이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.12.31. 및 2015.6.30. 서울특별시 강서구 OOO 소재 OOO일반산업단지 내 산업시설용지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 및 부칙 제25조에 따른 산업용 건축물 등에 대한 감면(이하 “산업단지 감면”이라 한다)을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원(이하 “쟁점토지의 일반과세분 취득세”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2017.11.24. 쟁점토지상에 교육연구시설용(연구소) 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 취득하고, 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2018.1.2. 본점을 쟁점부동산으로 이전하고 본점사업용으로 사용을 개시한 부분(전체 면적의 90.3%, 이하 “본점부동산”이라 한다)이 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역 내에서 본점사업용으로 신축하는 부동산에 해당한다고 보아, 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세율(이하 “이 건 중과세율 규정”이라 한다) 및 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 쟁점토지분 농어촌특별세 OOO원(이하 “쟁점토지의 중과세분 취득세”이라 한다) 및 쟁점건축물분 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였고, 2018.11.2. 공사비 정산으로 쟁점건축물의 취득세 과세표준이 증액됨에 따라 증액 과세표준에 대해 이 건 중과세율 규정 및 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

라. 청구법인은 2022.11.16. 쟁점부동산의 취득이 산업단지 감면규정의 요건을 충족함과 동시에 「지방세특례제한법」 제79조 제1항에 따른 법인의 지방이전에 따른 감면(취득세·지방교육세·농어촌특별세 면제, 이하 “쟁점감면규정”이라 한다)의 요건을 갖추었다고 보아, 쟁점감면규정을 적용하여 기 납부한 농어촌특별세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.1.12. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 먼저, 쟁점부동산의 취득이 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정의 요건을 충족하는지 여부를 살펴보면,

(가) 청구법인은 전산시스템통합, 소프트웨어의 설계 및 개발 등의 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 정보통신사업을 영위하고 있으며, 쟁점부동산을 해당 사업의 사무실 및 연구시설 등으로 사용하고 있으므로 쟁점부동산의 취득은 산업단지 감면규정의 요건을 충족한다.

(나) 청구법인은 ① 과밀억제권역에 본점을 두고 있다가 임차를 종료하고 대도시 외 지역인 과밀억제권역 내 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지로 청구법인의 본점을 이전하기 위하여 쟁점부동산을 취득(지특법 제79조 제1항)하였으며, ② 쟁점토지를 2014.12.31. 및 2015.6.30.에 취득하고, 쟁점건축물을 2017.11.24.에 취득한 후 2018.1.2. 쟁점부동산에 본점을 이전하여 사업을 시작하였으므로 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득(지특칙 제7조 제1항 제1호)하였으며, ③ 2013.12.16.～2018.1.2.까지 약 4년간 종전 본점을 임차하여 사용한 사실이 있으므로 과밀억제권역 내의 본점을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 임차의 경우 2년 이상 사업을 한 실적이 존재(지특칙 제7조 제1항 제2호)하며, ④ 2018.1.2. 쟁점부동산에서 사업을 개시한 이후 2018.1.31. 종전 본점의 임대차 계약을 해지하고 사업장을 폐쇄한 사실이 있으므로 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점을 폐쇄(지특칙 제7호 제1항 제3호)한 사실이 있으며, ⑤ 쟁점토지의 취득일부터 6개월 이내에 건축공사에 착공하였고, 쟁점건축물의 취득일부터 1개월 이내에 직접 그 용도에 사용한 사실이 인정되므로 대도시 외의 지역에서 본점용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용(지특칙 제7조 제1항 제4호)한 사실이 있으므로, 쟁점감면규정과 관련한 요건은 모두 충족한 것으로 인정된다.

(다) 따라서, 「지방세특례제한법」 제180조에서 동일한 과세대상에 대하여 둘 이상의 감면이 적용되는 경우에 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 취득에는 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정이 동시에 적용되는 경우에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제규정에 따라 둘 중 감면율이 높은 쟁점감면규정을 적용할 수 있다.

(2) 다음으로, 처분청은 쟁점토지와 쟁점건축물은 하나의 유기적 관계에 있는 동일한 과세대상이므로 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제규정 적용대상에 해당하고, 쟁점토지의 취득에 대한 부과제척기간(또는 경정청구기간)의 경과로 쟁점감면규정을 적용하여 감액결정할 수 없는 이상 쟁점건축물의 취득에 대해서도 쟁점감면규정을 적용할 수 없다는 의견이나,

(가) 취득세는 재화의 취득행위라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세능력을 인정하여 부과하는 유통세의 일종으로서(대법원 1984.11.27. 선고, 84누52 판결), 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하는 것(대법원 1995.9.15. 선고, 95누7970 판결)이므로 취득세에 있어 ‘과세대상’이란 부동산 등의 과세물건이 존재하는 것 그 자체가 아니라 과세물건에 대한 소유권이전 등 유·무상의 유통행위 즉, ‘취득행위’를 말하는 것(조심 2022지60, 2023.8.29.)인바, 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제규정은 하나의 취득행위를 기준으로 둘 이상의 감면이 적용되는 경우 감면율이 높은 것 하나만을 적용하여야 한다는 의미로 해석하여야 한다.

(나) 지방세법에서는 일반적인 과세물건을 취득하는 경우 표준세율을 적용(지법 제11조)하고, 과세물건의 성격 및 취득경위 등에 따라 정책적 목적으로 고율의 세율을 적용하여 중과세할 필요가 있는 과세물건을 취득하는 경우 중과세율을 적용(지법 제13조)하도록 하면서도, 취득 당시에는 표준세율 적용대상인 과세물건을 취득한 후 5년 내 중과세 요건을 충족하게 되는 경우 중과세율을 적용하여 취득세를 추징하도록 규정(지법 제16조 제1항)하고 있으며, 이 경우 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고·납부(지법 제20조 제2항)하거나 부과·고지(지법 제21조 제1항)하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2014.12.31. 및 2015.6.30. 분양을 원인으로 쟁점토지를 취득하여 취득세 납세의무가 성립함에 따라 쟁점토지 일반과세분의 취득세 신고·납부의무를 이행하였고, 이후 그 지상에 쟁점건축물을 신축하고 2018.1.2. 그 일부에 본점을 이전한 뒤 ‘본점사업용으로의 사용 개시’라는 중과세 요건의 충족으로 취득세 중과세 납세의무가 성립함에 따라 쟁점토지의 중과세분 취득세 신고·납부 의무를 이행한 것이며, 법정신고기한 뿐만 아니라 부과의 제척기간, 경정청구기간 또한 각 납세의무의 성립을 기준으로 기산된다.

(다) 한편, 관련 지방세법령을 종합하면 이 건 중과세율 규정 및 신고납부 규정에 따라 청구법인이 신고납부한 쟁점토지의 중과세분 취득세는 쟁점토지의 취득이라는 하나의 취득행위에 대해 이미 납세의무를 이행한 쟁점토지의 일반과세분 취득세와의 연속선상에서 최종적으로 고율의 세율이 적용되도록 쟁점토지의 일반과세분 취득세를 증액하는 성격을 가진다 할 것이므로 쟁점토지의 일반과세분과 중과세분 취득세에 대하여는 동일한 감면이 적용되어야 하는 측면이 있는데, 납세자가 단순 착오나 감면규정에 대한 부지 등으로 감면을 적용하지 못하였거나 불리한 감면이 적용된 채로 일반과세분 취득세 납세의무를 이행하여 확정된 후 이를 바로잡지 않은 상태에서 중과세율 적용대상이 된 경우, 납세자가 중과세분 취득세에 대한 경정청구 또는 불복청구를 통해 본래 적용할 수 있었던 유리한 감면을 적용할 수 있는지 여부가 쟁점이 될 수 있다.

만약 일반과세분 취득세의 신고 및 확정을 사유로 후속 중과세분 취득세의 감면사유 변경에 따른 경정이 불가능할 경우 납세자로서는 일반과세분 취득시부터 향후 중과세 신고 등을 고려하여 감면사유를 확정적으로 선택하여야 하고, 일반과세분 취득세에 대해 불리한 감면을 받은 경우와 달리 감면을 받지 않은 경우는 중과세분 취득세에 대해 감면받을 수 있게 되어 일반과세분 취득세 감면적용 여부에 따라 차별되는 결과를 초래할 수 있을 뿐만 아니라 앞서 살펴본 바와 같이 중과세분 취득세가 이미 납세의무를 이행한 일반과세분 취득세의 증액경정 성격임을 고려하면 일반과세분 취득세는 후속 중과세분 취득세의 신고 또는 부과처분에 흡수된다고 봄이 타당하고, 정당한 과세표준 및 세액의 존부를 정하는 것이 경정청구의 목적임을 고려하더라도 이러한 사안은 중과세분 취득세에 대한 경정청구 또는 불복청구를 통해 충분히 바로잡을 수 있는 경우에 해당한다 할 것이다.

(라) 청구법인은 2014.12.31. 및 2015.6.30. 쟁점토지의 일반과세분 취득세를, 2017.11.24. 그 지상에 쟁점건축물 신축후 쟁점건축물의 일반과세분 취득세를, 2018.1.2. 청구법인의 본점을 이전하면서 쟁점토지와 쟁점건축물 중 본점사업용 사용부분에 대하여 중과세분 취득세를 신고납부하였고, 이 중 경정청구기간을 도과하여 그 세액의 변경을 구할 수 없는 쟁점토지의 일반과세분 취득세를 경정청구의 범위에서 제외하고 쟁점토지의 중과세분 취득세를 한도로 이 건 경정청구를 제기한 것이므로 쟁점부동산의 취득에 대하여 쟁점감면규정을 적용하여 쟁점토지의 중과세분 취득세 및 쟁점건축물의 취득세를 경정하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점부동산 취득이 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정의 요건을 모두 충족하고, 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제규정을 적용하면 감면율이 더 높은 쟁점감면규정의 적용대상에 해당한다는 점에는 이견이 없다.

(2) 그러나, 「지방세기본법」 제38조 제1항에서 납세자가 사기나 기타 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급ㆍ공제 또는 감면받는 경우나 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우가 아니라면 부과제척기간은 5년이며, 같은 법 시행령 제19조 제1항 제1호에서 지방세 관계 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우 부과제척기간의 기산일은 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날로 하되, 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 정한 부과제척기간이 경과하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 된다.

이 건의 경우 청구법인은 2014.12.31. 쟁점토지를 취득하고 2015.2.26. 쟁점토지의 일반과세분 취득세를 신고·납부하였으며, 2018.1.2. 쟁점부동산으로 본점을 이전함에 따라 쟁점토지의 중과세분 취득세에 대한 수정신고를 마쳤다고 하더라도 신고기한에는 포함되지 아니하므로 「지방세기본법」 제38조 및 같은 법 시행령 제19조의 부과제척기한이 도과한바 쟁점토지의 취득에 대해 쟁점감면규정을 변경하여 적용하여 경정할 수는 없다.

(3) 또한, 쟁점감면규정에서 규정한 감면대상은 과밀억제권역 외의 지역으로 본점을 이전하여 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이고, 산업단지 감면규정 또한 그 감면대상이 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로서 ‘건축물 및 그 부속토지’를 말한다 할 것이고,

지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고 그 필지 수 등에 관계 없이 지상정착물의 이용현황에 따라 객관적으로 판단할 사항이 아니라 이는 하나의 유기적인 관계에 있는 동일한 과세물건에 해당된다고 할 것이므로, ‘건축물과 그 부속토지’를 별개의 과세대상으로 보아 감면규정을 달리 적용할 수 있다고 볼 것은 아니고 동일한 과세대상에 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우로서 그 중 감면율이 높은 것을 적용할 수 있을 뿐(행정안전부 지방세특례제도과-479, 2020.3.2.)이다.

따라서, 쟁점건축물의 취득이 쟁점감면규정의 요건을 충족하여 감면대상에 해당한다 할지라도 그 부속토지인 쟁점토지의 취득이 부과제척기간을 경과하여 쟁점감면규정을 적용할 수 없는바, 그 지상정착물인 쟁점건축물에 대해서도 쟁점감면규정을 적용할 수 없다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지와 쟁점건축물의 취득에 대하여 법인의 지방이전에 대한 감면규정을 적용하는 것이 「지방세특례제한법」 제180조에서 정하는 중복감면 배제에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 전산시스템통합, 소프트웨어의 설계 및 개발 등 정보통신사업을 영위하기 위하여 2013.12.16. 서울특별시 영등포구 OOO을 본점소재지로 하여 설립되었다.

청구법인은 2014.1.1.부터 서울특별시 영등포구 OOO(이하 “종전 본점소재지”라 한다) 소재 부동산을 임차하여 사용하여 오다가, 2018.1.2. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 OOO일반산업단지 내 쟁점건축물로 본점소재지를 이전하였으며, 2018.1.31. 종전본점소재지의 임대차계약을 해지하고 사업장을 폐쇄한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2014.12.31. 및 2015.6.30. OOO일반산업단지 내 산업시설용지 OOO㎡를 취득하고, 산업단지감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고납부하였다.

(다) 청구법인은 2015.4.1. 쟁점토지의 지상에 산업용 건축물 OOO㎡의 신축에 대한 건축허가를 받고, 2015.5.28. 착공 후 건축공사를 진행하여, 2017.11.24. 사용승인을 받아 취득하였고, 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고납부하였다.

(라) 청구법인은 2018.1.2. 청구법인의 본점을 쟁점건축물로 이전한 뒤, 쟁점부동산 중 본점부동산의 취득에 대하여 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세율과 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원(기납부세액 차감액임)을 신고·납부하였고, 2018.11.2. 공사비 정산으로 쟁점건축물의 취득세 과세표준이 증액됨에 따라 증액 과세표준에 대해 중과세율과 산업단지 감면을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

(마) 쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득이 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정의 요건을 모두 충족한다는 데에는 양측 이견이 없다.

(바) 청구법인이 종전 본점소재지의 임대면적 OOO㎡ 중 OOO㎡를 청구법인의 본점사업용으로, OOO㎡를 복리후생시설로 사용하였고, 쟁점건축물 OOO㎡ 중 OOO㎡를 청구법인의 본점사업용으로, OOO㎡를 복리후생시설로 사용하였다는 데에는 양측 이견이 없다.

(사) 청구법인은 쟁점감면규정의 적용과 관련하여 쟁점부동산 및 종전 본점소재지 부동산의 가액에 대하여 처분청 및 영등포구청장이 발급한 시가표준액을 기준으로 차액을 산정하고, 위 (바)의 면적으로 안분한 가액을 기준으로 경정청구세액을 계산한 결과를 제출하였다.

＜ 쟁점부동산 취득 관련 정당한 납부세액 계산 ＞

(단위 : 원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득이 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정의 요건을 둘 다 충족한다는 데에 청구법인과 처분청 모두 이견이 없으므로, 쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득은 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제 규정의 적용대상으로서 두 감면규정 중 감면율이 더 높은 하나의 규정을 적용받을 수 있다 할 것이다.

(나) 다음으로, 처분청은 쟁점토지와 쟁점건축물이 하나의 유기적 관계에 있는 동일한 과세대상이므로 쟁점토지의 취득과 쟁점건축물의 취득이 「지방세특례제한법」 제180조의 중복감면의 배제규정 적용대상이라는 의견이나,

취득세에 있어 ‘과세대상’이란 부동산 등의 과세물건이 존재하는 것 그 자체가 아니라 과세물건에 대한 소유권이전 등 유·무상의 유통행위 즉, ‘취득행위’를 말하는 것으로, 분양을 원인으로 유상승계취득한 쟁점토지의 취득과 소유권보존을 원인으로 한 쟁점건축물의 취득은 각각이 별개의 취득행위에 해당하므로 별개의 과세대상에 해당하므로 쟁점토지의 취득과 쟁점건축물의 취득에 대해 각각 중복감면의 배제 규정 적용여부를 판단하여야 할 것(조심 2022지60, 2023.8.29.)으로 보이는바,

이 건 경정청구 당시 그 청구기간이 도과되지 아니한 쟁점건축물의 취득에 대한 일반과세분 및 중과세분 취득세는 아래에서 살펴볼 쟁점토지의 일반과세분 취득세의 경정청구기간 도과 여부와 관계 없이 쟁점감면규정의 적용대상에 해당한다고 보아 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 처분청은 쟁점토지의 일반과세분 취득세를 경정할 수 없는 이상 중과세분 취득세에 대하여 감면사유를 변경하여 감액경정하는 것이 불가하다는 의견이나, 아래와 같은 사정에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 세법상 납세의무는 각 세법에서 정하는 과세요건을 충족할 때 성립하는 것이고, 취득세 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립하는 일반 과세물건의 취득과 달리 과세물건의 성격 및 취득경위 등에 따라 정책적 목적으로 고율의 중과세율을 적용하는 과세물건의 취득은 과세물건의 취득뿐만 아니라 지방세법에서 정하는 별도의 중과세 요건을 갖추어야만 그 납세의무가 성립한다.

이와 관련하여 「지방세법」 제11조에서 표준세율을 적용하는 부동산의 취득을, 같은 법 제13조에서 중과세율을 적용하는 부동산의 취득을 규정하면서, 같은 법 제16조에서 취득 당시에는 표준세율 적용대상이나 취득 후 5년 내 중과세 요건을 충족하게 되는 경우 중과세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 그 납세의무의 이행과 관련하여 같은 법 제20조 제2항에서 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항에서 이를 신고·납부하지 않는 경우 처분청이 부족세액에 대해서 부과·고지하도록 규정하고 있다.

취득세는 세율구조상 부동산의 취득 이후 중과세 요건이 성립하는 경우 하나의 취득행위에 대하여 일반과세와 중과세 납세의무 모두가 성립하게 되는데, 세액계산방식에 있어 당초 신고 등에 따라 확정된 세액이 있다면 그 세액을 차감하여 차액분에 대한 납부의무를 지우도록 규정하고 있는바, 이는 하나의 취득행위에 대하여 최종적으로 고율의 세율인 중과세율의 적용으로 귀결시킴으로써 취득 당시부터 중과세 요건을 갖춘 경우와 동일하게 취급하고자 함으로 보인다.

2) 청구법인의 경우, 청구법인이 2014.12.31. 및 2015.6.30. 대도시 내 쟁점토지를 취득함에 따라 취득세 납세의무가 성립한 후, 그 지상에 쟁점건축물을 신축하여 취득하고 2018.1.2. 청구법인의 본점을 이전함에 따라 쟁점건축물 뿐만 아니라 쟁점토지의 취득에 대해서도 취득세 중과세 납세의무가 성립하게 된 것인데, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 일반과세분 취득세와 쟁점토지의 중과세분 취득세는 쟁점토지의 취득이라는 하나의 취득행위에 기인하여 최종적으로 중과세율의 적용으로 귀결된다는 점에서 쟁점토지의 일반과세분과 중과세분 취득세에는 동일한 감면규정을 적용하는 것이 타당하다 하겠다.

3) 또한, 경정청구제도는 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다 신고·납부한 경우에 이를 시정하거나 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액 등의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자의 이익을 위하여 그러한 사정을 반영하여 시정케하는 법적장치(헌법재판소 2020.2.24. 선고 97헌마13 전원재판부 결정)로서, 그 본질적 목적은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적 존부를 정하는데 있다 할 것인 점, 청구법인은 이 건 경정청구시 쟁점토지의 취득에 대하여 이미 성립하여 확정된 후 경정청구기간이 도과하여 더 이상 납세의무의 변경을 구할 수 없는 쟁점토지의 일반과세분 취득세를 경정청구의 범위에서 제외하고 중과세분 취득세를 한도로 그 세액을 경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기한 점, 앞서 살펴본 바와 같이 취득세 세율구조상 취득 후 중과세율 적용대상이 되는 경우 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고하거나 부과하도록 규정하고 있으므로, 중과세분 취득세 신고 및 부과처분 단계에서 일반과세분 취득세의 과다·과소신고분이 조정되어 최종 납부세액이 결정되는 구조인 점 등에 비추어, 중과세분 취득세는 일반과세분 취득세를 증액경정하는 성격을 가진다는 측면이 있다 할 것인바, 경정청구기간이 도과되지 아니한 쟁점토지의 중과세 취득세에 대한 경정청구시 당초 적용한 불리한 감면의 적용을 배제하고 유리한 감면을 적용하여 달라는 취지의 경정청구가 「지방세특례제한법」제180조의 중복감면의 배제규정의 적용을 통해 제한하여야 할 정도의 과다한 조세지원으로 보기도 어렵다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

제35조(납세의무의 확정) ① 지방세는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 세액이 확정된다.

1. 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세: 신고하는 때. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 지방세관계법에 어긋나는 경우에는 지방자치단체가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때로 한다.

제35조의2(수정신고의 효력) ① 제49조에 따른 수정신고(과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제36조(경정 등의 효력) ① 지방세관계법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다.

제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제51조에서 정하는 바에 따른다.

3. 그 밖의 경우: 5년

제49조(수정신고) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 지방자치단체의 장이 지방세관계법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하기 전으로서 제38조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지는 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적을 때

제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 지방세기본법 시행령

제19조(부과 제척기간의 기산일) ① 법 제38조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우: 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다.

(3) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

1. 제13조제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 제13조제1항부터 제7항까지의 세율(제16조제6항제2호에 해당하는 경우에는 제13조의2제3항의 세율)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(4) 지방세법 시행령

제34조(중과세 대상 재산의 신고 및 납부) 법 제20조제2항에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

1. 법 제13조제1항에 따른 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 경우 : 사무소로 최초로 사용한 날

(5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 법인을 이전하여 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

제180조(중복 감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다.

부칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조제4항제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(6) 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것)

제39조(대도시의 범위) 법 제79조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대도시”란 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다.

(7) 지방세특례제한법 시행규칙

제7조(대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것

2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것

3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것

4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.

② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각 「지방세법」 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액

2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(「지방세법」 제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액

(8) 농어촌특별세법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

(9) 농어촌특별세법 시행령(2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세) ⑥ 법 제4조제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

5. 「지방세법」 제9조제2항, 「지방세특례제한법」 제13조제2항제1호(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물로 한정한다), 제15조제2항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항ㆍ제5항, 제22조의2제1항ㆍ제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항부터 제3항까지, 제33조, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제41조제1항ㆍ제5항, 제42조제2항ㆍ제3항, 제43조제1항, 제44조, 제45조제1항, 제46조, 제50조제1항, 제52조, 제53조, 제54조제5항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제66조제3항ㆍ제4항, 제67조제1항ㆍ제2항, 제72조제1항, 제73조제1항ㆍ제2항, 제74조제1항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항ㆍ제2항, 제83조제1항ㆍ제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면