이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.5.31. AAA 주식회사(이하 “이 건 매도법인”이라 한다)로부터 OOO내에 소재한 전라남도 광양시 OOO 공장용지 189,590.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목 및 「전라남도 도세 감면조례」(2023.4.27. 전라남도 조례 제5729호로 개정된 것, 이하 같다) 제8조 제1항 제1호(위 감면규정을 합하여 이하 “이 건 감면조항”이라 한다)에 따른 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 감면율(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2023.7.21. 처분청에 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고·납부하면서 측량비 등 OOO원을 쟁점토지의 과세표준에서 누락하여 과소신고한 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등 OOO원(본세 OOO원 및 가산세 OOO원을 합한 금액)을 수정신고ㆍ납부하였다.

＜표1＞ 취득세 등 수정신고 세부내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 2023.12.5. 처분청에 수정신고한 취득세 과세표준 OOO원 중 OOO원은 쟁점토지 측량을 위한 비용이므로 동금액을 과세표준으로 한 취득세도 이 건 감면조항에 따른 감면대상이고, 나머지 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 임차인들의 조기퇴거를 위한 이주보상비이므로 과세표준에서 제외하여 기납부한 세액의 일부를 환급하여 줄 것을 요구하는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 2024.3.8. 측량비에 대한 경정청구는 인용하였으나, 쟁점비용에 대한 경정청구는 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 이 건 매도법인은 쟁점토지에 대하여 BBB 주식회사및 주식회사 CCC와 체결한 임대차 계약기간이 만료되지 않은 상태였다.

청구법인은 임차법인들로부터 쟁점토지의 점유를 조기에 명도받기 위하여 이 건 매도법인에게 명도관련 업무를 대행시키는 내용의 부속합의계약을 체결하였는데, 그 부속합의계약 주요내용은 이 건 매도법인이 2023.12.31.까지 임차법인들의 적치물을 이전하게 하고, 이주보상비 등으로 쟁점비용을 임차법인들에게 지급하되, 미이행시에는 지급하지 않는 것이다.

이에 따라 이 건 매도법인은 2023.6.15., 2023.8.14., 2023.10.10. BBB 주식회사에 총 OOO원을 3번에 걸쳐 지급하였고, 주식회사 CCC에 대한 채권액 OOO원과 상계한바, 청구법인은 임차법인들의 적치물 이전이 모두 완료된 사실을 확인한 2023.12.21. 이 건 매도법인에게 총 OOO원을 지급하였다.

쟁점비용은 청구법인과 이 건 매도법인이 체결한 부속합의서 및 이 건 매도법인의 의견진술서에서 명도비용으로 기재되어 있고, 부속합의계약을 체결하며 쟁점토지 대금과 별도로 산정하여 지급하였으며, 지급원인이 되는 적치물 자체가 토지의 효용과 직접 관계가 없는 별개의 물건이므로 토지의 종물로 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인이 쟁점토지 지상에 공장을 조기에 신축하기 위하여 임차권, 영업권 등에 대한 보상금 명목으로 지급한 것으로 보는 것이 타당하므로, 쟁점토지의 과세표준에 포함되지 않는다 할 것이다(대법원 2011.2.24. 선고 2010두24586판결, 같은 뜻임).

또한, 쟁점비용은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후에 임차법인들이 정해진 기간 내 적치물을 이전하는 것을 조건으로 한 성취조건부 약정에 따라 지급된 비용에 해당하고, 따라서 임차법인들이 정해진 기간내 적치물 이전을 완료하지 못한 경우에 지급되지 않았을 것이므로 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라 볼 수 없어 쟁점토지의 취득세 과세표준에 포함되지 않는다.

따라서, 쟁점비용이 쟁점토지의 취득세 과세표준에 포함된다는 전제에서 한 처분청의 경정청구 거부처분은 위법하다.

나.처분청 의견

청구법인은 청구법인과 이 건 매도법인이 작성한 매매계약서 및 부속합의서, 이 건 매도법인과 임차인이 작성한 합의서 등의 서류에서 쟁점비용을 명도비로 표시한 것을 근거로 쟁점비용을 「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에 따른 ‘이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용’이라고 주장하고 있으나, 이는 객관적인 근거가 아닌 계약 당사자 간에 쟁점비용을 명도비로 표시한 것에 불과하여 그 실질에 따라 취득세 과세표준에 포함되지는 지 여부를 판단하는 것이 타당하다.

청구법인이 제출한 「부속합의서」 합의사항 제1조에서 “본 계약에서 정한 제3조 제1항 및 제2항의 의무사항(철거, 이설, 원상회복, 퇴거 등을 각각 정해진 날짜까지 완료하고 매수인의 검수승인을 받아야함)을 이행하기로 한다고 기재하고 있고, 「매매계약서」 제3조 제1항에서 “매도인은 매수인에게 본 건 자산을 인도하기 전 매도인의 비용으로 양사가 협의된 지장물인 도장장 및 물탱크 철거를 해야한다”고 기재하고 있는바, 이를 통해 쟁점비용이 지상물 등의 철거비용인 사실을 알 수 있다.

또한 이 건 매도법인이 지상물 철거를 완료함에 따라 쟁점비용을 청구한 점, 명도비 청구 산출내역에서 매도인이 기존 시설물 사용계약의 해지로 인해 향후 부담하게 되는 예상비용으로 명도비 산출내역을 설명하고 있는 점, 청구법인이 제출한 서류만으로는 적치물 이전비용, 손실보상금 산출근거 등이 확인되지 않는 점 등에 비추어 쟁점비용은 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제5호에서 규정한 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액으로 판단된다.

한편 청구법인은 쟁점비용이 성취조건부에 해당하는 것으로 취득시기 이전에 지급원인이 발생하지 않은 것이라고 주장하나, 쟁점비용은 계약 당시 작성한 부속합의서에 의하여 지급이 약정되었고, 이 건 매도법인이 조건을 이행하여 이를 수령하였으므로 쟁점토지 취득시기 이전에 지급원인이 발생된 것으로 보는 것이 타당하다.

조세심판원은 취득가격에서 제외되는 보상금 성격의 비용이란 원칙적으로 거래상대방이 아닌 임차인 등 제3자에게 지급하는 비용을 말한다고 규정하면서, 그 명칭이 무엇이든 지급한 비용의 실질적 성격에 따라 취득가격에 포함되는지 여부를 판단하여야 한다고 결정한 바 있는데(조심 2019지3832, 2020.1.31., 같은 뜻임),

비록 청구법인이 계약서 등에서 쟁점비용을 명도비로 표시하였다 하더라도, 그 실질 성격은 이 건 매도법인이 부담해야 할 부분인 철거 관련 비용을 청구법인이 부담한 것으로, 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액이므로 쟁점토지의 취득가액에 포함하는 것이 타당하고 따라서 처분청이 한 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점비용은 이주보상비로 쟁점토지와 별개의 권리에 대한 보상 성격이므로 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 토지대장에 의하면, 쟁점토지는 2023.5.30. 전라남도 광양시 OOO에서 분할된 공장용지 188,590.2㎡인 사실이 나타난다.

(나) 법인등기사항전부증명서 및 사업자등록증 등에 의하면 이 건 매도법인은 강선 건조업 및 부동산 임대업 등을, BBB 주식회사는 선박구성부분품인 블럭 및 기자재의 제작ㆍ시공 등을, 주식회사 CCC는 선박구성부분품 제조 등을 목적사업으로 한 법인이며, 주식회사 CCC는 2024.7.9. 이후 휴업중인 사실이 나타난다.

(다) 이 건 매도법인이 작성한 쟁점토지 부지 및 시설물 사용 약정서 등에 의하면, 계약기간이 BBB 주식회사와는 2023.1.1.∼2023.12.31.이고, CCC와는 2022.11.10.∼2023.11.9.인 사실이 나타난다.

(라) 이 건 매도법인이 2023.4.26. 청구법인에게 발송한 문서에 의하면, 쟁점비용을 아래 ＜표2＞와 같이 산정한 사실이 나타난다.

＜표2＞ 쟁점비용 산정내역

○○○

(마) 이 건 매도법인이 BBB 주식회사와 2023.5.10. 체결한 사용계약 해지 합의서는 아래 ＜표3＞과 같고, 2023.3.22. 주식회사 CCC에 발송한 사용부지 계약 해지 통보서는 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표3＞ 사용계약 해지 합의서 주요내용

○○○

＜표4＞ 사용부지 계약 해지 통보서 주요내용

○○○

(바) 이 건 매도법인과 청구법인이 2023.5.25. 체결한 부동산 매매계약에 의하면, 매매대금은 OOO원, 잔금납부일은 2023.5.31.이고, 그 중 매도인의 확약사항은 아래 ＜표5＞와 같으며, 부속합의서는 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표5＞ 매도인 확약사항 주요내용

○○○

＜표6＞ 부속합의서 주요내용

○○○

(사) 통장 입출금 내역 명세서에 의하면 이 건 매도법인이 2023.6.15., 2023.8.14., 2023.10.10. 3차례에 걸쳐 DDD 주식회사로 OOO원을 지급한 사실이 나타난다.

(아) 이 건 매도법인이 2024.2.7. 처분청에 제출한 의견진술서 주요내용은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 의견진술서 주요내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제10조의3 제1항에서 부동산 등을 유상거래로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다고 규정하면서, 그 제5호에서 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액을 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다고 규정하면서, 그 제3호에서 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용을 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점비용이 이 건 매도법인이 부담해야 할 철거비 등으로, 청구법인이 이를 부담한 것은 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액에 해당하여 쟁점토지의 취득세 과세표준에 포함된다는 의견이다.

그러나, 청구법인이 2023.5.25. 이 건 매도법인과 쟁점토지의 매매계약을 체결할 당시 이 건 매도법인은 2023.12.31. 등까지 임차법인들에게 쟁점토지를 임대하고 있었던 점,

청구법인과 이 건 매도법인 간에 체결된 쟁점토지의 매매계약서에는 이 건 매도법인이 청구법인에게 쟁점토지를 인도하기 전에 매도인의 비용으로 쟁점토지상의 지상물을 철거하여야 하고, 잔금납부일까지 임차법인들이 쟁점토지에서 이전 및 철수를 한 서류를 청구법인에게 제출하며, 이 건 매도법인이 위 의무사항을 완료하는 경우 청구법인이 이 건 매도법인에게 OOO원을 지급하고, 의무사항을 완료하지 못한 경우 명도비용을 지급하지 아니하는 내용이 포함되어 있었던 점,

이에 따라 이 건 매도법인과 임차법인들은 2023.5.10. 등에 이 건 매도법인이 임차법인들에게 쟁점토지 내 적치물 반출비용 OOO원을 지급하기로 하는 쟁점토지의 사용계약에 대하여 중도 해지함으로써 발생되는 모든 비용의 지급에 대한 합의서를 작성한 점,

청구법인은 쟁점비용을 이 건 매도법인에게 지급하였으나, 이 건 매도법인은 쟁점비용을 임차법인들에게 지급한 사실이 통장 입출금 내역서 등에 의하여 확인되므로 쟁점비용은 토지 소유자인 이 건 매도법인에게 지급된 쟁점토지의 가격이라기 보다는 임차법인에게 지급된 조기 퇴거 비용 및 이주비 성격인 것으로 보이는 점,

쟁점비용이 토지의 취득비용이라면 토지소유자인 이 건 매도법인에게 귀속되어야 하나, 쟁점비용은 최종적으로 임차법인들에게 귀속된 것으로 보이는 점 등에 비추어,

쟁점비용은 쟁점토지를 임차하고 있던 임차법인들을 조기에 퇴거시키기 위하여 임차법인들에게 최종 귀속된 이주비 등으로, 쟁점토지의 취득과는 다른 권리에 대하여 지급된 금액으로서 쟁점토지의 취득세 과세표준에 포함될 수 없다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 “사실상취득가격”이라 한다)으로 한다.

② 지방자치단체의 장은 특수관계인 간의 거래로 그 취득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시키는 행위 또는 계산을 한 것으로 인정되는 경우(이하 이 장에서 “부당행위계산”이라 한다)에는 제1항에도 불구하고 시가인정액을 취득당시가액으로 결정할 수 있다.

③ 부당행위계산의 유형은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령(2023.4.27. 대통령령 제33435호로 개정된 것)

제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조 제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료(건축 및 토지조성공사로 수탁자가 취득하는 경우 위탁자가 수탁자에게 지급하는 신탁수수료를 포함한다)

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 삭제

④ 삭제

⑤ 삭제

(3) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2025년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

(4) 전라남도 도세 감면 조례(2023.4.27. 전라남도조례 제5729호로 개정된 것)

제8조(산업단지 등에 대한 감면) ① 법 제78조 제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

② 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우