이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2019.2.15. 개업하여 주택건설업을 영위하는 법인으로, 2023사업연도 법인세 신고 시 중소기업에 해당하는 것으로 보아 「법인세법」 제13조(과세표준) 제1항 단서에 따라 이월결손금 공제 한도로 각 사업연도 소득의 100분의 100을 적용하여 이월결손금 OOO원을 신고하였다.
나. 인천지방국세청장은 청구법인의 법인세 신고서를 검토한 결과, 2021사업연도의 자산총액이 OOO원이어서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제1항 및 같은 법 시행령 제2조(중소기업의 범위) 제1항 및 제2항에 따라 2021사업연도부터 중소기업에 해당하지 아니하고, 유예기간 적용 대상도 아니며, 2023사업연도에도 매출액 등 요건에 따라 중소기업이 아닌 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 이월결손금 공제 한도로 각 사업연도 소득의 100분의 80을 적용하여 2024.12.20. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 청구법인이 조특법 제29조의7의 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 및 제30조의4의 중소기업 사회보험료 세액공제와 관련하여 2022.3.30. 제출한 법인세 경정청구에 대해, 청구법인에게 2022.6.9. 팩스로 수정신고 검토자료(＜별지1＞ 기재와 같고, 이하 “쟁점자료”라 한다)를 보냈는데, 쟁점자료상 청구법인의 3개 사업연도(2019～2021사업연도)에 “수도권 소재의 중소기업임”이 명시되어 있는바, 이는 처분청이 청구법인에게 통지한 공식 문서로서 과세관청의 공적인 견해 표명에 해당한다.
처분청은 “수정신고를 검토한 내용을 청구법인에게 발송한 것은 이후 사업연도에 변경된 공제감면세액을 반영할 수 있도록 안내한 것으로 보인다”고 하였는데, 그렇다면 청구법인의 입장에서 보다 더 공적이 문서로 판단할 수밖에 없고, 쟁점자료의 내용은 청구법인의 인적사항, 혐의항목 검토내용, 각 연도별 상시근로자 등 검토내용, 당기세액공제 및 이월액 계산 등으로 매우 구체적이고, 상세하게 작성되어 있다.
(2) 청구법인은 3개 사업연도(2019～2021사업연도)에 “수도권 소재의 중소기업임”이 명시된 쟁점자료를 신뢰하여 2023사업연도가 중소기업 유예기간에 해당한다고 판단한 것으로, 청구법인에게 귀책 사유가 있다고 보기 어려운 정당한 사유에 해당한다.
청구법인은 법인세 신고서에 ‘중소기업 등 기준검토표’를 함께 제출하였고, 특히 2021사업연도 중소기업 등 기준검토표에는 중소기업 유예기간 사유 발생연도를 2021년으로 기재하여 신고하였는데, 처분청은 이를 충분히 검토한 후 쟁점자료에 “수도권 소재의 중소기업임”이라고 기재하였을 것인바, 검토조차 하지 않고 중소기업으로 판단하였다면, 이는 업무를 게을리한 것이고, 충분히 검토하고 판단하였음에도 2021사업연도를 중소기업으로 판단한 것은 잘못된 판단이므로 이 또한 업무를 게을리한 것에 해당할 것이며, 관련 사례에서도 처분청이 당초 경정청구를 제대로 검토하지 아니한 경우에 가산세 부과는 부당하다고 하였다(조심 2023서7838, 2023.8.29. 등).
나. 처분청 의견
(1) 쟁점자료에는 처분청의 관인이나 담당자의 이름, 전화번호 등이 기재되지 아니하여 공문의 형식을 갖춘 공적인 문서가 아니고, 일반적으로 납세자로 하여금 고도의 신뢰를 가지게 할 수 있을 정도의 구체적인 내용을 담고 있는 경우 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것에 해당한다 할 것인바(대전고등법원 2001.10.12. 선고 2021누685 판결), 쟁점자료에는 중소기업으로 판단한 근거가 구체적이고 명시적으로 기재되지 아니하였다.
세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바(대법원 2013.6.27. 선고 2011두17776 판결 등 참조), 청구법인이 2023사업연도에 중소기업에 해당하는 것으로 보아 법인세를 신고한 것은 청구법인이 쟁점자료상 “수도권 소재의 중소기업임”이라는 문구를 자기 나름의 해석에 의하여 자체적으로 확대해석한 결과일 뿐으로서, 그 귀책 사유가 청구법인에게 있으며, 청구법인이 2021사업연도에 중소기업 유예대상이 아니라는 점은 법률에 따라 결정되는 것이지 수정신고 검토자료 회신에 따라 바뀌는 것이 아니다.
(2) 청구법인이 경정청구라고 주장하는 것과 달리 청구법인은 홈택스로 수정신고를 하였는데, 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가지고, 다만 처분청이 수정신고를 검토한 내용을 청구법인에게 발송한 것은 이후 사업연도에 변경된 공제감면세액을 반영할 수 있도록 안내한 것으로 보인다.
법인세는 신고납세제도 세목으로 납세자의 신고에 의하여 과세표준과 납부할 세액이 확정되므로 신고의 1차적인 책임은 청구법인에게 있는바, 청구법인은 2023사업연도의 중소기업 해당 여부를 제대로 검토하였어야 함에도 이를 하지 아니하였다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점자료는 과세관청의 공적인 견해표명으로서, 청구법인이 이를 신뢰한 것에 귀책 사유가 있다고 보기 어려우므로 쟁점가산세는 감면되어야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
(1) 법인세법
제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.
1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액
가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것
나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것
② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.
1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액
2. 「조세특례제한법」 제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액
(2) 조세특례제한법
제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조 1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
(3) 조세특례제한법 시행령
제2조(중소기업의 범위) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.
1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
(4) 국세기본법
제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 2022.3.30. 과세표준 및 세액의 변동 없이 중소기업 사회보험료 및 고용증대기업 세액공제 대상세액에 대해 2019∼2020사업연도 법인세를 수정신고하고, 2021사업연도 법인세를 정기신고하였는데, 이와 관련한 처분청의 경정 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.
＜표1＞ 청구법인의 수정신고에 대한 처분청의 경정 내역
(단위 : 천원)
OOO
* 2021사업연도 법인세에 대해서는 경정 내역이 없음
(2) 쟁점자료를 보면, 1페이지 중간에 “※ 수도권 소재 중소기업임”이라고 기재된 것으로 확인된다.
(3) 청구법인이 신고한 2021∼2023사업연도 중소기업 등 기준검토표는 ＜별지2＞와 같은바, 청구법인의 2021사업연도 자산총액은 OOO원으로 중소기업 기준액인 OOO원 미만에 해당하지 아니하고, 유예기간 사유발생연도는 2021년으로 기재되어 있는 것으로 확인된다.
(4) 그 밖에 처분청 담당자가 쟁점자료를 팩스로 청구법인에게 보낸 경위에 대해서는 확인되지 아니한다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자료를 신뢰한 것에 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 쟁점가산세는 감면되어야 한다고 주장하나, 쟁점자료는 청구법인이 수정신고한 내용에 대한 처분청 내부의 검토자료로서, 청구법인이 2021사업연도에 중소기업 유예기간임을 인정하는 공적인 견해 표명으로 보기는 어려운 반면, 청구법인은 창업일인 2019.2.15.로부터 2년 이내의 과세연도인 2021사업연도 종료일 현재 자산총액이 5,354억원이어서 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제4호에 따라 중소기업 유예기간을 적용할 수 없는 것으로, 청구법인은 2023사업연도에 중소기업에 해당하는지에 대해 관련 법령에 따라 검토하였어야 함에도, 단지 쟁점자료상 “수도권 소재의 중소기업임”이라는 문구를 중소기업 유예기간으로서 2023사업연도에 중소기업에 해당하는 것으로 보아 법인세를 신고한바, 이는 청구법인에게 귀책사유가 있는 것으로 쟁점가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4.결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지1＞ 쟁점자료(총 6장)
OOO
＜별지2＞ 2021～2023사업연도 중소기업 등 기준검토표(총 3장)
OOO