분하여 아래 ＜표1＞과 같이 이월결손금을 공제한 사실이 확인된다고 보아 2019사업연도 과세표준에서 공제하였던 피합병법인의 이월결손금(OOO원)을 부인하여 법인세를 경정하였다.
＜표1＞ 당초 법인세 신고 시 승계한 이월결손금 공제 내역
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나. 이후 청구법인은 2024.6.19. 처분청의 경정으로 인하여 연동된 이월결손금의 귀속시기가 변경되어 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구사유에 해당하므로, 위 이월결손금을 합병법인과 피합병법인의 자산가액으로 적법하게 안분하여 재계산 후 아래 ＜표2＞와 같이 2016 및 2017사업연도에 공제하여 달라는 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 2024.8.13. 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고시부터 세법 적용을 착오하여 이월결손금의 귀속년도를 잘못 신고한 것일뿐 경정으로 인하여 이월결손금이 연동된 것이 아니므로 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 보아 거부 통지하였다.
＜표2＞ 연도별 이월결손금 경정청구 내역
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다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 이 건 합병은 「법인세법」제44조의3의 요건을 갖춘 적격합병으로, 청구법인은 「법인세법」제44조의3 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 승계하였고, 승계받은 피합병법인의 이월결손금 공제방법으로 청구법인은 2016사업연도부터 2019사업연도까지 「법인세법」 제113조 제3항 본문에 따라 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하고, 피합병법인의 이월결손금을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 청구법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하였다.
그러나 처분청은 청구법인의 2019사업연도 법인세에 대한 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2016사업연도부터 2019사업연도의 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것으로 정확하게 다른 회계로 구분하여 기록하지 아니하였으므로, 피합병법인의 이월결손금 공제방법은 처음부터 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위가 아닌 「법인세법 시행령」제81조 제1항에서 정한 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액을 공제하였어야 한다고 보았으며, 이에 따라 2016 및 2017사업연도에 이미 이월결손금을 모두 공제하여 2019사업연도에는 공제할 이월결손금이 없다는 이유로 청구법인이 적용한 2019사업연도의 이월결손금 공제를 부인하는 내용의 처분을 하였다.
(2) 처분청의 의견과 같이 세무상 인정되는 적격 구분경리가 없다한다면 합병·승계 이월결손금을 공제하는 대안적 방식으로서 구분경리를 요하지 않는 「법인세법 시행령」제81조 제1항에서 정한 사업용 자산가액 비율 안분계산 방법에 의할 수 있을 것이고, 이 경우 2019 사업연도 뿐만 아니라 2016 및 2017사업연도의 피합병법인 이월결손금 역시 동일한 방식에 따라 공제되었어야 할 것다.
(가) 처분청의 2019사업연도 피합병법인 이월결손금 공제 부인 경정으로 인하여 연동된 2016 및 2017사업연도 이월결손금이 증액되었는바, 2016 및 2017사업연도에 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하게 되었으므로, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 대상에 해당한다.
(나) 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때에는 제45조의2 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이 건과 같이 피합병법인 이월결손금 공제방법이 변경되어야 함을 이유로 과세관청의 2019사업연도의 이월결손금 공제를 부인하는 경정을 하는 경우, 필연적으로 변경된 다른 공제방법을 적용한 결과 2016 및 2017사업연도에 공제되어야 할 피합병법인 이월결손금이 증액될 수밖에 없는 관계에 있다 할 것이다. 즉, 승계받은 피합병법인 이월결손금 공제방법을 변경하는 것은 다른 공제방법을 적용하였던 사업연도의 이월결손금과 직접적인 상관관계가 있어 대응된다 할 것이다.
(3) 「국세기본법」에서 이러한 후발적 경정청구 제도를 둔 취지는 조세법규에서 정한 과세요건이 충족됨으로써 일단 조세채무가 성립, 확정되었다고 하더라도, 후발적 사유 발생으로 과세표준 및 세액의 기초에 변동이 생긴 경우, 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 있으며, 이는 조리상 인정되는 당연한 권리를 명문화한 것인바(헌법재판소 2000.2.24. 선고 97헌마13·245 전원재판부 결정), 이 건의 경우 ① 처분청은 2024.6.5. 청구법인이 2019사업연도 과세표준에서 공제하였던 승계받은 이월결손금 OOO원의 공제를 부인하는 내용으로 과세표준을 경정(행위 존재)하였고, ② 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간(2016 및 2017사업연도)의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당한다 할 것이다.
또한, 이월결손금 공제방법을 변경한 내용을 좀 더 구체적으로 살펴보면, 처분청이 승계 이월결손금의 공제방법을 사업용 고정자산금액 비율로 변경한 결과, 해당 공제 방법에 의하면 2016 및 2017사업연도에 이미 승계받은 이월결손금을 모두 공제한 셈이 되어 2019사업연도에는 공제할 이월결손금이 없는바, 이러한 이월결손금의 공제 방법을 변경하는 경정은 이월결손금의 성격 및 공제 시기가 소득 또는 비용의 귀속시기와 유사하므로, 다른 사업연도에 공제되어야 하는 승계 이월결손금의 규모와 자동으로 연동된 관계에 있다고 볼 수 있다.
(4) 처분청은 당초 신고할 당시부터 납세자가 세법을 잘못 적용하여(귀책) 신고한 경우는 후발적 경정청구 대상이 될 수 없다는 의견이나, 조세심판원 및 국세청의 다수 결정례는 “당초 신고할 때부터 청구법인이 세법을 잘못 적용하여 손익의 귀속시기를 잘못 신고·납부하고, 그 후 처분청이 이를 바로잡는 경정을 한 경우”에 대하여, “처분청이 올바른 귀속시기에 대하여 결정 또는 경정을 한 경우, 납세자는 당초 잘못 신고한 귀속시기에 대하여 경정청구를 할 수 있다”고 판단하고 있다(조심 2020광624, 2021.5.11., 조심 2015중1347, 2015.7.2., 조심 2014중5685, 2015.12.22. 등 다수).
따라서, 처분청의 2019사업연도 승계 이월결손금 공제 부인으로 인하여 아래 ＜표3＞과 같이 그 경정과 연동된 2016 및 2017사업연도의 이월결손금이 과소 공제되었고, 2016 및 2017사업연도의 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액올 초과하게 된 바, 이 건 경정청구는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 요건을 갖추었으므로, 거부처분은 부당하다.
＜표3＞ 이 건의 경정 및 후발적 경정청구 관계 도해
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나. 처분청 의견
(1) 「국세기본법」제45조의2 제2항 각 호에서 일반적인 경정청구 기간과 달리 후발적 사유에 의한 경정청구 기간의 예외를 두는 이유는 불복, 소송의 결과가 당초에는 다른 것으로 확정된 때, 경정으로 인하여 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액이 당초보다 초과할 때 등으로 당초 법인세 신고할 당시와 다른 사유가 후발적으로 발생하는 경우 경정청구 할 수 있도록 하는 취지이고, 경정으로 인하여 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액이 당초보다 초과하는 경우란 예를 들면 ‘채무의 귀속시기를 경정하면 연동되는 지급 이자의 귀속시기가 변동’되는 것처럼 채무와 지급이자가 함께 움직인다는 개념이다.
(2) 이 건 경정청구 검토과정에서 청구인과 처분청 간의 이견이 있어 대전지방국세청장의 법률자문 결과 "합병둥기일 현재 사업용고정가산 가액의 비율이 다른 것으로 확정된 경우"와 같이 당초 사업용 고정자산 비율로 적법하게 신고한 후 사업용 고정자산 비율을 변경하는 경정에 따라 이월결손금이 자동 연동되어 귀속시기가 변경될 때만 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것 일뿐, 청구법인과 같이 당초부터 세법을 잘못 적용하여 신고한 경우에는 적법한 방법으로 과세표준과 세액을 재계산하여 경정청구를 하여야 하는 일반적인 경정청구 대상에 해당한다 할 것이다.
(3) 후발적 사유에 의한 경정청구를 규정한 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 법문 내용이 명확하지 않아 그동안의 불복 심리결정 과정에서 국세청의 내부 업무처리에 혼선이 있었으나, 동 규정이 2022.12.31. 개정(2023.1.1시행)되어 관련규정은 명백하게 하였다.
개정전
개정후
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때
동 법률 조항의 개정 이전에도 처분청에서는 경정으로 연동되는 경우에 한하여 후발적 사유를 적용하였음에도 개정전 법문 그대로 보면 과세관청의 경정으로 손익의 귀속시기가 변동되는 모든 경우에 적용 가능한 것으로 볼 여지가 있어 혼선이 있었으나, 2022.12.31. 개정으로 인하여, 경정이 있더라도 이에 연동되어 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액을 초과하는 때로 한정하는 것으로 법문을 명백히 하였으므로, 단순히 비용이나 공제의 귀속을 부인하는 경정을 하는 것은 후발적 사유에 해당 하지 않는다 할 것이다.
따라서, 청구법인은 당초 신고 시 법률을 잘못 적용하여 피합병법인의 이월결손금 공제 귀속시기를 잘못 신고하였고, 이에 이 건은 2019사업연도 공제를 부인하는 경정일 뿐 사실관계가 변경된 것이 아니므로, 자동으로 연동되는 비용이나 공제가 있을 수 없는바, 2016 및2017사업연도의 결손금은 일반적인 경정청구 대상에 해당하여 각하 대상(경정청구기간 도과)이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 2024년도에 처분청에서 실시한 청구법인에 대한 2019사업연도 정기조사 결과, 청구법인이 2016사업연도에 적격 합병한 피합병법인의 이월결손금(OOO원을 승계)을 사업용 고정자산 비율로 안분계산하여 2016 및 2017사업년도에 전액 공제 하여야하나, 청구법인은 적법한 구분경리가 이루어지지 않았음에도 세법적용을 잘못하여 소득금액을 기준으로 안분하여 이월결손금을 공제한 사실이 확인되어 2019사업년도 과세표준에서 공제하였던 피합병법인의 이월결손금(OOO원)을 부인하여 법인세를 경정하였고, 청구법인은 2024.6.19. 처분청의 경정으로 인하여 연동된 이월결손금의 귀속시기가 변경되어 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구사유에 해당하므로, 합병법인과 피합병법인의 자산가액으로 적법하게 안분하여 재계산 후 2016 및 2017사업년도의 이월결손금으로 공제하여 달라는 경정청구서를 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다.
처분청은 2024.8.13. 청구법인이 2019사업년도 법인세 신고 시부터 세법 적용을 착오하여 이월결손금 귀속년도를 잘못 신고한 것일뿐 경정으로 인하여 이월결손금이 연동된 것이 아니므로 후발적 경정청구사유에 해당하지 않아 경정청구 기한이 경료하였다는 취지로 각하 통지하였다.
＜표4＞ 경정청구 내역 등
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(2) 이 건 사업용고정자산가액 비율 등에 의한 이월결손금(승계한 이월결손금 OOO원) 공제내역은 아래 ＜표5＞·＜표6＞과 같고, 청구법인은 합병법인(청구법인)과 피합병법인의 자산, 부채 및 손익을 구분경리하지 않았으므로 법인세 과세표준 신고 시 사업용 고정자산 비율로 안분계산하여 이월결손금을 공제하여야 함에는 처분청과 이견이 없다.
＜표5＞ 사업용고정자산가액비율
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＜표6＞ 사업용고정자산 비율로 안분한 이월결손금 공제액
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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」에서 후발적 경정청구 제도를 둔 취지는 조세법규에서 정한 과세요건이 충족됨으로써 일단 조세채무가 성립·확정되었다고 하더라도, 후발적 사유 발생으로 과세표준 및 세액의 기초에 변동이 생긴 경우, 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하는데 있는 점(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 다수, 같은 뜻임), 2019사업연도 이월결손금 공제를 부인하여 연동된 2016 및 2017사업연도 이월결손금이 증액되었고, 2016 및 2017사업연도에 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하게 되었으므로, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 2019사업연도 이월결손금의 공제는 부인하면서 국세부과제척기간이 도과된 과세기간의 이월결손금을 공제하지 않는 것은 불합리하다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법
제45조의2 [경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때
(2) 법인세법
제44조의3 [적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례] ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.
⑤ 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.
제45조 [합병 시 이월결손금 등 공제 제한] ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제113조 [구분경리] ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 법인세법 시행령
제81조 [합병에 따른 이월결손금 등의 승계] ① 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.
② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.