이유
1. 처분개요

가. 청구인은 1997.10.21. 서울특별시 OOO 소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 지분 2분의 1을 배우자로부터 증여받은 후 2019.10.15. 쟁점주택을 양도가액 OOO원에 양도하면서 일시적 1세대 2주택에 해당한다고 보아 양도소득세 비과세 대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고 내역을 검토한 결과 쟁점주택 양도 당시 청구인이 서울특별시 OOO(이하 “신규주택1”이라 한다)와 서울특별시 OOO(이하 “신규주택2”라 한다)를 취득한 사실을 확인하고, 쟁점주택 양도 당시 청구인이 조정지역내 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20%)을 적용하여 2024.7.4. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 쟁점주택 등 매매내역

OOO

＜표2＞ 양도소득세 부과내역

OOO

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.20. 이의신청을 거쳐 2025.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택 양도 당시 청구인이 1세대 3주택에 해당하는 기간은 단 5일에 불과하므로 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(가) 다주택자 중과세의 입법취지는 부동산 투기 억제를 통한 주택시장 안정화이다. 청구인의 경우 22년 이상을 한 주택에 거주한 자이고, 쟁점주택 양도 당시에는 2019.10.10.부터 2019.10.14.까지 단 5일간만 1세대 3주택을 보유하였을 뿐이며 이후 2019.10.15. 쟁점주택을 양도하였으므로 청구인에게 중과세를 적용한 처분은 입법취지에도 맞지 않는 것이다.

(나) 청구인의 경우 실거주 목적으로 주거 이전 과정에서 극히 짧은 기간만 다주택자가 되었으므로 이를 투기목적을 가진 자와 동일하게 취급하는 것은 조세형평에도 반하는 것이다.

(다) 법원(서울행정법원 2023.3.30. 선고 2022구합69513 판결)은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도와 관련하여 ‘주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)’는 판결을 인용하면서 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 존재한다고 판단한 바 있다. 더불어 ‘이 사건에서 그와 같은 정도로 특별한 사정을 제한한다면 장기임대주택 외에는 사실상 실거주하는 종전주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에 있는 국민의 거주이전의 자유를 지나치게 제약하는 것이 되어 부당하다’고 판시하여 중과세 처분이 위법함을 명시하였다.

(라) 위 판결 사례는 23일간 1세대 3주택이었음에도 중과세 처분이 위법한 것으로 판결된 것이고, 청구인의 경우 단 5일에 불과한 점을 감안할 때 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 쟁점주택 양도소득세 신고일(2019.10.22.) 이후 장기간이 지난 2024.7.1. 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분을 하였으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다.

(가) 처분청은 쟁점주택이 2019년 양도분임에도 5년여가 지난 2024년 7월에 이르러서야 이 건 과세처분을 하였다. 이는 처분청이 충분히 조사와 검토가 가능했음에도 이를 방치하다 2024년 7월에서야 과세처분을 한 것은 신속하고 공정한 과세행정이라는 기본원칙에 반하는 것이다. 이로 인해서 납부지연가산세가 크게 증가하여 고지세액의 32.7%(약 OOO원)에 달하게 되었다.

(나) 가산세는 본래 의무이행을 확보하기 위한 수단으로서 청구인이 고의적인 의무 해태나 납세회피의도가 없었다는 점을 감안할 때 이를 감면하여야 할 이유가 있고, 이 건과 같이 실거주 목적으로 주택을 매매하는 경우에까지 과도한 가산세를 부과하게 된다면 이는 납세자의 기본권을 중대하게 침해하게 되는 것이므로 이 건 부과처분 중 가산세를 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인을 쟁점주택 양도 시 조정대상지역내 1세대 3주택 소유자로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 구「소득세법」제95조의 제2항 및 같은 법 제104조 제7항은 조정지역내에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 소유한 경우 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점주택 양도 당시 신규주택1·2를 기 취득하여 조정대상지역내 3주택 소유하고 있는 것으로 확인되고, 청구인이 소유한 주택이 수도권외에 위치한 주택으로서 기준시가 OOO원 미만에 해당하지도 않는 등 주택 수에서 제외하여야 할 이유도 없다.

(다) 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석원칙에 따라 합리적 이유없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 허용되지 않는바, 청구인이 3주택을 소유한 기간이 짧았다는 이유만으로 중과세 적용을 배제할 이유가 없다.

(라) 법원(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)은 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 하였으나, 청구인의 경우 위 판결에 해당하는 장기임대주택을 소유한 자가 아니므로 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 처분청은 부과제척기간이 만료되기 전까지는 가산세를 포함하여 과세가 가능한 것이고 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하므로 이 건과 같이 양도소득세 신고·납부에 정당한 사유가 없는 경우에는 가산세를 감면할 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령(＜별지＞ 참고)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점주택 양도 당시 청구인은 1세대 3주택 소유자에 해당하고, 신규주택1·2 취득과 관련한 매매계약서상 잔금청산일과 신규주택1·2의 등기부상 등기접수일은 동일한 것으로 나타나며, 청구인이 3주택 소유자에 해당하는 기간은 2019.10.10.부터 2019.10.14.까지인 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점주택 등의 매매계약서상 잔금지급일

OOO

(나) 서울특별시 OOO는 2016년 11월부터 2023년 1월까지 조정대상지역에 해당하는 것으로 확인되고, 쟁점주택 및 신규주택1·2와 관련하여 청구인이 임대사업자 등록을 한 내역은 확인되지 않는다.

(다) 청구인은 쟁점주택을 양도(2019.10.15.)한 후 비과세에 해당하는 것으로 보아 2019.10.22. 양도소득세를 OOO원으로 신고하였고, 처분청은 청구인이 1세대 3주택자에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 중과세율(58%)을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2024.7.4. 양도소득세 OOO원(가산세 약 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 투기목적없이 쟁점주택을 양도하고 대체주택을 취득한 것이고 1세대 3주택 기간이 5일에 불과하므로 이에 대하여 양도소득세를 중과하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나,

「소득세법」제104조 제7항에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 중과세율을 적용한다고 규정하고 있고, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석 없이 법문대로 해석되어야 하며, 「소득세법」은 취득당시를 기준으로 투기목적이 없었다거나 일시적인 3주택 소유자에 해당한다는 이유로 위 규정의 적용을 배제한다는 명문규정은 두고 있지 않으므로 해당 법률의 취지에 맞게 청구인이 쟁점주택의 양도일을 기준으로 1세대 3주택에 해당하는 경우 중과세율 적용 및 장기보유특별공제가 배제되는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결 같은 뜻임),

청구인은 2019.10.15. 쟁점주택을 양도한 이후 이 건 과세처분이 있기 전까지 수정신고를 한 사실이 없고, 청구인에게 이 건 양도소득세의 신고·납부를 기대하기 어렵다고 볼 만한 특별한 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련법령

(1) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 소득세법(2020.12.29., 법률 제17757호로 개정되기 전의 것)

제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략)

제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)

제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(각 호 생략)

제155조(1세대 1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.(각 목 생략)