이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1998.8.26. 개업하여 경기도 부천시 OOO에서 부동산임대업 등을 영위하는 법인으로, 그 지분은 A(사내이사)와 B(대표이사)이 각각 50%씩 소유하고 있다.

청구법인은 2022.8.31. 경기도 부천시 OOO공장용지 1,168.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 주차장 조성공사를 완료하였고, 2023년 3월부터 청구법인의 주주 겸 사내이사 A가 운영하는 ‘OOO’(개인사업자)의 임직원들이 쟁점토지를 주차장 용도로 사용하였다.

나. 인천지방국세청장은 2024.9.30.~2024.10.22.기간 동안 처분청에 대한 종합업무감사를 실시하여, 청구법인이 특수관계인인 OOO에게 쟁점토지를 무상임대하였고, 이는「법인세법」제52조(부당행위계산의 부인) 및 「부가가치세법」제29조 제4항 제3호의 적용대상이라고 보아 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 산정한 금액을 수입금액으로 하여 법인세 및 부가가치세를 과세하여야 한다는 내용의 감사결과를 통보하였다.

이에 따라 처분청은 2024.12.23. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원, 2023년 제1기~2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO은 쟁점토지를 청구법인의 허락 없이 무단으로 사용하였으므로, 무상임대를 전제로 한 이 건 처분은 위법하다.

OOO이 쟁점토지를 무단으로 사용하게 된 경위 및 청구법인이 OOO을 제소한 경위는 아래와 같다.

A는 2022년말 쟁점토지를 임차하여 OOO의 임직원을 위한 주차장으로 사용하고 싶다는 제안을 청구법인에게 하였고, 청구법인은 그 제안을 임대차계약의 청약으로 보아 주차장 조성공사를 하였으며, 공사가 완료된 2023.3.1.부터 OOO 임직원들이 쟁점토지를 주차장으로 사용하기 시작하였다.

이후 OOO은 임대차계약을 체결하자는 청구법인의 요구에 별다른 의사표시를 하지 아니하였고, 그에 따라 청구법인은 2023.9.18. 공문을 보내 쟁점토지의 임대료 금액을 제시하였는데, OOO은 청구법인이 납득하기 어려운 임차조건을 주장하였으며, 청구법인과 OOO의 임대차계약이 체결되지 아니한 채 OOO의 쟁점토지 무단사용이 계속되었다.

이후 청구법인은 2024.5.7. OOO에 내용증명을 보내 부당이득금 반환 및 인도청구 등을 요구하였고, 그럼에도 불구하고 OOO의 응답이 없자 두 차례의 사전고지를 거쳐 2024.10.14.부터 OOO 임직원들의 쟁점토지 사용을 금지하였으며, 2024.10.24. A를 상대로 2023.3.1.~2024.10.13. 기간 동안 쟁점토지의 무단사용을 이유로 부당이득금 반환 내지 손해배상 청구소송을 제기하였다.

(2) 청구법인은 OOO에게 무상으로 용역을 공급한 사실이 없고, 오히려 OOO의 쟁점토지 무단사용으로 인하여 재산상의 피해를 입었을 뿐이다.

이 건 처분의 전제인 쟁점토지의 무상임대로 보기 위하여는 청구법인과 OOO 간의 무상임대에 관한 계약체결 또는 분명한 의사표시 등이 확인되어야 할 것인데, 위에서 본 바와 같이 쟁점토지에 관한 임대차계약이 체결된 바 없고, 양 측의 어떠한 합의도 없었을 뿐만 아니라 그 무단사용에 따른 장기간의 분쟁 및 법적 소송에 이르렀다.

따라서 처분청은 임대용역의 무상공급이라는 사실관계에 관한 과세요건 충족에 관하여 과세관청에게 주어진 증명책임(대법원2013. 3. 28 선고 2010두20805 판결 참조)을 다하지 못하였으므로, 이 건 처분은 실질과세 및 근거과세의 원칙을 위반한 위법한 처분이다.

(3) 처분청은 OOO의 대표자 A가 청구법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 사람이라고 하나, A는 단독으로 청구법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 없는 사람이다.

B과 A가 각각 청구법인의 지분 50%씩을 소유한 상황에서 A는 B의 동의 없이는 청구법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 없다.

또한, 청구법인은 A를 피고로 하여 OOO 임직원의 쟁점토지 무단사용에 대한 민사소송을 제기하여 다투고 있는데, A가 청구법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 사람이라면, 청구법인이 그 의사에 반하여 법적 다툼을 벌일 수 없을 것이므로, 위와 같은 처분청의 답변은 타당하지 아니하다.

(4) 청구법인이 쟁점토지의 사용과 관련한 대가를 받지 못하였다고 하여 금액을 추정하여 과세하는 것은 위법하다.

청구법인은 쟁점토지의 임대료를 수취하기 위해 구체적인 금액을 제시하였고, 무단사용을 강제로 중지하였는데, 처분청이 임대매출 신고를 누락한 것에 준하여 과세한 처분은 위법.부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 특수관계인인 OOO에게 쟁점토지를 무상임대하였고, 이는 부당행위계산부인 규정의 적용대상이며, 그 임대료의 시가 산정도 법령에 따른 것이므로, 이 건 처분은 적법하다.

개인사업자인 예손병원의 대표자인 A는 청구법인의 지분 50%를 소유하고 있어 법인세법상 청구법인과 특수관계가 있고, 청구법인의 사내이사로서 청구법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 자이다.

따라서 청구법인이 OOO(A)에게 쟁점토지를 무상임대한 것은 부당행위계산부인 규정의 적용대상이다.

(2) 「법인세법 시행령」제89조에서 통상적인 시가나 감정평가액 등을 적용할 수 없는 경우에는 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 한다고 규정되어 있고, 「부가가치세법 시행령」제62조에서 제3자 사이의 거래가격이 없을 경우에는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격을 시가로 한다고 규정하고 있다.

따라서, 처분청이 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 무상임대의 시가를 산정한 것은 법령에 부합한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 특수관계인(OOO)에게 쟁점토지를 무상임대하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

(가) 청구법인과 OOO의 현황은 아래 ＜표＞와 같고, OOO은 청구법인의 지분 50% 소유하고 사내이사로 등재되어 있는 A가 운영하는 개인사업자 형태의 병원으로, 청구법인 소유의 건물(OOO)을 임차하여 사업장으로 사용하고 있다.

＜표＞ 청구법인 및 OOO 현황

ㅇㅇㅇ

(나) 쟁점토지의 현황을 보면, 지목은 공장용지이나 지상 건축물이 없는 상태로, 청구법인이 2022.8.31.취득한 후에 주차장 조성공사가 이루어졌고, 쟁점토지는 OOO과 직선거리 175m 정도 떨어져 있으며, OOO 임직원들이 쟁점토지를 주차장 용도로 사용하였다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 청구법인은 OOO에서 쟁점토지를 무단으로 사용하였으므로 과세대상인 무상임대에는 해당하지 않는다고 주장한다.

(다) OOO이 쟁점토지를 무단 사용하였다는 근거로 청구법인이 제시한 자료는 아래와 같다.

1) 청구법인이 2023.9.18. OOO에 보낸, ‘월임대료, 관리비 인상 건(수정)’ 문서에는 ‘쟁점토지의 임대시기는 2023.3.1., 월 임대료 : OOO원(부가가치세 별도), 임대료 인상은 매년 3월 1일로 함’으로 기재되어 있다.

2) 청구법인이 2024.5.7. OOO에 보낸 ‘부당이득금 청구의 건’ 내용증명 문서에는 ‘청구법인은 곧 임대차계약을 체결하겠다는 OOO의 의사를 신뢰하여 쟁점토지를 주차장 용지로 조성하였는데, 막상 사용 개시 후 현저히 낮은 차임을 책정하겠다는 OOO의 일방적인 요구만 있었을 뿐, 현재까지 OOO은 쟁점토지를 점유.사용할 권원이 없는 상태이므로, 2024.5.31.까지 임대차계약이 체결되지 않을 경우 쟁점토지에 대한 인도청구 등 법적 조치를 취할 수밖에 없음’으로 기재되어 있다.

3) 청구법인의 의뢰로 OOO 법률사무소가 2024.9.26. OOO에 보낸 ‘무단 사용 방지를 위한 조치 예고의 건’ 내용증명에는 ‘OOO의 쟁점토지 무단 이용을 방지하기 위해 2024.10.14. 출입제한 조치를 취할 예정이며, 부당이득금 청구 소송을 제기할 예정임’으로 기재되어 있다.

4) 청구법인의 의뢰로 OOO 법률사무소가 2024.10.10. OOO에 보낸 ‘무단 사용 방지를 위한 조치 예고의 건’ 내용증명에는 OOO이 2024.10.4. 쟁점토지에 대한 임대차계약 체결의사가 있다는 취지로 청구법인에게 회신한 데 대해, 쟁점토지의 사용료 정산에 대한 의사표시가 없어 위 OOO의 말을 믿기 어렵고, 청구법인의 추가적인 피해와 안전사고 등의 방지를 위해 2024.10.14.부터 쟁점토지에 대한 출입제한 예정임을 재차 고지한다는 내용이 기재되어 있다.

5) 청구법인이 A를 상대로 제기한 부당이득금 청구의 소에 관한 소장에는 2023.3.1.~2024.10.13. 기간에 쟁점토지에 관한 차임 상당의 부당이득 또는 불법행위에 기한 손해배상금 등을 청구한다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 OOO이 무단으로 쟁점토지를 사용하였을 뿐, 자신이 OOO에게 임대용역을 공급한 적이 없다고 주장하나, 청구법인이 취득하여 주차장으로 조성한 쟁점토지는 2023.3.1.부터 OOO의 임직원들이 주차장 용도로 사용하였고, 청구법인은 그에 대한 대가를 OOO으로부터 수취하지 아니한 점, OOO의 대표자 A는 청구법인의 지분 50%를 소유하면서 청구법인의 사내이사의 직에 있는바, 법인세법 시행령 제2조 제8항 제1호 및 제2호에 따라 청구법인과 특수관계가 있고, 처분청이 임대료 시가를 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 산정한 것은 법령에 어긋나지 아니한다고 보이는 점, 청구법인이 2024.5.7. OOO에게 보낸 ‘부당이득금 청구의 건’ 내용증명 문서에 따르면, 청구법인과 OOO의 의사가 합치하여 쟁점토지를 주차장 용지로 조성하였고, 청구법인이 2023.9.18. OOO에게 보낸 ‘월임대료, 관리비 인상 건(수정)’ 문서에 따르면, 청구법인은 쟁점토지의 월 임대료를 OOO원으로 책정하여 OOO에게 통보한 사실이 나타나는바, 그 후 차임에 관한 상호 견해 차이가 발생하여 임대차계약의 체결까지는 이르지 못한 것으로 보이지만, 청구법인이 애초부터 OOO에게 쟁점토지를 임대할 의사가 없었던 것은 아니라고 보이는 점, OOO이 2023.3.1.부터 쟁점토지를 사용하였는데, 청구법인은 2024년 5월에 이르러서야 OOO에게 부당이득금 청구에 관한 통지를 한 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 청구법인이 특수관계가 있는 OOO에게 쟁점토지를 무상임대하였다고 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

(2) 법인세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(3) 법인세법 시행령

제2조(정의) ⑧ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

가. 법인의 임원·직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율.요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 및 각 목 생략)

제89조(시가의 범위 등) ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(4) 부가가치세법

제12조(용역 공급의 특례) ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

제29조(과세표준) ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에 대한 재화 또는 용역(수탁자가 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 포함한다)의 공급이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

3. 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 제12조제2항 단서가 적용되는 경우

(5) 부가가치세법 시행령

제26조(용역의 공급으로 보는 특수관계인에 대한 사업용 부동산의 임대용역) 제26조(용역의 공급으로 보는 특수관계인에 대한 사업용 부동산의 임대용역) ① 법 제12조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조 제8항 각 호에 따른 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다.

② 법 제12조 제2항 단서에서 “사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역”이란 사업용 부동산의 임대용역 중 다음 각 호에 해당하는 것을 제외한 것으로 한다.

1. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따라 설립된 산학협력단과 같은 법 제2조제2호다목의 대학 간 사업용 부동산의 임대용역

2. 「공공주택 특별법」 제4조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 해당하는 자와 같은 항 제6호에 따른 부동산투자회사 간 사업용 부동산의 임대용역

제62조(시가의 기준) 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격