이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.5.13. 서울특별시 강서구 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후, 같은 날 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용한 세액에 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 등에 대한 취득세 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 처분청에 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점부동산을 「유통산업발전법」에 따른 유통산업에 직접 사용할 목적으로 취득하여 「지방세법」 제13조 제2항 단서의 취득세 중과세율 적용을 배제하여야 한다는 취지로 2023.3.6. 처분청에 이 건 취득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.3.22. 쟁점부동산이 「유통산업발전법」 제2조에 따른 상품의 판매와 이를 지원하는 용역의 제공을 위한 매장이 아닌 것으로 보아 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 2023.5.11. 쟁점부동산의 취득일로부터 1년 이내에 주식회사 A 등 2인(이하 “이 건 임차인”이라 한다)에게 임대하여 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 처분청에 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 신고·납부하였다.

라. 청구법인은 2023.5.11. 서울특별시 강서구 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 2015.9.30.부터 사실상 본점으로 운영하여 왔고, 쟁점부동산은 대도시 내 본점 전입 후 5년이 경과하여 취득한 부동산에 해당하여 취득세 중과대상에 해당하지 않는다는 취지로 처분청(서울특별시장)에 이의신청을 하였으나, 처분청(서울특별시장)은 2023.9.8. 이를 기각하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법인이 ‘본점’을 대도시 밖에서 대도시로 전입한 이후 5년 이내에 대도시의 부동산을 취득하는 경우 부동산 취득에 대하여는 취득세 중과세율이 적용되는 것으로, 법령상 ‘본점’은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하고 ‘주된 사무소’는 본점 등기가 아니라 그 실질에 따라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다.

청구법인의 대표이사인 A와 B(이하 “공동대표이사”라 한다)은 부부로, 2015.9.20. 서울특별시 강서구로 거주지를 이전한 후 2015.9.30.부터 거주지로부터 1㎞ 거리의 OOO를 임차하여 그 이후부터 OOO에 있는 대표실로 출근하여 근무하였으며, 청구법인은 2015년 말 기준 직원수가 6명에 불과한 소규모 회사로서 기획, 재무, 인사, 총무 등에 관한 중추적인 의사결정은 별도의 부서를 두지 아니하였으므로 공동대표이사들이 결정하였으며, 2016년부터 이사회 및 주주총회는 OOO에서 개최되었으므로 이를 실질적인 본점에 해당한다고 보아야 한다.

특히, 처분청은 청구법인의 공동대표이사인 B이 2015년 9월말 이후에도 대전광역시에서 계속 거주하며 OOO에서 고정적인 업무를 맡지 아니하였다는 의견이나, 2015.9.20.경을 전후로 B의 신용카드 이용내역을 살펴보면 그 사용처가 서울특별시 강서구로 확인되는 등 청구법인의 OOO 인근으로 거주지를 변경하였음을 알 수 있다.

또한 B과 A는 부부로서 청구법인이 OOO를 임차하여 이전한 2015.9.30. 당시 B은 갓 돌이 지난 딸의 육아에 많은 비중을 둠에 따라 청구법인의 대표이사로서의 업무는 대부분 A가 담당하였고, 실제 대표실에 출근하여 근무한 사람도 A였으므로 청구법인의 본점을 판단함에 있어서는 A의 근무장소가 가장 중요하게 고려되어야 할 것이며, 처분청은 A가 OOO에서 근무하였다는 점에 대하여는 다투지 않고 있기도 하다.

(2) 청구법인은 OOO를 임차한 이후에도 법인등기부상 본점을 여전히 대전광역시 중구 OOO 또는 대전광역시 중구 OOO(이하 “등기상 본점”이라 한다)으로 등록하고 있었으나, 등기상 본점에서는 일상적·반복적 업무를 수행하는 물류, 도매 및 일부 CS 관련 인력만 근무하였고, 이외의 인원은 모두 OOO에서 근무하였으며,

특히 상품 매입 및 물류 관련 업무의 경우 그에 관한 전사적인 차원의 전략, 계획 또는 방향을 수립하는 활동은 법인의 중추적 의사결정에 해당할 수 있으나, 이를 실무적으로 집행하는 업무는 의사결정에 해당한다고 보기 어렵고, 수입신고필증, 통관서류 등의 수입관련 서류는 거래시마다 주기적, 반복적으로 생성되는 서류로, 법인의 중추적 의사결정과는 무관하며, 법인지방소득세, 주민세 등의 납부 장소 역시 본점 기능을 수행하였는지 여부와 무관한 사정으로, 법인지방소득세는 「지방세법」 제89조 제1항 제2호에서 납세지를 실질적인 본점이 아닌 법인등기부에 따르도록 정하고 있기도 하다.

(3) 청구법인은 OOO 인근 은행에서 법인통장을 발급받은 것으로 나타나고, 청구법인의 법인차량(OOO)은 주로 서울특별시 동대문 OOO에서 사입제품의 도매를 위한 목적으로 주로 사용되어 서울특별시에서 운행되었으며, 청구법인의 임원인 A가 외부업체와 주고받은 이메일에서 서류송달장소나 회의장소를 OOO로 지정하고 있는 점 등에 비추어 보면 OOO로 실질적인 본점을 이전한 것으로 보아야 하고, 청구법인이 2015.3.25. 이사회 및 주주총회를 개최할 당시에는 OOO가 존재하기 전이므로 대전광역시에서 개최될 수 밖에 없었다.

따라서 청구법인은 본점을 실질적으로 OOO로 이전한 날로부터 5년이 경과한 후에 쟁점부동산을 취득하였으므로 쟁점부동산은 「지방세법」 제13조 제2항 제1호의 본점의 대도시 전입 후 5년 이내 취득한 대도시 내 부동산에 해당하지 아니하는바, 취득세 중과세율 적용대상에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 법인의 본점이라 함은 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소 중 기획, 재무, 총무, 등 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소를 의미한다 할 것(조심 2015지1560, 2016.6.21., 같은 뜻임)이고, 「상법」상 주식회사가 본점을 이전한 경우 2주간 내에 그 등기를 하여야 하나(「상법」 제317조 제4항, 제182조 제1항), 본점이전 등기는 본점 이전 후 사후적으로 하는 것으로서 선의의 제3자에게 대항할 수 없는 대항력을 부여하는 것일 뿐 본점 이전의 법률효과가 발생하는 성립요건으로 볼 수 없다는 점 등을 종합하여 볼 떄 청구법인이 본점 이전등기를 하지 않았다고 하여 청구법인의 본점이 이전되지 않은 것이라고 볼 것은 아니다.

그러나, 청구법인의 법인등기부 및 사업자등록상 본점 소재지는 대전광역시로 되어 있고, 통상적으로 법인등기부 및 사업자등록상 본점의 소재지에서 법인의 사업 활동이 이루어진다고 보는 것이 경험칙에 부합하며 상업등기의 공시력을 인정한 의의에 비추어, 청구법인의 실질적인 본점이 현존하지 않는 OOO라는 예외적인 사정은 청구법인이 증명하여야 할 것이다.

(2) 청구법인은 OOO에 대표이사실, 사무실 및 내부 스튜디오를 조성하여 웹디자인, 사무, 연구개발 등 담당 직원이 상시 근무하였고, 공동대표이사들이 서울특별시 강서구에 거주하며 OOO에서 인사, 재무, 기획, 이사회 개최 등의 중추적 의사결정을 수행하였기에 OOO가 본점에 해당한다고 주장하나,

공동대표이사 B은 대전광역시에서 계속 거주하며 OOO에서 고정적인 업무를 맡지 않았다는 사실이 확인되고, 청구법인의 공동대표이사와 사내이사 C(등기상 본점에서 근무)은 법인차량(OOO)을 번갈아 출퇴근 및 일반업무용으로 지속적으로 사용하였고,

A가 청구법인의 거래업체와 주고받은 이메일에서 서류송달장소나 회의장소를 OOO로 지정한 것은 장소의 편의성에 따른 장소 선정에 불과하다 할 것이며, 2015년 중 재무제표 승인의 건에 대한 이사회와 주주총회 이외에 공증 및 등기가 필요한 이사회 및 주주총회는 대전 본점에서 개최된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 OOO에 임직원이 상주하여 근무하였음을 인정하기 어렵다.

(3) 또한 의류 유통사업의 중추 역할로 판단되는 상품 매입 및 물류 관련 업무가 등기상 본점에서 수행되었고, 수입신고필증·통관서류·수입세금계산서 등의 수입 관련 서류의 주소지가 모두 등기상 본점으로 되어 있으며, 온라인몰 판매 특성상 대부분의 금융 및 자금활동이 인터넷 뱅킹을 통해 이루어지므로 통장의 발급 등의 행위는 사후적인 거래내역 확인을 위한 활동에 불과한 반면, 법인지방소득세, 주민세 등 모든 지방세는 등기상 본점 소재지인 대전광역시 중구청장에게 납부된 것으로 나타난다.

(4) 또한 청구법인이 이의신청시 제출한 자료에 의하면 OOO 임대일부터 2016.5.13.까지의 인력구성은 사무보조직원 1명과 웹디자인 1명에 불과하여 본점의 조직이나 중추적인 관리기능을 담당할 수 있는 인적설비가 갖추어졌다고 보기 어렵고, OOO 사진상 근무하는 직원의 규모와 연구개발부서의 존재로 미루어 연구개발 담당직원이 채용된 2016년 8월 이후의 현황으로 추정되는 점 등을 종합하여 볼 때 OOO가 사실상 본점 기능을 수행하였다고 인정하기에는 무리가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

미등기 본점이 등기일 이전에 사실상 대도시 내로 전입한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2012.12.14. 대전광역시 중구 OOO을 본점으로 하고 의류 도소매업, 전자상거래업 등을 주요 사업으로 하여 설립된 법인으로, 대전광역시 중구 OOO으로 본점을 이전한 후 2017.9.21. 서울특별시 강서구 OOO으로 본점을 이전하였다.

(나) 법인등기부등본을 살펴보면, 청구법인은 2021.10.19. 주식회사 B에서 주식회사 C로 상호를 변경하였고, 청구법인의 공동대표이사들은 2021.12.14. 취임을 원인으로 2021.12.15. 등기되었고, 사내이사 D은 2019.7.8. 취임되었다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 2019.3.18. 매매를 원인으로 하여 2021.5.13. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

(라) 청구법인은 2021.5.13. 쟁점부동산에 대하여 「지방세법」 제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항의 대도시 내 본점 전입 후 5년 이내 취득한 부동산에 대한 중과세율을 적용하여 산출한 세액에 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항의 지식산업센터 등에 대한 감면을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 처분청이 제출한 출장결과보고서를 살펴보면, 처분청은 2022.5.23.부터 2022.6.1.까지 청구법인에 대한 조사를 실시하였고, 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 1년 이내(2021.7.1., 2021.9.6.)에 쟁점부동산을 이 건 임차인(주식회사 A, D 주식회사)에게 임대한 사실을 확인한 후 이에 대한 소명을 요청한 것으로 나타난다.

1) 청구법인은 쟁점부동산 중 서울특별시 강서구 OOO를 D 주식회사와 임대기간을 2021.9.6.부터 2022.9.5.까지로 하고, 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원으로 하는 내용으로 임대차계약을 체결하였다.

2) 청구법인은 쟁점부동산 중 서울특별시 강서구 OOO를 주식회사 E과 임대기간을 2021.7.1.부터 2023.6.30.까지로 하고, 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원으로 하는 내용으로 임대차계약을 체결하였다.

(바) 청구법인은 2023.3.6. 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제6호 및 「유통산업발전법」에 따른 유통산업(무점포판매업)을 영위하고 있고, 이는 「지방세법」 제13조 제4항 및 같은 법 시행령 제26조 제4항 제2호에 따라 대통령령으로 정하는 임대가 불가피하다고 인정되는 업종에 해당하여 중과제외대상에 해당한다는 취지로 기납부한 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고,

처분청은 2023.3.22. 쟁점부동산은 「유통산업발전법」 제2조에 따른 상품의 판매와 이를 지원하는 용역의 제공을 위한 매장이 아닌 사무실로 사용되고 있으므로 쟁점부동산의 취득은 중과세율 적용대상에 해당한다고 보아 청구법인에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

(사) 청구법인은 2023.5.11. 「지방세특례제한법」 제58조의2 제2항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 신고·납부하였다.

(아) 청구법인은 OOO를 2015.9.30.부터 사실상 본점으로 운영하여 왔고, 쟁점부동산은 대도시 내 본점 전입 후 5년 이후에 취득한 부동산으로 중과세율 적용대상에 해당하지 않는다는 취지로 2023.5.11. 처분청에 이의신청을 제기하였으나, 처분청은 2023.9.8. 이를 기각하였다.

(자) 청구법인은 OOO를 2015년부터 사실상 본점으로 운영하였다는 주장에 관한 증빙으로 ① OOO 임대차계약서, ② 2015년∼2017년 근로소득 지급내역, ③ OOO 현장사진, ④ 법인통장사본, ⑤ 주주총회 및 이사회의사록 등을 제출하였다.

1) 청구법인은 2015.8.28. E과 서울특별시 강서구 OOO(건물 197.02m2 및 대지 444.5m2)을 2015.9.30.부터 2017.9.30.까지 임대보증금 OOO원, 월 임대료를 OOO원으로 하여 임대차계약을 체결하였다.

2) 청구법인의 연구개발전담부서 신고서(2016.9.2.)를 살펴보면, 청구법인은 서울특별시 강서구 OOO에 연구개발전담부서를 설치한 것으로 나타나고, 신고서에 첨부된 사무실 배치도 등에 대표실이 표시되어 있으며, 근로소득 지급명세서상 OOO의 직원 현황은 아래 ＜표2＞에서와 같다.

＜표2＞ OOO의 직원 현황

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3) 청구법인은 OOO에 중요한 의사결정에 관련한 인적·물적설비를 갖추었다는 증빙으로 아래와 같이 현장사진을 제출하였다.

＜청구법인이 제출한 OOO 사진＞

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4) 청구법인의 법인통장 발행지점은 2015년 9월부터 OOO지점에서 OOO지점으로 변경되었다.

5) 청구법인의 이사회의사록과 정기 주주총회의사록을 살펴보면, 청구법인은 이사회(2016.3.11., 2017.3.8.)와 정기주주총회(2016.3.31., 2017.3.31.)를 “서울 사무실 회의실”에서 개최한 것으로 나타난다.

6) 청구법인은 공동대표이사 B의 현대카드 이용내역서(2015.8.13.∼2016.5.11.)를 제출하였고, 그 사용내역을 살펴보면 2015.9.22. 이후 서울특별시 강서구에서 사용한 내역이 나타난다.

7) 법인차량(OOO)의 운행일지를 살펴보면, 법인차량의 주행거리는 40∼50km 상당으로 기재되어 있고, 청구법인은 이에 대하여 청구법인의 임원들(A, B, C)이 OOO에서 서울 동대문 OOO까지의 거리(약 44km)를 운행하기 위하여 사용한 것이라고 답변하였다.

(차) 처분청은 ① 수입신고필증·통관서류·수입세금계산서, ② 자동차등록원부(갑)열람내역, ③ 공동대표이사의 주민등록등·초본, ④ 이사회 및 주주총회의사록, ⑤ 세금납부내역 등을 제출하였다.

1) 청구법인의 수입신고필증(2015.7.7., 2016.7.15.), 통관서류(2015.8.4., 2016.7.18.), 수입세금계산서(2015.7.14., 2016.7.18.)을 살펴보면, 청구법인의 주소지는 대전광역시 중구 OOO(등기상 본점)으로 기재되어 있다.

2) 자동차등록원부(갑) 열람내역을 살펴보면, 청구법인은 2015.8.4., 2016.12.5. 법인차량(OOO, OOO)의 등록지를 대전광역시 중구 OOO으로 한 것으로 나타나고, 법인차량운행일지(OOO, 2016.4.1.∼2016.12.1.)에서 해당 차량은 청구법인의 임원들(A, B, C)이 사용한 이력이 나타난다.

3) 처분청이 제출한 주민등록표 등·초본을 살펴보면, B(청구법인의 공동대표이사)은 2015.3.25. 대전광역시 중구 OOO로 전입하였다가 2017.10.20. 서울특별시 강서구 OOO로 전입한 것으로 나타난다.

4) 처분청은 2015.3.25. 이사회 및 주주총회는 대전광역시에서 개최되었다는 의견으로, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간 이견이 없다.

5) 처분청은 청구법인이 2015년 1월부터 2017년 9월까지 취득세(자동차), 등록면허세, 법인지방소득세, 주민세(법인균등분) 등을 대전광역시 중구청장에게 납부하였다는 증빙으로 무관할세목별과세증명서 조회화면을 제출하였다.

(2) 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우를 중과세율 적용대상으로 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 설립ㆍ설치ㆍ전입 등에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(사무소 등)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점부동산의 취득이 청구법인의 본점이 대도시 내 전입 후 5년 이내에 취득에 해당하여 취득세 중과세율 적용대상이라는 의견이다.

그러나, 취득세 등 중과를 규정한 지방세법령에서 ‘본점’ 또는 ‘본점의 전입’의 개념에 대하여 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로 특별한 사정이 없는 한 회사를 규율하는 「상법」과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다 할 것이고, 「상법」상 회사의 “본점”이란 회사의 주된 영업소를 의미하므로 복수의 영업소가 있다면 그 가운데 총괄적 지휘를 하는 영업소가 본점에 해당한다 할 것이며, 대도시 내로 본점의 “전입”이란 그 주된 영업소가 대도시 외에서 대도시 내로 이전하는 것을 의미한다 할 것(조심 2018지654, 2019.1.29., 같은 뜻임)인바,

청구법인은 2015.9.30. OOO를 임차한 후 2016년 3월부터 주주총회 및 이사회 등을 OOO에서 개최한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 공동대표이사인 A는 2015년 9월 OOO 인근으로 거주지를 이전하였고, OOO의 배치도나 현장사진에서 OOO 내 대표실 등이 따로 설치되어 있고 직원들이 상시 근무할 수 있는 사무환경도 구비된 것으로 나타나는 점, 청구법인의 공동대표이사인 A와 B은 부부로, 2015.9.30. OOO를 임차할 당시 육아를 병행하여 공동대표이사인 A와 B은 함께 서울특별시로 거주지를 이전하였다고 주장하면서 그 증빙으로 개인신용카드 사용내역, 법인차량 운행일지 등을 제출한 점, 청구법인은 2016년 5월 이전까지 10인 이하의 직원을 통해 소규모로 운영되었고, 기획, 재무, 총무 등 법인의 중추적인 의사결정을 위한 별도의 부서를 두지 아니하여 청구법인의 공동대표이사인 A가 OOO에 상근하면서 중추적인 의사결정을 수행하였다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 2015.9.30.경 본점을 사실상 OOO로 전입한 것으로 보이고, 그렇다면 본점이 대도시 내 전입한 후 5년이 경과된 후에 쟁점부동산을 취득하여 취득세 중과세율 적용대상으로 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 일부개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2제1항제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우

나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

④ 제3항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 임대가 불가피하다고 인정되는 업종에 대하여는 직접 사용하는 것으로 본다.

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다.

⑦ 제2항과 제5항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조에 따른 표준세율의 100분의 300에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 취득하는 경우에는 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 600을 합한 세율을 적용한다.

⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

④ 취득한 부동산이 대통령령으로 정하는 기간에 제13조제2항에 따른 과세대상이 되는 경우에는 같은 항의 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

6. 「유통산업발전법」에 따른 유통산업, 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 농수산물도매시장ㆍ농수산물공판장ㆍ농수산물종합유통센터ㆍ유통자회사 및 「축산법」에 따른 가축시장

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

(4) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18091호로 일부개정된 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 2022년 12월 31일까지 경감한다.