이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.6.27. 경기도 수원시 OOO 외 4필지 1,066㎡ 토지 및 위 지상 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고, 「지방세특례제한법」제28조 제2항에 따라 OOO이 사업에 직접 사용하기 위한 부동산을 취득하는 경우로 감면 신청하여 취득세의 25%를 감면받았다.

나. 청구법인은 2023.8.11. 쟁점부동산을 취득한 후 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아 기 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부한 후, 2023.9.11. 처분청에 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 주장하며 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.9.22. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 먼저 청구법인이 유예기간 내에 쟁점부동산에 입주할 수 없게 된 이유와 관련하여 이해를 돕기 위해 관련 사실관계를 정리하면 다음과 같다.

(가) 청구법인은 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」(이하 “지방균형발전법”이라 한다) 제25조 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」(이하 “혁신도시법”이라 한다) 제4조에 따른 “이전공공기관”에 해당한다. 혁신도시법 제2조 제2호에서 이전공공기관이라 함은 ‘수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관’을 의미한다.

(나) 그런데, 혁신도시법에는 지방이전계획에 따라 지방으로 이전하여 이전 업무가 종료된 공공기관에 대해서는 기관 운영방식이나 신설조직의 소재지 등을 규제하는 취지의 규정을 두고 있지 않다. 이에 따라 지방이전을 완료한 공공기관이 지방이전계획과 다르게 운영하는 경우(예컨대 지방이전을 완료한 후 지사를 수도권에 설립하는 방식으로 사실상 지방이전 효과를 상쇄시키는 경우)가 발생하자, 국토교통부는 지방이전 공공기관의 이전 후 사후관리방안을 시행하였다.

(다) 한편, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것은 2022.6.27.이지만, 이는 다수의 매입 후보 건물을 대상으로 오랜 기간의 매입협상을 거쳐 이루어진 것이다. 쟁점부동산을 매입하기 위한 절차는 2020년경부터 시작되었고, 수도권 소재 청사용 건물 취득에 따른 사후관리방안 적용 여부에 대해서도 쟁점부동산 매입 이전에 최우선적인 검토가 이루어졌다.

(라) 즉 청구법인도 원칙적으로 위 사후관리방안의 적용대상이 되기 때문에, 청구법인은 수도권 내에서 쟁점부동산을 취득하는 것이 사후관리방안에 위반되는 것이 아닌지 의문이 있었다. 따라서 청구법인은 쟁점부동산 매입 추진계획 초기 단계부터 청구법인 정관 등에서 정한 청구법인의 기본 업무 이외에 민간 당사자 합의로 인해 청구법인에게 수탁된 업무를 수행할 조직을 신설하는 경우에도 사후관리방안이 적용되는지 의문이 있었다.

(마) 이에 청구법인은 2020.2.13. 당시 국토교통부 균형발전위원회(현행 지방시대위원회) 업무담당자에게 문의하여, 수도권 OOO 설립에 대해서는 사후관리방안에 따른 제재조치가 없다는 점을 확인하였다. 청구법인은 이와 같은 국토교통부 의견을 신뢰하여, 사후관리방안에 따른 “지방이전계획 변경절차”를 거치지 아니하고, 쟁점부동산을 매입한 후 ‘AAA’을 향후 쟁점부동산에 입주시키기로 결정한 것이다.

(2) 이에 따라 청구법인은 2022.6.27. 쟁점부동산을 취득한 후 청사 이전에 필요한 내부 공사 설계를 완료하고, 공사 발주계획 수립 등 청사 이전 준비 및 절차를 이행하기 위하여 2022.8.11. 처분청에 쟁점부동산 용도변경 허가(근린생활시설에서 업무시설 및 교육연구시설 등으로 변경)를 신청하였으나, 처분청은 (국토교통부의 기존 입장과 달리) 지방이전계획 변경 대상에 해당한다 보아 위 절차를 거치지 아니하였다는 이유로 용도변경 허가를 지연하였는바, 이는 행정관청의 귀책사유에 의한 외부적 사유에 해당한다고 할 것인바, 쟁점부동산을 해당 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다.

(가) 처분청은 청구법인이 “지방이전계획 변경절차”를 거쳐야 함을 전제로, 청구법인은 이러한 절차를 거치는데 상당한 시간이 소요될 수밖에 없음을 알 수 있었음에도 불구하고 쟁점부동산을 취득하기 전에 미리 이러한 절차를 진행하는 등 진지한 노력을 다하지 않았으므로 쟁점부동산을 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 없다는 의견이다.

(나) 그러나 앞서 살펴 본 바와 같이 청구법인은 국토교통부로부터 쟁점부동산에 AAA을 입주시키는 것은 지방이전계획 변경절차를 거칠 필요가 없다는 입장을 확인받은 바 있다.

(다) 그런데 감사원은 2022년경 청구법인에 대한 감사 과정에서 기존 국토교통부 의견과는 달리 AAA이 쟁점부동산에 입주하려면 사후관리방안에 따른 절차를 거쳐야 한다는 입장이었다. 이에 따라 청구법인은 ① 당초 계획대로 AAA을 쟁점부동산에 입주시키는 방안을 추진하기 위해서 지방이전계획 변경절차를 추진하는 동시에, ② 지방이전계획 변경절차가 수반되지 않는 청구법인의 지역조직을 입주시키는 방안을 동시에 추진하게 되었다.

(라) 그러나, 청구법인은 결과적으로 지방이전계획 변경절차를 추진하는 과정에서 상당한 시간이 소요되었고, 이로 인하여 쟁점부동산을 유예기간 1년 내에 해당 목적으로 사용할 수 없었다.

(마) 따라서 청구법인은 유예기간 1년 내에 쟁점부동산을 해당 목적으로 사용하지 못한 사실은 있으나, 이는 청구법인에 대한 국토교통부의 잘못된 내용 안내, 국토교통부와 감사원의 의견 차이로 인한 혼란 및 이로 인하여 처분청이 쟁점부동산의 용도변경허가를 하지 아니하였기 때문이므로, 이는 행정관청의 귀책사유에 의한 외부적 사유에 해당한다고 할 것인바, 쟁점부동산을 해당 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 균형발전위원회 담당자로부터 지방이전계획 변경절차 대상이 아니라는 회신을 받았다고 주장하나, 이를 입증할만한 증빙을 제시한 사실이 없으며, 결국 청구법인은 쟁점부동산 취득 당시 “지방이전계획 변경절차”를 거치는데 상당한 기간이 걸릴 수밖에 없음을 충분히 알 수 있었음에도 불구하고, 이러한 절차를 거치는 과정에서 유예기간을 도과한 것이므로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(가) 국토교통부 2015.10.14.자 지방이전 공공기관의 사후관리방안에 따르면, “수도권에 조직을 신설하는 경우”, “수도권에 신규 인원 잔류, 잔류 인원의 증가” 등 수도권 내에 근무인원을 증가시키는 경우에는 지방이전계획 변경절차 대상이라고 보고 있고, 이에 해당하는 경우 지방이전계획 변경절차를 거쳐야 하고, 지방자치단체와 사전협의 후 소관부처에 보고하도록 하고 있다. 따라서 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 AAA을 신설하는 경우에는 당연히 수도권 내에 근무인원이 증가하게 되므로, 청구법인은 “지방이전계획 변경절차”를 거쳐야 한다는 사실을 쉽게 알 수 있었다.

(나) 이에 대하여 청구법인은 균형발전위원회 담당자에게 확인한 결과 지방이전계획 변경절차 대상이 아니라고 확인을 받았다고 주장하나, 이와 관련된 공문이나 증거를 제출한바 없다. 이에 처분청은 국토교통부에 직접 확인하였는데, 국토교통부는 공식적으로 청구법인에게 그와 같은 회신을 한 사실이 없다고 답변하였다. 설령 청구주장과 같이 균형발전위원회 담당자로부터 그와 같은 회신을 받았다 하더라도, 정식 공문을 통해 받지 않은 이상 이는 담당자 개인 의견에 불과하며, 국토교통부의 정식입장으로 볼 수 없을 것이다.

(다) 결국 청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 AAA을 신설하는 경우, 지방자치단체와 협의 절차 등 상당한 기간이 소요되리라는 것을 예상할 수 있었음에도 불구하고, 이러한 절차를 거치는 과정에서 상당한 기간이 소요되었고, 이로 인하여 쟁점부동산을 유예기간을 경과한 현재까지 해당 용도로 직접 사용하고 있지 아니하므로, 이는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 1년 내에 쟁점부동산을 해당 용도대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 국토교통부가 2015.10.14. 발표한 지방이전계획 사후관리절차 내용은 아래와 같다.

＜국토교통부 2015.10.14.자 지방이전 공공기관의 사후관리방안＞

○○○

(나) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 AAA(OOO청사) 이전 절차의 진행상황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 이 건 건물 신축공사 진행 내역 등

○○○

(다) 청구법인과 OOO 사이에 이루어진 업무협의 결과는 아래와 같다.

＜2023.5.17.자 청구법인과 OOO 업무협의 결과＞

○○○

＜2023.6.1.자 청구법인과 OOO 업무협의 결과＞

○○○

(라) 사건조사 과정에서 청구법인에게 국토교통부로부터 쟁점부동산에 AAA을 신설하는 것은 지방이전계획 변경절차 대상이 아니라는 취지의 공식적인 공문 등을 받은 사실을 입증할 수 있는 자료를 제출할 것을 요청하였으나, 청구법인은 이를 제시하지 아니하였다.

(마) 청구법인은 균형발전위원회 담당자로부터 지방이전계획 사후관리가 종료되었다는 취지의 회신을 들었다는 사실을 입증하기 위하여 아래와 같은 내용이 기재된 청구법인의 내부 문서를 증빙으로 제시하였다.

＜2020.2.25.자 청구법인 내부 문서 내용 중 발췌＞

○○○

(바) 청구법인이 신설하려하였던 AAA의 세부내역 중 1안은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2020.7.21. 기준 AAA 세부내역(1안)

(단위 : 평)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 균형발전위원회 담당사무관으로부터 지방이전계획에 대한 사후관리절차가 종료되었다는 사실을 유선상으로 확인하고 쟁점부동산을 매수하였음에도 불구하고, 감사원은 여전히 지방이전기관들에 대한 사후관리를 하여야 한다고 보아 국토교통부 등을 감사하는 과정에서 청구법인의 쟁점부동산에 대한 용도변경절차가 중단되었으므로, 결국 청구법인이 쟁점부동산을 1년 내에 사용하지 못한 것은 관계행정청의 이견으로 인한 것이므로 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

그러나, 국토교통부의 2015.10.14.자 지방이전 공공기관의 사후관리방안에 따르면 청구법인이 쟁점부동산에 입주시키려 한 AAA과 같이 스마트워크센터 등 사무공간 등의 신축, 수도권에 신규 인원잔류, 기존 잔류인원의 증가 효과를 가져오는 경우에는 지방이전계획 변경절차를 거치도록 하고 있으므로, 청구법인은 이러한 지침이 공식적으로 종료되었다는 사실을 확인하지 않은 이상 지방이전계획 변경절차를 거쳐야 할 것임에도 이를 거치지 아니하였다.

이에 대하여, 청구법인은 균형발전위원회 담당자로부터 유선상 사후관리절차가 종료되었다는 사실을 유선상으로 확인하였다고 주장하고 있으나, 특별한 사정이 없는 한 유선상 담당공무원의 답변이나 의견표명만으로 그 상대방에게 보호받을 수 있는 신뢰가 형성되었다고 보기 어렵고, 이를 국토교통부 또는 균형발전위원회의 공적인 견해표명으로 보기도 어렵다고 할 것이므로(조심 2019지2595, 2020.5.28. 같은 뜻임), 이를 이유로 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

뿐만 아니라, 청구법인은 쟁점부동산에 AAA을 입주시키는 절차에 문제가 발생하자, 지방이전계획 변경절차가 수반되지 않는 청구법인의 지역조직을 쟁점부동산에 입주시키는 대안을 검토하였음에도 불구하고, 이를 추진하지 아니하였고, 지방이전계획 변경절차에 필요한 지방자치단체장(OOO)으로부터의 동의도 받지 못하였다.

따라서, 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)

제28조(산업인력 등 지원을 위한 감면) ① 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설(숙박시설을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 토지(건축물 바닥면적의 10배 이내의 것으로 한정한다)와 건축물에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 직업능력개발훈련시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세를 면제한다.

② 「한국산업안전보건공단법」에 따라 설립된 한국산업안전보건공단이 같은 법 제6조 제2호 및 제6호의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

③ 「한국산업인력공단법」에 따라 설립된 한국산업인력공단이 같은 법 제6조 제1호의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

(2) 한국산업안전보건공단법

제6조(사업) 공단은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 산업재해예방기술의 연구ㆍ개발 및 보급

2. 산업안전보건에 관한 교육

3. 사업장의 산업재해예방을 위한 안전ㆍ보건 진단 또는 관리 등과 이를 위한 기술지원

4. 유해하거나 위험한 기계ㆍ기구 등의 안전인증 또는 안전검사

5. 산업재해예방을 위한 시설자금 지원

6. 산업재해예방시설의 설치ㆍ운영

7. 산업안전보건에 관한 정보 및 자료의 수집ㆍ발간ㆍ제공

8. 산업안전보건에 관한 국제협력

9. 산업안전보건에 관하여 고용노동부장관이나 그 밖에 중앙행정기관의 장이 위탁하는 사업

10. 그 밖에 제1호부터 제9호까지의 사업에 딸린 사업

(3) 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법

제1조(목적) 이 법은 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제25조에 따른 공공기관지방이전 및 혁신도시 활성화를 위한 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 조성을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항, 혁신도시를 지역발전 거점으로 육성ㆍ발전시키는 데 필요한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 지역균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “공공기관”이라 함은 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제14호의 기관을 말한다.

2. “이전공공기관”이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

3. “혁신도시”라 함은 이전공공기관을 수용하여 기업ㆍ대학ㆍ연구소ㆍ공공기관 등의 기관이 서로 긴밀하게 협력할 수 있는 혁신여건과 수준 높은 주거ㆍ교육ㆍ문화 등의 정주(定住)환경을 갖추도록 이 법에 따라 개발하는 미래형도시를 말한다.

제4조(이전공공기관 지방이전계획의 수립) ① 이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.

1. 이전의 규모 및 범위에 관한 사항

2. 이전시기에 관한 사항

3. 이전비용의 조달 방안에 관한 사항

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.

(4) 지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법

제25조(공공기관의 지방이전 및 혁신도시 활성화) ① 정부는 수도권에 있는 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관(이하 이 조에서 “이전대상공공기관”이라 한다)을 단계적으로 지방으로 이전하기 위한 공공기관 지방이전 및 혁신도시 활성화를 위한 시책(이하 “혁신도시시책”이라 한다)을 추진하여야 한다.

② 정부는 혁신도시시책을 추진할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

1. 지방자치단체의 유치계획 및 지원에 관한 사항

2. 이전대상공공기관별 지방이전계획에 관한 사항

3. 혁신도시 활성화 및 인근 지역과의 상생발전에 관한 사항

4. 그 밖에 지역균형발전을 위하여 필요한 사항