이유
1. 이 건 심판청구의 적법 여부

가. 청구인은 2023.3.12.부터 현재까지 경기도 김포시 OOO에서 ‘A’라는 상호로 자동차용품 도소매업을 영위하는 개인사업자로, 2022년 제2기 과세기간 중에 주식회사 B에 공급가액 합계 OOO원, 주식회사 C에 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 각 발급하였고, 코코컴퍼니로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 이를 매출·매입세액에 반영하여 환급세액 OOO원으로 하여 2022년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대하여 2023.4.27.?2023.7.18. 기간동안 부가가치세 조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2023.8.20. 청구인에게 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하는 한편, 청구인을 「조세범 처벌법」 제10조 및 「조세범 처벌절차법」 제17조에 따라 김포경찰서장에게 고발하였다.

다. 이후, 2023.9.5. 처분청은 당초 처분 시 반영하지 못한 기납부세액을 반영하여 부가가치세 OOO원을 감액경정하였다.

라. 청구인은 감액경정된 2022년 제2기 부가가치세 납부고지서를 수령하지 못하였고, 2024.4.12. 김포경찰서장으로부터 쟁점세금계산서 중 주식회사 C에 발급한 매출세금계산서를 제외한 나머지 가공세금계산서에 대해 ‘혐의없음(증거불충분)’으로 불송치 결정을 받았으므로 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하면서 2024.7.8. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 당초 처분을 받은 날로부터 90일이 도과하여 제기한 부적법한 경정청구에 해당한다는 취지로 2024.8.20. 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.12. 이의신청을 거쳐, 2025.3.25. 심판청구를 제기하였다.

바. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 해당 처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인은 당초 처분의 납부고지서를 받은 날(2023.8.20.)로부터 3개월이 경과한 2024.7.8. 경정청구를 제기하였고, 해당 경정청구 기간이 도과된 후 청구인이 제기한 경정청구에 대한 처분청의 회신은 단순 민원회신에 불과한 점, 처분청의 감액경정은 당초 처분 시 확정된 과세표준 및 세액 중 일부를 취소하는 효력을 가질 뿐, 별도의 독립된 처분에 해당한다고 보기 어려운 점, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 의하면, 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 후발적 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인의 「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대한 사법당국의 무혐의 처분이 위 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.