이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1993년 「주택법」에 따른 주택건설업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2016.12.26. 경상북도 포항시 OOO 외 19필지 56,982㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2020년～2024년 종합부동산세 신고 시 쟁점토지를 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항에 따른 “취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지”로 하여 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 사실을 확인하고, 조특법 제104조의19 제3항에 따라 2024.11.27. 및 2025.1.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 지구계획에 관한 통합심의 및 개별심의가 진행되지 못한 사유는 청구인의 책임이 아닌 지구계획 승인권자의 귀책사유에 의한 것일 뿐, 청구법인은 지구계획 승인을 받기 위하여 상당한 노력을 기울여 왔으므로 쟁점토지 취득일부터 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못한데 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 이 건 종합부동산세 부과처분은 취소되어야 한다.

(1) 청구법인은 2016.12.26. 쟁점토지를 취득하여 2017.1.9.부터 공공지원 민간임대주택 건축사업을 시행하였는데, 경상북도지사는 청구법인이 한 2022.6.15.자 지구계획 승인신청을 2023.11.1. 반려하였고, 이에 대해 청구법인이 2023.11.27. 중앙행정심판위원회에 경상북도지사를 상대로 지구계획 승인신청 반려처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였으나, 2024.9.3. 위 승인신청 반려처분이 위법하다고 볼 수 없다는 재결을 받았고, 이에 대해 2024.11.12. 대구지방법원에 위 반려처분 취소 청구 소송을 제기하였는바,

대법원은 주택건설사업자가 토지를 취득한 후 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못하였더라도, 그 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 '정당한 사유'로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 판시하였고(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결, 상고심 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행판결, 참조), 이 건의 경우 청구법인에게 책임을 물을 수 없는 정당한 사유로 인해 사업계획 승인을 받지 못하였다고 보아야 할 근거는 아래와 같다.

(가) 청구법인이 ‘도시ㆍ군관리계획 관련 사항’에 대한 통합심의를 요청한데 대해, 경상북도지사는 경상북도 포항시 도시ㆍ군관리계획 관련 사항은 통합심의 대상이 아니므로, 경상북도지사가 설치한 통합심의위원회가 이를 심의할 수 없다고 보았는데, ① 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제32조 제1항 제1호는 통합심의위원회가 ‘도시ㆍ군관리계획 관련 사항’을 심의한다고 규정하고 있을 뿐 예외를 두고 있지 않고, ② 같은 법 제8항은 통합심의위원회의 검토 및 심의를 거친 경우 시ㆍ도도시계획위원회의 검토 및 심의를 거친 것으로 본다고 규정하고 있으나, 이는 지정권자(경상북도지사)가 설치한 통합심의위원회와 개별위원회의 검토 및 심의 사이의 관계에 대한 규정일 뿐, 심의대상과 무관한 규정인 점 등을 고려할 때 경상북도지사의 주장은 부당하다.

(나) 경상북도지사의 지구계획 승인은 도시ㆍ군관리계획 결정의 효력(의제효과)을 가지므로, 경상북도지사(지정권자, 주된 인허가 행정청)가 지구계획을 승인하고자 하는 경우 도시ㆍ군관리계획 결정권자인 포항시장(관련 인허가 행정청)과 협의해야 한다(민간임대주택법 제29조 제3항).

경상북도지사는 관련 인허가 행정청인 포항시장이 도시ㆍ군관리계획에 대한 구체적인 동의 의견을 제시하지 않고 있어 경상북도지사는 지구계획 승인 여부를 심의할 수 없다는 의견이나, ① 판례의 취지는 주된 인허가 행정청이 관계 인허가 요건도 검토할 수 있다는 취지에 불과한 점, ② 주된 인허가 행정청과 별개로 관련 인허가 행정청의 동의가 따로 필요하다면 의제 규정을 둔 취지가 몰각되는 점, ③ 「행정기본법」이 협의ㆍ동의ㆍ합의를 구분해서 사용하고 있고, 관계 행정청이 의사표시를 하지 않은 경우(명시적 동의 없음)에도 허가할 수 있도록 허용한 점 등을 고려할 때 관계 행정청과의 협의를 동의로 해석할 수는 없다.

또한 포항시장이 경상북도지사의 협의 요청에 4차례에 걸쳐 회신하였고, 그 이후에도 반복해서 필요한 협의를 완료했다고 확인하였음에도 불구하고, 경상북도지사는 청구법인에게 포항시장의 동의 의견을 득할 것을 반복해서 요구하였는데, 그와 같은 요구는 위법하고, 나아가 경상북도지사의 요구에 응하지 않았다는 이유로 지구계획 승인신청을 반려한 처분 역시 위법하다 하겠다.

법원은 정당한 사유로 사업계획승인이 기간 내 이루어지지 않았는지 여부를 판단할 때, 주택건설사업자가 주택 사업계획승인을 얻기 위해 상당한 노력을 하였는지를 중요하게 고려하여야 한다고 보고 있는바, 청구법인은 촉진지구 지정을 받은 후 지구계획 승인 과정에서, 경상북도지사의 관계기관 협의 결과에 대한 조치계획 제출 요구(4회) 및 보완요구(2회)에 대해 매번 충실히 응하는 등 진지한 노력을 다하였다.

(2) 쟁점토지에 대한 종합부동산세액을 추징하지 않더라도, 조특법 제104조의19 제1항 및 제3항의 입법취지에 반하지 않는다.

(가) 조특법 제104조의19 제1항 제1호는「주택법」에 따라 주택건설 사업자등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해 주는데 있다(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결, 상고심 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행판결, 참조).

(나) 청구법인은 쟁점토지 지상에 공공지원 민간임대주택 건설사업을 계속 추진하고 있고, 비록 경상북도지사의 지구계획 승인신청 반려에 대해 소송을 제기하여 다투고 있기는 하나, 청구법인이 승소하는 경우 사업을 계속 추진할 예정이고, 향후 주택건설사업이 계속된다면 감면으로 인한 혜택은 주택을 분양받는 입주자들에게 돌아갈 것이므로 청구법인에게 이 건 종합부동산세를 추징하는 경우, 분양가 상승요인으로 작용할 뿐이다.

또한 청구법인은 지구계획 승인 신청 후 경상북도의 요청이 있을 때마다 성실하게 조치계획을 제출하면서 경상북도와 포항시로부터 사업계획 승인을 받기 위해 지속적으로 노력하였으나, 행정기관의 반복된 요청으로 사업 수행이 지연되고 있는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2023.11.27. 중앙행정심판위원회에 경상북도지사를 상대로 지구계획승인신청 반려처분을 취소하여 달라는 취지의 행정심판을 제기하여, 2024.9.3. 반려처분이 위법하다고 볼 수 없다는 재결을 받은 사실로 보아 이 건 지구계획 승인이 위법ㆍ부당하게 지연되었다고 보기 어렵고, 쟁점토지에 대한 사업계획 승인을 받지 못한 것은 청구법인에게 그 책임이 있었던 것으로 보인다.

청구법인이 근거로 제시한 판례(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결, 상고심 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 판결)는 “주택건설사업자가 취득한 토지에 관하여 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 사유가 ‘공급배관 용량 부족으로 인한 집단에너지 공급 불가’로 인한, 납세의무자의 귀책 사유가 아닌 외부적인 사정 때문”인 것이 명확한 사례로서 이 건에 원용하기 어렵다.

(2) 청구법인은 조특법 제104조의19의 입법취지는 과중한 종합부동산세 부담이 주택 가격에 전가되어 분양가 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위한 것인바, 청구법인에게 종합부동산세를 추징하는 것은 위 규정의 입법취지에 어긋난다고 주장하나,

조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등, 참조), 위 규정은 2019.1.1.부터 시행되어 「지방세법」상 재산세 종합합산토지로 과세됨에도 불구하고 예외적으로 「주택법」에 의한 주택건설업자의 주택건설용 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하여 다른 납세자와 달리 특혜를 주고 있는 것으로, 위 규정에서 ‘5년’의 의미는 사업계획승인에 절차상 장기간이 소요될 수 있는 점을 감안하여 이 기간동안 종합부동산세 부과 시 분양가 상승요인으로 작용하지 않도록 하여 주택건설업자가 아닌 주택분양자들에게 세제상 혜택을 주기 위한 것으로 보아야 한다.

또한 5년의 국세부과제척기간을 고려하여 부동산 취득일부터 5년 이내에 사업계획승인을 받은 경우에만 입법취지에 따라 세제상 혜택을 부여하는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 쟁점토지에 대해 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 사유가 ‘납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 정당한 사유’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인이 감면받은 종합부동산세액을 추징한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택건설사업자인 청구법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 주택사업계획 승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 조특법 제104조의19 제3항의 추징규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령(＜별지＞ 기재)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 조특법 제104조의19에 따른 주택건설사업자에 해당하는 사실과 청구법인이 2016년 12월경 쟁점토지를 매입하였고 2020년~2024년 귀속 종합부동산세 신고 시 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지로 합산배제 신고한 사실, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 이 건 사업 진행 경과는 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 이 건 사업진행 경과

일 자

내 용

2016.12.26.

쟁점토지 취득

2017.1.9.

촉진지구 지정 제안

2020.7.27.

「포항 OOO동 공공지원민간임대주택 공급촉진지구 지정 및 지형도면 고시」(경상북도 고시 제2020-239호)

2022.6.15.

촉진지구의 지정변경(용도를 자연녹지지역에서 제2종일반주거지역으로 변경) 및 지구계획 승인 신청

2022.9.26.

(경상북도 건축디자인과-20078)

1차 협의의견(도시ㆍ군관리계획의 입안 및 결정권자인 포항시장과 협의, 재해영향평가 협의 대상)에 대한 조치계획 제출 요청

2022.10.24.

1차 조치계획서 제출

- 경상북도(도시계획과) 의견에 따라 국토계획법에 따른 도시·군관리계획에 대해서는 포항시장과 협의할 것이고, 재해영향평가는 통합심의를 통해 득하겠음

2022.12.13.

포항시장이 경상북도지사에게 ‘도시ㆍ군관리계획 및 지구단위 계획’과 ‘개발행위’ 등에 관한 2차 협의의견 제출

2022.12.29.

(경상북도 건축디자인과-27894)

2차 협의의견에 대한 조치계획 제출 요청

2023.2.16.

2차 조치계획서 제출

- 경상북도의 요청에 따라 포항시와 협의할 것이고, 재해영향평가는 통합심의를 통해서 득할 것임

- 대구지방환경청의 지구계획 소규모 환경영향평가를 득하겠음

2023.2.22.

대구지방환경청장과 포항시장 등에게 청구법인이 보완한 내용에 대한 검토(3차 협의, 재협의) 요청

2023.4.14.

3차 협의 의견에 대한 조치계획서 제출

- 지구계획 소규모 환경영향평가 협의내용에 따른 조치계획

2023.5.22.

- 포항시장 경상북도지사에게 3차 협의의견 제출

- 도시ㆍ군관리계획 결정(변경) 협의(의제)를 위하여 향후 공공지원민간임대주택 공급촉진지구계획 수립에 따른 통합심의위원회 심의 등 관련 행정절차 이행에 따라 확정된 토지이용계획 등을 반영한 도시ㆍ군관리계획 결정(변경) 도서 제출 요청

2023.7.15.

(경상북도 건축디자인과-16480)

협의의견 알림 및 변경 도서 제출 요청

2023.7.24.

경상북도지사에게 관계기관과의 협의내용을 반영한 변경된 지구계획 승인신청서 제출

2023.8.3.

변경된 승인신청서에 대하여 관계기관에게 4차 협의 요청

2023.8.29.

- 포항시장은 경상북도지사에게 4차 협의의견 제출

- 도시ㆍ군관리계획 결정(변경) 협의(의제)를 위하여 민간임대주택법에 따른 관련 행정절차 이행 후 최종 확정된 토지이용계획 등을 반영한 도시ㆍ군관리계획 결정(변경) 도서 제출 요청

2023.9.6.

(경상북도 건축디자인과-21062)

협의결과 알림(4차)

2023.9.26.

4차 협의 의견에 대한 조치계획서 제출

- 재해영향평가는 통합심의를 통해서 득하겠으며, 도시ㆍ군관리계획에 대하여는 향후 행정절차 이행에 따라 확정된 토지이용계획이 반영된 도시ㆍ군관리계획 결정도서를 포항시장에게 제출하겠음

2023.9.27.

(경상북도 건축디자인과-22865)

‘「자연재해대책법」에 따른 재해영향평가 협의 결과 및 국토계획법에 등에 따른 도시ㆍ군관리계획 결정사항’을 2023.10.13.까지 보완 요청

2023.10.6.

1차 보완 요청에 따라 포항시에 심의 요청

- 포항시 도시계획위원회 심의 요청

2023.10.11.

경상북도지사 및 포항시장에게 보완요구에 대한 의견회신 요청

2023.10.12.

(포항시 도시계획과-

14673)

경상북도지사 및 포항시장은 4차 협의의견과 동일한 취지로 회신

2023.10.13.

1차 보완 요청에 대해 관계기관과 협의하였다는 내용으로 협의결과 제출 및 경상북도지사에게 통합심의 다시 요청

2023.10.20.

(경상북도 건축디자인과-24689)

- 경상북도지사는 자체(자연재난과) 재해영향평가 심의 요청 및 포항시장에게 도시ㆍ군관리계획 결정에 대한 포항시 도시계획위원회의 심의 요청

- 청구인에게 재해영향평가 및 도시ㆍ군관리계획 결정에 필요한 도서를 구비하여 해당기관의 심의를 득하고 그 결과를 제출 요청

2023.10.25.

(포항시 도시계획과-

15499)

포항시장은 경상북도지사에게 ‘이 건 지구계획 승인에 관하여는 민간임대주택법 제28조 및 제32조에 따라 경상북도지사가 시행하는 사안’이라는 취지로 회신

2023.10.27.

2차 보완 요청에 대한 조치계획서 제출

- 포항시장과 협의한 결과, 피청구인이 포항시장에게 요청한 개별심의 건에 대하여 포항시장이 회신하였음을 확인하였고, 그 회신내용에 지정권자가 심의하여야 할 사항임이 명시되었음을 통보받았음

- 통합심의 다시 요청

2023.11.1.

(경상북도 건축디자인과-25588)

2022.6.15.자 지구계획 승인신청 반려

(나) 경상북도지사가 청구법인에게 한 “공공지원민간임대주택 공급촉진지구계획 승인신청 반려 통보” 공문(건축디자인과-25588, 2023.11.1.)에 의하면, “통합심의 개최 요청의 건은 민간임대주택법 제32조 요건 미충족에 따라 경상북도는 「자연재해대책법」에 따른 재해영향평가, 국토계획법에 따른 도시관리계획 결정을 위한 개별 심의 등의 절차 이행을 위해 심의 요청한 바 있고, 청구법인에 협의 일정, 관련 도서 등의 조치계획 제출을 요청하였음에도 청구법인이 미제출하여 승인신청을 반려”한다고 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 2023.11.27. 중앙행정심판위원회에 “쟁점토지 공공지원민간임대주택 건설사업과 관련하여 경상북도지사가 2023.11.1. 청구법인에게 한 ‘공공지원민간임대주택 공급촉진지구계획 승인신청 반려처분’을 취소한다”는 취지의 행정심판(중앙행정심판위원회 2023-28838)을 제기하였으나, 2024.9.4. 기각결정을 받았고(판단 이유 아래 참조), 이에 불복하여 2024.11.12.에 제기한 소송(대구지방법원 2024구합25014)은 심리일 현재 법원에 계류중이다.

살피건대 ① 이 사건 지구계획에는 자연녹지지역을 제2종일반주거지역으로 변경하는 도시ㆍ군관리계획 결정내용이 포함되어 있는바, 이 사건 지구계획의 승인으로 도시ㆍ군관리계획 결정이 의제되기 위해서는 관련 인가 행정청인 포항시장이 용도지역변경 등 도시ㆍ군관리계획 결정사항에 관하여 실체적으로 심사하고 의제처리에 합의 또는 동의하는지 여부를 분명히 밝혀 협의의견을 제출하여야 할 것으로 보이는 점, ② 그런데 포항시장이 제출한 협의의견에는 용도지역변경 관련 건폐율, 용적률, 기타 조건 등에 관한 구체적인 검토의견이 포함되어 있지 않으며, 해당 협의의견을 도시ㆍ군관리 계획 결정의 의제처리에 합의 또는 동의한 의견이라고 보기 어려운 점, ③ 이 사건 촉진지구의 용도지역변경을 위한 도시ㆍ군관리계획 결정은 이 사건 승인신청의 가장 핵심적인 주된 내용이라 할 것인데, 도시ㆍ군관리계획 결정권자인 포항시장의 합의 또는 동의 없이는 피청구인이 민간임대주택법 제28조에 따른 의제처리를 할 수 없으므로, 이 사건 승인신청의 처리를 위하여 국토계획법령에 따른 도시ㆍ군관리계획 결정절차를 진행하여야 할 필요가 있고, 앞서 살펴본 바와 같이 재해영향평가 등만으로는 통합심의를 할 수 없으므로 자연재해대책법령에 따른 개별절차로 이 사건 촉진지구의 재해영향 평가등을 진행할 수밖에 없다고 보이는 점, ④ 이에 따라 피청구인이 2차례에 걸쳐 청구인에게 포항시장과 경상북도(자연재난과)의 개별심의를 득하기 위한 협의일정 및 관련 도서 제출 등의 조치계획을 제출하도록 보완요구하였음에도, 청구인이 위 관계기관에 관련도서를 제출하지 않은 채 개별심의를 득하기 위한 협의일정 등의 제출 없이 포항시장의 회신내용으로만 보완자료를 제출함으로써 피청구인의 보완요구 사항을 이행하지 않았다 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 피청구인의 보완요구는 이 사건 승인신청의 처리를 위하여 필요한 정당한 조치이므로 제2처분사유 또한 인정된다고 할 것이다.

이와 같이 청구인이 요청한 통합심의는 민간임대주택법 제32조의 요건을 충족 하지 못하였으며, 피청구인의 정당한 보완요구에 대하여 청구인이 개별심의를 위한 조치계획을 제출하지 않는 등 보완요구에 응하지 않았으므로, 피청구인이 청구인에게 한 이 사건 처분이 위법ㆍ부당하다고 할 수 없다.

(라) 처분청은 종합부동산세 합산배제 서면분석 결과, 청구법인이 2020년～2024년 귀속 종합부동산세 신고 시 쟁점토지에 대하여 주택신축용 토지로 이 건 과세특례(과세표준 합산배제)를 적용받은데 대해, 청구법인이 2016.12.26. 쟁점토지를 취득한 후 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못하였으므로 청구법인이 「종합부동산세법」제17조 및 조특법 제104조의19에 따라 감면받은 종합부동산세액 등의 추징 대상에 해당된다고 보아, 2024.11.27. 및 2025.1.15. 청구법인에게 2020년～2024년 귀속분 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 사유는 쟁점토지 관할 지방자치단체장이 쟁점토지 지구계획 승인을 부당하게 지연한 데 따른 것이므로 기감면받은 종합부동산세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임), 조특법 제104조의19는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 달리 추징의 예외규정을 두고 있지 아니하고, 청구법인이 쟁점토지의 취득일인 2016.12.26.로부터 5년 이내에 쟁점토지에 대한 사업계획의 승인을 받지 못한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 5년이 경과한 2022.6.15.에 쟁점토지에 대한 촉진지구의 지정변경 및 지구계획 승인신청한 사실 및 청구법인이 경상북도지사의 승인신청 반려처분을 취소하여 달라는 취지로 2023.11.27. 제기한 행정심판에서 중앙행정심판위원회는 청구법인이 관계기관에 관련도서를 제출하지 않은 채 개별심의를 득하기 위한 협의 일정 등의 제출 없이 포항시장의 회신내용으로만 보완자료를 제출함으로써 경상북도지사의 보완요구 사항을 이행하지 않았다고 본 사실 등으로 보아 청구법인이 5년 내에 사업계획승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 것이 청구법인의 귀책사유가 아니므로 감면받은 종합부동산세액 등을 추징함은 위법ㆍ부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2008.12.26, 법률 제9273호로 일부 개정된 것)

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(2) 조세특례제한법(2020.12.29, 법률 제17759호로 일부 개정된 것)

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 민간연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31 제1항에 따른 법인

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정된 것)

제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

③ 법 제104조의19 제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19 제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 제11조의2 제9항 제2호에 따른 율

(4) 민간임대주택에 관한 특별법

제28조(지구계획 승인 등) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 내용을 포함한 공공지원민간임대주택 공급촉진지구계획(이하 “지구계획”이라 한다)을 작성하여 지정권자의 승인을 받아야 한다. 승인받은 지구계획을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하는 경우에도 또한 같다.

(각 호 생략)

③ 지정권자가 제1항에 따라 지구계획을 승인하는 경우 시행자의 요청이 있으면 제32조에 따른 공공지원민간임대주택 통합심의위원회의 심의를 거쳐야 한 다.

제29조(다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의 의제) ① 제28조에 따른 지구계획의 승인ㆍ승인고시 또는 변경승인ㆍ변경승인고시가 있는 때에는 다음 각 호의 승인ㆍ허가ㆍ인가ㆍ결정ㆍ신고ㆍ지정ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ해제ㆍ심의 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 지구계획 승인고시 또는 변경승인고시가 있는 때에는 다음 각 호의 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

6. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정, 같은 법 제50조에 따른 지구단위계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 작성 및 인가, 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약에 관한 허가

② 시행자는 제1항에 따른 인ㆍ허가등의 의제를 받으려는 경우에는 해당 법률에서 정하는 서류를 제출하여야 한다.

③ 지정권자는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 포함되어 있는 지구계획을 승인하고자 하는 경우에는 시행자가 제출한 관계 서류를 첨부하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 협의요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제출하여야 하며 같은 기간 이내에 의견제출이 없는 경우에는 의견이 없는 것으로 본다.

제32조(공공지원민간임대주택 통합심의위원회) ① 지정권자는 도시계획ㆍ건축ㆍ환경ㆍ교통ㆍ재해 등 지구계획 승인과 관련된 다음 각 호의 사항을 검토 및 심의하기 위하여 공공지원민간임대주택 통합심의위원회(이하 “통합심의위원회”라 한다)를 둔다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군관리계획 관련 사항

6. 「자연재해대책법」에 따른 재해영향평가등

(5) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 일부개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지