이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.6.15. 서울특별시 서초구 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2019.7.31. 그 지상에 지하 4층~지상 6층 규모의 건축물(연면적 OOO㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 쟁점건축물 중 본점의 사업용 부동산(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율(1천분의 68)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, A(주) 등의 계열사 등에 임대하는 부동산(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 같은 법 제11조 제1항 제3호의 취득세 일반세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 각각 신고·납부하였고, 쟁점토지 중 본점의 사업용 부동산의 부속토지(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율(1천분의 80)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 쟁점건축물 중 본점의 사업용 부동산의 면적을 OOO㎡로 확정하고 기 신고한 면적 OOO㎡을 차감한 OOO㎡ 및 그 부속토지 면적 OOO㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)가 취득세 중과세 대상에서 누락되었다고 보아, 「지방세법」 제13조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2022.9.2. 청구법인에게 부과·고지하였다.

＜표1＞ 이 건 취득세 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점연구시설은 「지방세법」 제13조 제1항에서 정하는 ‘본점의 사업용 부동산’에 해당하지 아니한다.

「지방세법」 제13조 제1항에서 취득세 중과의 대상이 되는 본점의 사업용 부동산에는 그 부대시설용 부동산도 포함되는 것으로 규정하고 있으나, 본점 자체에 대해서는 구체적으로 규정한바 없고, 대법원(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결)에서는 본점의 ‘사무소’로 사용하는 부동산이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어렵다고 판시한바 있다.

위 대법원이 판시에 따르면 ① 주요한 의사결정 및 ② 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 ③ 관리행위가 이루어지는 장소가 아닌 이상 이를 본점의 사무소에 해당한다고 할 수 없다.

연구시설은 주요한 의사결정이 이루어지는 장소가 아니라 경영, 재무, 기획부서 등에서 이루어지는 의사결정에 따라 그 수행여부가 결정되는 종속적인 활동이 수행되는 장소에 불과하므로 연구활동이 주된 업종이 되는 회사가 아닌 이상 연구기능 자체를 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수는 없으며, 연구기능이 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없음은 각 행위의 사전적 의미에 비추어 보더라도 문언상 명백하다.

또한, 주요한 업무수행과 관련하여 조세심판원(조심 2014지379, 2015.1.2.)에서는 연구개발이 주된 업무에 해당하는 특수성을 가진 법인의 경우에도 연구개발본부의 지원을 위한 부서가 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 판단하고 있는바, 이는 회사의 어떤 사업본부가 본점에 해당할 경우 그 보조 및 지원을 위한 부서는 당연히 본점에 해당한다는 점에서 연구개발부서 자체의 경우 본점 및 주사무소의 사무실에 해당하지 않는다는 것을 전제로 하는 것이다.

(2) 청구법인은 자회사에 대한 지배적 지분을 소유함으로써 자회사의 경영전략에 영향력을 행사하는 것을 주된 사업으로 영위하는 지주회사로서, 지배적 지분을 보유한 자회사에 대한 경영 전략에 영향력을 행사하는 것을 주된 사업으로 삼으므로 경영 전략 수립 및 검토를 위한 조직(예컨대 경영전략부문, 경영지원부문 등)을 필수적으로 갖추어야 할 뿐 연구개발조직을 반드시 필요로 하지는 않는다.

청구법인의 주된 사업부분은 ‘지주사업’과 ‘임대사업’으로 구분되며, 2021 사업연도 기준 청구인 전체 매출액의 69.5%는 지주사업 매출에 속하는 상표권사용료, 관리용역수수료, 배당금 수익, 구매대행수수료, 연수원 운영수익 및 전산용역수익 등으로 구성되고, 나머지 30.5%는 임대료 수익으로 구성되어 있는 반면, 쟁점연구시설에서는 마이크로바이옴 분야에 관한 연구활동만을 진행하고 있을 뿐 관련 매출을 일으키기 위한 생산·판매·영업활동을 일체 수행하고 있지 않다.

청구법인의 주된 사업활동이 “자회사의 경영 전략에 영향력을 행사하는 것”으로서 주된 매출 또한 지주사업 및 임대사업에서 발생한다는 점을 고려할 때, 청구법인의 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영ㆍ인사ㆍ재무ㆍ총무ㆍ기획 등 관리행위가 이루어지는 본점 사무소는 부회장실ㆍ대표이사실ㆍ경영진단실ㆍ경영지원실ㆍ인사그룹ㆍ재무그룹ㆍ준법지원실ㆍ전략지원실ㆍ엔지니어링본부 및 OOO아카데미 등으로 한정되며, 쟁점연구시설에서는 지주회사의 주요한 의사결정 등과 무관하게 연구개발과 관련된 부수적이고 사실적 행위만이 수행될 뿐이므로 본점 또는 주사무소의 부대시설에 해당하지 아니하는바, 쟁점연구시설이 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보아 쟁점연구시설 면적을 포함한 본점면적 증가분에 대하여 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득세 중과세율을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점연구시설은 청구법인의 본점의 사업용 부동산에 해당한다.

「지방세법」 제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에 의하면, 과밀억제권역 내 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과세율 적용대상에 해당하게 되는데, ‘법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산’의 경우 모두 취득세 중과세율 적용대상에 해당하되, 예외적으로 ‘복지시설(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등)’ 및 ‘기업의 운영과 무관한 시설(예비군 병기고 및 탄약고)’은 중과세율 적용대상에서 제외한다.

‘본점의 사업용 부동산’이란 법인의 본점이 사무소로 사용하는 부동산으로서 본점이 사무소로 사용하는 부동산은 원칙적으로 모두 본점의 사업용 부동산이라 할 것이고, 복지시설과 기업의 운영과 무관한 시설이 예외적으로 본점의 사업용 부동산에서 제외되는 것일 뿐이라 할 것이며, 예외대상에 해당하지 아니하는 한 본점 사업용 부동산은 모두 본점의 사업용 부동산으로 보아야 한다.

조세심판원 선결정례(조심 2014지2070, 2018.2.13.)에서도 법인등기부에 본점으로 기재된 부동산의 경우에는 「지방세법 시행령」 제25조 괄호에서 열거한 복리후생시설 등과 임대용으로 사용하고 있는 부분을 제외하고는 모두 본점 사업용으로 보아야 한다고 결정한바 있다.

법원은 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 대하여, 주요한 업무수행 및 의사결정과 관리행위가 이루어지는 장소라는 법리를 설시하고 있고(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 및 서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893 판결, 서울행정법원 2019.7.11. 선고 2018구합64474 판결), 이러한 법리를 적용하여 연구 및 실험행위가 이루어지는 장소 내지 기업부설연구소에 대하여 법인의 주요한 업무수행에 해당한다고 보아 본점의 사업용 시설에 해당한다고 보고 있다(서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결).

(2) 청구법인의 법인등기부상 본점은 ‘세종특별자치시 전의면 OOO’이나, 그곳에는 청구법인의 엔지니어링본부(종업원 7명, 건축물 연면적 OOO㎡)만 있고, 그 외 여주시에 소재한 ‘OOO아카데미(종업원 5명)를 제외한 대표이사, 경영지원실 등 청구법인의 모든 조직(종업원수 89명)은 쟁점건축물인 서울특별시 서초구 OOO 소재 종합기술원에 위치하고 있는 점, 청구법인은 우수한 연구개발 인력 및 연구개발에 대한 지속적인 투자를 바탕으로 미래유망 기술구축을 위해 향후 자회사 연구소와의 적극적인 협업 및 관련 전문벤처와의 협력을 통해 개발분야를 확대하고 화장품·건강식품 및 의약품에 시장성을 높일 계획으로 2020년 쟁점건축물 5층에 바이옴연구소를 설치하여 마이크로바이옴 소재를 중심으로 혁신 생명소재 연구개발활동을 활발히 하고 있고, 연구개발비용도 급격히 확대하고 있다는 점 등이 인정된다 할 것이다.

쟁점연구시설은 대표이사실 등 본점부서가 있는 쟁점건축물에 위치하고 있고 복지시설 또는 기업의 운영과 무관한 시설도 아니며, 연구 및 실험행위가 이루어지는 장소로서 청구법인의 주요한 업무수행이 이루어지는 장소에 해당하고 청구법인의 연구개발활동은 본점과 유기적으로 결합하여 화장품, 의약품 등 기술집약적 고부가가치 산업을 영위하는 자회사를 지배하고 경영지도하기 위한 필수불가결한 지식·기술집약적 기업활동이라는 점에 비추어 볼 때 쟁점건축물의 연구시설은 단순하고 부수적인 행위이나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소라고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면 쟁점연구시설은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산에 해당한다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점연구시설이 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 등기사항증명서 및 사업보고서 등에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 1990.5.15. 화장품 제조 및 판매, 의약부외품의 제조 및 판매 등을 영위할 목적으로 설립하여, 2012.10.1. 화장품 및 제약사업부문과 투자사업부문을 인적분할하여 ‘자회사의 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업’ 등을 영위하는 지주회사로 전환하였으며, 2013.6.26. 연구개발 서비스업을, 2014.3.28. 기술조사연구 및 기술개발연구의 영역과 기술의 제공업 등을 목적사업으로 추가한 것으로 확인된다.

2) 청구법인의 주 수입원은 주요 종속회사 및 자회사인 B(주), A(주), C(주) 등으로부터 받은 상표권 사용수익, 관리용역수수료, 배당금 및 임대료 등인 것으로 확인된다.

3) 이 건 세무조사 당시 청구법인의 조직도는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 조직도

○○○

4) 청구법인은 세종특별자치시 전의면 OOO에 본점을, 경기도 여주시 OOO에 OOO아카데미를, 서울특별시 서초구 OOO 쟁점건축물 내에 종합기술원을 두고 있는 것으로 확인되며, 2021 사업연도 법인지방소득세 안분명세서상, 청구법인의 직원은 본점에 7명, OOO아카데미에 5명, 종합기술원에 나머지 직원 89명이 근무하는 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 연구개발활동을 수행하고 있으며, 이 건 세무조사 이전 3년간(2019~2021년) 청구법인의 연구개발비 현황은 매출액의 5.62% 비율까지 증가한 것으로 확인된다.

＜표3＞ 청구법인의 연구개발업 수행내용

○○○

(다) 이 건 세무조사 당시 쟁점건축물의 사용현황은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점건축물 사용현황

○○○

＜표5＞ 쟁점건축물 사용면적 구분

(단위 : ㎡)

○○○

(라) 청구법인은 이 건 세무조사 당시 쟁점건축물 중 청구법인 사용면적에 대해 아래와 같이 소명하고 있다.

＜표6＞ 쟁점건축물 중 청구법인 직접사용분 구분

○○○

(마) 쟁점연구시설과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 쟁점연구시설은 쟁점건축물 내 5층에 설치된 기업부설연구소로서 2021.9.2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 지정받은 것으로 확인된다.

＜표7＞ 기업부설연구소 인정내역

○○○

2) 쟁점연구시설은 마이크로바이옴 소재를 활용하여 단기적으로는 화장품과 건강기능식품을 개발하고, 장기적으로는 의약품을 개발하는 것을 목적으로 하며, 쟁점연구시설 직속의 연구소장 및 연구관리직원, 연구소 산하 바이옴개발팀 및 바이옴평가팀 소속 연구전담요원으로 구성된 조직이 후보소재 발굴, 비임상 연구 및 공정연구개발 등의 활동을 전담하며 수행하고 있다.

3) 쟁점연구시설은 별도의 출입문과 출입통제장치를 갖추어 연구소 인원들만 출입할 수 있도록 물리적 보안을 유지하고 있고, 그 내부는 미생물배양실, 줄기세포배양실 등 연구전담부서가 배치되어 있고, 연구개발활동에 사용하는 기자재, PC 등이 설치되어 있다.

(바) 이 건 중과세 추징면적과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 당초 취득세 신고시 쟁점건축물의 사용계획서를 제출하였고, 쟁점건축물 전체 면적 OOO㎡를 자가사용 면적 OOO㎡와 임대 면적 OOO㎡로 구분한 뒤 자가사용 면적 OOO㎡를 중과세 대상 면적으로 특정하고 그 부속토지 면적과 함께 취득세 중과세 신고를 마쳤다.

2) 이 건 세무조사 당시 청구법인은 아래 ＜표8＞의 쟁점건축물 사용면적 안분내역을 처분청에 제출하였다.

＜표8＞ 세무조사시 제출된 쟁점건축물 사용면적

(단위 : ㎡)

○○○

위의 ＜표8＞에 의하면, 청구법인은 쟁점건축물의 각 층별 공용면적을 전체 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)대로 안분하는 방식을 적용하였고, 이에 따라 해당 층에 사용하는 전용면적이 없는 경우에도 공용면적이 안분되어 계산되는 결과가 도출된다.

3) 처분청은 세무조사결과 청구법인이 쟁점건축물 중 B2·3·5·6층을 직접 사용하고 있고, 그 외 면적은 관계회사에 임대하고 있다고 보아 쟁점건축물 중 임대분을 제외한 나머지 자가사용 전용면적과 전체 공용면적을 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)대로 안분한 자가사용 공용면적을 합산하여 최종 중과세 면적을 산정하였고, 최종 중과세 면적(OOO㎡)에서 기신고 면적(OOO㎡)을 차감한 OOO㎡과 그 부속토지 면적 OOO㎡를 중과세 추징면적으로 하여 이 건 취득세를 추징하였다.

4) 우리 원 조사담당자는 이 건 취득세 추징세액 중 쟁점연구시설 관련 세액이 특정되지 아니하여 이를 위해 처분청에 이 건 중과세 추징면적 중 쟁점연구시설과 그 외 면적 산출을 요청하였으나, 처분청 담당자는 이 건 취득세 부과처분 당시 쟁점연구시설과 관련 면적을 특정하여 과세한 사실이 없다고 회신하였다.

5) 우리 원 담당자는 위 ＜표8＞의 안분내역을 기준으로 쟁점건축물 중 자가사용 전용면적과 임대 전용면적을 구분하고, 자가사용 전용면적을 다시 쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외 전용면적으로 구분하였으며, 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)에 따라 안분된 자가사용 공용면적은 각 전용면적(쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외)의 비율로 안분하여 쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외 공용면적으로 구분하여 쟁점부동산 중 쟁점연구시설 관련 면적을 아래 ＜표9＞와 같이 건축물 면적은 OOO㎡로, 그 부속토지인 토지면적은 OOO㎡로 산출하였다.

＜표9＞ 쟁점부동산 중과세 면적 등 재계산 내역

(단위 : ㎡)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 이 건에 대하여 종합하여 살펴본다.

처분청은 쟁점연구시설이 청구법인의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소로서 취득세 중과대상인 법인의 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나,

법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정 과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것인바(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점연구시설 내에는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소가 설치되어 있고, 관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어, 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

아울러, 쟁점부동산 중 중과세 면적 및 경정세액의 범위 특정을 위해 이에 대해 살펴보면, 처분청이 이 건 세무조사 당시 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 사용면적 안분내역을 기준으로 이 건 취득세 중과세 면적을 특정하였으므로 처분청도 청구법인의 안분방식을 인정한 것으로 보이는 점, 위 ＜표8＞를 기준으로 청구법인의 자가사용 면적을 재계산하면 그 면적은 쟁점건축물 중 OOO㎡와 쟁점토지 중 OOO㎡로 특정되는 점, 청구법인이 쟁점건축물 중 5층을 쟁점연구시설로, 나머지 B2·3·6층을 쟁점연구시설 외의 용도로 사용하고 있으므로 자가사용 전용면적 중 쟁점연구시설 관련 자가사용 전용면적은 5층 전용면적인 OOO㎡로 특정되고, 공용면적은 각 전용면적 비율로 안분하는 것이 합리적인바 자가사용 공용면적을 자가사용 전용면적 비율(쟁점연구시설/쟁점연구시설 외)로 안분하면 쟁점연구시설 관련 자가사용 공용면적은 OOO㎡으로 산출되므로 이를 합산하면 쟁건축물 중 쟁점연구시설 관련 면적은 OOO㎡로 산출되는 점, 건축물의 부속토지 면적은 그 지상 건축물의 용도 등의 비율대로 안분하는 것이 합리적인바, 쟁점토지 중 쟁점연구시설 관련 토지면적은 OOO㎡로 산출되는 점 등에 비추어 쟁점건축물과 쟁점토지의 청구법인 자가사용 면적 중 건축물 OOO㎡와 토지 OOO㎡에 해당하는 부분은 쟁점연구시설 관련 면적으로서 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율 적용 대상에 해당하지 아니한다 할 것이다.

따라서, 처분청은 이 건 취득세 부과처분 중 건축물 OOO㎡와 그 부속토지 OOO㎡를 초과하는 면적에 대한 것은 이를 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18128호로 개정된 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소”라 한다)의 경우에는 100분의 50]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 50)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제1호 가목 2)에 따른 중견기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우

2. 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표 7에 해당된다는 심의 결과를 받지 못한 경우(신성장동력ㆍ원천기술 분야 기업부설연구소로 추가 감면된 부분에 한정한다)

3. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.

② 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소”란 제1항에 따른 기업부설연구소로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업의 부설 연구소를 말한다.

1. 「연구산업진흥법」 제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 국내 소재 기업으로서 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)를 수행(신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 그 밖의 연구개발을 모두 수행하는 경우를 포함한다)하는 기업일 것

2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표7에 해당된다는 심의 결과를 통지받은 기업일 것

(5) 서울특별시 시세 감면 조례(2021.5.20. 조례 제7995호로 일부개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 기업부설연구소등의 인정을 취소하려는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. 다만, 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 청문을 실시하지 아니할 수 있다.

③ 제1항 제1호에 따라 소속 기업부설연구소등의 인정이 취소된 기업은 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 제14조의2 제2항에 따른 인정을 신청할 수 없다.

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

3. 제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하고, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 이 조에서 “연구전담요원등”이라 한다)이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것