이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.3.27. 경상남도 김해시 OOO를 사업장으로 하고 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 일반과세자로 사업자등록을 한 후 음식점업을 영위하다가 2025.5.12. 사업부진을 이유로 폐업신고를 하였다(폐업일 : 2025.4.30.).

나. 청구인이 2023년 제1기·제2기 부가가치세에 대하여 수정신고 및 기한 후 신고를 하였으나, 관련 납부세액을 무납부함에 따라 처분청은 청구인에게 2023.11.22. 2023년 제1기 부가가치세 OOO원을 납부고지하는 한편, 2024.4.2. 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 일반상업지역 내에서 ‘B’이라는 사업장을 운영한다는 이유만으로 매출 규모와 전혀 상관없이 일반사업자로 사업자등록을 하는 것은 부당하고, 그로 인하여 매출 실적이 저조함에도 이를 고려하지 아니하고 일반사업자(B)를 보유하고 있다는 이유만으로 쟁점사업장을 일반과세자로만 사업자등록을 강제하는 것은 타사업자와의 형평성에 있어서도 불합리하다.

(2) 토지이용계획상 일반상업지에서 영업을 영위할 경우 정확한 매출 규모를 추정할 수 없음에도 소상공인마저 일반과세자로 사업자등록을 강제하는 것은 준주거지 또는 1종·2종 주거지 등에서 영업활동을 하는 동일 업종의 소상공인들과 비교할 때 형평성 차원에서도 불합리하고, 매출 규모와 상관없이 일반과세자로 사업자등록된 경우 또 다른 사업자를 등록할 경우 일반과세자로만 등록이 가능하다는 것은 간이과세자가 또 다른 사업자를 간이과세자로 등록할 수 있는 경우와 비교할 때 불공정하다. 따라서 청구인이 운영하는 ‘B’의 2023년 매출액이 OOO원이라 하더라도 통상적으로 최초 사업자등록 시 간이과세자로 등록한 후 1년 간의 매출 정산 후 그 규모에 따라 사업자 유형을 구분하는 것이 합리적이다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점사업장의 사업자등록 신청 시 간이과세자로 등록하려고 하였으나, 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있다는 이유로 일반과세자로 등록할 수밖에 없었으므로, 일반과세자로서 이 건 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 「부가가치세법」 제61조 제1항 제1호에서는 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자는 간이과세자로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점사업장 외에 2020.7.25.부터 일반과제자로 ‘B’을 운영하고 있었고, 쟁점사업장의 사업자등록 시에도 일반과세자로 신청하였으며, 2023년 제1기 및 제2기 부가가치세도 자진하여 신고하였다. 따라서 청구인이 쟁점사업장을 일반과세자로 사업자등록을 하고 이에 따라 부가가치세를 신고한 후 납부세액을 납부하지 아니한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한지 여부

② 일반과세가 적용되는 다른 사업장을 보유하고 있다는 이유로 쟁점사업장에 대하여 간이과세자의 적용을 배제하고 일반과세자로 사업자등록증을 발급한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제22조【납세의무의 확정】① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

1. 소득세

2. 법인세

3. 부가가치세

제22조의2【수정신고의 효력】① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제45조의3【기한 후 신고】① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한 후 과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.

제80조의2【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 부가가치세법

제61조【간이과세의 적용 범위】① 직전 연도의 공급대가의 합계액이 8천만원부터 8천만원의 130퍼센트에 해당하는 금액까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액에 미달하는 개인사업자는 이 법에서 달리 정하고 있는 경우를 제외하고는 제4장부터 제6장까지의 규정에도 불구하고 이 장의 규정을 적용받는다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자는 간이과세자로 보지 아니한다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종, 규모, 지역 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자

3. 부동산임대업 또는 「개별소비세법」 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소(이하 “과세유흥장소”라 한다)를 경영하는 사업자로서 해당 업종의 직전 연도의 공급대가의 합계액이 4천 800만원 이상인 사업자

4. 둘 이상의 사업장이 있는 사업자로서 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 금액 이상인 사업자. 다만, 부동산임대업 또는 과세유흥장소에 해당하는 사업장을 둘 이상 경영하고 있는 사업자의 경우 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가(하나의 사업장에서 둘 이상의 사업을 겸영하는 사업자의 경우 부동산임대업 또는 과세유흥장소의 공급대가만을 말한다)의 합계액이 4천800만원 이상인 사업자로 한다.

② 직전 과세기간에 신규로 사업을 시작한 개인사업자에 대하여는 그 사업 개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가를 합한 금액을 12개월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항을 적용한다. 이 경우 1개월 미만의 끝수가 있으면 1개월로 한다.

③ 신규로 사업을 시작하는 개인사업자는 사업을 시작한 날이 속하는 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달될 것으로 예상되면 제8조 제1항 또는 제3항에 따른 등록을 신청할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 간이과세의 적용 여부를 함께 신고하여야 한다.

④ 제3항에 따른 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에는 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자인 경우는 그러하지 아니하다.

⑤ 제8조 제1항 또는 제3항에 따른 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 시작한 날이 속하는 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달하면 최초의 과세기간에는 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자는 그러하지 아니하다.

⑥ 제68조 제1항에 따라 결정 또는 경정한 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점사업장에 대한 2023년 제1기·제2기 부가가치세에 대한 수정신고 및 기한 후 신고 후 납부세액을 무납부함에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 청구인에게 이 건 부가가치세를 고지하였다.

＜표1＞ 이 건 고지 내역

○○○

(2) 처분청은 쟁점사업장에 대한 2023년 제1기·제2기 부가가치세에 대한 이 건 납부고지서를 2023.11.22. 및 2024.4.2. 전자고지를 통하여 청구인에게 송달한 것으로 나타나고, 청구인은 동 고지서를 송달받은 후 90일 이상이 경과한 2025.1.6. 심판청구를 제기하였다.

(3) 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법하게 제기되었는지 여부에 대하여 살피건대, 부가가치세와 같이 신고납세제도를 채택하고 있는 세목의 경우 해당 신고에 대한 무납부고지는 징수절차로서 불복청구대상인 처분으로 보지 아니하는 것인바(조심 2018구4852, 2019.1.23., 같은 뜻임), 이 건 2023년 제1기 부가가치세 과세표준과 세액은 청구인의 확정(수정)신고에 의하여 이미 확정되었고, 처분청의 이 건 무납부고지는 그 수정신고에 의하여 이미 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당할 뿐 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당하지 아니하는 점,

「국세기본법」 제68조 제1항에서 ‘심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있는바, 처분청은 청구인이 한 2023년 제2기 부가가치세 기한 후 신고를 결정하여 해당 납부고지서를 2024.4.2. 청구인에게 송달하였고, 청구인은 통지를 받은 날(2024.4.2.)부터 90일 이내에 심판청구를 제기하여야 함에도 이를 경과한 2025.1.6. 심판청구를 제기한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당하는 것으로 판단된다.

설령, 이 건을 본안심리 대상에 해당하는 것으로 본다 하더라도, 「부가가치세법」 제61조 제1항 단서에서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업자는 간이과세자로 보지 아니한다고 하면서, 같은 항 제1호에서 “간이과세자가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자”를 규정하고 있고, 같은 조 제4항 단서에서는 제1항 단서에 해당하는 사업자인 경우에는 최초 과세기간에도 간이과세자로 보지 아니하도록 규정하고 있는바, 일반과세자로 등록된 다른 사업장을 운영하고 있는 청구인의 경우 위 규정에 따라 쟁점사업장은 간이과세자로 사업자등록을 할 수 없는 점이 명백하므로, 쟁점사업장에 대하여 일반과세자로 하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.